黄泽具体的治经方法，在其治《易》与《春秋》方面得到真实的体现，成效也最为显著。他主张"先以经证经，又其次引他经证，又其次以经证传，又其次以传证经，展转相证，亦复出入诸书"，对经传烂熟于心，使其自相证明，同时又旁及群书，功夫扎实，考据严密。清儒朱鹤龄更以此为"从事圣经，成一家之学"的必由之路。然而，对于黄泽而言，这仅仅是第一步，在此基础上，更需要的是独立思考，自有所得。他说："凡说《周易》、《春秋》，既看传注了，须要换却精神心术方可。若有所得，自然触机而悟。其机栝亦初不离经传中，但人自不见尔。正如《周易先天图》，在康节(邵雍)看，自然生出许多道理，在他人看，只是见得伏羲布置亭当而已。故凡读书为最难，世人只是通其训诂文义，于妙处实无所契。泽于《周易》、《春秋》是苦思之功，思虑既极而鬼神通之，非妄言也。"换却精神心术，既是苦思自得之需，也在于传注难于全通，只能作为阶梯。
黄泽指出："说经欲全通甚难，如《易》、《春秋》须要全通诸家传注，最好者只是藉作梯级，更于传注之上别用一种工夫，虚心以求，勿忘勿助，以俟理熟，到得确然不可移易处，则固滞始化，方是真得。然后可以旁及余经，不然则固滞未化，不可旁通也。"他的这种由经传注疏而兼及他书的做法，实乃推究先儒之失，而补其所未至而得。黄泽认为"大抵先儒非是不晓大意，止是推测本原未尽"，因此，于传注中选其精者为主，"却更加精思，别用一种工夫，上溯其源，下沿其流，游心既广，冀有触悟，如此而后，庶几真有所得"，最终达到"本意之浑全"，"大义始明，而凡旧说之迂僻固滞，浅陋怪诞之说，不辩而自破"。也正是因为黄泽重实务，讲求训诂考据，读书研理，贵在自得，所以连以考据著称于世的阎若璩也对他膜拜有加，一方面爱其注经，"于先儒旧说可从者，拳拳尊信，不敢轻肆臆说，以相是非"，另一方面又因黄泽"圣经兴废，上关天运，苟有悟，辄自以为天开其愚，神启其秘者"之言，而"有感黄楚望之经学以积思自悟为主，以自然的当不可移易为则"。
应当指出的是，黄泽治经综合了汉宋之法，而又力求自悟，不仅没有门户之见，而且不依门傍户，更重要的还在于他有着强烈的历史使命感、责任心，治经目的十分明确。宋濂称："先生之志，以六经明晦为己任；其学，以积思自悟、必得圣人之心为本。"也正因为如此，黄泽"雅自慎重其学，未尝轻与人言，以为其人学不足以明圣人之心，志不以《六经》明晦为己任，则虽与之言终日，无益也"。
黄泽治经之法的另一重要意义在于，他突破了自宋末以来因循守旧、诵习程朱之说而谨守勿变之习，而主张自出所见。黄泽之时，普遍流行宋代大儒"明理以释经，而天下之能事毕矣"，"以大儒先生竭其心思所极，而犹有弗得者焉，则亦末如之何矣"，主张"先儒所未尽者，终非后人思虑可及，不如谨守其已言者之易为功"。黄泽不赞同此说，以为"以吾所见，正恐其所已言者或不容遽知，其所未言，初未尝不可通尔"，主张对待先儒之说，"如以为未当，则固学者所当致思也。思之思之，而又思之，而终有不得焉，则阙之可也，以俟后之人亦可也。一或思之而有得，则知先儒之所未及者，或有时而可通。
此今未尝用一日之力，而遽诬以为不可更通，且訾他人之用力者，是殆以己之无目，而欲废天下之视也"。他甚至嘲讽当下谨守诸儒，以为他们"殆如富人子兼其田畴，惰其作业，徒抱其遗契之齿而日数之，以为能不坠其家尔"。勇于承担，敢于挑战，而以明经为志，这当是黄泽优于宋末至明初大多数儒者之处。马宗霍称黄泽"所资较博，不为朱学所囿"，正在于此。张高评先生对比黄泽、朱熹之说，以为"黄泽因朱子'致知论'，而有得于'致思之道'"，固可见黄泽对朱熹思想的继承，但却隐没了黄泽在新时代条件下，在蜀学传统基础上的创新性发展。清钱培名称："盖其学以明象为主，不取汉儒之穿凿，亦不尽宗宋儒，惟玩索经文，彼此互证，意在贯穿脉络，而不屑为支离破碎之说，殆所谓好学深思者与？"是为的论。
二、黄泽的易学思想
黄泽以其独到的"理明义精之学，博物考古之功，加以精思"之法治经治《易》，并因《春秋》而悟《易》，于易学多独到之见。《元史》称他"于《易》以明象为先，以因孔子之言，上求文王、周公之意为主，而其机栝，则尽在《十翼》，作《十翼举要》、《忘象辩》、《象略》、《辩同论》"。不过，黄泽多作简要的提示，"引而不发"，未能展开来细加论述，尤其是晚年所著《易学滥觞》一书，自称乃"指其大义，含蓄颇深，比类与象学相迩"，"发明旷绝之学，而更隐其义，盖事大体重难以直"，所以理解、融会起来并不容易，以至"及门之士鲜能信从领会者，而当世君子，亦莫克知之"。
(一)论《易》与《春秋》
《易》与《春秋》是两部非常特殊的经典，按照今文经学家的说法，"《诗》、《书》、《礼》、《乐》是普通教育或初级教育的课程；《易》、《春秋》是孔子的哲学、孔子的政治学和社会学的思想所在，非高材不能领悟"。欧阳修也说："五经之书，世人号为难通者，《易》与《春秋》。"不仅如此，二者还有尤为特殊的内在关联。司马迁说："《春秋》推见至隐，《易》本隐之以显。"《史记索隐》引虞喜《志林》曰："《春秋》以人事通天道，是推见至隐也；《易》以天道接人事，是本隐以之明显也。"故班固本刘歆《三统历》及《谱》，称："《易》与《春秋》，天人之道也。"黄泽对《易》与《春秋》的论述则建立在他对二经的精深研究与切实体会上，上继宋儒，多有新见。
1.皆有常变经权
黄泽对《易》、《春秋》之性质加以考察，以为《易》是讲变易法则之书，而《春秋》则是讲权处变之书。他说："《春秋》皆是处变。常者易处，而变者难处，故《春秋》非圣人不能作。"又说："子曰：'可与共学，未可与适道；可与适道，未可与立；可与立，未可与权。'此是看《春秋》之要。......《春秋》兼正变，然大抵变多于正，多是从权，故非圣人不能作，非孟子诸大贤不能透彻。公、穀费尽心思，无大益也。"
黄泽的常变思想，以《易》"巽以行权"为据，认为"巽顺而后其权可合于正，若先不巽顺，则其所谓权者乃乱耳"。孔子作《春秋》是行权，但孔子之心本极于巽顺，其创作目的在于"济世道之不通"。如果孔子执常不变，"因循顾忌，视天下之沉溺与己不相关，则亦非圣人之心矣"。因为孔子巽顺，所以天下莫敢议其非。即便如此，孔子还要说"罪我者《春秋》"，可见圣人巽顺之至。黄泽此说，实际上综合《易》与《春秋》二经，为孔子以臣民而行天子之权作理论合法性论证。他又说："盖二书虽不同，而圣人之心，精妙则一。《春秋》方严而有温厚者在，《易》通变而有典常者存，圆融以求之，则理可得矣。"此说分析二经之旨，富于思辨，颇得二经之微义。
2.皆有绳墨规矩，当依例而求
黄泽认为《易》与《春秋》都有绳墨规矩可寻，而《易》在于明象，《春秋》在于明书法。得此二者，二经可通，圣人之旨可明。他说："《周易》、《春秋》是有绳墨规矩之文，不比他经。学二经者，若知其有绳墨规矩，则始可。学此二经者，若能探其旨，知其绳墨，识其规矩，则虽不下注脚，而经旨亦明。""《周易》、《春秋》有绳墨之书，不可不学，而实未易学也。《易》当明象，《春秋》当明书法。"《易》与《春秋》有绳墨规矩可寻，其绳墨规矩就在易象与书法之上，有得于此，甚至可以抛弃传注，独究圣人本意。
黄泽批评当时不讲义例的学者，认为讲例方有规矩可循，不至无章法而乱套，但又要看到有变例，要适变用权。他说："《春秋》如正例、变例之实，此是泽破近代诸儒《春秋》不用例之说。《三传》皆用例，虽未必尽合圣人，然不中不远。近时说者则以为夫子《春秋》非用例，若如此，则夫子作《春秋》止是随事记录，止如今人之写日记簿相似，有何意义？惟其有正例、变例，方可推求圣人本意。......又尝见近世作宰相者，用人之际不肯拘例，曰若用例，则一堂吏亦可为宰相。此说固是，然亦偶遇可以不拘例之人则可，若一切皆不用例，则有司又何所守乎？《春秋》之不可无例，亦犹是也。"他区别史书之例与笔削之例，以及鲁史《春秋》之例与诸国史之例的不同，对于研究《春秋》颇有启发意义。门人赵汸得其说，于《春秋》多有发明。
3.大旨皆失传，经传中可寻端绪
黄泽认为《易》与《春秋》在传播过程中，圣人本旨都已失传，不过《易》失在象学，所失于教义影响甚微，而《春秋》则自孔子之没而微言即绝，后传害教义者多。他说："象学久已失传，故《易》尤难焉。然自辅嗣(王弼)以来，玩其辞，解其义，所失亦未远。唯《春秋》当据事以求书法，说者往往不察事情，而辄以己意窥圣人，由是众说迭兴，而夫子之志荒矣。"《周易》象学虽失传已久，但通过玩其辞义，也能得其大概，而《春秋》必据事求书法，不察史事，则圣人之意不明。他又说："《春秋》、《周易》二书，大旨皆失传。然《周易》于教义虽未甚明，亦未甚失。......《春秋》虽具存，而本旨既失，遂无以识圣人维持世教之实，而其谬说足为世教之害者不少焉。"象学乃《易》义理精微之渊源，而《春秋》书法则是伦理纲常之本，故二者大旨虽失，而于世教的后果不一。
黄泽认为尽管《易》、《春秋》大旨失传，但用心于经传，深加考索，仍可寻其端绪。他说："《周易》虽失象学，《春秋》虽失书法，然经传中未尝无端绪可寻，但人自不曾精探力索耳。若寻见端绪，自然合得经旨，不患人之不从。故《周易》、《春秋》废坠，尚有复之理。若《礼》则本残阙之文，遇有疑难，更难考据。"黄泽不仅如是说，而且通过他的亲身实践，证明了这一点。他说："泽于二礼甚费考索，《周易》颇复象学，然犹不敢自以为能，亦不敢多议先儒；唯《春秋》一经，先儒乱说，遂使圣人本旨几二千年而不明，故不得不以斯文为己任也。"可见，黄泽对《易》之象学、《春秋》之书法皆有考索，而于《春秋》尤有所得。
4.诸经难易有别、事体不同，当融通经传注疏，力索深思