1912年初秋的一天，林语堂与二姐美宫坐在同一条船上，但命运之神却作了如此不公平的安排：林语堂获得进大学深造的机会，而二姐美宫是去西溪的山城出嫁。林语堂后来回忆起来，心情还是异常沉重："那年，我就要到上海去读圣约翰大学。她也要嫁到西溪去，也是往漳州去的方向。所以我们路上停下去参加她的婚礼。在婚礼前一天的早晨，她从身上掏出四毛钱对我说：'和乐，你要去上大学了，不要糟蹋了这个好机会，要做个好人，做个有用的人，做个有名气的人。这是姐姐对你的愿望。'我上大学，一部分是我父亲的热望。我又因深知二姐的愿望，我深深感到她那几句话简单而充满了力量。整个这件事使我心神不安，觉得我好像犯了罪。她那几句话在我心里有极重的压力，好像重重的烙在我的心上，所以我有一种感觉，仿佛我是在替她上大学。第二年我回到故乡时，二姐却因患鼠疫亡故，她已经有八个月的身孕。这件事给我的印象太深，永远不能忘记。"林语堂每当想起那四毛钱，就想起二姐，想起二姐那句话，想起这一切，他都忍不住要流泪。
三、山之子
漳州在封建帝王时代是福建南部的一个府，包括龙溪、南靖、平和、诏安等县。除东部沿海有少量平原以外，其他地区都是山区。林语堂二哥林憾庐在《漳州漫话》一文中盛赞了漳州的美丽风光："漳州北面是小山，有三个亭子。到这儿上边一望，全城的楼屋和乡村田野的景色都出现于目前。南面是西溪干流，有堤岸和新式的两道桥。假如你在下午傍晚的时候，到溪边散步，顺便走上中山桥的中间去，那斜阳和上流的一切景色才够你欣赏赞叹！这儿一切是天然的，没有人工的造作，而是流动的美。溪流闪着万道的金波；帆船乘风而驶，渔舟依着沙洲而泊；小舟上苍绿的竹林，时有白鹭飞翔；沙滩上游牧童和水牛在玩着；一切的田园山林在夕阳的光线里，和烟霞的光色织成了奇妙天然的画图，美丽极了。"
平和县离漳州61公里，明正德十二年(1517)建县。县城的小溪到坂仔乡约有10公里，林语堂出生及童年生长的平和县坂仔乡宝南村是一个小山村。坂仔的四周都是山，东面叫峨眉山，北面有悬崖绝壁的石齿(也写"石起")山，西南有峰峦起伏的十尖山，南面有森林茂密的南寮山。无论晴雨晨昏，这些远远的山巅都被云雾笼罩着，给人以亦真亦幻、神秘莫测之感。太阳初升和夕阳西下时，山上的高天和云雾更是不断变幻着富丽的色彩，让人身处仙境一样。
林语堂自小就生活在这些大山周围，面对着群山，浮想联翩，展开了想象的翅膀。林语堂对大山产生了浓厚的情感，这些山水也影响了他的一生。他在后来创作的自传体小说《赖柏英》中，借小说中人物之口说："你一点儿也不知道。你若生在山里，山就会改变你的看法，山就好像进入你的血液一样......山的力量巨大的不可抵抗。""山逼得你谦--逊--恭--敬。"林语堂在《回忆童年》中说，"生长在这雄壮气吞万象的高山中，怎能看得起城市中之高楼大厦？如纽约的摩天大楼，说他'摩天'，才是不知天高地厚，哪里配得上？我的人生观，就是基于这一幅山水。人性的束缚，人事之骚扰，都是因为没有见过，或者忘记这海阔天空的世界。要明察人类的渺小，须看宇宙的壮观。"他在《四十自叙》诗中写道：
我本龙溪村家子，环山接天号东湖。
十尖石起时入梦，为学养性全在兹。
林语堂汲取了山区人的自由、超脱、豪放，也表明了家乡的山景在林语堂的思想境界中留下了不可磨灭的印象，形成了他自己所说的"山地人生观"。
美丽的西溪河从村中流过，也成为自然美景中的又一道风景。每当雨季来临，河水暴涨，一幅天然的洪水搏斗图映入眼帘；而少雨季节又是白沙、鹅卵石和水草装点的空地。村妇们洗衣洗菜，儿童坐在水牛背上吹着横笛，真是诗情画意！林语堂与伙伴们你追我赶地到水中摸鱼摸虾。这些童年快乐的生活一晃就过去了。林语堂六岁时进了教会学校--铭新小学。
林语堂自小心中就充满了梦想。他梦想当医生，要发明包医百病的灵丹妙方。他还真的在实验，配制了一种治外伤的药粉，取名"好四散"。他梦想当发明家，经常到码头上观看来往鼓浪屿的小轮船，船上的蒸汽引擎使他很感兴趣。他还依照虹吸原理制造一架抽水机，让井里的水自动流进菜园里。后来失败了，他只好暂时放弃发明抽水机的打算。他还想长大后开一个"辩论"商店，提出辩论命题，向人挑战。他梦想成为一个全世界闻名的大作家。他曾对父亲说："我要写一本书，在全世界都闻名！"1903年，年仅八岁的林语堂写了：
人自高，终必败，扛战甲，靠弓矢；
而不知，他人强，他人力，千百倍。
另一页上画了一只蜜蜂作为插图。
1905年，林语堂刚刚十岁，因为父亲不满意铭新小学的师资和教学方法，所以决心让林语堂三兄弟到厦门鼓浪屿的教会小学住读。从坂仔到厦门路途上的每件事，对于林语堂来说都充满了新鲜感。因为厦门是列强强迫清政府对外开放的通商口岸，所以认为那里的教会学校的条件一定比闭塞的坂仔的铭新小学条件要好。
林语堂在厦门读完小学就进入了厦门的寻源书院，即教会办的中学，这所书院是1888年由基督教美国归正教公会与英国长老会联合创办的，校址在鼓浪屿山仔顶。无论小学、中学和大学，教会学校都是不收学费的，而且连生活费、住宿费也都免收。这对于林语堂这个穷牧师的家庭来说，是非常难得的选择。
林语堂十三岁进入相当于中学的教会学校--寻源书院，于十七岁以第二名的成绩毕业。在这四年的中学生活中，林语堂的英文和自然科学都打下了良好的基础。
教会学校古板的教学方法和严格的管理制度，对于活泼好动的林语堂来说是一种束缚。如学校规定不准看中文报纸，不准看闲书，所谓闲书即功课以外的书。从早晨8时至下午5时，把学生关闭在课堂内。凡在校偷看杂书，或在课堂上交换意见，皆是罪过，是犯法。这些措施严重影响了林语堂求知的天性。林语堂在若干年后，曾持续不断地攻击现行的教育制度的弊病，就来自他在教会学校的亲身经历。
有弊有利，在寻源书院，林语堂的英文进步很快，对科学兴趣更浓厚了。有人问他将来干什么，他毫不犹豫地回答：想当英文老师或物理老师。他还说，数学尤其是几何学最让他着迷，他对地理学也情有独钟，甚至对西洋音乐更是着了迷。他虽然不喜欢美国校长毕牧师，但对其夫人(Mrs·Pitcher)却有好感，因为校长夫人不仅长得端庄淑雅，而且她唱的歌，抑扬顿挫，悦耳动听，充满了温柔之美。传教士女士们的女高音合唱，给林语堂留下了深刻的印象。
在厦门，林语堂真正耳闻目睹了西方文明显示它在中国存在的最为有力的一种方式：战舰上的水兵和大炮。1907年，日俄战争结束后，旅顺口还是一片断壁残垣，老罗斯福就派遣美国舰队来访问中国。舰队到厦门时，寻源书院的学生应邀前往参观。林语堂第一次看到了美国海军的操演和那些钢铁怪物的雄伟形象，使得少年林语堂既羡慕又畏惧。
寻源书院的学习，对于林语堂来说太容易，林语堂认为这是浪费时间。于是他就偷偷地看自己喜欢的书。实际上，凭林语堂的天资，应付学校的考试简直不费吹灰之力，每次都轻而易举地取得了好成绩。但林语堂不承认自己是个用功的学生，而考试都是名列前茅。
1911年爆发了辛亥革命，结束了封建皇族统治中国的历史。但在闽南山区并未引起大的变动。林语堂在寻源书院也看不到中文报刊，对于这一历史变革也不知晓，他仍埋头钻研功课。辛亥革命的第二年，十七岁的林语堂以第二名的成绩结束了中学阶段的学习。这年暑假，他考上了上海圣约翰大学。
四、圣约翰大学
圣约翰大学，是中国近代著名的教会大学。林语堂于1912年考入圣约翰大学，首先进入的是神学院，他之所以选神学院，其目的就是将来预备献身为基督教服务。然而，在一年多的学习生活中，他无法接受种种凡庸琐屑而又荒谬的教义说法，如耶稣是童女所生和他的肉身升天等说法。他发现，连那些传教士都不大相信，然而要入教，就要相信。圣大校长卜舫济(Francis Lister Hawks Pott)博士亲自告诉他，肉体复活是不可能的，要紧是灵体复活。基督教说，人生来就是罪恶的。耶稣替我们赎罪，我们才可以进天堂，不信教，便要进地狱。地狱、罪恶、罪源、赎罪等等理论，林语堂很难接受，他认为，一切神学都是在"欺骗"，对他的智力是一种侮辱，他本来希望当牧师，可是，现在他对神学已经没有了兴趣，所以终止了神学院的学习。
尽管对神学没有兴趣，但林语堂没有浪费时间，在这一年半的时间里，他对英文产生了浓厚的兴趣。他在圣大的第一个英文老师，是个外国人，她的中文名字叫李寿山。这位老师与寻源书院的毕太太一样，不仅长得美丽可爱，而且温柔多情，真实诚恳，给林语堂留下了非常美好的印象。
林语堂除了跟老师学好口语，另一方面依靠的就是一本《袖珍牛津英文字典》。这本字典不仅将英文字的定义列举出来，也将一个字在句子里的用法举例。无论是一个字，或者是一个语段，林语堂一定要弄清楚才肯放过。对中文意思相近而英文意思不同的单词，林语堂也注意体会其细微的差异，如他为了搞清楚中文的"笑"和"哭"在英文里的意思，林语堂整理出很多单词：如大笑、假笑、微笑、痴笑、苦笑等；如大哭、假哭、饮泣、哀泣等。同时，他又将这些单词还原到具体的英文句子中深入理解。这种学习方法既系统，又方便，还便于记忆，更能有效地使用。至于英语的发音，他认为只要弄清楚一个字的重音在哪个音节，说起英语来便不成问题了。林语堂认为，每个英文单词也像人一样，都是有个性、气质和味道的。掌握了它，内心就有这种感觉：一个字词就是一个滑溜溜的物体，尽管有时在手里握不住，像一条扑跳跃动的鱼，但它逃不出心灵之海。后来林语堂回忆说："这部字典最大的好处是容纳英语的精髓。我就如此学会了英文的许多精选词汇。"
由于拼命用功和有一套独特有效的学习方法，所以在神学院一年半的时间里，林语堂的英文水平突飞猛进地提高，林语堂被选进了《Echo》(《回声》)杂志编辑部做编辑，林语堂说："我愈来愈热心，我爱上了英文如鱼得水。"
在圣大读书，与在寻源书院读书感觉完全不同。圣大给林语堂留下了不少美好印象。林语堂认为圣大校长卜舫济博士就是一位可爱的人，他为人正派、举止大方，工作认真负责，他还娶了一位温文尔雅的中国闺秀做太太。最使林语堂感动的是，卜舫济博士无论干什么事总是有始有终、有条不紊。他严格治校又严于律己。当然，人无完人，卜校长就是太刻板，缺乏自由快乐的精神。所以他管理的学校，给学生的自由太少，或者说过于让学生遵守纪律而无自由，并且过于重视英文而轻视中文。