第三组组长是中统的“少壮派”分子之一高春。高春毕业于南京中央大学，后留学意大利，接受过法西斯特务培训。高春之后，由国民党中央党校毕业生谢永存接任第三组组长。谢永存负责特务训练、外围组织工作和经济调查，权力极大。后来，第三组的经济科扩充为特种经济调查处，首任处长是陈立夫的亲信陈介生，第二任处长是留学英国的李超英。
中统局的三处为：交通管理处、统计处、特种经济调查处。
交通管理处管辖电讯、运输、总务三个科和电讯总台。该处原隶属于国民党中央党部秘书处，经费由秘书处直接拨款，直到抗战时期，才交由中统局管理。该处处长一直由徐恩曾兼任，全处大约有360人。其中电讯科科长是徐恩曾的老同学、电讯专家范本中和徐恩曾的亲信吴世昌。该处在重庆本地设有总台，在全国其他地区设有大大小小120个电台。该处的运输科其实就是该处下属的物流公司，后来被徐恩曾据为己有，主要用来运输走私物资。
统计处主要负责中央党部各部处和中统局的各项统计，此处成立已久，处长是郑尧泮，后来此人开办统计人员训练班，主要任务是扩大档案工作，与特种经济调查处相呼应，调查研究共产党和国民党左派的主要人物，并将其重要人物的资料制成类似今天“三国杀”之类的名片，供国民党高参参考。国民党内部的重要反共资料，比如《中共组织系统图》、《中共党员发展统计》和《中共活动大事年表》，都出自该处之手。
特种经济调查处成立于1940年，前身是中统局第三组的经济科，该处成立后，首任处长为国民政府军事委员会前工作干部训练团团长陈介生。该处的全部经费由国民政府财政部、交通部和经济部负担，不依靠中统局，因此该处人事安排完全由陈介生提出名单，再由中统局加以委任。该处的表面任务是获取沦陷区的经济情报，实际是获取敌后解放区和八路军、新四军在各战区的活动情报，这些情报经中统局加盖信印后分别送交财政部、交通部和经济部。由于经济独立，加之有CC系代表人物朱家骅撑腰，所以处长陈介生不受徐恩曾管制，故陈介生与徐恩曾素有恩怨。1941年，徐借口陈不服从命令，将其扣押，随后，徐恩曾与朱家骅协商后，委任李超英继任处长。
中统局的五室，分别是秘书室、人事室、机要室、会计室、专员室。
秘书室主要负责整理中统局内的各种档案文件，起到上传下达的作用。
人事室归局长室所管辖，主要责任是中统局内的人事任免权。人事室后改名人事处，孙翼谋、章祖模、杨为等人先后担任该处处长。
专员室由徐恩曾一手掌管。这个专员室里的专员“虚虚实实”，不仅人员流动、变化大，而且专员室内的“专员”职位弹性大，人数也没有特定限制，不过通常都在30人左右。另设次专员室，次专员室就是“超级特务”的集中营。
机要室主要负责中统内各机要文件的整理和归纳，李宏基、袁木芬先后担任该办公室主任。
会计室，主任李光灼，下设出纳、审核职位等。会计室后升级为会计处，负责经营联益储蓄银行、湖南沅陵金矿和联益农场等。
此外，中统还有四个委员会，即训练委员会，主要负责加强中统人员的政治训练和技术训练；纪律审查委员会；海外工作委员会和党网建立与运用委员会。
后来，中统局还成立了一个所谓的“重庆实验区”，该“区”设在重庆市神仙洞的“德园”里。这个实验区，其实是徐恩曾在重庆搞的一块“试验田”，主要目的是“示范”。在这个试验区内，徐恩曾采取了大量新颖的特务方式，用来对抗日战线上的共产党，不断进行情报搜集和破坏等活动，并将这些新颖的特务方式作为“新式武器”加以推广。“重庆试验区”的区长先后由青帮头子陈庆斋、陈建中、周光亚等人担任，本部还下设总务、组训、情报和行动四个科，领导城区、沙磁、新市区、江北、南岸、巴县、北碚、南泉等八个分区以及青木关工作站。实验区根据徐恩曾的指示，一直对中共办事处、八路军办事处和《新华日报》办事处进行秘密监视，每天向徐恩曾汇报。
除上述组织机构外，徐恩曾还亲自主持一个名叫“生庐”的机构。“生庐”由少数曾任国民党省党部委员的中统高级特务组成，专门负责秘密阴谋破坏和特务技术研究。
中统局本部内，还有“积极检查队”、“粮食调查队”等小组织，这些小组织的人数均在100人以上。
中统局成立之后，比原来的“调查科”和“特工总部”有了实质性的扩展，起初那个唯唯诺诺的徐科长也堂堂正正地当上了“局长”。
中统局的人员众多，细胞不断分裂繁殖，最终形成了一个紧密的、有秩序的特务情报组织。中统局人事科科长孙翼谋曾这样说：“1941年的时候，中统局大概有13000名正式的调查人员。”拥有这么多成员，恐怕是陈立夫和徐恩曾最初都未曾想到的。后期的中统局，与起初只有几十人的党务调查科不能同日而语。据统计：当时中统局的本部有488人，实验区有137人，各省市有9655人，各部单位有2000人，民众团体有300人，外围骨干有690人，共计13270人。直到1945年叶秀峰取代徐恩曾，中统局的在编特务也有13270余名。
5.中统局的人事制度
为了组建一个庞大的中统局，徐恩曾实施了以下五种“招聘”制度。
第一种，开办训练班，如綦江训练班、米亭子情报人员训练班、荫庐电讯训练班、译电人员训练班、统计工作人员训练班等，通过这样的培训班，从国民党内部吸收骨干加入中统局。
第二种，公开招收，如外层粮食调查队的人员，就是借用粮食部的名义公开招考的，在该队的工作结束后，从其中挑选一部分，调入中统局工作。
第三种，国民党内部特务，在受到军统排挤后，到中统局任职。
第四种，原中统外围分子，提升为“调工”，吸收到中统局本部担任特务。
第五种，由中统其他部门官员或者中统特务私人介绍加入中统局。
数以万计的特务进入中统局之后，根据各自的特点又划分为五大类，这五大类包括调工、党员调查网、通讯员、外围分子和特情。
一、调工
所谓“调工”，就是调查工作人员，也就是“特工总部”时期的特工。凡是在“调工”人员登记表上登记并填报誓词，并交纳4张2寸免冠照片、写过自我介绍的，均可以称之为“调工”。可以说，“调工”是有名有姓有“身份”的工作人员。当然调工也分三类：专任专职、兼职、义务，这种划分方式基本按照现行的企事业公司的用人制度进行划分。
专任调工指现任的职业特务，这种特务也就是所谓的全职特务，所有的薪水由中统局支付。
兼任调工，后来大多转任财政、司法、党务和行政人员，这些人从事的特务活动与专任调工而言相对较少，属于兼差。他们除了一份兼职薪水和车马费、劳务补贴等，还有另外一份主业。
义务调工，这种是纯粹义务贡献型的特务，而且不收分文薪水。此类调工多数抱有个人目的，从而倚靠中统局，比如靠出卖情报赚钱或者利用特务掩护从事一些非法勾当。
以上三种“调工”均要在“调工人员登记表”上填写个人简历和誓词，以作备案，凡是日后做了违反规定或者誓词的事情，均会遭到严厉惩罚。
二、党员调查网
党员调查网是由暗藏在国民党党政机关的中统特务组成的，中统局对这些“渗透细胞”非常重视，由徐恩曾直接调配。党员调查网一般分布在各省机关以及党政单位中，由所在地的“特务室”掌控、调用。党员调查网的发展方式类似于现在的“传销”，比如发展一个人，可以得到相应的人头费。后来，党员调查网越来越大，据相关资料统计，有10万人之巨，俨然是一支浩浩荡荡的队伍。徐恩曾野心十足，为了在各地发展“渗透细胞”，规定各省“特务室”每年至少发展500个“细胞”，以扩大党员调查网。
三、通讯员
通讯员分学生通讯员和特约通讯员两种。学生通讯员通常指的是在校学生，此类通讯员由中统局第二组第四科主管，每年举办为期一个月的“暑期讲习会”，对这一类学生通讯员进行有目的、有计划的培训。特约通讯员则是最普通的基层通讯人员，这一类通讯员一般由省室第三科领导，人员广泛、数量极大，在全国有10万余人。
四、外围分子
外围分子指中统局的外围组织人员，比如有“三民主义革命青年社”和“学生生活社”等，参加这些组织的人员统称为外围分子。
五、特情
所谓特情，是“特殊情报工作人员”的简称。这一类人通常暗藏在革命团体以及进步团体中，是特务中最机密的一类，一般由徐恩曾等人直接调配。这一类分子通常采用“隐身术”，打扮成“进步人士”，混入进步团体。比较出名的代表人物有后来担任中统特务处副处长的黄九成、王惟礼等。特情的工作方法，一般分为“打入”和“拉出”两种。所谓“打入”，就是潜伏在进步组织里面，破坏进步组织；所谓“拉出”，就是对某革命团体或者进步团体中的人员进行有目的的绑架、暗杀以及策反等工作，将其成员拉至中统特务阵营。
中统组织的人事管理制度与众不同，作为一个特务机关，首先，它依照的是军事编制，徐恩曾是中将组长，而其下属也是校、尉等军衔。但搬到重庆之后，中统局既不属于文机关，也不属于武机关，属于国民党的党务机关。但中统的工作人员却享受不到党务机关的待遇，每人每月仅有110元钱的生活费。蒋介石拨发的机密费，主要用于搞破坏活动；中央秘书处拨发的经费，主要用于支付中统特务的薪水；财政部、交通部、经济部等拨发的专项资金，主要用于组织专项活动。中统局人员众多，又没有多少实业支撑，主要经济来源是政府拨款，所以中统局人员收入很低。