全面抗战爆发后，傅斯年除积极参与社会工作，为抗日救国贡献才智外，仍利用各种舆论工具表彰民族正义，贬斥妥协投敌的汉奸卖国贼，维护人间正气。1938年12月，日寇进攻山东，山东省政府主席韩复榘率军队稍作抵抗便南逃，驻守聊城的鲁西行署专员范筑先，不听从韩复榘撤退的命令，率部英勇抵抗日军进攻，终因寡不敌众壮烈牺牲，是最早在抗敌前线与日军作战殉国的高级将领。傅斯年闻范筑先在故乡为抵抗日寇英勇战死之际，既景慕又自豪，写了四首诗进行褒奖和颂扬，其中两首是：“受任孤危际，抚民水火中；歃血召英俊，誓死奏虞公；郡陷廿城在，北门管钥通；方期收河朔，何意殒方戎。”“立国有大本，亮节与忠贞；三齐多义士，此道今不倾。一死泰山重，再战浊济清；英英父子业，百世堪仪刑。”显然，傅斯年称颂的主要是范筑先抵御日寇、壮烈殉国的民族精神和忠义之气。时隔不久，祖籍聊城的张自忠将军，在湖北抗日前线指挥对日作战，壮烈殉国，成为中国抗日战争乃至世界第二次反***战争在前线战死的最高将领。傅斯年闻讯义愤难抑，特赋诗悼念，其诗曰：“泰山重一死，堂堂去不回，身名收马革，风日惨云雷；忠义犹生气，艰难想将才，中原谁匡济，流涕楚郢哀”。张自忠将军牺牲后，其弟张自明曾将张自忠的生平资料送给傅斯年，希望傅斯年撰文，表彰张自忠忠诚爱国的民族精神。傅斯年应允为张自忠写传记，褒扬张自忠高扬民族大义，与日军进行艰苦卓绝斗争的事迹。他与邓广铭等人讨论了撰写体例、基本观点，可惜由于环境条件不允，传记终未写出。傅斯年对范筑先、张自忠的褒扬和称颂，是对抗日救国烈士的允肯，从一个侧面反映了他个人的民族意识和爱国救国思想。
（二） 救亡图存的主张
1928年9月，傅斯年辞去中山大学教职，就任中央研究院历史语言研究所所长。10月，史语所迁至广州市东山恤孤院后街35号柏园，傅斯年从此开始领导史语所进行学术研究。1929年3月，为学术研究的便利，史语所迁至北平，6月正式定址于北海公园静心斋。在以后的两年多时间里，傅斯年领导研究人员重点对明清内阁大库档案系统整理和对安阳殷墟进行挖掘，全身心地投入到领导学术研究中。
1931年是中国的多事之秋，有人认为是天灾人祸内忧外患交相迭乘最不幸的一年。这年夏天，长江流域发生大水灾，淹没数省。天灾与人祸相连，国民党政权内部纷争剧烈，倾轧不已。蒋介石自1930年在中原大战中取胜，踌躇满志，欲大权独揽，实行独裁，遭到各派系的反对。3月20日，蒋介石因与立法院长胡汉民政见不合，将其囚禁于汤山，从而引起激烈的政争，其中最严重的是宁粤对立。胡汉民是广东人，亦是粤派政治势力的代表人物。胡氏被囚禁以后，以两广实力派为主的胡汉民派，联合各派力量与蒋介石集团进行了激烈斗争，先是胡系四位中央监委邓泽如、林森、萧佛成、古应芬发出弹劾蒋介石的通电，紧接着两派军政界人士互发通电，攻击指斥对方，遂成水火之势。此次政争愈演愈烈，直至9月，日寇发动“九一八”事变，国内政争仍在激烈进行。全国舆论因外患严重而对宁、粤双方进行抨击，双方害怕承担内争误国的罪名，遂产生妥协意向，正如当时人所评论：“直至九月十八日‘沈阳事变’发生，全国人心悲愤，一致要求团结御侮，共赴国难。至是宁、粤和平休战，始露曙光，亦外侮严重有以刺激之也。”“九一八”事变的第二天，国民党内部人士李石曾、张继、吴铁城致电粤方非常会议，要求“俯纳调停，共倡和平，临崖勒马，庶可转危为安。” 粤方随即发表通电，初步提出三个条件，即蒋介石下野、粤政府取消、以统一会议产生统一的国民政府。为促进谈判，蒋介石让陈铭枢携亲笔信，让国民党元老蔡元培、张继陪同南下，粤方汪精卫、孙科、李文范出面接待。蒋介石在信中强调：“唯愿诸同志以党为重，念危亡在即，各自反省，相见以诚，不复以昔日之龃龉为芥蒂，渡此漏舟覆巢之惨祸，无使几千年神明之胄，自我而斩；毋使亡国之惨，将为中山信徒只顾内争不恤国难之所致。”但谈判过程中各怀私意，电来信往，互相辩难，谈判进展缓慢，至10月底尚未解决。
自“九一八”事变，北方学术界深感国家危亡在即，全国应团结奋斗，在统一政府的领导下抗日救国，救亡图存。傅斯年此时走出书斋，投身社会，为抗日救国积极努力，同时关注政治，呼吁全国团结统一。他提出的两个理念曾产生重要影响，其一，中国现在要有政府；其二，中华民族是整个的。其用意相当明确，国民党政府内部政争不仅严重削弱了其统治能力，也严重影响全国抗战救亡的信心。傅斯年位卑未敢忘忧国，他致信蒋介石和胡汉民，要求他们以大局为重，迅速消除矛盾，共赴国难。致蒋介石的信中说：“值此国难，主席弘济艰难，和内抗外，国人钦感。近闻上海会议有挫折，此间学界不胜忧虑。强敌在东北权利之夺取，日在长进，统一实现倘延迟，则国家损失将更重。且国人愤怒之蕴聚，北方大局之复杂，统一如不即成功，势将一决不可收拾。且分崩之局安能信外，国际形势将无办法，幸主席速图之。”傅斯年信中没有涉及此次政争的是非及原因，只是陈述了国内的严重局势和全国上下的忧虑，言赅意深，爱国忧时之心溢于言表。致胡汉民等粤方代表的信中内容与致蒋氏的大同小异，要求统一的态度更为殷切。信中说：“闻和会有挫折，此事学界同人万分忧虑。下周日内瓦开会时，中国如尚在离析之状态，国际必不助我，从此地失国亡，人民愤怒所泄，诚有不能逆料者。先生等名总硕望，党国共钦。此次缔造和局，国人尤感大德，然和局尤要速成，不可一日延缓，幸先生等排除大难，匡济艰难，全国人心必归于持大体，祛小争者也。”就信的内容分析，傅斯年对胡汉民、汪精卫等人施加的压力更重，明确表示，若胡汉民、汪精卫不妥协，和谈不成功或久拖不决，造成外患加重，地失国亡，人民群众决不答应，胡汉民等要负丧权误国的责任。
这两封信当时是不是发出，蒋介石、胡汉民、汪精卫是否目睹，皆为未知，但却真实反映了傅斯年当时的思想与态度。从时间来说，此是傅斯年致蒋介石最早的一封信，也是傅斯年“九一八”事变后，积极参与政治的有力证明。
国民党政府政争双方经讨价还价，反复磋商，终于达成协议，分别在南京、上海、广州举行国民党第四次代表大会，最后结果是蒋介石辞职下野，林森为国民政府主席，孙科任行政院长。但在国民党内部，蒋介石、汪精卫、胡汉民三人担任中央政治会议常务委员；同时都当选为中执会常务委员。国家政府各院首长于1932年元旦就职，距胡汉民被囚禁达九个月之久，但宁、粤、沪三方合作组成的政府，不足一月就因孙科无力应付复杂局面辞职而再次解体。蒋介石与汪精卫应邀联袂入京，分负军事行政之职。
出任行政院长的汪精卫，因与蒋介石等人的新仇旧恨，时时遭到蒋氏集团的牵扯和掣肘。傅斯年与北方学人为全国团结御辱，不时发表言论，要求国民党政权内部各派系捐却前嫌，团结一致，领导全国民众图存救亡，同时对各种破坏统一和团结的言行进行批评。傅斯年在1932年发表的《监察院与汪精卫》、《中国现在要有政府》两篇文章中，除呼吁团结抗战外，对政府改革、消除内部分歧和政争坦率陈述了自己的思想观点。
1932年初，日寇进攻上海，遭到我爱国军民的坚决抵抗，史称“一·二八抗战”。后来敌我双方进行谈判，签订上海停战协定。国民政府监察院高友唐等4委员，弹劾行政院长汪精卫未经立法院批准便签字，汪精卫答辩说停战协定曾向立法院报告，同时向国民党中央执行委员会报告并征得同意。按国民政府组织法有关条款规定：“宪法未颁布以前，行政、立法、司法、监察、考试各院，各自对中国国民党中央执行委员会负责。”行政院是遵照中央执行委员会的决议而行使权力，是完全合法的。傅斯年对此评论说“此事之经过之最应使人不满意者，是它颇有掀动政潮的形迹，而监察权之行使，若有了政治作用，是极其不幸的事。”意即监察院弹劾行政院是违法的，且弹劾文书一经发出便即要求各报纸予以发表，证明弹劾具有政治目的。因为“此时正有一堆人在上海，专待机而闹；又有一般人在广州，专待机而闹，所闹皆是政争的闹……即是将上海协定作为政争工具的斗争。”傅斯年最后得出的结论是，国民党政府的根基是脆弱的，如果再有政争，很可能垮台，“政府一倒，我们实在想不起更能产生一个政府，然而此时外忧内患，断断不许无政府的。”
傅斯年在《监察院与汪精卫》一文中就事论事，对监察院弹劾汪精卫未经立法院批准便与日本签订停战协定，告诫监察院不要因此挑起新的政争，以免政府再次倒台，使中国救亡图存失去领导中心。一周后又发表了《中国现在要有政府》，对抗日救国须有统一的合法政府领导进行阐述。其核心论点是中国面临严重的内忧外患，“国难”尚不能形容其严重性，在此情况之下，须有统一合法的政府。也就是所谓最好的政府，组织领导全国人民救亡图存，中国能否不亡国亦很难断定，倘若“没有了政府，必成亡种之亡”。要求全国各界都要珍惜、维护政府，不要兴风作浪，做任何损害现政府的事，避免政府垮台，使中国陷于万劫不复之地。
（三）抗战时期的政治改革思想
傅斯年自留学归国后，对国民党政权的性质及统治方式，有了较为系统的了解。他认为，国民党政权名义上统一了中国，实际上内外一直处于混乱之中。他对此曾分析说：“国民党在民国十六年以来，以历史的及领袖人格的品质的关系，在表面的成功之下，自身破裂其组织，以至于建国固谈不到，而碰到空前的国难。国民革命军打到山海关的时候，真是朱洪武打跑胡元以来中国民族的第一个好机会。国民党的领袖人物如有知识与人品，中国又何至出数十万万的资财，数万人的性命，以供其‘家争’。‘家争的结果，国民党所存之革命性尚存几何，及国民党是否站在人民的立场上，天下共知’。”傅斯年的这番议论发表于1932年，正好是“九一八”事变发生一周年。众所周知，这时国民党政府的“家争”还没有完全结束，蒋介石和汪精卫虽联合执政，但汪精卫很快被排挤下台，各地方实力派与中央各派系互相倾轧，几年后又发生西安事变。直至“七七”事变，各派系才共赴国难团结起来，建立了以蒋介石为核心的独裁统治。可是对日作战的过程中，又暴露了许多弊端，蒋介石借抗日强化自己的独裁统治，当时社会混乱，专制必导致无治，各级政府，各种官员无法与中央保持正常联系，又没有系统的法规制度制约，结果上下一片混乱。
这时期傅斯年奔波各地，对社会混乱、失控的局面有较多的了解，便在国民参政会以提案和发表政论的形式呼吁改革，要求建立法规制度，实行法治，建立健全政治机构，实行政治机构化。他在一系列论著中表现了自己的政治改革思想。
（1） 明定各主要机构之职权，以明责任而责事功。傅斯年为国民参政会第一届驻会委员，1938年7月国民参政会第一届一次会议结束，他留在武汉，当时武汉保卫战正紧张进行，军队在武汉四周对日艰苦作战。而政府各机构聚集武汉，职权不分，责任不明，相当混乱，无法有力支持战争，更不能对政治、经济诸军政事务以合理部署。于是傅斯年联合部分驻会委员起草了一封致蒋介石的信，要求对各主要政府机构进行改革，以支持持久抗战。信中强调：“惟军事之成功，系乎政治之运用，政治若有重要之缺陷，则虽具精兵良将致命疆场，无以操胜利之左券。”他们要求蒋介石等主要领导人，总结历史经验教训，明确各机构职责，根据事功而进行赏罚进黜。傅斯年等人在信中对此进行了详细的阐述，他们说：“吾国历久之积习，每只问人而不问制度，故一事而属之数人，庶事或宗于一手。下夺上权，上侵下职，积习既久，浸成混乱。凡事之有利可图、有权可把持者，群争而众夺之；凡事之无利可图、无权可把持者，群去而众遗之；凡事之责任重大，乃至关系国家安危者，每自设法而避去之。及事之既坏，遂无以指明负责之人，而正其罪。且因此发生之磨擦，既易坐失时机，更每引起甚危险之人事纠纷。夫一手而操庶事，一事而归数人，固无人可尽其功，亦无人肯任其过，驯致上下推诿，左右争执，此在太平已可为寒心，此时尤不足以应付战局也。□□等不揣愚憨，敢请我公严明指定各事之负责人，且明定职权，其功归之，其过亦归之，既不容越权，亦不容避责。此所以增效能，振纪纲者也。”即要求各机构明定职权、责事功，根据事功进行奖罚和进黜，若此改革成功，既可以“固人心，增国力”，更可以发现和选拔人才，使抗日救国大业早日完成。
（2） 政治之机构化。所谓机构化，按傅斯年的解释就是政治上轨道，也就是政治统治法治化，政治行为规范化，克服人治和政治行为的随意性。
1938年，傅斯年联合其他参政员上书蒋介石，要求明定中央各机构职权，重责任而定事功，这是针对当时具体情况提出的，可以说是临时的、具有针对性的改革措施。而提出政治之机构化，则是根据当时政治特点提出的政治改革方向和长远目标。