另外，刘宗周把性说成是依气质而立的，其目的在于可以把善说成是一种生理需要，更为自然，并且把义理之性消解在气质之中，也符合他统合归一的思想倾向。如此，则人的私欲杂念皆成人伪，是后天习气所致。这样，“只有气质之性”的说法看上去是抬高了气质之性，但私欲并未因此而得到泛滥的理由，因为按照这种理论，私欲泛滥连生理上的根源也被否定了。只要不被后天之习所浸染，私欲是不可能泛滥的。如果刘宗周把前人所说的“气质之性”说成“习性”，把前人所说的“天地之性”或“义理之性”说成是“气质之性”，那么无论阐述如何流畅圆融，都只是说法上的创新，落实到实践层面上就不会有太大的不同。先儒“天地之性”和“义理之性”的说法其本意自然有强调此“性”的先天性和超越性的意思，但在实际操作中也很容易将个人后天无意识的内容混入，使人难以分辨。这是他们的问题所在。但这个问题在刘宗周这里并没有得到解决。刘宗周寓善性于气质之中，取消了其形而上的一面，只保留了其先验性，可是和前人没有考虑到个人后天无意识因素一样，刘宗周如何保证他所说的存在于气质之中的善性在实践中一定会是先验的呢？人仍然有可能将个人后天无意识的东西理解为先验的。并且，人为的为了使理论圆通一定要将善归于“气质之性”，将恶归于“习”，也很难真正应对今天对儿童临床观察的结果所带来的挑战。
（第三节 理、气与天人合一
一般说来，理气关系和心性关系是相互呼应的，从逻辑上看有什么样的理气关系就会有什么样的心性关系，理气关系是心性关系的基础。这在刘宗周的哲学体系中也不例外。但是在刘宗周的哲学体系中，是否是先有理气关系后有心性关系则很难说。因为虽然在刘宗周的哲学体系里我们可以清楚地发现理气关系相对于心性关系是逻辑在先，但事实上在刘宗周那里心性关系的重要性是高于理气关系的，所以逻辑在先并不一定是历史在先。
关于气，刘宗周有如下的论述：
或曰：“虚生气。”夫虚即气也，何生之有？吾溯之未始有气之先，亦无往而非气也。当其屈也，自无而之有，有而未始有；及其伸也，自有而之无，无而未始无也。非有非无之间，而即有即无，是谓太虚，又表而尊之曰太极。盈天地间，一气也。气即理也，天得之以为天，地得之以为地，人物得之以为人物，一也。人未尝假贷于天，犹之物未尝假贷于人，此物未尝假贷于彼物，故曰：“万物统体一太极，物物各具一太极。”自太极之统体而言，苍苍之天亦物也。自太极之各具而言，林林之人，芸芸之物，各有一天也。从前面这两段议论中，我们可以看出，太虚、太极、气在刘宗周这里是同一层次的概念，是可以相互转化的。太虚即太极，太虚即气；万物一气所生，物物各具太极；气聚为物，气散为虚，无非一气往来屈伸。这些观点基本上继承张载的“太虚无形，气之本体，其聚其散，变化之客形尔”（《正蒙·太和》）一说。其着眼点是反对“无中生有”，即所谓“虚生气”的观点。看来刘宗周对“无生有”的说法是很难理解的，他试图想象“未始有气之先”，但却如同钻入五里雾中一般，总也追溯不到“无”那里。所以他认为所谓的“无”只是气之散（伸），如同水化为汽，“无而未始无也”，是有而不见其形，“非有非无之间，而即有即无”。他对气的理解似乎就是指能量，聚则为物，散则为太虚，只是他赋予了这种气以精神的属性，乃所谓的“理”。刘宗周不认为虚能生气，因为这和无中生有一样不可解，另一方面，如果虚能生气，不论在理论上还是在实践上都会有蹈空的可能性。所以，从哲学角度看，对“虚生气”的否定是避免形而上化的必然手段。
这一点我们还可以从刘宗周的理气观、道器观看出。他说：
盈天地间，一气而已矣。有气斯有数，有数斯有象，有象斯有名，有名斯有物，有物斯有性，有性斯有道，故道其后起也。而求道者，辄求之未始有气之先，以为道生气。则道亦何物也，而遂能生气乎？或问：“理为气之理，乃先儒谓‘理生气’，何居？”曰：“有是气方有是理，无是气则理于何丽？但既有是理，则此理尊而无上，遂足以为气之主宰。气若其所从出者，非理能生气也。”盈天地间，凡道理皆从形器而立，绝不是理生气也，于人身何独不然？ 大《易》“形上”、“形下”之说，截得理气最分明，而解者往往失之。后儒专喜言“形而上”者，作推高一层之见，而于其所谓“形而下”者，忽即忽离，两无依据，转为释氏所籍口，真所谓开门而揖盗也。至玄门则又徒得其“形而下”者，而竟遗其“形而上”者，所以弊于长生之说，此道之所以尝不明也。
刘宗周在这里所批判的“理生气”的观点，是朱子一系学者的观点。在他看来，谓理为气之主宰则可，谓理生气则不可。不论是理还是道，相对于气而言都是后起者。按照刘宗周的排列，是先有气，然后才有数、象、名、物、性、道。性和道都是依物而有，在最后。但是刘宗周并没有讨论何以有这样的次序。“理在气先”的确是朱子的观点，但正如陈来所说的那样，朱子所说的“在先”是指逻辑上的在先，强调的是理的第一性。其实，所谓的先后是一个以时间为基础的概念，而朱熹所说的形而上的理世界并不同于物质世界，它没有时间可言，只可谓其有，而不可以先后论。并且，在朱熹那里，理和气虽打并在一起，但二者毕竟仍是两物，由于理世界没有空间可言，所以也是只可谓其有，而不存在在哪里的问题。所以毕竟物质没有了，理世界却仍然完好存在，是永恒的。而刘宗周则不同。在他看来，理在气后，不过这个后也可能是逻辑的在后，以突出气的本体地位。“理为气之理”就是点明理对气的依附性。对于刘宗周来说，一个悬空的理已经很难理解了，但最难以理解的还是理何以能生气。从思维难度上讲，它同“虚生气”、“无生有”差不多。朱熹本人对此也没有很令人信服的解说。按照今人的说法，这个“理生气”是“从本体论和逻辑上说，并不是讲生成论”。这个问题似也只好如此理解，但这给人一种朱熹在回避问题的感觉。刘宗周也正是因从此生成论的角度理解“理生气”，所以才发生了困难。并且，刘宗周认为程朱等人谈形而上谈得太多了，会犯佛家“蹈空”的毛病，但如果忽视了形上之理的主宰作用，只看到形下，那就会被肉身所左右，犯道家“恋生”的毛病。
所以，刘宗周在处理理气关系时一定要照应它们与心性之间的关系，为心性关系及工夫论寻求理论支持。
他先要做的就是打破理气一路和心性一路的隔阂，走一元论的路子，由理气关系证心性关系。他说：
理即是气之理，断然不在气先，不在气外。知此，则知道心即人心之本，义理之性即气质之本性，千古支离之说可以尽扫。而学者从事于入道之路高之不堕于虚无，卑之不沦于象数，而道术始归于一乎？这里是以理气关系解说道心、人心关系以及义理、气质关系，以呼应“不离人心而有道心”、“性只有气质，义理者气质之所以为性”的观点。这也就是说理、道心、义理之性是属于一类的概念，气、人心、气质之性是属于另一类的概念。相对应的各组概念之间的关系是一样的，这是各组之间的关系的归一。接下去的就是发展出一种横向的归一，将性与理、心与气打并为一，这样这些概念就裹在了一起。他说：
一性也，自理而言，则曰仁义礼智；自气而言，则曰喜怒哀乐。一理也，自性而言，则曰仁义礼智；自心而言，则曰喜怒哀乐。从这两句话中我们可以看出，在蕺山的哲学体系中，理即性，气即心。心的一气流行化为喜怒哀乐，而其性理就是仁义礼智。通过这样的联系，一般属于个人层面的心性问题就被提升到了宇宙的层面，而相对比较客观的属于宇宙层面的理和气就被赋予了道德意义。