两大会宗，三元合一。先五行而定位，配八卦以成能。仪象未生，理自存于混沌；质形既降，路实判乎阴阳。本相合而相离，遂不纯而不固。大顺推行，莫符地天之泰；僭差为用，难调雷风之恒。 电火飞扬，玉露飘空则伏；月光沉坠，斗枢动转还升。神龙摇首到咸池，灵龟喷浪；活虎轻蹄步南极，彩凤流音。种大树于中州，终成奇果；采神芝于北岸，蕴蓄异香。落在冥忘，如胶投漆；反归僭寂，若帷内灯。理本至奥，谁共探源；道非可离，自当索解。原夫五常迭运，犹是性体之流；六气安平，悉系性光之发。枝叶茂繁，当寻生生所自出；涓滴涌决，宜悟汩汩之从来。溯冲虚于崖谷，声应可达真灵；对冥漠于玄黄，机缄直符本相。去有象而归无形，大象依然如NFDA1；从至变而参不动，百变不易厥中。物物皆同，惟人独备；层层反转，入圣还真。性道之微，数言可括；配天之学，亿载难移。破却杂说纷纷，推到源头默默。不坠世途伪学，性自克完；欲依仙佛全修，命尤宜固。命基何在？耿耿元精；命蒂安归？绵绵真息。或遍三关而鼓铸，或作六合之恩波。清浊攸殊，分清自然别浊；盈歉靡定，由歉亦可求盈。刚柔成配对之能，动静司化行之柄。琼花未放，西池蓄聚金波；玉兔逢生，南宫收藏紫电。高高下下，相见咸休；忽忽飘飘，循环常续。任暑寒之倚伏，却邪恶之逼侵。药求长生，须认先天真种；道寻不灭，亦归太极全图。苟辨别之不明，恐持循而失实。是以细为剖析，杜绝歧趋；庶几进获安详，复完赋异。究之性者命之本，性定则命可修；命者性之基，命立而性始尽。性中之命，生发无穷；命里之性，回旋靡既。盈虚消长，互为其根；剥复升沉，迭相作用。到神气之相抱，见性命之归根。门曰希夷，不外抱元守一；功臻融化，是谓炼药还丹。此则天地之秘机！亦即人身之妙谛也！
注：
自此卷以下，皆言”性命“，性命问题在内丹学中非常重要，内丹学也被称为”性命学“，即一套以”性命双修“为特征的如何”成仙“的学问。”从道受生谓之性，自一禀形谓之命“《西山群仙会真记》，《道藏气功要集》（上），洪丕谟编，上海书店1991年版，第402页。 ；张伯端《悟真篇》自序言”故老释以性命学，开方便门，教人修种，以逃生死“王沐：《悟真篇浅解》，中华书局1990年版，第1页。 ；《乐育堂语录》原跋称”非阐明性命之学，无以唤醒群迷“《乐育堂语录》，《藏外道书》第25册，第751页。 ；其余如”神仙之学，不过修炼性命返本还源而已“《崔公入药镜注解》，《道藏气功要集》（上）第75页。 ；”炼丹之要，只是性命二字“《天元丹法·中和集》，《东方修道文库》，徐兆仁主编，中国人民出版社1988年版（以下凡引用《文库》只出书名与页码），第46页。 ；”夫学之大，莫大于性命“《天元丹法·性命圭旨》，第79页。 ；内丹学文献中对性命问题的强调比比皆是，真可谓”内外通来性命两个字，了却万卷丹书“《太极道诀》，第9页。《性命洞源》说的是内丹基础理论，《修性复命》说的是内丹修炼方法，《真体圆成》说的是丹成境界。所以《医道还元》后三卷其实就是内丹学卷。
要了解内丹学，首先要熟悉内丹学源流。中孚子按：中孚子是道学大德胡孚琛先生的道号。胡先生孚琛是笔者的博士后合作导师，内丹学之翘楚。《医道还元注疏》后三卷，作者因为内丹炼养实践不够而不敢妄言，故引请恩师中孚子之道语以为注疏。恩师理论圆融，更有几十年内丹炼养之实践，读者细参，必于内丹之修炼，大有裨益。 在《道学通论》”内丹学的源流“胡孚琛、吕锡琛：《道学通论》，社会科学文献出版社1999年版，第527—544页。 中有详细论述。中孚子曰：
内丹学又称丹道学，是唐末五代以来道教修炼的正宗功法，特别是宋元之际道派和丹派合一，内丹修炼成了道士终极的修持方术，其他各种炼养方法皆被斥为旁门小术。丹道学是道学中最高层次的学问，是穷理尽性以。至于命的仙道性命之学。明乎丹道，就抓住了道学的核心和精华，道学的八大支柱皆可融汇贯通，治国平天下之术乃仙家之余事。内丹学是中华道学的支柱，在道书中亦称”大丹“、”金丹“、”内金丹“、”还丹“等，并将外丹黄白术也融为天、地、人三元丹法的系统：内丹学开宗于伏羲、黄帝，祖述于老子，阐发于汉末魏伯阳，弘扬于唐末五代之钟离权、吕洞宾、陈抟，盛行于宋元之张伯端、王重阳、丘处机、刘永年等人，内丹家以”重铸阴阳，再造乾坤“的内丹法诀，掌握了盗取天机的生命逆转之秘，为人体生命科学和认知心理科学留下了宝贵遗产。
内丹学是中华民族传统文化的瑰宝，是数干年来神仙家汲取道、释、儒、医等传统文化的精华，形成的一种融道学的宇宙观、人生哲学、人体观、修持经验为一体的理论体系和行为模式，是一项为开发生命潜能和探究心灵奥秘而修炼的人体系统工程。内丹学是以道学的宇宙论、人体生成论、天人合一的生命哲学、天人感应原理和阴阳五行学说作支柱；以中国传统医学的气血、经络、穴位和腑脏学说为基础；以人体的精、炁、神为修炼对象；以太极、阴阳、三才、四象、五行、六位、七政、八卦、九宫、十干、十二支、二十四气等符号来描述修炼过程；以意守三丹田、通任督二脉、追求人体的和谐有序为入手工夫；以达到人和宇宙的自然本性契合，同道的一体化为最高目的；以进入仙人境界为奋斗目标。仙人境界是一种至真、至善、至美、最能体现生命价值的人生最高艺术境界，内丹学就是古代内丹家前仆后继、百折不挠地经过多少代人终于凿通的进入仙人理想境界的一条隧道。
中国古代学者经过数千年的修持实践，汲取儒、道、释、医等中国传统文化的精华，将自己的信仰、道德、哲理、方术、体验综合在一起，百折不挠地进行人类身体内在奥秘的探索，逐渐总结出一些指导修炼工程的内丹法诀，这是中国传统文化中至今闪烁着科学智慧光芒的宝贵遗产，是中国历代丹家苦苦探究宇宙自然法则和人体生命科学的智慧结晶。内丹学是寓道于术的文化体系，它要把老子的道家哲学变为内丹家养生修炼的生命体验。道教经书中有上千卷丹经，都是古代丹家为了同死亡作斗争，以人体为实验室。以精、气、神为药物，为揭开生命现象的本质和人类心灵奥秘而终生修炼的实验记录。历史上内丹家在异族进犯中原之际，为了延续中华民族传统文化的圣脉，将儒、释、道三教精华融为一炉，当作道教的修持程序以口诀秘传的方式保存下来，因之内丹学像集舞蹈、音乐、武术等为一体的传统京剧艺术一样，是一种特殊的文化现象。内丹学是道学文化中最核心的学问，是由普通人向具有特异体质的超人迈进的仙人之路。金丹大道是参天地、同日月、契造化、返自然、还本我、修性命的天人合一之道，它以系统完备的理论学说，逻辑严密的修炼程序，殊途同归的修持方法，比世界上所有宗教的修持方术都技高一筹。然而，由于历代丹家出于保护知识产权的需要，内丹学的内幕从未揭开，古丹经多用隐语、诗词等写成，内丹功法的关键法诀，又不写在书上，只在师徒间口口秘传，使一线圣脉，不绝如缕，对丹经的解释亦歧义百出。而今国内学术界已视内丹学为千古绝学，精于此道的学者寥若晨星。现在，全世界都在走向科学和文明的时代，罩在内丹学上的神秘面纱亦应被揭开，用现代科学和哲学的手段对它进行整理和研究，使它成为全人类的共同财富，为世界的和平和发展作出贡献。
内丹学源于远古氏族社会先民的原始宗教。由巫觋在祭神、疗病时的轻歌曼舞、针砭、行气、房中、吐纳、导引等活动演化发展而来。从阴康氏”教人引舞以利导之“（《路史》卷九），到出现”巫山之下，饮露吸气之民“（《吕氏春秋·求人》）；从赫胥氏（《列子》中称为华胥氏）部落的先民”含哺而熙，鼓腹而游“（《庄子·马蹄》），到王乔、赤松的”吸阴阳之和，食天地之精，呼而纳故，吸而求新“（《淮南子·泰族训》），在先民的原始宗教中播下了内丹学的种子。在内丹学中，后天的呼吸之气写作”气“。先天的真气、元气写作”炁“。社会上流传的气功大多是修持后天之气，而内丹功法是修持先天的元精、元气（炁）、元神的，所以内丹应是比一般气功高出一个层次的”炁功“。古时民智未开，人性纯朴专一，在原始宗教的气氛下更易诱发出人体的先天之炁，从而观察到一些内丹景象，这些景象加深了巫觋对丹功的认识和重复丹功内景的兴趣，自觉地总结出某些丹功法诀在巫觋中流传。《楚辞·远游》所载仙人王子乔、赤松子的行气之术，就是修持先天真气的古朴丹法。《楚辞·远游》云：”餐六气而饮沆瀣兮，漱正用而含朝霞；保神明之清澄兮，精气入而粗秽除。顺凯风以从游兮，至南巢而壹息。见王子而宿之兮，审一气之和德。曰：’道可受兮，不可传；其小无内兮，其大无垠；无滑而魂兮，徒将自然；一气孔神兮，于中夜存；虚以待之兮，无为之先；庶类以成兮，此德之门。‘“”内惟省以端操兮，求正气之所由；漠虚静以恬愉兮，淡无为而自得。“赤松、王乔所传功法，较之后世丹经更有独到之处。王船山《楚辞通释》云：”此篇之旨，融贯玄宗，魏伯阳以下诸人之说，皆本于此。迹其所由来，盖王乔之遗教乎？“足见丹功法诀，古已有传。
蒙文通先生《晚周仙道分三派考》云神仙之事，晚周已盛。南方（楚）为行气，称王乔、赤松；秦为房中，称容成、彭祖；燕齐为服食，称羡门、安期。三派之中行气之术最流行。盖燕齐方士虽重服食，但亦祟信”欲得长生，肠中当清“，”食谷者智而不寿，食气者神明不死“之说，于是也仿照《庄子》中记载的姑射山神人兴起吸风饮露的服气（又名食气）之术，渐和行气派合流。《淮南子·泰族训》说：”王乔、赤松，去尘埃之间，离群慝之纷，吸阴阳之和，食天地之精，呼而出故，吸而入新，蹀虚轻举，乘云游雾，可谓养性矣。“1973年长沙马王堆汉墓出土的帛画《导引图》，绘有四十多幅各种姿势的行气导引动作，实是古代巫觋流传下来的养性之术。这种养性之术能激发人体真气，调和真阴真阳解除疾病，如加以系统整理，可用作内丹筑基功。内丹学就是神仙家将王乔、赤松的行气术，彭祖、容成公、玄女、素女的房中术，羡门高、安期生的服食术相互融汇升华而成的。
先秦时期的《老子》和《庄子》是为内丹学的理论和功法奠定基础的著作。老庄学派的思想体系和”道“、”虚“、”静“、”无“等范畴，精气神等概念不仅为内丹学所沿用；而且其中”致虚极，守静笃“，凝神、守一、坐忘、心斋等修持工夫也被汲取为内丹法诀；老庄倡导的圣人、真人、仙人的境界更是成了内丹家遵循的行为模式和理想的目标。《老子》、《庄子》不仅有理性思维的哲学境界，还有直觉思维、回归自然的艺术境界，而且有清静无为、与道合一的功夫境界。《老子》书中有”专气致柔“、”抱一“、”涩精“、”玄牡之门“、”谷神不死“、”长生久视“等内容，这和《列仙传》谓”老子好养精气，贵接而不施“之说相合，是兼综行气和房中的内炼工夫。《老子》云：”含德之厚，比于赤子。毒虫不螯，猛兽不据，攫鸟不搏。骨弱筋柔而握固，未知化牡之合而朘作，精之至也。终日号而不嘎，和之至也。知和日常，知常日明，益生日祥，心使气日强“ （ 五十五章） 。这说明《老子》的修炼功夫已简要反映了阴阳丹法的境界。《庄子》书中的内炼功夫偏重清修，具体功法多见于《养生主》、《刻意》、《在宥》、《达生》等篇。《在宥》篇述守一之术云：”无视无听，抱神以静，形将自正。必静必清，无劳汝形，无摇汝精，乃可以长生。“《人间世》述”心斋“之法云：”若一志，无听之以耳而听之以心，无听之以心而听之以气 ！ 耳止于听，心止于符。气也者，虚而待物者也。唯道集虚。虚者，心斋也。“”瞻彼阕者，虚室生白，吉祥止止。“这些话，突出反映了内丹清修的功夫境界。《大宗师》云：”堕肢体，黜聪明，离形去知，同于大通，此谓坐忘。“又说：”吾犹告而守之，三日而后能外天下；已外天下矣，吾又守之，七日而后能外物；已外物矣，吾又守之，九日而后能外生；已外生矣，而后能朝彻；朝彻，而后能见独；见独，而后能无古今；无古今，而后能入于不死不生。杀生者不死，生生者不生。其为物，无不将也，无不迎也，无不毁也，无不成也。其名为撄宁。撄宁者，撄而后成者也。“其功夫境界步步增高，开发出人体潜能。老庄之学为后世自身清修派和同类阴阳派内丹家所宗决非偶然，老庄书中有关炼养的名句一直是内丹法诀的纲要。
先秦时的内丹学文物，还有天津历史博物馆所藏一块传世玉器，上面的铭文男女双修丹派和清净丹派有不同理解。《行气玉器铭》云：”行气——吞则蓄，蓄则伸，伸则下，下则定，定则固，固则萌，萌则长，长则退，退则天。天几春在上，地几春在下。顺则生。逆则死。“依清净丹法，谓行气之法，当凝神聚气，运降丹田，入定凝结，萌生真气，逆转督脉，上升泥丸。以天（首）为鼎。以地（腹）为炉，依阴阳之机而修炼。顺此道者便延年，反之则损寿。另外，著名的《黄帝内经》和《黄帝阴符经》，其中也隐含有内丹法诀，今人尚少鉴别。《管子》中将心灵炼养之术直称为”心术“，这比道教中”气术“的提法更切中要害。历史资料证明，秦汉方仙道已秘传内丹修炼之术，这也可在《太平经》、《老子想尔注》等道书中找到踪迹。
严遵的《道德真经指归》，将先秦道家学说向内丹学过渡架起了桥梁，开始将老子道的学说内化为人的心身体验。严君平说：”故人能入道，道亦入人，我道相人，沦而为一。守静致虚，我为道室，与道俱然，浑沦周密。“（《道德真经指归》卷九）这是要人在修炼中净化灵魂，缩小与道的心理距离，直室以人的朴素本性与宇宙的本性契合，把握整个宇宙精神，将自己的心身融汇于道的自然境界之中。而后《老子河上公章句》等书，对人的精、气、神修炼之术多有阐发，为内丹学理论体系的形成做了准备。
自先秦至汉代道教产生以前，是内丹法诀的初传时期，也是内丹学理论体系形成的准备阶段。这一时期的汉代术数学，特别是五行家驺衍的阴阳五行学说和天人感应原理，以及象数易学的发展，为内丹学莫定了理论支柱。
自东汉道教创立至隋唐，是内丹学理论体系的形成时期。在这段时期修炼先天真气的内丹功法尚不占优势，内丹之名称也未确立。当时道教中修仙的方术杂而多端，各种气功流派竞起，百花齐放。修道者逐步将体内能萌发先天炁的关窍认作”丹田“，开始同流行的金丹术相比附。”丹田“一语，出现较早，《素问·遗篇本病论》中有”神游上丹田“之说，边韶所撰《老子铭》中也有”存想丹田“的话。同时”丹田“一语还见于蔡邕为祀王子乔墓而撰写的碑文和医学家张仲景的《金匮要略》，可知东汉时修道者已有存思丹田的功法。”丹田“的名称既立，说明道学中已将体内的真气运行法视为炼丹了。自此内丹功法一线圣脉，不绝如缕，不断完善其理论体系，一直传至唐末五代，才突然大放异彩，压倒一切旁门小术，成为道教最正宗的功法。