佛性是本有还是始有，大乘经典历来说法不一，甚至同一部涅盘经的说法也颇多出入。南北朝时，有的佛教学者为了弥合两种说法的矛盾，变换分析角度，运用调和手段将两者统一起来。如成实论师就提出“本有于当”的说法，认为就众生必能成佛之理来说，佛性是本有，就成佛是在当来而非现在来说，佛性是始有。地论师内部因对阿赖耶识看法不同，对佛性本有始有的看法也产生分歧。后来有的地论师学者则把佛性为分理性和行性两种。“理”，指妙理，本体。“行”，指修行，实践。认为理佛性是非造作的，是本有；行佛性是依靠修行而成的，是始有。以上都是佛性既本有又始有，亦本有亦始有的调和说法。
佛性本有始有之争，从哲学思维来考察，其实质主要是关于人性、人的本性、人的善性是先天具有还是后天才有等问题的分歧。这也是思想界长期争论不休的老大难问题。由于着眼的角度、对象的不同，一部人类文明史就这个问题进行了长时间的探讨，异说纷纭。佛教关于这个人性问题的争论，正是思想界在这个问题上争论的重要组成部分。
关于阿赖耶识
［注释：南北朝时译文多用“阿梨（黎）耶识”为统一起见，除引文外，一律用“职赖耶识”。］的歧解与争论
南北朝时代译出了大乘瑜伽行派的大量典籍，其中以真谛译的无著撰《摄大乘论》和世亲撰《论释》，对佛教义学影响最大。《摄大乘论》借助于解释古印度《大乘阿毗达磨经·摄大乘品》来阐发瑜伽行派的观点，宣扬阿赖耶识能变现万有，即一切万有都缘起于阿赖耶识的思想。又如菩提流支等译的《十地经论》，是世亲对《华严经·十地品》的注释。译出后的影响也甚为深广。该品主张“三界虚妄，但是一心作”［注释：《大方广佛华严经·十地品》，《大正藏》第9卷，558页下。］。“心”，指眼、耳、鼻、舌、身、意六识，而世亲把“心”解释为人们的根本义识——阿赖耶识，强调第八阿赖耶识是众生获得解脱的关键环节，应从阿赖耶识处而不是其他的识去求得解脱。阿赖耶识作为瑜伽行派的根本观念和基本范畴，受到中国学者尤其是地论师和摄论师的重视，并且对阿赖耶识究竟是清净的真识，还是染污的妄识，展开了争论。这一争论又与佛性问题的探讨密切联系在一起，成为佛教思想界辩论的重大问题。
一、阿赖耶识真妄辨
吉藏在评论地论师和摄论师的心识论时说：
又旧地论师以七识为虚妄，八识为真实。摄大乘师（即摄论师）以八识为妄，九识为真实。又云：八识有二义：一妄，二真。有解性义是真，有果报识是妄用。《起信论》生灭无生灭合作梨耶体。《楞伽经》亦有二文：一云梨是如来藏，二云如来藏非阿梨耶。［注释：《中观论疏》卷7，《大正藏》第42卷，104页下。］
意思是说，地论师以世亲的《十地经论》为主要根据，认为阿赖耶识是真常净识，如同佛性、如来藏。它是不为烦恼所染污的、常住不变的精神本体，而前七识则是虚妄的、生灭变化的。为了说明阿赖耶识产生前七识的问题，地论师又说阿赖耶识是一个真妄和合的心体。即清净、真实的阿赖耶识为染污、虚妄的无明、烦恼所覆盖。其中清净、真实的本性是产生前七识和万法的根据，而无明、烦恼只是辅助条件。后来地论师内部又出现两种观点，分裂成两派：一派主张阿赖耶识的真识本质部分（真如、法性）生起前七识和万法，史称南道地论师；一派主张真妄和合的阿赖耶识全体生起前七识和万法，史称北道地论师。摄论师的看法是，以阿赖耶识为妄，并在八识外另建立第九阿摩罗识为真，为如来藏。地论师以真如为事物现象的生因，阿赖耶识为众生成佛的根据。
摄论师则以第九识为一切事物现象的本原，以第八识为一切烦恼的根据。这是同样主张唯识学说的两派在阿赖耶识问题上的重要区别。
摄论师所立第九阿摩罗识，即无垢识或净识，也就是真如佛性。第九识是以阿赖耶识中纯净的识分出而立的。第九识是真如和能观真如的正智的结合。摄论师认为，众生若能不断发展阿赖耶识中纯净的识，对治阿赖耶识中的妄染识，就可证入阿摩罗识而成为佛，即转阿赖耶识之迷而回归觉悟的清净阶位。由此摄论师又说一切众生都有佛性，没有永不成佛的众生。
摄论师还受《起信论》和《楞伽经》的影响，把阿赖耶识视为真妄的统一体，主张真妄和合说。所谓真是指“解性义”，解性，指解脱的本性，是一种产生佛法、善性、佛果的因子。所谓妄是指“果报识”，果报识是指众生轮回的主体。摄论师认为，阿赖耶识是由生死轮回和成就佛果的两种因素构成。这也就是说，阿赖耶识虽是妄识，但妄识中也有一份纯净的识存在。地论师肯定阿赖耶识的本质是真实的，虚妄的烦恼是后天的；摄论师认为阿赖耶识的本质是虚妄的，其纯净的识是由第九识（如来藏）的流变而残存下来的。这是两派的又一重要区别。但是，北道地论师也视真妄和合的阿赖耶识全体为万法生起的因，这和摄论师的主张颇为相近。到了唐初，北道派和摄论师也就合流了。
二、阿赖耶识与佛性
中国佛教学者由于对阿赖耶识的性质、作用持有不同的看法，因此也导致了对众生佛性看法的分歧，形成当常说和现常说的对立。“常”是佛性的异名，“当”是当果，未来果，“现”是现果，现世果。“当常”即说未来有佛性，“现常”即是现在就具有佛性。“当常”与“现常”的争辩，即佛性始有和本有的争辩，是地论师内部南北两道派别理论争辩的焦点。
当常说是北道地论师的主张。如上文所讲，此派认为阿赖耶识是前七识和万法的依持，是产生前七识和万法的本原。阿赖耶识是真妄的合识，它的本质虽和佛性、如来藏没有什么区别，但是并不具足成就佛果的各种功德，这种功德是后天修持才有的，众生的佛性是众生具足一切功德成佛之后才有的，是当果而观，后天始有。
南道地论师主张现常说，反对当常说。此派也认为阿赖耶识本性即真如本性，是前七识和万法的依持，也是产生前七识和万法的本原。但又认为，阿赖耶识本性即真如本性本来就具足成就佛果的一切功德，不是众生后天修持才有的。众生的佛性是与生俱有，现果而有，即先天而本有的。
由上也可见，阿赖耶识作为众生的根本识，究竟是净是染，它与一切现象是什么关系，和佛性又是什么关系，和烦恼又是什么关系，确是不易圆满说清的问题，在不同派别甚至同一派别内部发生看法的分歧是必然的。阿赖耶识观念的流行，也标志着中国佛教学者不只是直接从众生成佛的根据（佛性）去探讨成佛的问题，而且也从众生的根本义识去探究成佛的问题。这是两个有所区别的角度，而且也从众生的根本义识去探究成佛的问题。这是两个有所区别的角度，它们是互补的。如果说前者侧重于阐述众生成佛的可能性的话，后者则是侧重于阐发众生成就为佛的关键——如何调整、改造或显示主体的深层意识。这确是一个大问题，阿赖耶识说在当时和后世，对中国佛教思想的影响是不小的。
真心本觉的提出与阐扬
真心本觉系由《大乘起信论》一书提出，该书题为印度马鸣菩萨道，真谛译。然对于该书的作者，历来有不同的说法。从内容看来，论中所谈的“如来藏缘起”等重要思想，和马鸣主空、无我的思想并不相类；《马鸣菩萨传》中也没有说他造《大乘起信论》的记载。又论中译语和真谛译的《摄大乘论》、《佛性论》等用语并不一致，译出的时间和地点，记载混乱。据此，隋代以来不断有人提出疑问，有的学者并论定为中国人所作，我们也倾向于赞同这一说法。