《大乘起信论》的出现和流传并不是偶然的。如前所述，南北朝时涅盘师宣场佛性说，地论师主张如来藏说，摄论师提倡阿赖耶识（藏识）说，此外还有楞伽师根据《楞伽经》主张会通如来藏和藏识两说的对立。［注释：《楞伽经》认为“阿梨耶识名如来藏”，又提出阿梨耶识有染有净两面，由净的方面立真实的无差别的本体界，由染的方面立虚妄分别的现象界。见《大正藏》第16卷，510～512页，599页中、下。］这些说法都充分表明，当时中国佛教对众生的心性、本性的染净、真实缺乏统一的看法，这无疑是关系到佛教统一义理和流传发展的大问题。《大乘起信论》就是要调和各派尤其是地论师和摄论师的矛盾，要解决如来藏和藏识的异同问题。它从禅观的角度总结有关的心性异说，阐扬一心生万法的“一心二门”说和众生成佛根源的真心本觉说，进而自成一套理论与实践相结合的心性论体系。全书涉及的内容相当广泛，下面只着重论述其真心本觉思想，至于一心二门说则留在宇宙论部分叙述。
《大乘起信论》作者一反千百年来的陈陈相因、渐次修持的慢工夫路子，径直从“佛者其义为觉”的“觉”字上深入，向心性层次用功，提出了真心本觉说。
《大乘起信论》宣扬阿梨（赖）耶识有觉与不觉两方面，“觉”是指“心性不生不灭”方面，与之对立的“不觉”是指“心生灭”方面。觉又分为本觉和始觉两种。“心性不生不灭”即人心本来的状态，心真如，如来藏心。心真如，或如来藏心是超越差别的绝对存在，原来并无本觉和始觉之分，但从生灭门来看，由于心受无知妄念的污染，而产生了各种差别现象，因此在阿赖耶识中又有本觉和始觉的区别。同时，心虽由于无知妄念而生起种种差别现象，但是心的觉体——远离世俗差别心念的清净体并无损坏，始终保持着本来觉悟、觉性，即本觉。本觉是阿赖耶识中如来藏心（真如心）的体性，即真心的自性，本觉实指真心本觉。真心本觉说是《大乘起信论》的根本思想之一。
“觉”，通常是觉察、觉悟的意思。《大乘起信论》所讲的本觉是指本来觉知的清净心体。此觉体远离妄念而作用朗然。文说：
所言觉义者，谓心体离念。禽念相者，等虚空界，无所不遍，法界一相，即是如来平等法身；依此法身，说名本觉。［注释：《大正藏》第32卷，576页中。］
意思是说，“觉”是一切众生的自性清净心体，远离妄念，同于虚空界而无所不遍，一切现象都等同一相，这也就是“如来平等法身”。“法身”以佛法为体，佛法是真如的“理”，理是智慧的结晶，这种智慧结晶也叫做“觉”。这是由法身说名为“本觉”。从这一界定来看，“觉”是智慧直觉，就是“离念”，也就是“无念”。“念”是“心动”，“离念”就是心不起动。本觉就是众生本来离念的、觉悟的本性、功能、境界，就是指成就佛果的智慧、心境。
《大乘起信论》从作用和体性，即随染和性净的角度，还把本觉分为两种：随染本觉和性净本觉。
随染本觉是依妄染的污秽而显示本觉的体相。这种相又有两种：智净相和不思议业相。智净相是本觉随染还净的相，具有破除妄染显现清净的功能，是一种“显现法身”的纯净智慧。不思议业相，是显示本觉业用的相，能依智净相而作不可思议的“一切胜妙境界”。
性净本觉，即本觉的性德，指远离一切心念、杂染，本自清净，能显现无限作用，表现出众生一心的本体、相状和作用三者的无限广大。《大乘起信论》以镜喻觉，借用四面镜子来彰显性净本觉的四种大义［注释：详见《大正藏》第32卷，576页下。］：一是如实空镜。谓如空净的镜面，不映现任何外物；性净本觉的心体远离任何心念，也必定远离任何与心相应境界的事相，绝对清净无垢。二是因熏习镜。“因”，内因。“熏习”，指经验、势力熏附残留在人心识上的作用。这个比喻是说，犹如镜面不空，如实映现境界的事相；性净本觉的心体常住、真实，又具足远离烦恼的清净法（“无漏”），以之为“因”而可熏习众生，这种内作用，能使众生厌生死，乐涅盘。也就是说，本觉是众生成佛的内在驱动力。三是法出离境。谓如拂拭尘垢，而令镜面明净；性净本觉从妄念、烦恼的障碍中了脱而出，远离染净和合的事相，而清纯净明。四是缘熏习镜。是说如镜面已经拂拭干净，便可映照万象而为人受用；觉体已不受烦恼等障碍的覆蔽，清纯净明，可以照遍众生的心而随时示现，即成为劝导众生勤修善根，生起始觉之智的外缘熏习。
以上四镜中的前两镜是显示隐没在烦恼缠缚之中（“在缠”）的本觉，其自性始终清净无染。后二镜是显示从烦恼缠缚中解脱出来（“出缠”）的本觉，远离烦恼垢染而清纯净明，与前面所述随染本觉的智净相、不思议业相同义。四缘中的二、四镜，讲因熏和缘熏，是指回归本觉智体的内因和外缘，也就是说，本觉内在的净熏是因，能生起始觉，同时本觉也是生起始觉的外缘熏力。由此可见，本觉应是众生本有的、含摄一切世间境界的本原，也是众生由染转净，出离生死，解脱成佛的内因和外缘。
与本觉相对称的是始觉。所谓始觉，是指众生经过后天的修持，逐渐破除无始以来的妄念杂染，而觉知先天具有的心源，是一种开始返归清净体性的智慧。若能断尽妄染，始觉与本觉相合为一，便成就了“始本不二
”的大觉，也就进入所谓成佛的境界了。
本觉与始觉合称为觉，与觉相对称的是不觉。如前所述，在本觉与始觉的关系中，实际上已逻辑地存在着不觉，因为有不觉才有始觉。为配合大乘菩萨修行的不同阶段，《大乘起信论》又把始觉分为多种，第一种就是不觉。不觉指的是“谓不如实知真如法一致，不觉心起，而有其念”［注释：《大正藏》第32卷，577页上。］。意思是不觉就是迷失了真如，从而不能知觉万法的本体，其表现是有“念”，即心存妄念。“念”就是“不觉”，就是“无明”，念、不觉、无明三者是同等意义的概念。不觉的表现有三：一是“心动”，心的起动，即有“念”，念即造业而产生痛苦；二是“能见”，即分别境界的功能；三是依能见而妄现“境界”。在此基础上又有多种粗劣的表现，以致众生轮回不已。不觉又分二种，迷失真如的无明（无知），是根本不觉。由根不觉生起的虚妄执著，是枝末不觉。《大乘起信论》说，众生依枝末不觉而起造惑业，从而蒙受生死流转之苦。若能依靠本觉的内因与外缘作用，消除无明，无念无相，即由不觉转为觉，从而获得解脱。众生之所以有这两种不同命运，涉及“真如”与“无明”互熏的理论，《大乘起信论》说：
真如净法，实无于染，但以无明而熏习故，则有净用。［注释：同上书，578页上。］
意思是，真如因受无明的熏习而有杂染的形相，这是众生生死流转的原因；无明受真如的熏习而有清净的功用，是众生出离生死的原因。众生超凡成圣，就是真如熏习无明，泯除不觉显现本觉的转化过程。
综上所述，《大乘起信论》真心本觉说的中心是阐述众生心性的本质（本觉）及其与众生成佛的关系。它强调人心作为万法的本原、本体，其本性为“本觉”。此心在众生未成佛时，为妄念烦恼所覆蔽不显，但其觉性并不受任何损害，妄念烦恼一旦消除，也就恢复了真心本觉的原来面貌，进入成佛境界。这里，《大乘起信论》提出了一种新的心论——真心本觉说，而且这种学说又建立在宇宙万法本原论、本体论的基础上，更是包含了多重哲学意义。
真心本觉说的提出，标志着中国佛教思想的独创性与成熟性，并成为中印佛学在心性论上的根本分歧点。［注释：吕澂先生首先提出并非常强调这一点，参见所作《试论中国佛学有关心性的基本思想》，见《吕澂佛学论著选集》（三），1413～1424页，济南，齐鲁书社，1991。］印度佛学多持心性本净说，并且侧重于从消除烦恼的嚣动来论心性本净，认为本净就是寂灭、寂净。性净说也可称为“性寂”说。《大乘起信论》用真心本觉解说心性本净，可称“性觉”说。性寂说偏于消除烦恼、痛苦，性觉说则重视开发智慧、觉知；性寂说注重日积月累的修持，性觉说则强调返归心性本原，性寂说为众生成佛提供了可能性、当然性，性觉说则为众生成佛论证了现实性、已然性，这都显示出对众生修持成佛的根源和不同看法与主张。
《大乘起信论》是对隋唐佛教主流宗派影响较为广泛而深远的佛学著作，这的真心本觉说不仅与中国固有“反求诸己”思想相一致，而且成为了天台宗、华严宗、禅等诸宗的理论基石之一，也为净土宗人所弘传，形成为唐代以来中国化佛教思想的核心理论，影响了中国佛学的演进。真心本觉说后来又获得不断的发展，如衍化为圆觉说、无情有性说、即心即佛说等，成为中国佛教哲学思想的重要内容。