第一，薪酬机制不合理。当前辅导员薪酬机制不合理的地方主要在于：一是薪酬依据欠客观。目前，许多高校以职称、职务作为高校辅导员津贴分配的主要依据，决定津贴的多少往往是身份，而不是工作绩效。只要职称、职务相同，就可获得相同的津贴，而岗位职责、工作业绩和贡献大小只要考核合格，就可以取得相应的津贴。如果薪酬机制主要与辅导员身份相关，就不能真正体现其工作任务的大小和质量的好坏，不能很好地激励辅导员把主要精力放在做好本职工作上，还有可能导致惰性，阻碍创新。二是薪酬体系欠公平。辅导员与教师、科研队伍在高校建设和发展中处于同等重要的位置，就工作强度而言，辅导员工作强度不亚于教师与科研人员，同等重要的工作，但得到的回报却不相同，薪酬的相对不公平，对辅导员的工作积极性难免产生一些负面影响。三是薪酬形式显单一。一般来说，辅导员的收入主要为工资和岗位津贴，缺乏浮动收入；而教师、科研人员除基本工资外，还有科研经费、课时补助等。
第二，考评机制不科学。考评是科学管理和评价高校辅导员的必要环节。科学、全面的考评机制有利于强化辅导员工作的责任，激发其工作的活力，提高其工作的实效。作为辅导员激励机制的重要手段，对辅导员进行考评的最终目的是激励辅导员更好地履行岗位职责。然而，有研究者认为，目前对辅导员工作的考评目的不明确，考评指标不全面，考评方法不完善，考评过程流于形式，考评结果缺乏可信度，致使考评机制不能发挥其预期的激励作用。
第三，竞争机制不健全。由于受高校内部与外部环境和人事管理体制的制约，还没有建立起辅导员能进能出、收入能高能低、职称职务能上能下的用人机制。如辅导员一旦上岗，基本上仍是终身任用，至今高校向社会辞退辅导员的法规还未健全，因此优胜劣汰的辅导员竞争机制几乎无法操作。
第四，发展机制不明确。个人职业发展是辅导员的重要激励要素。发展机制不明确就是辅导员看不到未来发展的美好前景，不能把这一前景与当前的工作学习和未来的个人发展联系起来，进而不能更好地激发辅导员为实现这一前景而努力工作。目前的现实情况是辅导员的晋升与发展面临着边缘化的危机。高校辅导员是教师，也是管理干部，其晋升主要体现在专业教师岗位和行政岗位两个方面。然而一方面由于辅导员工作任务繁重，没有充裕时间进行教学、科学研究，教学、科研成果较少，在职称评定上处于劣势；另一方面由于目前高校的辅导员管理体制和培养制度不够健全，政策不够完善，使辅导员在行政职务晋升上也处于不利位置。另外，学校在各种资源的分配上也往往会倾向于职称高、职位高的“强者”，辅导员很难获得科研项目、业务培训、进修深造、参加学术会议以及出访考察的机会。
2.高校辅导员激励机制存在问题的原因
高校辅导员的激励是一项系统性的工作，要受到方方面面因素的影响和制约，目前高校辅导员激励机制存在问题的原因主要来自于社会、文化、观念、管理以及辅导员自身五个方面。
第一，社会的认可度不高。在我国社会，大学教师是社会最受尊敬的职业之一，提起大学教师，人们就会肃然起敬；而谈起高校辅导员，很多人则不以为然，认为那是一种临时性的或兼职性的工作。虽然近几年中央相继出台了一系列文件，但是，“保姆”、“救火队员”、“勤杂工”等称号折射出高校辅导员职业的社会认可度并不高的事实。由于辅导员的职业声望较低，辅导员对自身的职业认同感普遍不高。较低的岗位认同和自我认同，对辅导员的工作积极性和主动性产生消极影响。
第二，中国传统文化中缺乏激励思想。中国传统文化博大精深，但其中一些偏执的东西给辅导员的激励产生了不可忽视的负面影响。一是我国传统文化过分强调内在激励，而忽视外在激励。如孔子说：“臣事君以忠”，孟子也说：“劳心者治人，劳力者治于人”，这种重义务而轻权利的伦理道德，表现在激励理念上就强调个人的自我激励或者说是内在激励，而忽视外在激励。二是传统的“中庸之道”不利于优秀辅导员脱颖而出。传统的“中庸之道”和人生观使得人们在工作中循规蹈矩、低调处事，受这些思想观念的影响，很多辅导员在日常工作中都抱着“不求有功，但求无过”的态度，学校对辅导员的管理上也重平均、平衡，不利于优秀辅导员脱颖而出。三是传统的集体本位主义抑制了辅导员创造性的发挥。集体本位的思想要求个人服从集体，为了达到整个集体的整齐划一，必要时要不惜牺牲个人正当利益、泯灭个体的独立意识，因此缺乏个性色彩。这在对辅导员的组织管理上表现得尤其明显，强调辅导员个人服从组织安排，辅导员作为个体的许多正当需求得不到尊重和满足，个体独立意识被忽略，独立人格举步维艰，辅导员在工作中的创造欲望被压制了。
第三，学校领导管理层激励认识上有偏差。一是学校领导管理层对辅导员的重要性认识不足。受传统应试教育重智轻德的思想影响，学校较重视对学生专业知识的传授，在一定程度上轻视了思想政治教育对学生成长、成才的作用，没有从长远的、战略的眼光来看待辅导员工作的重要意义，这直接影响了辅导员在高校中作用的发挥、地位与待遇的提升、职称的晋级等。二是管理者的激励管理意识不强。长期以来，我国高校在内部管理上普遍采用自上而下的层级管理，严格的权威等级，稳定的规章制度。也就是说，只要一切严格依照规章办事就能达成组织目的，理性就意味着效率。在这种管理模式下，管理者必然缺乏激励意识，也就没能有相应的激励行为。
第四，学校管理存在欠缺。一是缺乏科学的管理体制。在实际工作中，辅导员管理体制实行的是校、院(系)两级条块管理，造成了辅导员工作界限的模糊不清，工作重心本末倒置，无法很好地履行自己的工作职责。二是缺乏相应的约束机制。良好的约束机制可以有效减少甚至杜绝不符合组织期望与利益的行为发生。但是，在实际管理中，很多高校都偏重于辅导员奖励制度建设，很少涉及辅导员惩罚制度；或者虽然有完整的辅导员奖惩制度，但在实际执行中，管理者往往碍于情面，很多惩戒措施不能得到严格执行，惩罚制度往往不能真正发挥出其应有的约束作用，这就削弱了激励的效果。三是实际管理中存在诸多问题。如辅导员在工作中得不到应有的成就感、对辅导员的评价带有浓厚的个人感情色彩、奖励制度缺乏公开、公平等。
第五，辅导员自我职业认同感差。职业认同是个人对自己职业的肯定性评价，是个人发展的内在激励因素。它能形成一种持久、稳定的内在驱动力，是一个人做好本职工作、达成组织目标的重要心理基础。一些调查结果显示，当前我国辅导员的职业认同感普遍偏低。这样的辅导员思想不稳定，信念不坚定，很难把全部精力和热情投入这份事业中去。
3.完善高校辅导员激励机制的举措
选聘机制重在确保选聘优秀的人才进入辅导员队伍，激励机制重在激发这些优秀人才的主观能动性，把潜在的素质优秀变成工作业绩优秀，把个体不稳定的工作热情变成一种持续的、稳定的工作动力。辅导员工作的烦琐性、晋升渠道的不确定性等决定了在辅导员专业化发展的过程中，必须完善激励机制，通过一些有效的操作激发诱导辅导员，使他们进入高动机状态，为学生的“终身发展”和学校的长远利益努力奋进，继而提升辅导员的职业认同感和幸福感。
第一，明确要求是完善激励机制的前提。高校辅导员工作的激励机制就是以高校思想政治教育和德育为目标，根据辅导员自身的需要和愿望，创设满足其各种需求的条件，从而激发促使辅导员充分发挥才智，发掘潜能，为高校的思想政治教育和德育工作积极贡献力量。建立辅导员工作激励机制有以下要求：一是激励机制要注重人文管理，创设辅导员工作的良好环境和平台。从工作特点来看，辅导员进行的是高校思想政治教育工作，它是一种能够体现个性的体力和脑力劳动，其工作性质具有丰富的情感色彩和人文关怀，因此我们要调动和保护辅导员工作的积极性、主动性和创造性，就绝不能简单地依靠规章制度和行政命令来对辅导员队伍进行管理，而要更多地注重人文管理。二是激励机制应该具有开放性和层次性。激励机制应该随着学生、学校和时代的发展而不断发展，不断创新，形成一个开放的系统。同时，应对于不同专业、不同学科的辅导员制定不同的激励机制，既要统筹兼顾、又要区别对待，具有层次性。三是激励机制应建立在公平、客观的基础上，才能真正发挥作用，只有促进辅导员提高工作的实效性，整个辅导员工作才能生机勃勃，充满活力，如果不能建立公平的激励机制，那么反而会挫伤辅导员工作的成效。