第二，理解人性是完善激励机制的基础。高校辅导员激励机制激励的对象是人，因此，怎样认识“人性”及其本质是建立高校辅导员激励机制的基础。长期以来，人性假设一直是经济学家、管理学家所关注的重要理论问题。中国古代有性善论、性恶论和人性可塑论之说；西方现代有经济人、社会人、自我实现人和复杂人的假设。在现实生活中，人性假设具有客观必然性，即它的存在不以人的意志为转移。然而，长久以来，我国传统的高校管理体制一直排斥“自利”行为，片面强调个人利益、局部利益服从整体利益，普遍要求辅导员像蜡烛一样为社会主义教育事业无私奉献、忘我工作，结果产生了高等教育低效率、低效益的恶果。认为辅导员就应不食人间烟火，不谈金钱，不能沾世俗一丝浊气；就要讲奉献，不能谈物质，要甘于做人梯，当蜡烛。这显然是对辅导员职业的一种扭曲认知。这说明，高校辅导员激励机制忽略了现实的人性假设，是脱离实际的，结果必然是制度效率的损失。马克思关于人的本质提示了人的本质不仅不是抽象的，而且不是永恒不变的，是随着历史的发展而发展的。因此，在构建高校辅导员的激励机制时，必须以对人性理解为基础，建立在理解人性基础上的激励机制必定也是随着社会发展而有所不同。
第三，改革方法是完善激励机制的途径。辅导员是一个高学历的知识群体，具有较高的文化教育水平和自我发展意识。在对辅导员进行激励时，必须遵循激励的规律，把握激励的要素，分析辅导员的个性特点和不同需求，发挥多种激励措施的合力作用，体现激励机制的目标引领作用，从而创造高质量的工作氛围和环境，促进辅导员目标与组织目标的实现。辅导员积极性的复杂性决定了针对辅导员的激励方法应该是全方位的、不断改革的。
一是物质激励法。为了辅导员的终身发展，也为了学校目标的实现，达到个人目标与集体目标的一致性，有必要在物质激励方面加大力度，推动辅导员对职业的热爱。学校常用的物质激励手段有：薪酬激励、福利激励、奖励激励等。
二是精神激励法。精神激励是一种正面的诱导和鼓励，它通过创造良好的工作氛围和人际环境，加强对辅导员的精神关怀，提高辅导员觉悟的角度激发工作动机，使辅导员感受到组织的温暖和爱护，主动为学校做出更大的贡献。组织常用的精神激励手段有：尊重激励、榜样激励、信任激励、参与激励、荣誉激励、文化激励、关爱激励、目标激励、环境激励等。
三是发展激励法。从高校层面，要根据学校辅导员队伍建设的目标和定位，帮助辅导员明确自身的发展方向，对每位辅导员进行分析定位，使其明确在不同阶段的个人定位与相应任务，给予足够的保障措施，促使其按计划实施，并适时地调整与修正，逐步完成预期目标，实现个人发展成就的最大化。具体的激励手段有：理想激励、工作激励、竞争激励、成就激励、晋升激励、教育激励等。
第四，创新制度是完善激励机制的措施。创新辅导员的激励机制，就是要因时、因地、因人创造地建立一种能够发挥辅导员作用的激励机制。辅导员积极性的复杂性决定了针对辅导员的激励机制应该是全方位的、不断创新的。高校辅导员的激励机制可以从以下方面进行创新和完善：
一是完善激励规则。主要注意以下方面：首先要注重激励规则的科学性。加强高校辅导员竞争激励规则的研究，科学设计激励规则。高校辅导员激励规则设计应当遵循科学的逻辑结构原理，即“假定、处理和规则后果”。假定，就是条件，任何激励规则都只能在“一定条件”、“一定范围”适用，假定的条件设计应当尽量全面具体，便于操作；处理，就是行为规定，允许什么行为，禁止什么行为，应当如何，必须如何，可以如何等；规则后果，就是对遵守或违反规则予以肯定或否定，肯定的给予保护和奖励，否定的给予惩罚与制裁。其次，注重激励规则的系统性。涉及高校辅导员激励活动的内容和环节很多，每项内容和每个环节都应当有具体规则，如果一项内容或一个环节有问题，就会影响整个竞争过程。再次，注重激励规则的明确性。一般不宜在操作性规则中过多规定“按其他细则”执行或选择性条款，每项规则都应具体明确，为了便于操作，应当做到增加刚性规则，减少任意性规则；增加确定性规则，减少委任性(即委托授权自主)和准用性(即允许性授予或参照)规则。
二是规范考核运作。规范高校辅导员激励运作是完善高校辅导员激励机制的重要内容，其中重点是规范高校辅导员考核激励的运作。当务之急就是实行目标考核责任制，根据岗位职责，制定科学的考核指标体系，按照考核标准体系对高校辅导员进行考核，使考核激励更具客观性和科学性。
三是确保激励公平。职务职称晋升、评优获奖等是辅导员个人利益的重要内容。在高校辅导员的激励过程中，需要建立起良性竞争机制。一旦竞争机制有效运作起来，将有力地调动辅导员的积极性与主动性，增强整个队伍的活力。建立与完善高校辅导员的竞争激励机制，关键在于竞争过程的公开与公正。要保证竞争的公正性，就需要科学地制定竞争规则，扩大民主程度，通过良性竞争达到有效激励的目的。
四是创新工作模式。由于辅导员身陷事务性工作，8小时工作时间内要处理有关学生工作的各项事务、要定期安排班级会议、要定期对学生进行思想政治教育，工作时间忙不完就要加班加点。而有的工作只有放到业余时间开展，比如对学生身心状况、心理状况的了解，就要抽学生们的课余时间来进行，通过与学生们交谈掌握他们的思想动向，及时发现问题，帮助学生们化解困惑。根据大学生辅导员工作自身的特点实施弹性工作模式。即根据辅导员工作与学生上课时间不重叠、工作地点多变的特点，可以不要求辅导员像其他行政人员每天白天按时坐班，改为“白天轮班、设立个性化固定辅导时间、重点保证针对重大教育活动以及重点辅导对象的工作时间”这种弹性工作模式。当然，这种工作模式需要严格的考核制度来保证。
五是优化报酬结构。报酬分为内在报酬与外在报酬。内在报酬是就辅导员工作本身所获得的满足感而言的，包括工作中的权力、个人成长发展机遇等因素；外在报酬主要指薪酬等物质形态的报酬。对于辅导员的报酬管理，在支付辅导员物质性报酬强度不大、吸引力不够的情况下，应该加强非物质性报酬的吸引力，完善他们的报酬结构，从而提高他们工作付出与工作报酬的对称程度。例如，一些高校在加大奖励力度方面，除了适当地提高物质性奖励额度外，更积极通过召开奖励大会、公开宣传获奖人员等措施提高辅导员的荣誉感。这样，学校虽然没有于物质报酬方面给予辅导员特别关照，但是这些非物质性报酬对辅导员也是很大的激励。
六是实行双重晋升。在高校中，辅导员的身份比较特殊，他们既是教师又是行政人员，在发展序列上可以实行辅导员行政职级和专业技术职务聘任的“双重身份、双重晋升”。对已职级晋升，可以把辅导员队伍建设列入学校党政管理干部培养总体规划，享受同等待遇。辅导员的职级可以分成5个等级，分别对应科员、副科级、正科级、副处级、正处级。如西南交通大学规定，辅导员经考核合格，本科毕业满两年的可定为副科级，满4年的可定为正科级，满7年的可定为副处级，对表现突出的辅导员可破格提拔或越级晋升。对于职称晋升，高校在制定职称评审标准和实施细则时，将辅导员队伍建设纳入师资队伍建设总体规划，设立专门的辅导员专业技术职务序列，成立专门的专业技术职务评审委员会，实行独立于专业教师之外的职称评审，专职辅导员可按助教、讲师、副教授、教授评聘思想政治教育学科或其他相关学科的专业技术职务。各高校可以根据实际情况，在辅导员队伍中设立机动的讲师、副教授和教授岗位，有了独立的职称序列就可以防止辅导员的职称名额被其他序列所挤占或挪用。学校对辅导员发展实行行政职级与技术职务双重晋升机制，可以充分调动辅导员们的主动性，实现整个辅导员队伍的良性发展。
七是营造竞争氛围。首先，不断强化竞争观念。不断培育和强化高校辅导员的竞争观念，应当采取多种形式和途径，营造竞争氛围使高校辅导员在实践中能够真正体会竞争、感受竞争，并且把理解竞争、参与竞争和接受竞争结果转化为自觉意识。只有这样的社会氛围和校园氛围，高校辅导员激励机制才可能达到预期的最佳激励效果。其次，创造多种竞争激励形式。高校辅导员竞争激励形式多样，有利于创造更多的激励机会，给高校辅导员的管理不断注入新的活力。如竞争上岗，可以规定任职年限，到了规定年限后，重新竞争。再比如，可以在多个环节设置竞争机制，如上岗、升职、升级、转任资格等。多环节设置竞争有利于创造竞争氛围，培养高校辅导员的竞争习惯，不断提高辅导员的综合素质。营造良好的竞争氛围，对保证激励效果具有十分重要的作用，也是健全激励机制的重要内容。