蒙彼利埃大学几世纪以来在医学上占有很重要地位，蒙彼利埃大学是欧洲历史上第一所正规意义上的医科大学，在13和14世纪时达到顶峰。蒙彼利埃大学的医学独立于七艺而存在，而其他大学医学则往往作为哲学的一部分在教授。蒙彼利埃大学的学生需专门学习5年以上并经过数月实习才准许毕业，毕业3年后经过三位资深的教员各出一道题测验，及格后可获取学士学位，再深造两年后可获取硕士学位，而要获得博士学位必须经过三日的答辩。蒙彼利埃大学在中世纪欧洲名声大振，法国文艺复兴时代作家拉伯雷36岁时在此求学并获得医学博士学位。学校教科书主要采用的是《医典》和拉齐的《医学集成》，知名教师吉尔伯特·安格力克斯（Gilbertus Anglicus）、蒙德维利（Henri de Mondeville）、乔力阿克（Guy de Chauliac）等都对阿拉伯医学有不同程度的研究和继承。
帕多瓦大学因推崇阿维罗埃斯的学说而著名，并几乎成了一所异教大学。在这里担任主任的皮特罗·达巴罗（Pietro Dabano，1250—1316年）是当时最享盛名的教师之一，具有高度的鉴别才能，有广泛的科学知识和文学修养，被认为是当时科学界的权威。他以擅长阿拉伯医学而著名，显贵人物如侯爵阿佐（Marquis Azzo）和教皇都曾请他看病。在哲学上他推崇阿维罗埃斯，在医学理论上，则主要采用的是阿维森纳的学说，与阿维森纳同样认为疾病有四起即初发、渐剧、极度和衰退，赞扬冷水是对多种症候很好的疗剂。他的名著《论战调和论——哲学和医学的关系》中有55条违背了罗马天主教的教条，被视为异端而处以极刑，但这反而增加了他的声望。据说但丁在1300年担任佛罗伦萨市修道院院长并掌管医生和药剂师协会事宜期间，深受其思想的影响。另外，帕多瓦大学还有其他著名的教师如贞泰尔·达·福利格诺（Gentile da Foligno）对阿维森纳脉学有深入的研究，马西略（Mersilio）集中世纪医学之大成，弗朗西斯科·迪·皮迪蒙特（Franceseo Di Piedimonte）著有《马瑟著作补遗》（Supplementum Mesuae）一书被公认为是萨勒诺学派和阿拉伯思想的合流典范。
博洛尼亚大学在医学史上也占有重要的地位。最负盛名的医生是塔蒂奥·阿尔德罗蒂（Taddeo Alderotti，1233—1300年）。他既忠实地继承了亚里士多德的学说，又是阿拉伯传统的忠实信守者，在但丁的诗中被传诵不朽。他以案例的形式编写的医学著作《顾问》一直盛行到17世纪末，在此书里不但能找到阿拉伯以及中医养生的思想，还有东方医学诊治手法的具体应用。例如早起用冷水盥洗，清洗鼻腔，冷天使用肉桂、丁香、芦荟等药物增强身体阳气，用小茴香、大茴香健胃，用菊花、琥珀、蔷薇及丁香等平抑郁等。赛奥多里克（Theodoric）在著作里描述了东方炼金术（炼丹术）中汞的应用，并将汞用于治疗皮肤病，在外科中还使用阿拉伯配方的麻醉剂。另外，阿拉伯的白内障摘除术及疝气治疗手术也在博洛尼亚大学得以教授。
三、西欧医学对阿拉伯医学成就的吸收
（一）阿拉伯医学理论的影响
1.阿拉伯医学病理理论的影响
阿拉伯医学在病理理论上对西方医学后来的走向意义重大。与以印度医学和中医为代表的东方医学朝宏观方向继续发展不同，西方医学最终走向了实验和微观的道路，这与阿拉伯医学不无关系。
首先是在病因学上，中世纪后期医学集大成之作——皮迪蒙特的《马瑟著作补遗》（Supplementum Mesuae）将病因分为有效原因、一般性原因和终极原因。有效原因指那些能改变或保持人体状态的因素，包括外部的空气、居住地区、食物及饮水，内部的活动及身心的休息、睡眠及觉醒状态、排泄及其保留；一般性原因指体质、自然环境和源于体质的本能；终极原因指身体（生理性）的活动和功能。这一病因的划分在欧洲医学史上意义重大，它结合了阿拉伯医学的病理理论（特别是《医典》第一卷关于病因的学说），首次对病因做了系统和实证的分析，冲破了之前僵化的盖伦病因学体系。
在疾病的传播上，希腊医学把人看作一个单一体，认为病源于内部体液失调。而阿拉伯医学家在中医的影响下，普遍认为人作为宇宙的一部分，与其周围的环境是存在联系的，人的疾病与环境密切相关。孙思邈的《千金翼方》明确阐释了居住环境对于健康的重要性，认识到环境可能导致疾病的传播。阿拉伯医生里拉齐是这一革新理论的先导，并在阿维森纳那里得到进一步论证。阿维森纳发现肺结核是一种传染性疾病，认识到污染水和土壤可以传播疾病。伊本·阿尔·哈提布斯（Ibn alHatibs）和伊本·哈提马赫（Ibn Hatimah）使得这一理论达到顶点。伊本·阿尔·哈提布斯（Ibn alHatibs）在《论瘟疫》（Treatise On Plague）中提到疾病可能以衣服、器皿、耳环为媒介传染，从一个地区能传染到另一个地区，甚至从海港传染到贝都因人的部落。这在神学家宣传瘟疫是上帝惩罚的年代无异于异端。而伊本·哈提马赫在他的著作里进一步阐述了瘟疫一般和特殊的起因，包括为什么同样接近疫区的有人感染而人逃脱，为什么在阿尔梅利亚传播得比安达卢西亚更快，并介绍了预防和治疗的方法。他们关于瘟疫的治疗方法第一个被用于黑死病。阿拉伯医生对于四体液藩篱的冲破，也促使西欧医生更多地关注疾病的外部原因及其传播途径。欧洲15世纪著名医生弗拉卡斯托罗（Aventino Fracastoro，约1478—1553年），在他的学术著作《接触性传染疾病》中把传染源称作是可以传播的“种子”，这种传染病的种子可以选择对它们有亲和力的体液进行侵入，并借助吸引力进入人体。他还认识到传染病的传播是具有选择性的，“有不危害动物的植物的疾病，反之，也有不危害植物的动物的疾病。有的疾病只限于人或某种动物，如牛、马等；有些疾病对某个人或某个器官有特别的亲和力”。《接触性传染疾病》一书采用了大量《医典》的理论，将接触传染分成三大类：第一类是单纯接触，如疥癣、痨病、麻风等；第二类是间接接触，这种传染病的“种子”可以借助媒介如衣服等进行传播；第三类是没有直接或间接接触的远距离传播，如鼠疫、沙眼和天花等疾病。
其次，在关于季节性疾病和健康的保持方面，欧洲的医生采纳了阿拉伯医学的知识。前文提到的中医和《医典》关于季节与人体的健康配属、季节与食物选择以及分季节养生的论述（第15页），欧洲医生或根据自己的经验加以评注，或收入自己的著作。例如《医典》中指出，当北风盛行时，以下疾病较为常见：神经痛、侧胸关节痛、膀胱或子宫痛、排尿困难、令人痛苦的咳抽搐发作。塔蒂奥·阿尔德罗蒂《顾问》一书中承袭了此观点。《医典》认为春季体内黑胆汁或黄胆汁腐败发酵引起各种痈疡、脓肿、溃疡、咽峡炎、静脉曲张和咯血。此观点也被皮迪蒙特《马瑟著作补遗》一书收录。
另外，诸如前已述及的萨勒诺学校关于神经疾患的病理，同样具有强烈的阿拉伯色彩。中世纪欧洲医生普遍认为精神紊乱时由前脑的脓肿而引发，这种脓肿来源于体液的失调，是胆汁过度积聚的结果。与此类似，嗜睡或昏睡是由后脑的脓肿引起的，对于此类疾病，调和体内平衡是治疗的关键，通过放血，使用泻药等下法，排出体内多余体液，以达到疏通的目的。耳后颈部隆凸下的静脉、颞部静脉是主要的放血部位，泻药主要是使用大黄、藜芦和大戟。
值得注意的是，虽然在中世纪具有东方特色的阿拉伯医学的治疗手法在欧洲有着不可挑战的地位，但是欧洲医生对其的吸收则是有着明显的“功利性”潮流。这种“功利性”体现在以自身的实践经历为基础上的对阿拉伯医学批判的接受。随着希腊医学的“重新发现”，欧洲医生注意到两种医学的一些明显矛盾之处，从而促使医生自己去求证。比如关于解剖的论述，《医学宝鉴》中的解剖术与盖伦著作中的描述有明显的差异，这促使了萨勒诺学校系统地进行了动物的解剖。12世纪中叶毛勒斯的《论解剖》（Anatomia）虽然以《医学宝鉴》中的解剖术为基础，采用了许多阿拉伯语名词，但是其中开始有了关于实验亲身经历的记述。在这种背景之下，一些早期的医学实验便开始了。
2.《医典》对医学分科的影响