在1500年以后，即便在医学和解剖学上取得了重大的突破，但是阿维森纳的《医典》仍然在欧洲的大学被作为教科书，在意大利甚至整个16世纪都是如此。1500年以后《医典》至少再版过60次，重译或者改进杰拉德（Gerard）译本的努力在整个16世纪都没有停止过。许多旧版的关于医典的评论性著作也在16世纪初再版，并且在1520—1620年期间产生了大量的关于医典的解释性著作。大学里，医典作为中世纪的遗产之一仍保持了生命力，而在学习医典过程中的创新对于医学的发展至关重要。这种创新包括重新翻译、评注、寻求阿维森纳的希腊古典思想渊源并用于指导医疗实践以及对第一部分中的体系原则多维度的解释。
从14世纪早期开始，欧洲大学的医学教育出现了明显的变化，对病理学的研究和对治疗学的研究开始分道扬镳。中世纪晚期北意大利医学课程的一个重要特点是出现了理论和实践两个分支，博洛尼亚在14世纪20年代，帕多瓦在14世纪末都表现出了这种潮流。大学里的部分医学教授被指定从事实践研究，提供直接的关于保持健康和防止疾病的方法，区别于以前的那些关于普遍生存法则的讨论。类似于理论性和实践性的划分，从13世纪后期到15世纪，欧洲医学还出现科学性和艺术性的划分。当时的医学教授基本一致认为医学应符合科学的标准，如托里亚那（Torrigiana）提出了医学的“科学原则”，认为成功的医学案例应用来证实医学原则；同时，医学也被认为具有艺术性属性，一些医学教授朝着艺术性的方向进行研究。
这种医学分科思潮的发展直接来自于对《医典》的分割。在中世纪后期的大学里，《医典》很少被完整地教授。除了1464年帕多瓦大学曾将第一卷完整地作为教科书外，在14世纪欧洲的大学都根据自身的需要对《医典》进行了拆分。最通行的做法是把第一卷的第四部分单独列出来作为实践医学的教科书，例如博洛尼亚大学在1405年教科书版的《医典》就删除了第三部分的大部分内容。而《医典》第一卷第一部分关于医理的内容，被认为是身体和哲学的通行法则，是艺术性医学的教科书，于是，拉丁缩写版的医典一卷第一部分成为了理论医学的范例。这种强调将医学分为理论和实践、实行科学和艺术两个标准，使得《医典》第一卷被拆分为多个学科。15世纪的简提勒（Gentile）、贾克卜·佛里（Jacopo Forli）和乌戈·本齐（Ugo Benzi）等将医学分为了生理学、病理学、保健学、治疗学、症状学。这一划分具有重大意义，标志着医学的分科，今天的医学各科正是建立在此划分基础上。
（二）药物学的影响
1.本草学
在近代化学药物学诞生以前，植物在东西方医学中都是主要的药物来源。欧洲中世纪重要的本草学著作为马瑟（Macer）于10世纪所编的《草本志》，调查了约80种植物。13世纪百科全书的编纂者巴塞罗缪·安格里克斯（Bartholomew Anglicus），在吸收阿拉伯等东方本草学知识的基础上，在百科全书中以许多篇幅专门介绍了植物知识。这些著作古代传统和当地习惯相结合，促使15世纪后期大量区域性草本志的出版。这类文献的典型是德国1485年的《植物图集》（Herbanus），收录本草药物增加到6000种，书中有许多附有说明的、有权威性的原创植物木刻图，并列出了这些植物的药用价值。同时，阿拉伯和东方植物学知识的传入使欧洲人发现许多植物在欧洲并不存在，并且与公元1世纪希腊名医狄奥斯科里德斯所描述的不符。这使人们对识别植物的兴趣不断增长，从而加速了对新药特性的探求以及对新植物的认识。这一切导致了在欧洲各个医学院（首先在帕多瓦，1533年）设立植物学教席。同样的压力导致了16世纪末期在佛罗伦萨、博洛尼亚、巴黎和蒙彼利埃建立了植物药物学。
中医及阿拉伯医学治疗均采用复方，从11世纪开始直到15世纪，欧洲的方剂也明显进入复方时期，最多的处方可达40味之多。例如伯克（Bock）的《新草药书》中记载了一个治疗胃中潮湿的药方包括15种药物，分别是肉桂、丁香、荜拔、肉豆蔻花、锡兰肉桂、肉豆蔻、藏茴香、白豆蔻、高良姜、花椒、白豆蔻根、土木香、干姜、糖、红花。卡佩佩（Nicholas Culpepper）的《英国内科医生》书中在记述“Lohoch”这种治疗肺部的药物时，提出如果用于化痰，需加入蜂蜜、醋等疗效更好。15世纪以后，欧洲医药学家逐渐摒弃阿拉伯医学所遗留的多味药复方，进而专向单方，故对药物配伍的认识也不再发展。
在文艺复兴时期医生的观念中有关于草药“精华”的观点。“精华”的观点来自阿拉伯和东方医学，这种观点认为，草药和食物等之所以有治疗作用，仅仅是因为其内部蕴含的精神精华，当食用草药或食物时，这些“精华”会通过空腔进入人体，这种成分需要经过特殊的手段提炼出来，比如煎熬、蒸馏以及后来的萃取。《英国内科医生》中提到了许多草药的提取制作过程，并且特别对草药和“简单体”（Simples）进行了区分和解释，认为草药不能等同于“简单体”，因为只有纯净的元素才是简单体，所有其他的事物都是由元素组成。书中指出“现在的人工药物是水提物（distilled waters），草药应该在‘精力’最好的时候被蒸馏提取”。帕拉塞斯还坚持引入化学方法来进一步剥离出这种发挥药效的内在“精华”，认为只有通过蒸馏，才有可能真正分辨出草药的某种“特征”，将植物的纯粹“精华”从它外在的粗糙物质中分离出来。所以，帕拉塞斯推荐使用新型的药物制剂，如经过提取工艺的草药浸膏和酊剂等，认为这些制剂比传统的药糖和糖浆更有效。皮埃尔·马蒂奥利（Pierre Mattioli，1501—1577年）对狄奥斯科里德斯的本草学著作进行编辑和评注时，也充分意识到化学过程所具有的新的医学意义，他在其著作后来的版本中，还增补了对蒸馏设备和蒸馏程序的描述。康拉德·格斯纳撰写《万有文库》（Thesaurus Euonymi，1555），该书许多篇幅是关于蒸馏药草的各种技术。“经过化学蒸馏所得药物的功效，比那些正在使用的或惯常使用的药物更有价值、更好并且更有效。”
2.化学制药
欧洲文艺复兴时期药物学的一个重要特征是由炼金术演变出了医药化学学派的发展方向。欧洲的制药学开始突破欧洲传统本草学思想的框架，学习阿拉伯药学研究的方法，主张将炼金术从神秘虚无的状态引入到化学和医学的科学性研究。医药化学学派即是从化学的角度理解药物的性质，用化学物质的特性来指代药物的特性，并利用药物的化学性来解释药物对人体的作用。文艺复兴时期，医药化学学派的创始人是帕拉塞斯（P. A. Paracelsus von Hohenheim，1493—1541年）同时也是该学派的杰出代表人物。帕拉塞斯对阿拉伯炼金术有深入的研究，认为一切物质中都含有“水银”、“硫”和“盐”这三种元素。帕拉塞斯是最早主张使用化学物质治疗疾病的人，他认为生命机体是由化学过程主宰的，而疾病的发生是由于体内化学成分不平衡，所以医生的任务就是使失调的人恢复人体内三要素“水银”、“硫”和“盐”这三种元素的平衡，例如，能够通过调整体内硫与水银的比例，而纠正这种比例失调导致的疾病。以帕拉塞斯为代表的医药化学学派主要研究的是无机物质及其变化规律，所制取的药物主要是无机矿物和金属制剂。帕拉塞斯最赞成的药物是经过提炼的矿物药，他认为只有经提炼之后的纯净物才具疗效。以帕拉塞斯为代表的医药化学家大量开展对矿物药剂的制备和性质、疗效的研究，并开始尝试各种从矿物中炼制的新药，譬如，用铁治疗贫血，用硝酸钠治疗发热和缓解心脏疼痛。此外，帕拉塞斯还探讨了许多无机物的分离、提纯手段，进行了一些无机合成的实验，总结了它们的性质，做了分类。譬如，帕拉塞斯用许多金属进行一系列反应制备出各种金属的盐溶液，他还分离出白矾和胆矾，研究过二氧化硫的漂白作用，还通过铁和硫酸作用而制备某种气体，用冷冻法浓缩过葡萄酒等。海尔蒙特（Helmont，1579—1644年）是继帕拉塞斯之后的医药化学学派的又一位代表人物，他提倡科学实验的研究精神，坚持用实验来证明理论的正确性，为以后欧洲的医药化学发展指明了科学的道路。他首先制备了许多化学药物，并强调定量研究的重要性。
医药化学学派的医生们在实验室里制备出了各种化学物质，并研究其理化性质，分离和鉴定的方法，为欧洲现代药物的出现奠定了坚实的基础。
传教士对中国医学的传播