威廉姆森研究的最重要起因，无疑是罗纳德·科斯1937年发表的《企业的性质》。在这篇论文中，科斯从解释以下一些问题入手：既然个体生产之间可以通过市场交易实现生产合作，为什么还会存在企业呢？是什么因素决定了企业的规模？在相继生产阶段或相继产业之间，为什么既存在长期合同关系，又存在纵向一体化现象？为了解释这些问题，科斯提出了“交易费用”的概念。所谓交易费用，是为了完成交易所必需的度量、界定和保证产权、搜寻交易伙伴和交易价格、进行交易谈判、订立交易合约、执行交易和监督违约的行为并对之制裁、维护交易秩序的各种费用的总和。这一概念意味着交易活动是稀缺的、可比较的，因此可以纳入经济学分析的范畴。而企业的存在正是为了节约交易费用，即以费用较低的企业内交易代替费用较高的市场交易；企业的规模被决定在企业内交易的边际费用等于市场交易的边际费用或等于其他企业的内部交易的边际费用那一点上；相继生产阶段或相继产业之间是订立长期合同，还是实行纵向一体化，取决于两种组织形式的交易费用比较结果。威廉姆森形象地将“交易费用”比喻为物理学中的摩擦力。不过，威廉姆森认为，在完全静态的条件下分析交易费用，并不会有很大的意义。
威廉姆森研究的另一主要源泉，是肯尼思·阿罗在1969年发表的《经济活动的组织：关于市场配置与非市场配置之间选择的争论》。经济学早就认识到市场并不是万能的。问题的关键是市场失效时，取而代之的资源配置方式是什么？从传统的观点考虑，此时的主体是政府，取代市场的资源配置方法是计划。因此，人们往往陷入是市场还是计划这个古典的问题。阿罗指出，克服市场失败的主体，不一定只限于政府，一般可以说是“组织”。所谓组织是在价格体系难以顺利发挥作用的情况下，为体现集团行动的优点而采取的手段。限定地说，企业、工业、工会、大学、政府等都是组织，在价格体系或市场不能适当发挥作用的领域中，这些组织进行着资源配置。不过，阿罗并没有提出如何判定市场有效和失效的原因。
威廉姆森汇总了前任研究者的成果，以交易为基本分析单位，对不同组织方式的交易费用进行了具体的经济学分析，从而研究了企业和市场之间相互替代的这样一个制度问题。
理论精读
1.市场失效
（1）有限理性。有限理性是说，主观上追求理性，但客观上只能有限地做到这一点的行为特征。也就是说，通常人们的经济活动的动机是有目的、有理性的，但仅仅是有限的条件下的理性为。威廉姆森认为，正是有限理性的主观理性部分导出了最小化交易成本的动机。既然人们的理性是有限的，交易当事人既不能完全搜集事前契约安排相关的信息，也不能预测未来各种可能发生的变化，从而在事前把这些变化一一讨论清楚写入契约的条款中，则契约总是不完全的。在这种情况下，交易当事人也许就要消耗资源选择某种仲裁方式以便发生不测事件、双方出现分歧时合理地解决问题，而这必然增加交易成本。正如威廉姆森所说：“有限理性是一个无法回避的现实问题，因此就需要正视为此所付出的各种成本，包括计划成本、适应成本，以及对交易实施监督所付出的成本。”
（2）机会主义。威廉姆森明确指出，机会主义行为是交易成本研究的核心的概念，它对于涉及交易专用性的人力资本和物质资本的经济活动尤为重要。所谓的机会主义行为是指人们在交易过程中不仅追求个人利益的最大化，而且会通过不正当的手段来谋求自身的利益，如投机取巧、有目的和有策略地提供不确实的信息，利用别人的不利处境施加压力等。机会主义与谋求私利者的不同点在于：后者虽然也最大限度地追求自己的利益，但却不会食言或有意歪曲他掌握的信息；而机会主义者在有可能增加自己的利益时会违背任何戒条，如他会不守信用，并会有意发出误导他人的信息，或者是拒绝向别人透露他持有的而别人需要却又缺少的信息。如果契约人采取机会主义行为，那么他不仅不一定守约，而且还会见机行事，使事后的实际结果不是按契约而是按有利于他的方向发展。此时，怎样采取措施遏止机会主义也就同时带来了新的成本。
（3）资产专用性。按照威廉姆森的解释，资产专用性是指“在不牺牲生产价值的条件下，资产可用于不同用途和由不同使用者利用的程度，它与沉淀成本概念有关”。一项资产的专用性与该资产用于其他用途或由不同使用者利用时其生产价值的损失程度成正比。当损失程度很大时，该资产为专用性资产，反之，该资产则为通用性资产。当一项耐久性投资被用于支持某些特定的交易时，所投入的资产就具有专用性。在这种情况下，如果交易过早地终止，所投入的资产将完全或部分地无法改作他用，这是因为在投资所带来的固定成本和可变成本中都包含了一部分不可挽救的成本或沉淀成本。因此，契约关系的连续性意义重大，当契约双方中有一方投入了专用资产时，一旦另一方采取机会主义行为提前终止交易，投资一方就可能蒙受损失。因此，契约的或组织的保障可以大大降低交易成本，这就是经济联系紧密的上、下游企业间追逐纵向一体化的内在动力。
（4）交易的不确定性。这里的不确定性是广义的，它既包括事前只能大致甚至不能推测的偶然事件的不确定性和交易双方信息不对称的不确定性，而且包括可以事先预料，但预测成本或在契约中制订处理措施的成本太高的不确定性。不确定性的意义在于使人们的选择成为必要。当交易受到不同的不确定性的影响时，人们就会在交易成本尽量低的情况下对不同的契约安排进行选择。行为的不确定性即由于人的机会主义行为及这些行为的千差万别（人们往往无法预见）而产生的不确定性。不确定性在不同的交易协调方式中所起的作用和约束交易的程度是不同的。因此，这也给交易的契约安排与协调方式的选择留下了广阔的空间。而且它和有限理性密不可分，如果没有有限理性，也不会存在不确定性。同样地，如果没有机会主义，不确定性问题也可以根据有关协议加以调整。因此，当交易过程中的不确定性很高时，交易双方对未来可能发生的事件就无法预期到，因此也就很难把未来的可能事件写入契约中。在这种情况下，就必须设计一种交易当事人双方都能接受的契约安排，以便在事后可能的事件发生时保证双方能够平等地进行谈判，做出新的契约安排，这样就必然会增加交易成本。
（5）交易频率。交易频率是指交易发生的次数，它并不会影响交易成本的绝对值，而只影响各种交易方式的相对成本。一种治理结构的确立和运转是有成本的，这些成本在多大程度上能被带来的利益抵消，取决于在这种治理结构中所发生的交易的频率。多次发生的交易，较之于一次发生的交易，更容易使治理结构的成本被抵消。交易成本与交易频率的关系是在重复性交易中，交易成本随交易频率的增加而递减。但交易成本不能随交易频率的增加而无限地减少，或者说，在重复性的交易中，交易成本不会趋近于零。交易的市场环境是指潜在的交易对手的数量。威廉姆森指出，交易开始时有大量的供应商参加竞标的条件，并不意味着此后这种条件还会存在。事后竞争是否充分，依赖于所涉及的产品或服务是否受到专用性人力或物质资产投资的支持。如果没有这样的专用性投资，最初的赢家就不能实现对非赢家的优势。尽管它也许会继续供应相当长的一段时间，但这只不过是因为它一直在对付来自合格对手的竞争性叫价。相反地，一旦存在了专用性投资，就不能假定竞争对手还处于同一起跑线上了。在这种情况下，最初的完全竞争市场就被垄断市场所代替，最初的大数目竞争条件就让位于事后的“小数目条件”，而这一个过程被威廉姆森称为“根本性转变”。这样，如果持续交易关系终止就会造成经济价值的损失，并且使交易处于垄断一方的机会主义行为的可能性增加，非垄断一方将为此交易的继续维持付出相当大的成本代价。
2.对资本主义经济制度的具体分析
（1）激励。市场激励有无所不在的普遍性特征，但是在公开的讨价还价过程中，机会主义者也就有了较大的自由。在内部组织中，成员之间的关系是长期的，不同部门之间核算的内部转让价格也是长期的，不同部门之间核算的内部转让价格也是由一定的内部规则确定的，这些都会使机会主义本质的表现只剩下极少的自由。当然，当市场激励的副作用极小时，其正效应也会丧失，而且在企业集团或内部组织的成员之间，约定共同利润最大化或实行共有资产等激励手段本身，也并不总能保证各成员行为目标的一致性。但是仍然有可能制定出转让定价的规则和可操作的内部激励机制系统。这是因为如果在市场中，人只是作为“经济人”而做出市场反应，那么在内部组织中人就作为“组织中的人”、“社会的人”、“文化人”而做出组织反应。马斯洛早就指出，人的需要本来就是多层次的，除了基本的生理需要外，还有安全的需要，实现每一种需要都会成为一个现实的人的行为动力，成为一种激励。在市场中，一切激励都唯一地以货币为制度来表达，而在组织内部可以有多种多样的、力度各不同、表现各异的激励手段，其中有的激励可以用货币来表达，但更多的却并不具体以货币为媒介，这就使得在组织内部完成同样的激励只需要较少的货币成本。交易越复杂，越有可能综合地采取多种激励手段，组织内部的激励成本就有可能更低，这就使得市场关系内部化颇有吸引力。
（2）控制。威廉姆森认为，组织的相对于市场最具特色的优点是控制手段的多样性和较多的灵敏度。这些控制手段不仅对促进企业内部的资源配置活动是有效的，而且对集团内部各企业之间的资源配置活动也是有效的。组织内部，不仅拥有合法的进行控制的权威，可以以低成本取得对各个企业、各部门、各个雇员进行更明确的评估的信息，而且它的奖罚手段也更为巧妙。例如，组织内部可以有选择地采用雇用和解聘、提升和降职、报酬的增加和减少，以及分配一件更吸引人的或更不吸引人的工作等来进行内部控制。这种灵活性是市场所无法比拟的，与这方面尤为相关的是，当冲突发生和发展时，内部组织具有比较高效的解决冲突的机制。举例来说，调解和打官司相比是常见的较有效地解决小冲突的办法。在组织之外，也即包括市场关系在内，其冲突即使不是根本不可能，也至少是极少可能被命令所解决的。于是，一旦发生冲突，不是陷入无休止的争论中，就是不得不付诸法律解决。冲突要被调解，首先，就需要当事人商定一个公正的仲裁人，而达成这个商定本身可能就是代价高昂的。其次，需要制定明确的被双方所认可的规则和程序。而这些，在组织内部都是现成的：各级经理就是当然的权威，而决定冲突的规则和程序是科层组织一般的运行规则和程序。因此，采用调节的方式来解决内部的问题是十分普遍的事，这就大大地降低了控制的成本。
（3）内在结构优势。内部组织在运行过程中，逐步实现了功能化，并形成了内在的结构。一定的结构形态有利于提高组织内信息传输的效率和降低信息成本。各部门传输出的信息已被专门化了，传递的途径也经过了优选。如果在这个进程中发展出简洁的代码，则关于复杂事件的通信就会便捷得多。而且，人与人之间相互作用的积累，甚至可能发展出更进一步的通信中的经济：在熟悉的环境中微小的变化就能够产生明显的影响，而在不熟悉的关系中则需要付出很大的努力才能得到同样的效果。熟悉的上、下级之间只要稍做抬手、眨眼等动作，就可以传递微妙的信息。因此，厂商可能出于信息成本的节约而采取交易的内部化——实行企业合并。
以上三种有利因素的综合作用，是使企业组织内部的资源配置方式有利于市场机制的原因。同样要指出的是，内部运作费用在不同的企业及其不同发展阶段也是各不相同的。例如，企业内部的管理方式，在泰罗勒制为代表的管理思想阶段，激励、控制的手段对市场的优越性是有限的；经过霍桑试验的冲击，行为主义管理思想的出现并发展到当代管理思想，使激励和控制日益多样化，而且更多地放弃了以金钱来表达的胡萝卜加大棒的激励和控制，才使内部组织的优势日益明显。而新技术的使用，如信息管理的电脑化，也是使内部组织优势上升的一个条件等。
（4）企业边界的变动：纵向一体化。纵向一体化也被称为纵向兼并，是指处于生产同类产品的不同生产经营阶段，具有投入产出关系的企业之间发生的兼并。威廉姆森认为企业在市场失效时具有超越市场的潜在协调能力，也就是说，他认为生产的纵向一体化的成因，是市场交换可能失效。在涉及不同资产专用性程度的情况下，交易成本会存在差异，此时就可能出现内部化（把交易纳入统一所有权的治理结构）对市场交易的替换以使交易成本最小化，即纵向一体化的根本动因在于降低交易成本。具体地说，影响是否纵向一体化的因素有以下两个。
①交易谈判环境的因素。
第一，在静态市场条件下（产品技术既定且不需要对变化环境的要求进行调整），当存在独占垄断或寡头垄断的情况时，为避免在交易的价格条件方面出现无休止的讨价还价式的争论，可以采取两种调整方法：一是实行纵向一体化使这项交易内部化；二是订立永久性契约，此时可能会发生纵向一体化，但是在静态市场条件下，其并不比永久性契约具备必然优势而必然发生。
第二，若静态市场条件不满足，即产品技术复杂且需要对不断变化的环境做出反应，以及对技术进行定期的重新设计或调整时，由于可供选择契约的不完备性，则对可供选择交易契约关系的不同安排会带来不同的结果。
第三，若选择长期契约，则会陷入两难困境：在所订立的契约不够详尽的情况下，各个独立的当事人出于自利会对有关条款采取机会主义的解释方式和相关行为，而巨细无遗地订立契约一般不可能，即使可能也终将会使成本极其高昂，这两方面都将使企业适应性、连续性的决策过程受到扭曲。