根据录音记录，巴图迪一再说“我只信奉真主”，他的讲话语气和频率都不同于往常，而且多达14次。就在他的祈祷声中，飞机开始一头向下栽去，最后坠入冰冷的大西洋，飞机爆炸解体，分解成无数块碎片。
无论是恐怖主义还是特工作祟，各种传言始终没有确凿的证据予以证明。于是，又有人试图在出事地点寻找答案。埃及信息部官员纳比尔·奥斯曼甚至提出“新百慕大三角”论：近年来发生的TWA800航班、瑞士111航班和小肯尼迪专机失事，这三起飞行事故都发生在美国长岛至新英格兰海岸一带。
“这条航线的安全性必须认真研究。”奥斯曼说。
所有汽车司机都不愿这种倒霉的情况被自己遇上——某个轻生者企图让自己被车撞死，所以一头冲向路上疾驶的汽车，而自己正是这辆汽车的驾驶者。反之，作为乘客更害怕司机想要自杀，却带着无辜的全车人成为陪葬者。
不愿归不愿，害怕归害怕，但世界上仍然没有办法杜绝上述两种情况的发生。当然，如果那名轻生的司机换成飞机驾驶员将更为糟糕，不过这并不是不可能发生的事。关键在于，倘若这名飞行员住着豪宅，过着奢侈的生活，那么他不热爱生命的理由似乎不够充分。另一方面，他的这些奢侈生活与实际收入又极为不符，这反倒又成为了怀疑他自杀的重要依据……
各种自相矛盾的疑点同时存在着，使人难以界定这场疑似自杀造成的空难与普通坠机事件之间的不同。
一
埃及航空990号班机是埃及航空的定期航班，来往开罗和洛杉矶，中途停纽约。1999年10月31日深夜，埃航990航班将从纽约肯尼迪国际机场飞往开罗。
肯尼迪国际机场于1942年始建，1948年7月1日首次有商业航班，并于7月31日正式命名为“纽约国际机场”。1963年11月22日美国总统约翰·肯尼迪遇刺身亡，12月24日机场改名为“约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪国际机场”以纪念这位总统。
执行此次航班的客机是波音767-366ER客机，飞机载有14名机组人员——4名飞行员，其中2名是后备机长和机师，加上10名服务员，还有来自美国、加拿大、埃及、德国、苏丹、叙利亚和津巴布韦7个国家的203名乘客，其中1名是埃及军方的高层人士。
二
990号航班从纽约到开罗，飞行时间长达11个小时。班机起飞半小时后，副机长巴图迪要求驾驶飞机，机长阿迈德·阿·哈巴什同意了，把班机交给巴图迪后，起身离开驾驶舱，也许是去卫生间了。一场灾难便从此刻开始……
凌晨1点49分46秒，巴图迪中断自动驾驶仪，8秒钟后，据飞行数据记录器显示，巴图迪推动操纵杆，驾驶飞机以40度倾角一头扎向海面，随后关闭发动机。由于下降速度很快，角度陡峭，机舱内的乘客有明显的失重感，好像是在太空飞行。
飞机下降的速度越来越快，几乎接近音速，达到0.86马赫，驾驶室内警报声声，警灯闪烁。几秒钟后，飞机遇到一股上升气流，飞机又突然上升，机舱内的乘客又被重重地摔在座椅上。此刻给人的感觉，好像飞行员正在驾驶飞机进行空中格斗，就连手推车上的水果和饮料，一瞬间也变成了射出枪膛的子弹。
在这场混乱中， 机长哈巴什匆忙奔向驾驶舱，只听见哈巴什大声询问巴图迪： “发生了什么事？飞机怎么了？”哈巴什机长急忙跨进正驾驶的座椅，双手握住驾驶杆，迅速往怀里拉，试图拉起机头，制止飞机的下降。
“和我一起干！帮我拉起来！”哈巴什呼唤巴图迪。但是巴图迪显然是在和机长对着干，飞行数据记录器显示，飞机仅仅上升了1秒钟，发动机被人突然关闭了， 美国调查人员事后推断，这个人必是巴图迪无疑。与此同时， 巴图迪继续向外推驾驶杆，把机头拼命向下压。
两名飞行员一个向怀里拉驾驶杆，另一个向外推驾驶杆，这就造成一种十分奇特的现象：飞机尾翼上的升降舵有左右两块面板， 机长一侧的面板使劲拉升飞机，而副驾驶一侧的面板却力图往下压飞机，最后造成升降舵面板破裂。根据飞行记录器的数据分析，这是唯一合乎逻辑的解释，只有两名飞行员互相矛盾地推拉驾驶杆，才能造成这种结局。
又过了几秒钟，有人拉动飞机上的紧急制动手柄，以减缓班机的下降速度，试图稳定飞机，但到了这个时候，一切都晚了。埃航990航班在继续下降，大约于凌晨1点50分37秒，或者51秒，班机供电系统发生故障，飞机突然断电， “黑匣子”也被迫停止录音。主机舱内，只有紧急出口处亮着几盏应急灯，几秒钟后，应急灯也灭了，全机一片漆黑。
几秒钟后，飞机遇到一股强大的上升气流，促使机头上翘，班机从16000英尺上升到24000英尺，也就是持续上升了半分钟，飞机开始再次下降，雷达显示，当时飞机的高度在10000英尺。
根据录音记录，巴图迪一再说“我只信奉真主”，他的讲话语气和频率都不同于往常，而且多达14次。就在他的祈祷声中，飞机开始一头向下栽去，最后坠入冰冷的大西洋，飞机爆炸解体，分解成无数块碎片。
三
事故发生后，美国海军打捞舰用两台大型机器人，从水深七八十米的海底飞机残骸中发现并打捞出了失事飞机的两个黑匣子。数据显示，990航班在坠毁前曾突然骤降并使乘客一度失重，它在坠海之前曾一度爬高，后来两个发动机突然停止运转，飞机便一头栽入大西洋中。
据美国国家交通安全委员会公布，飞机最后3分钟的情况如下：1.正常飞行高度；2.自动驾驶系统关闭；3.飞机冲力减低，开始下降；4.飞机急速下降；5.降速超过0.86马赫；6.左右引擎相向运动；7.机械系统被关闭；8.飞机暂时找到平衡；9.飞机由上升改为下坠；10.飞机沉入大海，全程历时2分40秒。
埃及民航董事长穆罕默德·法希姆·拉杨在事故发生当日下午举行的记者招待会上介绍说，这架波音767飞机是1989年9月25日购买的，至今服役仅10年，飞行了33654小时，起落7556次，称得上是一架新飞机。
四
事故的起因成了世人瞩目的焦点。
巴图迪眷恋家庭生活，似乎不像是自杀，但是根据“黑匣子”的数据分析， 巴图迪必须对216名死难者负责。美国调查人员指出：班机副驾驶员甘米尔·阿·巴图迪不停地念叨着“我只信奉真主”，随即驾驶波音767飞机一头栽入大西洋。最初，埃及技术专家和安全官员也同意美国人提出的“自杀论”，根据专家分析，班机上即没有发生机械故障，也没有出现恶劣天气和意外爆炸，所有疑窦均指向59岁的副驾驶巴图迪——他的祈祷语以及他的家庭。
据埃及专家确认，录音带上的声音是巴图迪的，他一再说“我只信奉真主”，讲话语气和频率都不同于往常，而且多达14次，重复多少次并不重要，问题是，就在他的祈祷声中，飞机开始一头向下栽去。但是，在穆巴拉克总统身边的一名将军率团抵达华盛顿之后，他们又改变了态度。
埃及方面认为， 埃及人根本不喜欢自杀，“我只信奉真主”这句话不能说明什么问题，因为这是阿拉伯人的一句口头禅，甚至在做晚餐、开汽车之前都会说这句口头禅。根据黑匣子的分析结果，埃方总结出飞机坠毁的原因大致有三种可能性：一是飞机存在技术故障；二是机内有爆炸物；三是被导弹击落。埃方认为飞机技术故障最有可能是飞机坠毁的原因，《金字塔报》还发表消息说：美国航空机构已承认波音767飞机的升降控制系统可能存在严重技术问题，这有可能是造成埃航飞机坠毁的原因。
但美方则认为，副驾驶有意自杀造成了这次空难。专家分析飞行记录器后，怀疑肇事时有人关掉驾驶室内操纵两个引擎的开关掣，因而推测有人企图自杀。两年前，新加坡航空子公司胜安航空在印尼坠机就怀疑是这种原因。当时该航空公司的一架波音737客机在由新加坡飞往印尼首都雅加达的途中坠毁，机上104人全部丧生，调查人员后来发现机师朱卫民“有个人问题”，显然是他蓄意令飞机坠毁。据美国国家运输安全委员会说，两个引擎均是在自动操作系统关闭约20秒后突然被关闭，飞机随即俯冲到大西洋。美方调查人员搜集到关于副机长的一些资料以及他念读句子的行为，则都被视为是自杀的证据。
“巴图迪把这句口头禅重复了14次之多，肯定不同寻常。”美国调查人员说。
埃及政府的理据经过美国方面的论证，全部都和事实不符。例如，埃及方面指升降舵失去控制，但美国方面指当时升降舵是处于“分裂的状态”。在这种情况下，一边是升而另一边是降，这种情况在767上只有飞行人员的操作才会做到。当然，这些只是美国当局的猜想且未经证实，但可能有杀人倾向或自杀倾向的说法则在分析报告上指出。
埃及民众始终不相信巴图迪会自杀，美国政府也并不急于下结论，因为克林顿政府不想与埃及发生外交纠纷。近年来，埃及政府在打击恐怖主义势力方面十分严厉，且成效显著，因此，美国国务院、中央情报局和联邦调查局都很尊重穆巴拉克政府。
据美国联邦调查局透露，他们手中掌握着“一张很有说服力的照片”， “问题是为什么会发生这种事”？
事故发生后，美国联邦调查局派出特工人员前往开罗，参加埃及方面的调查工作，以便摸清巴图迪的历史、社会关系及家庭问题，力图从中找出破案线索， 巴图迪为什么要自杀？