1937年底的一天清晨，气候和日寇的统治一样阴冷严酷，苏州古城发生了一件惨无人道的事件。在盘城楼下的河边，一位姑娘刚洗完衣服站起身，突然遭到两个日本兵的强暴和残杀，令人惨不忍睹。手提菜篮的杨荫榆女士恰巧经过这里，目睹此状，浑身上下一阵惊悸，当即晕倒在地。很久很久，她才从昏迷中醒来。这令人发指的血腥奸淫杀掠，使她悲痛万分。
次日，身着黑色大氅，披着满头银丝的杨荫榆，到日本领事馆，要求见日本领事，被拒之门外。杨荫榆用流利的日语说明来由，把门的日本兵终于被她的身份和气势所慑服，把她领了进去。杨荫榆一见到领事，便义正词严地谴责日寇的胡作非为，指责他们强盗行径，并要日方严惩杀人凶手。在她义正词严的抗议下，日本领事答应严惩凶犯。临走时，杨荫榆扔下一份连夜赶写的抗议书，凛然离去。回家之后，她天天等待日本人的答复。
杨荫榆绝不会想到，她已成为日寇的眼中钉。狠毒的日寇已悄悄把魔掌向她伸来。1938年1月1日，杨荫榆被两个日本兵骗至盘门外吴门桥，在光天化日、众目睽睽之下，两个日本兵一个朝杨荫榆扳动了罪恶的枪机，一个把中弹的杨荫榆抛入河中。见杨荫榆在水中晃动手臂挣扎，两个日本兵又连开数枪，将杨荫榆射杀。河水霎时泛起一片殷红。老百姓闻声纷纷赶来，然而，河面上漂浮的，只有杨荫榆常用的一条鹅黄色围巾，以及她常用的一个陈旧竹篮……捞出的尸体无法入殓，杨荫榆家又买不起棺木。她的丧事，是街坊邻里凑钱操办的。次年，杨荫榆被安葬于苏州灵岩山绣谷公墓。
杨绛在《回忆我的姑母》一文中对杨荫榆之死是这样记述的：
“日寇髦占苏州，我父母带了两个姑母一同逃到香山暂住。香山沦陷前夕，我母亲病危，两个姑母往别处逃避，就和我父母分手了。我母亲去世后，父亲带着我的姐姐妹妹逃回苏州，两个姑母过些时也回到苏州，各回自己的家。三姑母住在盘门，四邻是小户人家，都深受敌军的蹂躏。据那里的传闻，三姑母不止一次跑去见日本军官，责备他纵容部下奸淫掳掠。军官就勒令他部下的兵退还他们从三姑母四邻抢到的财物。街坊上的妇女怕日本兵挨户找‘花姑娘’，都躲到三姑母家里去。一九三八年一月一日，两个日本兵到三姑母家去，不知用什么话哄她出门，走到一座桥顶上，一个兵就向她开一枪，另一个就把她抛入河里。他们发现三姑母还在游泳，就连发几枪，见河水泛红，才扬长而去。邻近为她造房子的一个木工把水里捞出来的遗体入殓。棺木太薄，不管用，家属领尸的时候，已不能更换棺材，也没有现成的特大棺材可以套在外面，只好赶紧在棺外加钉一层厚厚的木板。”杨荫榆身为一名弱女子，面对凶残的日本兽兵，能做出这样的壮举，这该需要何等的胆气！故她的这一行为赢得了后人的高度评价：“慷慨孤怀，颠危不惑；遑恤身家，惟念邦国，是旧知识分子在国难期间觉醒并为国捐躯的杰出人物！”
争议
杨荫榆是一个充满了争议的人物，即使鲁迅和他的家人也无法统一意见。
在女师大风潮中，鲁迅坚决地站在了进步学生一方，1925年8月10日章士钊下令解散女师大，同日，该校教员及学生即行组织校务维持会，负责校内外一切事务，鲁迅即为该会委员之一。同时，鲁迅还和马裕藻、钱玄同、沈尹默、周作人等7名教师联名在《京报》上发表了《对于北京女子师范大学风潮宣言》，坚决支持学生的正义斗争，并联络30多名教师为学生义务授课。除此之外，鲁迅还因女师大风潮而写了一系列的文章，对杨荫榆、章士钊、段祺瑞政府的种种倒行逆施给予有力地批判，并和以陈西滢为首的、对女师大风潮中学生们的行动持冷漠态度的“现代评论派”展开了论战。也就是在这些文章中，鲁迅多次提及杨荫榆，并多次对她的所作所为给予冷嘲热讽。例如：
在作于1925年5月21日夜、发表于6月1日《语丝》周刊第29期上的《“碰壁”之后》一文中，鲁迅将杨荫榆与学生的关系比喻为婆婆与童养媳关系，指出“许多媳妇儿，就如中国历来的大多数媳妇儿在苦节的婆婆脚下似的，都决定了暗淡的运命。”在作于同年8月6日、发表于8月10日《京报副刊》上的《女校长的男女的梦》一文中，鲁迅将杨荫榆比作“上海洋场上逼勒良家妇女的恶虔婆”，对“杨氏的诬妄”进行了指责，指出“诬蔑是她的教育法的根源”。
在作于同年11月23日、发表于12月20日《京报》附刊《妇女周刊周年纪念特号》上的《寡妇主义》一文中更是讥讽杨荫榆为“‘寡妇’或‘拟寡妇’的校长”，并针对其早年的婚姻经历这样写道：“至于因为不得已而过着独身生活者，则无论男女，精神上常不免发生变化，有着执拗猜疑阴险的性质者居多……所以在寡妇或拟寡妇所办的学校里，正当的青年是不能生活的。青年应当天真烂漫，非如她们的阴沉，她们却以为中邪了；青年应当有朝气，敢作为，非如她们的萎缩，她们却以为不安本分了：都有罪。只有极和她们相宜，——说得冠冕一点罢，就是极其‘婉顺’的，以她们为师法，使眼光呆滞，面肌固定，在学校所化成的阴森的家庭里屏息而行，这才能敷衍到毕业；拜领一张纸，以证明自己在这里被多年陶冶之余，已经失了青春的本来面目，成为精神上的‘未字先寡’的人物，自此又要到社会上传布此道去了。”此外，鲁迅还在作于1925年5月30日后发表于6月1日《京报副刊》上的《并非闲话（一）》、作于6月5日后发表于6月7日《京报副刊》上的《咬文嚼字（三）》、作于12月9日后发表于1926年1月10日《莽原》半月刊第一期上的《论“费厄泼赖”应该缓行》、作于1925年12月18日后发表于同年12月24日《国民新报？副刊》上的《“公理”的把戏》、作于1926年2月1日后发表于2月8日《语丝》周刊第65期上的《不是信》等文章中多次提及杨荫榆，并对之进行了或明或暗的讥讽。
而《鲁迅全集？华盖集？碰壁之余》、《鲁迅全集？坟？论“费厄泼赖”应该缓行》等文后的注释更是给杨荫榆作了这样定性：“她依附北洋军阀，肆意压迫学生，是当时推行帝国主义和封建主义奴化教育的代表人物之一。”可以这么说，杨荫榆之所以能够出名不是因为她早年大胆而决绝的抗婚之举，也不是因为她是中国近现代史上一位出类拔萃的知识女性、中国第一位女大学校长，而是因为女师大风潮——更确切地说，是因为她在风潮中的所作所为遭到了鲁迅的多次讥讽嘲骂。如果不是鲁迅在因女师大风潮而写的一系列文章中多次提及“杨荫榆”这个名字，如果没有《鲁迅全集》中那些关于女师大风潮和杨荫榆的注释，现在恐怕不会有几个人知道中国近现代史上曾有过一位名叫“杨荫榆”的女大学校长的。
女作家苏雪林曾经不满地说：“她（杨荫榆）原是已故某文学大师（鲁迅）的对头，而某大师钦定的罪案是从来没人敢翻的。”鲁迅的弟弟周作人在女师大事件中也写了不少文章，但他总是把批判的矛头对准章士钊，对准帮闲官员刘百昭和教授陈西滢。就是到了非批杨荫榆不可的时候，也是有所保留，许多时候都是以章士钊为主打，将杨荫榆排在其后。
周作人在《女师大的学风》中，对杨荫榆多有批评，但这种批评显得很冷静，比如他说：“女师大的风潮早已发生，杨先生却不适当解决，始终以为少数人的行动，想用釜底抽薪的旧方法使风潮消灭于无形，这第一步就走错了。其结果当然是自此更为多事，反对者更激愤而直接行动。”这些话的口气是中性的，随后他这样说：“女师大既有此种趋势，无论实在的原因何在，校长不能不负其责，即不能适当地解决风潮而反使学风变坏之责任，当及时引退。”“杨先生因解决自身进退问题不得法而反引起有害教育前途的现象，不能不说是很可惜的错误。为学校计，为学风计，为校长计，我愿对于杨先生上劝退之表，不知能及时容纳否？”这里的话没有多少批判的意思，反而增加了不少的同情之心。周作人还再三强调自己与杨荫榆的进退“毫无利害关系，本无干预之必要”等等。也就是说他与杨荫榆丝毫也没有个人的恩怨，他完全是站在中间人的立场，因为他自己也是浙江人，并且在女师大任课，并且是站在公正的立场上说话。《勿谈闺阃》一文可能是周作人批杨荫榆最为严厉的文章。杨荫榆开除许广平、刘和珍等6名学生，用的理由不是品性不良而是反对校长，同时又以宣传品性问题为口实，真是双管齐下把学生搞臭。但周作人批评的主要方面在于“借了道德问题想引起旧社会之恶感以压倒敌人”的做法，他认为“这是极卑劣的行为，若在女子用了这个手段来对付同性，更是言语道断。”周作人最反对用道德杀人，他看到杨荫榆使用道德惩罚学生很是反感，但行文是非常谨慎、节制的。
杨荫榆去世第二年，她的生前好友苏雪林得悉死讯后，写了著名的《悼女教育家杨荫榆先生》一文。