1942年冬天，吴觉农把全家也都从香港经上海到达了祟安。在冈山碧水的武夷山，他意外地见到了一位老朋友，一位戎装佩剑的将军--那不是屈武将军吗？他是吴觉农在重庆时民主同盟的盟友，也是他的好朋友。
他们在草庐里长谈了两天，吴觉农因此知道了抗日的许多新局面，***的灭亡是必定的，胜利的曙光已经在现。在送别的餐桌上，觉农兴奋地说：“山中方七日，世上已千年，局势发展真快，今后我们要干的事情还多着呢。”
1943年初，吴觉农家里发生了一件不大不小的事情，他的两个在邵武中学读书的儿子寒假回家，一只狂犬意外地咬了吴觉农的小儿子。吴觉农毕竟是搞科学的，考虑到必须为儿子及时治病，正好两个儿子也该到了深入读书的时候了。事故发生后两天，正好他在崇安结识的一个新生朋友炮兵中将唐子长有车去湖南衡阳，吴觉农决定立即动身带两个孩子搭车去桂林。唐子长是英国炮兵学校留学生，为技术官员，并非蒋介石的嫡系，在去桂林的途中，他一路与吴觉农交谈，虽然彼此观点不尽相同，但十分坦率。唐认为国共两党是水火不容的，因此内战必不可免。但他又说：我指挥的大炮决不打自己的同胞。解放战争时期他果然实践了自己的诺言，拒绝打内战而去了香港。
在桂林，吴觉农呆了两个多月，他在桂林遇到了阔别多年的许多知已，最主要的是“中国农村经济研究会”的陈翰笙夫妇、冯和法、秦柳方、张锡昌、千家驹以及作家胡仲持、骆宾基等友人。在吴觉农生日的那一天，举行了一次生日庆贺宴，除了他的许多老朋友之外，桂林文化界的知名人士陈绍先和欧阳予倩也来参加了。这次生日庆贺宴，也算是桂林进步文化人的一次大集会。
那几年，冯和法和一些同仁合作在桂林建立了“汇通行”公司，经营后方的纸张的运销，生意发展很快，业务面复盖广西和西南各地。吴觉农在桂林，一直就住在冯和法的别墅里，冯曾提出要吴觉农来桂林担任“汇通行”的董事长。吴谢绝了他的诚意邀请，笑着说：“吴觉农如果放弃茶叶，那还是吴觉农吗？”
另外，他也没有忘记掉他年轻时代参与的事业开明书店，还和当时的开明书店负责人范洗人共同讨论了开明书店的业务。回福建的时候，他把他的两个孩子托付给了他的学生陈君鹏。在他离开的前一个晚上，他对儿子们说：抗战快要胜利了，但日寇必然要做最后的挣扎，不排除他们会大举进攻广西，你们要有心理准备。
果然不出所料，不到半年，日军大举进攻，目的就是为了打通粵汉铁路与湘黔铁路，因此迅速占领韶关、衡阳、桂林、进逼贵州、威胁四川。国民党怆惶逃跑，置人民生死不志顾，吴觉农的两个儿子吴重远、吴甲选只好随着陈君鹏沿漓江往下游的同区逃避，他们在张锡昌、千家驹、胡仲持的照顾下曾到广西日报临时做校对工作，在此增长了不少见识，直到抗日战争胜利，他们在广西乐平中学毕业，在才回到了上海的家中。
在崇安，吴觉农夫妇与两个儿子交通与讯息完全断绝，牵肠挂肚，自然不用说的。但就是在这样的时候，吴觉农也已经开始责无旁贷地开始考虑战后的茶叶发展了。吴觉农的确是一个思想超前，行动也超前的农学家。早在1944年秋季，他就邀集了所内的研究人员对于战后茶业建设问题进行了分题研究和共同讨论，在建设方针、生产、制造、贸易、茶叶经济和茶业金融、茶业行政和茶叶研究与推广七个方面作出了规划，写出了5万4千多字的调查报告，在《茶叶研究》第三卷上发表，题为《战后茶业建设计划草案》。在文中吴觉农说：抗日战争已达到了最后阶段，胜利日期，决不在远。我国战后经济建设，经纬万端，茶业其一也。
人在深山，心在全国，吴觉农此时虽然只能一边埋头苦干一边静候中国茶业复兴的到来，但只要有可能，他千方百计地为茶农着想，为茶人着想，为中国的茶业着想。
上虞茶乡的人民，直到今天都还记得吴觉农的救命之恩。
原来，自抗日战争进入1938年，日寇入侵，茶叶的销路被彻底地堵塞，当地农民的主要经济来源被枯竭，一时间，穷苦农户过着“野菜当食料，乌糯当早稻，柴枝当棉袱，葛藤缚裤腰”的生活。
刀兵如火，哀鸿遍野，许多学校都被迫停办，上虞北山区中心小学的学生学生由原来的200多人锐减到80多人，当时学校的校长黄家裕和余益荣，日思夜想着要找一个救星来救民于水火。他们终于打听到了吴觉农在从事中国茶叶方面的工作，便于1944年8月和1945年的3月。以北山中心学校校长名义先后写信给吴觉农，要求他火速派员来收购茶叶，救北山茶农与水深火热之中。但因交通阻碍，两次信件都没有收到。第三次他们又发动全校师生联名呼吁，并于1945年7月委托在重庆的任职的黄世坎先生把联名信送到吴觉农手里。1945年10月，吴觉农专门派陈佐卿来到北山区收茶叶，那陈佐卿见到了黄校长，第一句话说：“黄校长，你很年轻啊，你能为茶农呼救，很好，今天，我是吴觉农先生派我来收茶叶的。”
好消息一传出，面黄肌瘦的茶农们，担着茶担纷纷赶来，结果前后共收了一万多担茶叶，缓解了三万多茶农的燃眉之急，茶农们说这真是大慈大悲的观世音下凡，让茶农们在阎王殿前得以生还。而辍学的儿童们也得以回到学校。这件事情虽然在吴觉农先生而言，只是众多茶事中的一件，对茶农们而言，却是终生难忘的大恩大德。
1945年是一个兴奋的迎接的年代，也是一个告别的年代。1945年有那么多事情发生。年初，吴觉农突然接到了一个不好的消息，原来当时的国民党政府正在以抗日救国为名，搞什么“十万青年十万军”的口号，鼓励青年学生参军。吴觉农的大外甥陈肯当时正在福建长汀的厦门大学读书，出于爱国热情报名参加青年军，还没走成呢，就收到了吴觉农的信，坚决予以制止。并寄去了路费让他武夷山，严肃地告诉他，这是父命。因此陈肯终于没有去青年军，而是到了祟安茶叶研究所。他还是不明白为什么姑夫不让他去抗日救国。吴觉农这才对他说：青年学生有理想，要求民主，但国民党能够允许吗？
这句话尤如惊雷一样，惊醒了陈肯，使他简单的头脑开始思考复杂的社会和人生，以其在这当中找到准确的方向。
研究所建在武夷山下，风景如画，离城里又远，但陈肯发现姑夫非常忙，来来往往的人，有进步青年，有教授，有将军，有爱国志士，他们关心时局，言谈抨击着蒋介石的独裁，也憧憬着抗日的胜利和美好世界的到来。陈肯在几个月内真的成熟了不少。姑母陈宣昭也悄悄地把他带到一片茶园，告诉他这片茶园国民党曾经活埋了从上饶集中营押解过来的几十个新四军被俘人员，烈士们被害之前高呼着口号英勇就义。这血淋淋的事实，终于让年青的陈肯认识到了国民党的残暴，不久后，他就加入了中共地下党，走上了为新中国的诞生而奋斗的路程。
1945年中国发生的事情太多了，周恩来再度飞渝与国民党谈判；蒋介石提出召开“国民大会”以对抗中共提出联合政府的要求；4月中共七大在延安召开；5月国民党六大在重庆召开；5月8日德国无条件投降，7月26日中美英三国发表波茨坦公告要求日本无条件投降；8月日本天皇宣告正式接受无条件投降，当月毛泽东抵渝与国民党谈判。9月9日日军在南京举行中国战区投降仪式，中国人民抗战八年胜利。11月，吴觉农48岁了，从重庆传来了消息，茶叶研究所奉命结束，所办的《茶叶研究》杂志也宣告结束。
是的，在武夷山从事茶叶研究的这三年中，固然硕果累累，而且这些成果也都是在艰苦条件下完成的，但它的重大意义，不在于成果本身，而在于中国茶叶处于最低落、最困难时期，外销停顿、二次世界大战爆发，中华民族危急存亡之际，吴觉农显出了茶人的英雄本色，仍领导着中国茶人们带头艰苦工作，奋勇前进，培养了大批的科技人才，为中国茶叶复兴和科教事业的发展打下了良好的基础。
吴觉农在《茶叶研究》的告别词中，深情地回忆了《茶叶研究》的诞生经过，总结了以往，更坚定地想往着未来。《茶叶研究》是由原油印的《武夷通讯》转变而来的，虽然经费很困难，但还是坚持出到了12期。吴觉农最后说：本所结束了，但不是死亡，而是更新。我们的研究工作是不会停顿的，我们这个刊物也不会终止的。这不是永别，我们还会相见的，我们一定会重见的。