吴觉辞去中国茶叶公司总经理之后他经农业部副部长的身份，有可能把更多的精力集中在农业部工作上了。过去一般只能到农业部上半天班，现在可以全天在部里工作了。但我们很难知道这几年他究竟是在农业部如何度过的，甚至没有一本“流水帐”可供参考。从他的年谱里也只能看到寥寥数语。比如1953年9月间出席了农业部第144次部务会议上，他提出过财务工作与生产工作的关系；1954年他在两次部务会议上有过一些具体业务上的发言，还在农业部作过两次形势报告。但我们依然可以想见。在报上发表农业部关于农村新农具的推广应用，防灾抗灾的通知，农业丰产奖励办法的颁布、防止水土流失的报告，都有他的一份参与。
总的看来，他同农业部后来的几位党员副部长以及农村工作部的领导，如刘瑞龙、王观澜、杜润生、张林池等，相处都很融洽，私交也都还很不错。
那几年正是农业合作化运动发展的高潮，对于合作化发展速度之快慢，每年粮棉等农产品以及水产品产量定额的制定以及农业发展纲要的长远规划等，他不可能参与决策，也不可能发表意见。但他当时的看法和想法便倾向于邓子恢副总理的主张。当时的邓子恢因为主管全国农业和农村政策，而被批为“小脚女人”。因此，吴觉农也难免有了“右倾保守”之嫌。
1955年11月，他同茅以升、陈翰伯（新闻出版局副局长）、范若愚（周总理秘书、马列主义理论家）等，参加了以茅以升为团长的中国科普代表团，他又一次访问了苏联。吴觉农对苏联是有着特殊的感情的。这次出访，又正值十月革命节。在吴觉农的心里，这是一个神圣的日子。他在莫斯科红场同苏联人民一起共同欢庆节日，观看游行。有一张保存下来的照片，留下了他兴高采烈地双手举起一个俄罗斯小孩和鲜花的镜头。
这次出访苏联显然给吴觉农带来了不同以往的思考，虽然他回国后并没有过多地议论，但有几句话其实意味深长。他说：看来搞好农业也并不容易，苏联十月革命成功已经近四十年了，农业问题并没有解决。商店的货架上东西并不丰富。也许这不单纯是提高科学技术问题，也有经济政策问题。
有好坏么一段时间，吴觉农除了在农业部主管茶叶生产这一项之外，不再过问茶事。但他到南方视察访问时，仍很关心与茶有关的问题。1954年他去武夷山一次，在县政府组织下，召开过一次茶农座谈会。在座谈会上，吴觉农见到了他的老朋友江润梅，他们谈得十分投机，正是在那次会上，吴觉农要大家组织起来，发展茶业，并且要研究如何降低成本，逐步实现机械制茶，并批示当地政府要给茶农发放生产贷款。正是从那时候开始，桐木关的“正山小种红茶”产量逐年上升，质量有了更大的提高。
1955年，吴觉农曾以全国政协常委、副秘书长的名义到上海进行视察，他特地来到他一生都怀念的上海商检局看望新朋老友。他从前的下级汤成现在已经是商检局局长，和他的弟子、同样在商检局负责的尹在继喜出望外地接待了他，向他汇报了茶叶出口检验的情况。他们谈着谈着就谈开了，尹在继记下了老师的这样一段话：一个人不能没有主观，没有主观的人是没有能力的表现。问题是要善于吸收别人正确的意见为已所用，这就不大会出问题。
尹在继一生都记住了这段话，并把此作为终身的教诲，甚至是一生中立身处世的座右铭。
而吴觉农在这样的时候谈到关于主观与客观的问题，难道不也大有深意吗？
转眼间进入了1956年，毛泽东论十大关系发表的那一年。吴觉农已经五59岁，眼看着就要进入花甲之年了。
看上去那一年国内的政治形势不错，中共中央召开了关于知识分子问题会议，中共中央又提出了1956--1967年的全国农业发展纲要。全国开始进行资本主义工商业社会主义改造。民革，民盟，民建中央分别兴行了座谈会，交换对“长期共存、互相监督”方针的意见，吴觉农能够感受到春天的气息。
不知道吴觉农那年春节究竟是怎么思考的，总之，那一年他有机会与周恩来总理面谈了一次。周恩来对吴觉农说：准备让你担任全国政协副秘书长，参加一些统战工作，但仍可以关心茶叶和农业工作。
即便我们现在无法面对吴觉农让他亲自谈一谈当时的感受，但我们还是极其合理地想象，半生忙碌突然空闲下来的吴觉农在离开茶叶三年之后，突然听到总理的指示，说他还可以关心茶叶，他的心情会是怎么样？
当然，参与政协的工作，也就意味着要从农业部出来，这也中可以看得到的一种趋势。随着执政党地位的越来越巩固，也随着党内专家的成熟状大，他们这些同路人的影响也越来越淡化，这并不是吴觉农一个人的命运走向。
1956年3月间，吴觉农出席了在北京召开的中国农学会成立暨第一次全国代表大会，吴觉农在会上被推选为中国农学会的副理事长。中国农学会是从中华农学会改袭而来的，新中国成立之后，在中国大陆的中华农学会与新农学会等团体就合并在一起了，改建成中国农学会。这时中华农学会还欠着吴觉农个人一大批垫款呢。几十年来，吴觉农作为中华农学会元老，自己的家充当会址，他自己又是办公室主任，又当秘书，又当财务，又当办事员，经济上一旦发生困难，吴觉农还负责掏腰包。现在，新中国成立了，农学会有了国家作为强大的支撑，吴觉农怎么能不感慨万分呢。吴觉农在这个组织中奋斗了几十年，作为一个社会活动家，农学家的信任对他毕竟是一种激励和安慰。
这个会开完之后，他就加入了陈毅副总理率领的赴西藏中央代表团，他任分团长，并出席了4月间在西藏召开的自治区筹备委员会成立大会。在拉萨市召开的自治自治区区筹备委员会成立大会上，吴觉农代表各民主党派，在会上作了联合发言。同行的有政协委员于振瀛、地理学家孙云，何思源。在日记中，他曾经这样追记：二月准备，三月中旬出发，月底由兰州到西宁，一直到中旬才回成都。吴觉农这一次算是壮行，从青藏公路入藏，绕道康藏公路出成都回京，历时百日，行程万里。
应该说，在吴觉农的晚年，这一次壮行还是很重要的，他自己也写下了许多的感受，我们可以在他的《青藏高原见闻记》中看出这一时期的他的精神状态。
……我们从北京到兰州，乘汽车穿过青藏公路到拉萨，又绕道康藏公路回北京。在高达3000~5000公尺的被称为“世界屋脊”的青海、西藏两地，行程万余里，为时百有余日，所见所闻，多属过去很少接触到的事，实属生平最可纪念的一次经历。
青海湖四周的无边的草原上，散布着很多河流，对农林、畜牧的生产事业的发展有极大的前途，可惜过去人口稀少，不能很好经营！今后随着交通、工矿和农林、畜牧事业的发展，必然会使青海湖四周变成一个美丽富饶的地方。
4月6日原定清早出发，因昨晚忽然刮大风，随即飘雪。晨起看到窗外遍地白雪，厚达数寸，同行者已穿上长统的白毯靴，团部考虑后仍决定继续前进。车辆在雪地行走，四面已杳无人迹，有人念着“千山鸟飞绝……独钓寒江雪”之句，都感到我们的车辆，正像一叶扁舟。在雪海中飘泊，环顾四周山上，又都白雪皑皑，在阳光下晶莹闪光。
……
此次高原之行，历时不断，回来后尚未好好修整，就接到了钱梁和黄清云翻译的苏联《制茶工艺学》一书的初稿，吴觉农的心情，当是百感交集的。他在日记中记道：我能始终从事、学习了茶业方面新的基础知识，也复习了荒废了的业务。
吴觉农对茶叶的那种一往情深、渴望而又不得不保持距离、乃至于担心生疏的感情，在字里行间流露出来，透着一股常人几乎看不出来的心酸。
虽然如此，吴觉农还是不能忘情于茶叶，他也开始翻译苏联制茶工业方面的有关资料。在年底的日记中，他说：年终未出去干其他工作，有机会整理了一下有关茶叶的旧资料，特别查核了一下《古今图书集成》，了解了了的内容，这为以后的若干工作打下了基础。
在1956年春节的团拜会上，周恩来总理见到了吴觉农，他把他叫到了一边，坐下来对他说：准备让你担任全国政协副秘书长，参加一些统战工作，但仍可以关心茶叶和农业工作。
也就是在那一年，他离开了农业部副部长的岗位，担任了全国政协的副秘书长。他又开始忙起来了。立刻就接手了许多的工作，包括参与筹备孙中山先生诞辰九十周年纪念活动；负责“政协会刊”的工作，建立机构、确定工作方针，参加第一期的约稿审稿、负责联系全国政协十四个专门小组、并担任科技组副组长和工商组组长；参加全国政协的外事活动，等等。
1957年来到了。这一年是从祥和的欢乐开始，从严重的不安结束的。吴觉农的家庭在1957年有了一个大规模的发展。首先是长女谷茗和杨禄荣在元旦结婚，而次子甲选也在他去了青海的3月间结婚。次女同一位青年已经定了亲，而后来成为中国奥林匹克协会主席的长子重远在二月间又添了一位女儿。吴觉农那一年刚好六十，人到花甲之年，一下子添了那么多的喜事，吴觉农自然是份外高兴的。
4月间他在民建的组织工作会议上，以组织委员会主任委员的身份主持了会议。说实话最初吴觉农对安排他加入民建他是有一些不解的，他觉得他一生从事的都是茶业文化和社会活动，与民族资本、工商业家的发生发展并没有多少接触，现在到民建来，接触的都是另一批他过去并不怎么熟悉的人与事，但在工作中他逐渐意识到了重要性，所以在这次会议上他还专门作了中心发言。
四、五月间，还有一件事情是他心里非常欢喜的，那就是他和久违的茶又有了接触。说是离开茶了，其实他的心何曾有一天离开过茶。1957年的春天，大鸣大放的春天，但吴觉农顾不上这些，因为春天是属于茶的，是新茶的季节啊，他以全国政协委员的身份来到了茶乡安徽与浙江，主要了解茶叶生产的情况。