2月29日，出席新中国首次全国商品检验会议，制定《茶叶产地检验办法》和《茶叶产地检验与中国茶业公司协议办法》；
3月15日，创办中茶公司内部刊物《中茶简报》，为其题刊名；
3月25日，主持中国茶业公司在北京召开的第一届全国茶业公司经理会议；
3月30日，出席农业部第十九次部务会议，提议创办《中国农报》刊物；
4月19日，代表中茶公司与中央合作事业管理局签订供销茶叶协议；
5月4日，出席农业部第二十五次会议，传达中央财经委员会计划局报告；
8月2日，主持中茶公司在北京召开的新中国首次全国茶叶储运会议；
8月25日至31日，中茶公司在《人民日报》上刊登通告，在全国七个考区统一招生，入中央贸易部的干部学校；
9月2日，与苏联协定了第一个中苏茶叶贸易合同；
11月13日，主持中茶公司在北京召开的第二届全国茶业公司经理会议；
同月，中茶公司委托武汉大学农学院开办茶叶专修科，培养茶叶人才；
12月7日，出席农业部第五十三次部务会议，传达全国合作会议和茶叶会议的主要内容；
12月18日，利用茶叶生产冬闲时间，在杭州举办“中国茶叶公司制茶干部训练班”，至翌年1月31日毕业；
12月19日，赴杭州，为“中茶公司干部训练班”作了《目前茶叶产销趋势和我们的任务》的报告，又题写《制茶学习》刊名；
12月20日，在杭州与总技师胡浩川莅临中茶公司杭州分公司考察；中茶公司接管全略地茶叶试验场；中茶公司进行年终工作总结；
1951年（吴觉农54岁）1月18日，出席农业部第五十九次部务会议，汇报上年度茶叶情况是个大丰收年；
1月29日，中茶公司组织中国茶叶展览，前往欧洲加入国际博览会；
2月15日，中茶公司召开第三届全国经理会议；
2月26日，中茶公司召开首届全国财务会计工作，吴觉农向会议致开幕词；
3月2日，主持农业部第六十二次部务会议；
3月31日，中茶公司第二届全国储运会议在北京举行；
7月5日，出席农业部第七十九次部务会议，吴觉农传达中央财经委领导的指示要点；
8月8日，中茶公司在北京召开全国茶叶生产会议，吴觉农主持会议，总结两年来产销经营经验；
当月，商定两部茶叶管理的分工问题，决定有关茶叶生产的实验研究改良及初制工作移至农业部门领导，中茶公司专营茶叶收购、精制与贸易业务；
11月，中茶公司在北京召开第四届全国经理会议，研究下一年的工作，经营方针，计划和政策措施。
12月28日，出席农业部第九十七次部务会议，决定由吴觉农召集各司局研究1952年的农业贷款问题；
同月，中茶公司编印《中茶手册》，发送全国茶叶系统工作人员人手一册；
当年冬天，参加抗美援朝慰问团，任中央分团长；
1952年（吴觉农55岁）；
3月14日：出席农业部临时部务会议，讨论一九五一年农业丰产模范第一批奖励名单；
5月24日：出席农业部第104次部务会议，讨论1952年度夏季农业生产工作指示；
8月9日，出席农业部第109次部务会议，讲座全国农业工作会议准备荼和国营农场农业经营规章草案；
8月13日，中茶公司《关于茶叶产区划分原则及区域范围的意见》报呈农业部；
12月26日，出席农业部第118次部务会议，讨论关于1953年土壤、肥料工作的意见和1953年各级农业试验研究机构气象观测设置方案；
12月31日，辞去了中国茶业公司经理职务；
那一年大的国务活动届有两项，一是同冀朝鼎一起出席了在丹麦哥本哈根召开的国际经济会议筹备会议，这是新中国成立后参加的第次经济方面的国际会议；二是与郭沫若、茅盾等人出席了维也纳召开的保卫世界和平大会；
可以明显地感觉到1950年1951年的茶业工作，与1952年的工作是不成比例的，而且到了1952年底，吴觉农就突然辞去了中茶公司经理的职务。
显然这和他的工作业绩没有关系，应该说，新中国开国二年的茶事工作，从今天看来，是辉煌而卓越的，今天中国茶业的大格局，基本上都是那时候搭下的框架。吴觉农感谢党和人民对他的信任重用，中茶公司的建立又使吴觉农多年的理想得以实现。他倾注了充沛的感情和精力，提供了全部的经验和构想，他甚至并不以自己是非党员而有所顾忌。开头几年的工作，他大刀阔斧通往直前地着重抓全国茶叶的大布局，大体绘出了新中国茶顺事业的发展蓝图。
昊觉农对新中国茶业事业的卓越贡献有是目共睹的。
在组织建设上，正是他奉命创建了新中国的茶叶机构，从1949年10月25日成立了新中国第一个茶专业的总公司--中国茶业公司之后，到1951年底两年时间，不完全统计，中国全国已先后设立各级茶叶公司和营业处、站24个，国营茶叶精制厂、实验场56所，茶叶收购站337个，全部茶叶机构共约420个。
从茶叶生产制作方面看，正是他提出了大力复兴茶叶的方针和措施，一系列的措施之后，到1952年，全国茶园已恢复到336万亩，茶叶产量达到8、04万吨，茶叶出口量由1949年的9922吨，1952年增到了28700吨，增长近两倍，内销量则增长三倍多，取得了初步成效。
正是他力倡推行制茶机械化，发展生产力，他在陈云同志的支持下，由国家拨给了一批资金，订置了大批茶机，规定必须利用机械制造茶叶，从数千年来的手工制茶的原始阶段中解放出来。同时他又组织人力进行机械化茶厂的设计，于1950-1951年间建成了新中国第一代的新茶厂，为实现制茶机械化迈出了开创性的第一步。
从茶叶教育看，正是他培养了一大批茶叶专业人才，一方面中茶公司通过武汉大学农学院院落长杨开道，开办两年制的茶叶专科招收学生，经费由中茶公司资助；另一方面通过短训班进行培训。1951年12月在杭州召开的短训班，参加人数达214人，被人们誉为是“全国茶人大会师，茶叶史上最重要的一页，是划时代的创举。”
从茶叶运销方面看，他强调兼顾内销、外销，及边销和侨销。1950年中茶公司同中央合作事业管理局签订供销茶叶协定，规定省市以是合作总社销售的茶叶统由中茶公司供应，按七五折赊销。
当台湾国民党飞机对上海滥施轰炸，对新中国工业生产进行破坏，吴觉农采取对策，迅速将上海的存茶运到天津，青岛、广州等口岸出口或内销。为此，中央财经委指示铁道部运费减半收取。
可以说，那个时代的吴觉农，真是怀着赤子之心，把他半生对茶业的实践思考知识全部奉献了出来，而且，他那时候也正是年富力强的时候，是最成果的时候，也是中国茶业最需要他的时候。是什么原因让他离开了中茶公司呢？
表面上看没有什么原因，只是出于工作需要，但实际上，像吴觉农这样的一代相信要以科学教育知识和实业来振兴中华的老知识分子，已经开始感受到了解放以后极左思想的干扰和打击。一九五二年中国开始了三反五反运动，这个运动也开始了扩大化，而吴觉农和他的相当一批在新民主主义革命中与共产党同心同德共同奋斗的知识分子，却受到了不公正的怀疑。吴觉农虽然没有受到任何形式的审查，但还是受到了极左思潮影响下的人的不公正的指责。这些人怀疑吴觉农对党的忠诚，甚至把吴觉农放到了他半生痛恨的旧社会的那些即得利益者的阵营，有人甚至把他也列入资本家的行列。
当时向他提出的意见大致有那么几条：“轻视老干部”，中茶公司刚建立，贸易部第一批调来三、四十名刚从部队转业到地方的干部，领队的一位北方农民出身，没有见过茶树的老干部。吴觉农觉得这批干部不熟悉业务，使用上不够得心应手。后来矛盾不断发展，形成了技术干部与这些老干部之间的隔阂，此事最后传到周总理那里，总理召见了吴觉农和贸易部副部长李哲人，责成李哲人调解此事，总理指示：党员干部有责任团结非党干部共同工作，新老干部有不团结问题，首先要对老干部严格要求。但后来，这个问题并没有得到很好的解决。
“任用私人”。吴觉农为了开展业务，自然想要用几个得力的助手。他首先想到的就是他的学生陈汉明（原名庄思杰）。他曾经在商检局和浙江茶叶处工作过，抗战初期去了延安，解放后在某设计院任副院长，一时没有能够调成。于是吴觉农又请来一位从国外最来、过去曾在“富华公司”当副经理的余绍光。余也是邹秉文的得力助手，精通外语和贸易业务。吴觉农重得了贸易部部长叶季壮和副部长姚依林的同意。他调余绍光来担任中茶公司的副总经理我们都不知道他是哪里来的？是谁批准的？三反五反后，余绍光调离了中茶公司，去外贸学院担任英语系主任，并入了党。
最令人伤心的是有人指责他“沽名钓誉”。有人指责他将自己的一辆私车捐给“抗美援朝捐献运动”，然后又让公家给他派一辆新车，使他既得名又得利。而批判的方式又是让吴觉农站在群众前面不设座位，他手里拿着笔记本，不知该如何记。这种类似批斗会的形式，是来自上海的吴觉农从来没有经历过的，也是他难以忍受的。
吴觉农的心深深地被伤害了，虽然从外表上看他还是那么豁达热情。他感到最伤心的是，极个别他发现、他培养、并肩为中华茶业的振兴而奋斗、并对他也极为了解的同仁，甚至晚辈极的人物，在这关键的时刻，表现出了使他吃惊的不负责的举动，这在一生梗直的他看来，是很难理解的。有些人不了解他他能够理解，他在旧中国复杂的社会环境中工作，拼博，忍辱负重，披荆斩棘，那复杂多变的情形哪里是三言两语能够说得清的，但一些共同走过的人，在吴觉农想来，是不应该不明白的。当时的新中国，极左思潮刚刚开始，吴觉农不可能在这个时候就有那种认识。他欲说还休，不愿再做过多的申辩。
吴觉农产生了激流勇退的思想，在1952年国庆庆典上，他向外贸部长叶季壮表示“因农业部的事不能兼顾”，请求辞去中茶公司的职务。外贸部见他去意已定，不久也就同意了。其实，他心里并不舍得离开茶叶业务，好在农业部副部长的位置还在，他还能从农业这个口子上对茶叶进行他的关注。或许他并没有意识到，他因此将一别他的茶业多年，他没有想到，这一切只是一场序幕，他的下一个和茶隔离的时代开始了；