当时的中国台湾民众，被一种急功近利的思潮所笼罩，许多人上大学不是为了求知，而是为了找一份好工作。面对这种倾向，吴大猷告诫：“教育的目的，不只限于知识的传授，尤其是高等教育，其主要任务是教育学生思考。”为了完成这一任务，吴先生明确提出：“高等教育的重要责任是将人文学与科学间的鸿沟盖接起来”，这种“盖接”，不是一种表面的点缀，也不是“在文学院加一二科学课程，在理学院加一二人文课程”，而是要在思想观念和政策措施上进行重大改革。拿吴先生这个观点来衡量，近年来内地大学的”文理沟通“，恐怕还是所谓表面点缀，算不上一种全面”盖接“。因为这种文理沟通，还局限在“提高学生素质”的层面，没有上升到“教育学生思考”的高度。前者的立意是为我所用，后者的出发点才是为人本身。
1982年，吴大猷以《科学、技术、人文学》为题，在《民生报》分三次刊登长文，进一步论述三者的关系。他说，科学和人文学是人类文明的两个方面。就科学而言，由于“高度专门化”和大量使用深奥的观念和术语，它已经“成为极少数专家的私有花园”。这样一来，连那些受过普通教育的人，也很难对科学有个基本了解，即使是受过专门教育的人，对其他专业也是隔行如隔山，根本不知道人家说啥干啥。于是，几乎所有的专业工作者都处于一种老死不相往来的境地。这充分说明人类文明出现了严重的问题，它对于社会的和谐发展和个人的生命体验，都非常有害。他强调，人类社会已经到了一个必须将人文科学与自然科学沟通起来的时代，而这种沟通的任务，只能由教育来承担。不难看出，近年来有些人一再强调所谓专业教育、技术教育的重要性，显然是要重复人家走过的弯路。
在这篇文章中，吴大猷再次强调教育的目的不应该只限于知识的传授，而应该训练学生的思考。他认为只有这样才能启发求知的兴趣，培养学习的习惯。与此同时，他还对纯粹科学、应用科学和技术科学做了比较。他说如果把科学比作一棵树，那么纯粹科学就是树根，应用科学就是枝叶，技术科学就是花果。他指出，假如只想着科学技术的应用而不重视基础理论的研究，那就好像不顾树根枯朽、只想着花繁叶茂果实累累一样，是不可能的。他还指出：纯粹科学的探索需要两个条件：一是要有自由的环境，这种环境应该由大学和学术性研究机构提供；二是要有一批追求知识、追求真理、博学深思、颇具想象力的学者和青年。这两个条件比大楼、仪器、图书、经费等物质条件更重要，是造成学术研究气氛的关键。这与梅贻琦先生提出的“所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也”的观点如出一辙。不同的是，吴大猷先生更重视学生，把希望寄托在年轻人身上。文章结束时，他语重心长地说：“一个没有纯粹科学的国家，……将永是落后。”1983年，《中国时报》以“人文与自然科学应如何均衡发展”为题，对吴大猷和余英时进行采访。他们二人是国际知名的自然科学家和人文学家，再加上当时人文科学与自然科学失衡的问题已经非常严重，因此这是一次意义重大、影响深远的对话。对话中，吴大猷进一步分析了纯科学和应用科学、技术科学的区别。他强调：研究纯科学和应用科学的区别，就在于前者的动机很单纯，只是为了求知，根本不考虑实用，也不追求商业性利益；但后者却不是这样。应用科学是利用科学知识和科学原理，对具体的问题或目标进行探讨；技术科学则是把应用科学得到的原理、方法用在更广泛的实际问题上。按理说这本来是老生常谈，为什么吴大猷还要反复强调呢？这说明当专业教育和职业训练甚嚣尘上的时候，人们反而在常识问题上容易出错。正因为如此，吴大猷批评中国台湾当局“只重视下游的技术，忽略上游基础科学”，在经费分配上也总是应用科学大于纯粹科学、自然科学大于人文社会科学。他认为这是很不正常的现象。
紧接着吴先生又谈到通才教育。他介绍说，哈佛大学在1946年成立了一个委员会，目的有两个：一是要使没有学过科学的人也能对科学有个基本的了解；二是要让人人都知道，不断研究创新是美国科学精神之所在。
这个委员会认为，科学的发展不是零零碎碎的技术进步，而是一种根本性的改革。要使人们对科学有基本的了解，最好的办法是借助于通才教育。
吴大猷说：“通才教育可使学生未来发展时，能有一种宽广的基础，使得念科学的人，也能了解、欣赏人文知识。同样地，念人文的人，如果对科学有清楚的了解，将来如果进入政府机构，在从事政府决定时，就可避免发生偏差。”在这次采访中，余英时也谈到在台湾和世界各地出现的一些情况，这些情况与如今内地面临的困境极其相似。他说：“我国传统教育的毛病是偏重于通才、不重专业。现在的情形恰好相反。由于社会趋于专业化，个人必须有一技之长，职业才有保障。因此，哪些专长易于找到职业，大家便一拥而上。这种情形当然不限于中国台湾，美国、苏联等地，亦复如此。例如，目前各国都有许多男女，纷纷学医、法律与电脑。这纯粹是一种以职业为主导的教育取向。这种取向，有予以自觉改变的必要。”如何才能改变这种不正常的取向呢？余先生的意见是：无论你学什么专业，都应该对专业以外的学科具备必要的常识。只有这样，你“才有资格做一个完整的现代人，并具备综合判断的能力”。他认为，这些问题涉及考试与教育制度，要彻底解决虽然不是容易的事，但至少也应该做些努力和尝试，“否则就会产生一种流弊，亦即造成一种所谓‘对很多事情知道得很少，对很少事情知道得很多’的‘专家’。这种专家只有很狭隘的专业或纯技术观点，却无法妥善处理专业以外的重要问题，甚至不能做出正确的判断”。这些话对于那些过分迷信专家的人们，无异于当头棒喝。
最让人感动和钦佩的是，作为一个自然科学家，吴大猷总是站在人类社会健康发展的高度，反复强调人文科学的重要性。他说，随着科技的发展和经济的繁荣，人们的欲望也越来越高，这就使人类陷入一个贪婪的欲壑难填的旋涡之中。其中最明显的是生态环境的破坏和犯罪率不断增高等问题。要解决这些问题，只能依靠人文科学来发展人类的智慧，控制并克服人类的贪欲。他指出，要想让人文与科技“融合起来，成为更高层次的一个文化，着重的是需要改变人类的教育，使习科技的不成为‘机器人’，习人文的了解‘科技’的性质”。也就是说，当我们兼备人文与科学的更高智慧时，才能摆脱目前的困境。
1984年吴大猷已经年近八旬，但他仍然担任中国台湾科学教育指导委员会主任和“中央研究院”院长等重要职务。这一年年底，他在台湾地区国民大会宪政研讨委员会全体会议上强调：所谓科学精神，乃是科学家追求真理、探索未知的一种思想观念和行为方式；尽管它原本并不是为了实用，但它却是一切技术的“根”。基于这一认识，他主张发展工业不能只停留在”技术引进“的模仿阶段，而应该加强基础科学的研究。与此同时，他认为激发青年学生对科学的兴趣，是中学教育的主要任务。但是，由于“大学联招”（类似内地高考）存在的问题，使中学教育出现三大偏差：一是课程设置太偏，二是文理分科太早，三是学业负担太重。这就使大多数学生在学习中只能采用死记硬背的方法，不能理解知识的奥秘和科学的真谛，从而对科学丧失兴趣。为了纠正这些偏差，吴大猷成立了”人文社会学科教育指导委员会“，一方面主持高中教材改革，一方面组织相关教师培训，以便进一步提倡通才教育。
在此之前，吴大猷还在台湾《民生报》发表文章，提出只有推行通识教育（即通才教育），才是解决问题的最好出路。在这篇短文中他指出：
台湾初中生毕业后就必须做职业教育或考高中的选择，这就不可能让学生养成求知的兴趣和习惯；至于大学的专业设置，也有过于狭窄的毛病。他认为整个社会对教育有误解，以为上大学就是为了找工作，或以为大学应该对学生进行专才训练，“这些皆是偏狭之见”。他说：大学的“学者和学生都有自由从事所选择的学术”研究的权利，凡是受过大学教育的人，都应该拥有基础知识和科学训练。通才教育的目的，就是要使学生养成广泛的求知兴趣和不断学习的习惯。
1986年，吴大猷在台湾《中央日报》上谈人才培养时，又涉及这个问题。他说，科学本身就是一个求知的过程，它需要一种纯客观的态度。但如今青年人求学，往往以出路和收入为转移，结果是真正对学问有兴趣的人没有几个。一年之后，已经是80高龄的吴大猷先生在接受《台大研讯》采访时又说：“30年前我来台湾时学生的求学志向都很高，很多有志于基础科学，求学的动机也比较单纯，现在进大学的竞争依旧很激烈，但是很多学生对学术兴趣并不高，只在图个资格。”吴大猷所说的30年前，是指1957年他回台湾讲学的时候。当时他在台湾大学讲学四个月，可谓座无虚席，盛况空前。他觉得这里的学生比北京大学和西南联大的学生还要好。吴大猷回台湾讲学是胡适促成的，后来胡在信中对吴说：”你此次在台教学四个月，最辛苦，最负责任，所以最有成绩。所谓‘成绩’，不在班上那几十个学生的考试成绩，而在你所引起的青年学人的求知向学的热诚……“（《胡适书信集》第1312页）。这些话胡适在许多场合都说过。
胡适与吴大猷是一种亦师亦友的关系。在他们的交往中，有两件事值得注意。
一是1947年，胡适曾给白崇禧、陈诚二人去信，提议在北京大学成立一个原子能研究中心，把这方面的第一流物理学家集中起来，“专心研究最新的物理学理论与实验，并训练青年学者，以为国家将来国防工业之用”。在这封信中，胡适列出钱三强、何泽慧、胡宁、吴健雄、张文裕、张宗燧、吴大猷、马仕俊、袁家骝等人，认为这九个人“可谓全国之选”。这件事虽因内战未能实现，但也可以看出吴大猷在学界的地位。当时吴大猷正在国外，他代表胡适与正在英国的“张宗燧谈数次，使其决来北大”（《胡适来往书信选》中册，第289—293页）。张宗燧是著名学者和政治活动家张东荪的儿子，他回国后，不仅没有发挥自己的才能，反而因为父亲在朝鲜战争期间被打成美国特务而受到牵连，并终于在“文革”中自杀身亡，为历史留下沉痛的一页。
二是1962年，中央研究院举行第五次院士会议，当时担任院长的胡适因为吴大猷、吴健雄、袁家骝、刘大中等四位海外院士都能回台湾出席会议，心情非常高兴。2月24日下午5时，胡适在欢迎新院士的酒会上说：
“我今天还可以讲一个故事。我常向人说，我是一个对物理学一窍不通的人，但我却有两个学生是物理学家：一个是北京大学物理系主任饶毓泰，一个是曾与李政道、杨振宁合作证验‘对等律之不可靠性’的吴健雄女士。而吴大猷却是饶毓泰的学生，杨振宁、李政道又是吴大猷的学生。排行起来，饶毓泰、吴健雄是第二代，吴大猷是第三代，杨振宁、李政道是第四代了。中午聚餐时，吴健雄对吴大猷说：‘我高一辈，你该叫我师叔呢！’这一件事，我认为生平最得意，也是最值得自豪的。”（《胡适之先生年谱长编初稿》第3898—第3899页）出人意料的是，也许是过于兴奋吧，胡适话音刚落，就因为心脏病突发而不幸逝世，因此这段话也就成了胡适的临终遗言。
这件事告诉我们：在中国，人文学者曾经培养出世界级物理学家，世界级物理学家也在大力提倡人文教育。这其实是知识分子的一个好传统。
遗憾的是，这个传统在我们这里被迫中断。最近这个问题虽然引起了世人关注，但是大家并没有认识到这是关系到“培养人，还是制造机器”的高度。因此，尽快恢复通才教育的传统，才是振兴中华民族的最好出路。