在江西的日子，是曾国藩最艰难的日子。曾国藩几次想撒手不干，但深感“欲罢不能罢”。
太平军在江西发动了猛烈攻势，石达开留韦俊在城据守，与胡林翼、罗泽南周旋；林启荣在九江城扯住了周凤山的兵力；他自己则率兵联络江西的天地会，展开了凌厉的攻势。石达开于咸丰五年十一月由湖北进攻江西，连克瑞州、临江、袁州，围攻吉安。曾国藩见状只得放弃围攻九江，急调周凤山回援江西。周部撤围九江，于咸丰五年十二月攻占樟树镇。但是，到底是救吉安，还是守武昌，曾国藩举棋不定，石达开见来援湘军驻兵樟树镇而尚在犹豫，乃下令全力进攻吉安，于咸丰六年正月二十五日（1856年3月1日）将吉安攻陷。曾国藩此时驻于赣北南康府，闻吉安被攻破，令周凤山坚守樟树镇，认为此处西近瑞（州）、临（江），东接抚（州）、建（昌），为赣江沿岸重镇，省城南昌的咽喉。石达开兵破吉安，必然北犯省城，占领樟树镇，则可以逸待劳，阻击太平军。曾国藩为守樟树镇，还急令内湖水师彭玉麟率船队师出青岚湖，沿武阳水过三江口，驶入赣江，南下樟树镇，与陆师配合，防守樟树镇。
不久，石达开果然率兵由吉安北上进攻樟树镇。周凤山指挥湘军据城大战，不敌而弃城逃走，二月十八日（3月24日）樟树镇为太平军占领。曾国藩闻讯，由南康动身去南昌城收拾溃兵。
石达开指挥太平军在江西奋勇作战，控制了整个江西的绝大部分地区，江西共计13府，被攻占8府54州县。曾国藩困守在南昌、南康两个狭小的地区，被太平军紧紧封锁，不仅文报不通，连家信都难以通达。秘密化装潜递者也多被抓拿，一时被捕杀者达一百多人，湘军被太平军围困得“士饥将困，窘若拘囚”。
正在曾国藩处境岌岌可危之时，杨秀清忽调石达开去天京参加进攻江南大营的战斗，才使曾国藩在军事上稍稍松了一口气。曾国藩挣扎着恢复江西的军事实力，他把樟树镇等战役溃败的军队重新编排，凑成两支军队：一支约三千五百余人，由黄虎臣率领；一支仅千余人的队伍，由毕金科率领；又让江西粮道之子邓辅纶新募两千人马，与李元度合为一军。总计军队约有万余人，但因战斗力较差，尤其缺乏将才，便想把增援武汉的罗泽南调回，趁石达开离开江西的时机，夺回失地，挽回江西的危局。罗泽南接到曾国藩的告急信后，感到很为难，当时他正担任争夺武汉的军事主力，若撤离武汉，将前功尽弃。他决定加紧攻城，攻下武汉后立即回援江西。结果，因求功心切，猛打猛冲，作战中被击中头部，于三月初八日（4月12日）死在军营。死前，给曾国藩留遗信一纸，哀凄悲凉，追述办湘军南北转战之苦。进言让曾国藩重用彭玉麟、杨载福、王等人。
曾国藩在江西的困境不只在于军事，更大的苦处是清廷一直对他不放心，怕他的力量太大。湖北巡抚之职宁给胡林翼，也不肯给他曾国藩，这使他率兵三四载一直处于孤立无援之境，用兵、用人、用饷无处不难。因此，他常自比于东汉时的杨震，下场堪忧。
清政府不肯向他放权，使他在江西处处受到地方官的排挤和刁难。咸丰五年八月（1855年9月），曾国藩丁忧服阙，补授了兵部右侍郎，仍没有钦差之衔，地方官仍是轻视他，他在江西用兵，军饷要江西地方出，地方官总认为他并非国家正规军，为湘军输饷是额外负担，因此不肯出饷。曾国藩军队缺饷，只能自己筹措，也受到地方官的抵制。他无能为力，只好向朋友求助，幸赖刘于淳、甘晋等人主持捐资，支持部分款项，惨淡度日。在籍刑部侍郎黄赞汤曾捐助曾国藩八十余万两，使曾国藩感激万分，终生念念不忘。
樟树镇败后，湘军一支由塔齐布的旧部毕金科率领。毕骁勇异常，率部与太平军作战，凶悍无比。但毕军粮饷奇缺，军队常饿着肚子打仗。咸丰五年（1855）底，地方官得到江西巡抚文俊的授意，竟以军饷做诱饵，逼迫毕金科进攻景德镇。景德镇是赣、皖、浙三省交通枢纽，太平军有重兵把守，堡垒坚固。毕金科只有千余湘军，又饥又疲，但是为了得到饷粮，不得不冒险进攻。结果，反复苦斗，直至全军覆没，毕金科也丧命于景德镇城下。曾国藩对此事耿耿于怀，直到四年以后，曾国藩率部攻陷景德镇，在毕金科战死之处立碑纪念，亲自为他撰写碑文，痛悼当年死去的六员大将，同时揭露江西官员对湘军的排挤、嫉恨，碑文十分凄婉动人。其中有：“内畏媚嫉，外逼强寇，进退靡依，忍尤丛诟”之句，说出了曾国藩在江西几年的困难处境。值此困难处境，曾国藩想：这到底是为什么？自己以一个回籍的文官，冲破重重阻碍创办湘军，在两湖、江西苦苦地战斗着，打赢了仗是别人的功劳，打败了仗“几乎通国不能相容。”自己为国苦战，要权无权，要粮无粮，处处受到排挤、打击，好几次被逼自杀。思前想后，“遂致浩然不欲复问世事。”由于好友刘蓉等人的百般劝说，他才勉强坚持着。
祁门附近的羊栈岭失守以后，一场新的危机又逼近曾国藩和湘军祁门大营。
太平军本来就已占据徽州，此时，黄文金部二万多名将士攻破建德，切断了祁门大营与皖北安庆等地的联系。而李世贤和刘官芳两部太平军正分别从东、北两个方向对祁门大营发动进攻。至1860年11月，曾国藩天天生活在四面楚歌之中，有时是一日数惊，有时是整夜不得一眠，真是度日如年。他在给曾国潢的家信中写道：自十一月以来，奇险万状，风波迭起，文报不通者五日，饷道不通者二十余日。此一月之惊恐危急，实较之八月徽州、宁国失守时更险难数倍。
幸好有部将鲍超等人的拼死救援，曾国藩才得以度过险难。1861年4月，他移驻休宁。在这里，他又组织了八九千名湘军官兵对徽州城发动攻击，以期再占该城，疏通皖南至浙江的粮道。出乎曾国藩意料的是，湘军几次接战，又都均告失败。
在4月14日的日记中，他这样描述自己此时的心情：本日各营进徽州，寸心悬系之至，频登楼看天色。至午刻，忽下大雨，心绪焚灼不安。傍夕接信，各部因雨致败，尤其忧愤。盖此举关系最大，能克徽州，则祁门、休宁和黟县三县皆有米粮接济，不能克徽州，则三县均不能保，足以忧灼特甚。夜，竟夕不能成寐，口枯舌燥，心如火炙，殆不知生之可乐，死之可悲。
并且，当曾国藩看到湘军对徽州的进攻久久不得战果，心中益发着急，而完全忘记了湘军多年来攻城作战的教训，一味盲目地下令官兵攻扑城墙时，被太平军瞧准时机，暗开城门，派出一队精兵出城劫营。把湘军打得大败，22营中竟有8营完全溃散。
曾国藩带着残兵败将，狼狈地退回祁门。想着太平军一定会跟踪而至，祁门此次定难保全，他一生的功名，或许也就到此为止，他悲观到了极点，吩咐身边的人为自己的后事预做料理。将湘军分兵于安庆和祁门，除了稳定军心的考虑，曾国藩还有战略上的考虑。除了要表示信守他向朝廷所做的许诺，克尽他作为两江总督的职守外，还有非常重要的一点是，他认为这也是湘军安庆会战自身的需要。他多次表示，自己驻守皖南，是为了吸引太平军的一部分兵力，以减轻湘军在皖北方面的压力。1860年底，在给咸丰皇帝的奏折中，他就自己驻守皖南与安庆会战的关系做了这样的预测：若皖南再坚持两三个月，则皖北、安庆有必克之理，大局有必转之机。
后来，他又给曾国荃写信，更加详细地谈到湘军分兵皖北与皖南两处的关系，以及他的动机。他说：若北岸办得好，能将安庆之贼屠戮殆尽，则陈玉成必深恨李秀成之不救援北岸，将来必有自相仇杀之时。今冬明春，弟与多隆阿、李续宾在北岸力主进攻，兄在南岸力主稳守，但使南岸勉力支撑三四个月，至北岸必有好消息。
根据曾国藩的计划，牵制李秀成等部太平军于皖南，不仅可以减轻皖北主战场上湘军的压力，而且还能导致太平军两大主力之间的相互矛盾，使之相互仇杀。
直到1861年5月6日，曾国藩才从祁门离开，移驻东流紧靠长江南岸的地方，湘军还是没有完全从皖南撤出。曾国藩为安庆会战做了最大的投入。
与此同时，胡林翼为了取得安庆会战的胜利，在皖北战场上也是倾其所能，并将自己置于非常危险的境地。
有利的情况和主动的恢复，产生于再坚持一下的努力之中，这句话说得很好，问题恰好在于，也仅仅在于能否“再坚持一下”能，就胜利、成功；不能，就失败、崩溃。能与不能，有时相差只不过微乎其微，而成败就由此决定。只要意志稍差一点，则为失败的人无疑，此言对曾国藩来说，真是恰如其分。
3.国有危难，舍身轻利
国家遭受危难或面临困境之际，即精忠报国的臣子挺身而出之时。曾国藩面对着复杂、严峻的晚清政局，置个人的生死、荣辱于不顾，殚精竭虑、任劳任怨地为国分忧，成为捐躯赴国难的臣子楷模。
“鞠躬尽瘁，死而后已”也是曾国藩作为人臣的信条。林则徐也说：“知难而退，此虽保家保身之善谋，然非人臣事君致身之道也！”
曾国藩不满绿营军的就是他们有功便抢，有难便逃。在他得知曾国荃想延长休假时，写了这样一封信：“天下纷纷，沅弟断不能久定，与其将来事变相迫，仓猝出山，不如此次仰体圣意，假满即出。余十五之信，四分劝行，六分劝藏，细思仍是未妥。不如兄弟尽力王事，各怀鞠躬尽瘁，死而后已之志，终不失为上策。沅弟于毁誉祸福置之度外，此是根本第一层功夫，到处皆坦途矣。”
为实践其人生信条，他在戎马征战的沙场上殊死拼搏几次欲自杀殉国。1860年，曾国藩被困祁门时，身处绝境，即作书告诸弟，等于一篇遗嘱：“看此光景，今年殆万难支持。然吾自三年冬以来，久已以身许国，愿死疆场，不愿死林中，本吾素志。近年在军中办事，尽心竭力，毫无愧怍，死即瞑目，毫无悔憾。”
曾国藩几次自杀，表面上是他兵败后无颜见江东父老，内心里却是儒家文化的熏陶所致。他要以死报国，以身全志。《礼记》中说：“国君死社稷，大夫死众，士死制。”大丈夫就是要为忠于职守而献身，元稹不是说过这样一句话吗？“效职无避祸之心，临事有致命之志。”
所以，曾国藩表示：“不带勇则已，带勇则死于金陵，犹不失为志士。”他还以袁简斋的一句诗勉励自己：男儿欲报君恩重，死在沙场是善终。
处理天津教案时，曾国藩更是明知凶多吉少，但不避祸害。当时，曾国藩接到办理津案旨令时，正在生病，“重发眩昏”、“腹泻不止”，面对纷繁复杂的形势，幕僚们“阻者、劝者、上言者、条陈者纷至沓来”，多数人主张曾国藩不宜仓猝赴津。
对于处理津案的难度，曾国藩心里十分清楚，此次赴津不仅绝无办理成功之可言，而且极有可能使他十八年来历尽艰难困苦得来的声望毁于一旦，落下身败名裂，万人唾骂的下场。但他更清楚地意识到当时局势的紧迫性，案件涉及了七个国家，各国军舰环伺大沽口，中国将再次面临着战争的威胁，而中国的老百姓又都义愤填膺，事情正朝着最坏的方向发展。如何既避免战争，又安抚好百姓，是一个十分棘手的问题。
失败是悲惨的，尤其是一生功业名望付之东流，又被万人唾骂的失败，几乎是不能忍受的，但曾国藩有明知必败，却不避刀斧，知其不可而为之的勇气。
曾国藩幼读儒家经典，立下治国平天下的志向，如通常儒者一样，幻想着“三代”之世的出现。做上京官以后，知道“三代”的想法太空洞了，又想着进行一番努力，可望恢复清代前期的康乾“太平盛世”。但他没有料到，“盛世”未再现，却爆发了历史上罕见的规模浩大的太平天国农民起义。不寻常的历史把他推向镇压起义的统帅地位，仗一打就是十几年，使他幼年立下的理想和“太平盛世”的幻想完全成了泡影。
同治七年（1868），曾国藩赴京陛见调任直隶总督。一路上，他目睹大江南北及京畿之地疮痍一片，大清朝已是风雨飘摇的一只朽船了。
接到去津门查办教案的谕旨之时，曾国藩正在病假之中。曾国藩这次病得很重，右眼已盲，左眼唯余微弱视力，又得了眩晕症，几乎无法办公。他自觉日薄西山，朝不虑夕，甚至将寿木都运到了保定。他接旨之后深感教案难办，怕办不好一生努力化为灰烬。幕僚劝他以重病难以胜任为由，请朝廷另选别人。但曾国藩不肯疏辞，他说：大将不辞刀头死，岂能因祸福而避趋，还是决定要“力疾受命”。
临行前，给他二子纪泽、纪鸿留下遗嘱数条，书中强调此事绝难措手，或一去无以再返，但断不肯吝于一死，以违效命之初誓。向他们交待后事，谆谆嘱托“以勤俭持德，以孝友持道”。长逝后灵柩返南，谢绝一切，概不许收礼。所留奏稿、古文，绝不许刊刻流布等。
留书之后，曾国藩率领赵烈文、薛福成、吴汝纶几个幕僚和少许兵弁，冒着七月酷暑，常病登程。
当曾国藩要来津审案之际，天津的官员士绅多把他看作是敢于反对“洋教”的官员，大家都还记得他于咸丰四年所作《讨粤匪檄》中有反对洋教、护卫儒道之论。所以，在行至天津城门前，早有众多官员、士绅及百姓，包括与案件有涉的人前来迎接，并拦轿鸣冤。曾国藩见大众对他犹如旱苗盼得甘雨，便下轿倾听。官绅们你言我语，把洋教士及教民如何欺压中国百姓，如何虐杀中国幼童，如何枪击中国官员等情况又叙述一遍。这些情况，曾国藩在离开保定前多已了解。还有人跪拜轿前，称颂曾国藩《讨粤匪檄》中痛斥洋教，捍卫中国儒道的英明，说天津士子的反洋教活动便是遵循檄文之大义，以旁挟之举人圣人之道的体现，求曾国藩明察士民爱国卫道的苦心。更有人形象地叙述育婴堂如何迷拐幼儿、妇女，如何挖心入药，并说亲见幼儿尸身五脏被挖去，腐烂时从外向里烂，而不是通常的由里向外烂。
从自己的心理出发，曾国藩对洋教无任何好感。天主教自明末传入，康熙年间兴盛。但因该教与中国的传统习俗发生冲突，一些传教士又参与雍正、乾隆的宫廷斗争，便被严禁。而两次鸦片战争之后，中国吃了败仗，朝廷才被迫允许洋教来中国活动。洪秀全就是拿这一套思想组织民众揭竿而起的。
然而，这次自己面对的不是洪秀全，而是得到中国皇帝允许传教的英、法、美、俄诸国。它们的军事力量远比中国强大，绝不能轻易与之开战。上谕明文令他“将为首滋事之人查拿惩办”，让他“持平办理，以顺舆情而维大局”，绝不是让他得罪各国，更不能把关系搞僵引起国际争端和武力冲突。
既然不能违背朝廷旨意而得罪洋人，那么如何面对舆论的压力，如何向天津官绅士民交待，就使他更加为难。他从《邸报》上看到朝内外对天津教案异常重视，舆记攻击崇厚卖国媚外，恭亲王奕、内阁学士宋晋、翰林院侍读学士袁保恒、内阁中书李如松等人向朝廷上奏折，说天津反洋教是义举，对洋人应采取强硬态度，要求皇帝下旨讨伐洋人洋教、惩罚媚外的崇厚等官员，这些虽然都是空谈，但对早已怒不可遏的广大群众却极易起到煽动作用。