没有可疑剩余食品或需要时（追溯可疑食品的污染环节、评价污染程度等），可对接触食品的工用具进行样本采集，怀疑水为污染源时可对食品加工用水和饮用水进行样本采集，采集的样本可用于病原和毒物的检测。
（1）食品工用具（包括刀、砧板、筷子、抹布、各种容器、器械等）样本采集可用涂抹法、浸洗法、碎屑刮取法、摘取法等方法采集。采集的样本保存于盛有生理盐水或磷酸盐缓冲液的无菌采样试管或采样瓶中，不用冷藏直接送实验室。
常用的食品工用具样本采集法有4种：
(1)涂抹法：将拭子用生理盐水或磷酸盐缓冲液浸湿，然后擦拭器具与食品的按触面，再将拭子放置于生理盐水或磷酸缓冲液中。
(2)冲洗法：用少量生理盐水浸泡或冲洗工具或容器，将浸泡液或冲洗液接存于无菌容器内。
(3)刮取法：用工具对砧板或其他食品器械的缝隙处、表面刮取残屑放入生理盐水或磷酸缓冲液中。
(4)摘取法：对抹布等可截取一部分送检的样本，可截取一部分置于生理盐水或磷酸缓冲液中。
（2）水样本采集可按照《GBT5750.2.2006生活饮用水标准检验方法水样的采集与保存》进行样本采集、保存和运送。
（3）环境样本的采集、保存和运送时的其他注意事项。
(1)样本采集时应注意当时环境状态，如已进行过清洗、消毒处理，样本将大大偏离其真实状况，甚至失去意义，所以对采样的环境状态一定要记录清楚。
(2)环境样本采集时应尽可能选择物品缝隙处，留有食品残渣处。
(3)怀疑食用或加工用水被致病微生物污染时，应采集10L.50L水样，用膜过滤法处理后，将滤膜置于增菌培养基中或选择性平板上，可提高阳性检出率。
五、食品安全事故样本的采集人和采样时间
1.食品安全事故样本的采集人。
食品安全事故样本的采集人应以调查员为主。采集血液、肛拭子、鼻咽拭子、皮肤损害等直接取自人体组织的标本，应由接受过专业培训的专业人员承担。接诊患者的医疗人员是患者生物标本的当然采样人。在实际工作中，病人、病人的陪护、陪同人员、监管机构工作人员及有关单位有关人员，也可能会向调查员提供样本。无论是调查员采集样本和接收上述人员移送的样本，调查员都应填写采样记录，做好样本标记，制作样本清单，尽快送至实验室并按规定办理好交接手续。
2.食品安全事故样本采集时间。
采样时间应越早越好，应与调查同时开始。到食品制作现场如采样对象暂不明确，应对现场先予以封存，待初步分析后再行采样；对患者的生物样本应尽可能在用药前采集，如已用药应尽早采集；用于检测患者特异抗体水平变化的血液样本应在特定时间段内采集。在调查过程中发现有意义的样本要随时采集。可以根据需要反复进行样本采集。
六、确定检验项目和送检
1.确定检验项目的目的和意义。
确定检验项目以利于检验人员快速、有针对性地开展检验工作，避免项目的滥检和缺失，保证快速得到客观正确的检验结果，以指导调查和为作出正确调查结论提供依据。
2.检验项目确定人。
在食品安全事故流行病学调查中，调查人员往往掌握第一手资料且有丰富的实践检验，而检验人员对致病因子的病原学、流行病学、理化特性等往往有较深的学识，两者各有自己的擅长和弊端。所以在确定样本检验项目上要及时沟通信息，以正确地确定检验项目。在实际工作中通常是：一般和常见事故样本检验项目应由现场调查员依据现场流行病学和食品卫生学调查结果结合工作实践经验直接提出。复杂和原因难以查明的事故应由现场调查员与检验人员进行信息沟通后提出，必要时由现场调查人员、检验人员和有关专家综合分析讨论后提出。
3.确定检验项目应考虑的因素。
疾病的潜伏期。
不同的疾病潜伏期具有其特殊性。可以根据疾病的潜伏期推断可疑致病因子范围或可能致病因子以确定检验项目。
根据潜伏期确定检验项目时可以参照以下几点：
(1)进食可疑致病食品后在30分钟内可发病，大多在3小时内发病，超过6小时发病的不多见。
化学性毒物常见的有亚硝酸盐、有毒金属（如铁盐、锌盐、铅盐）、杀虫剂中的有机磷、氨基甲酸醋类成分、致痉挛杀鼠剂（如毒鼠强、氯乙酰胺）中的毒物成分、砷化物、氟化物等。
有毒动植物常见的有毒蘑菇（神经精神型、胃肠炎型）、河豚鱼、曼陀罗、组胺鱼、有毒贝类（麻痹性、神经毒性、腹泻性）、毒麦、含氰甙类果仁、发芽土豆（目前尚无对蘑菇毒素、毒麦毒素的检测方法。对河豚鱼的河豚毒素检测，曼陀罗的生物碱检测，有毒贝类的有毒成分检测，发芽土豆的龙葵素检测，一般基层化验室常不具备检测能力。在确定这些有毒动植物引起的中毒时，化验室检测不是必备条件，常是根据流行病学和食品安全事故调查资料来确定）。
真菌毒素常见的有脱氧雪腐镰刀菌烯醇（霉变谷物和赤霉病麦中常见）。
细菌毒素常见的有金黄色葡萄球菌及肠毒素、蜡样芽胞杆菌（呕吐毒素）。
(2)进食可疑致病食品在6小时后发病，大多集中在8~20小时之间，超过36小时发病的不多见。
致病菌常见的有椰毒假单胞菌酵米面亚种、产气荚膜梭菌、蜡样芽胞杆菌（腹泻型）、变形杆菌（短的可在2小时内发病）、副溶血性弧菌（短的可在2小时内发病，长的在72小时候仍可见发病）。
(3)进食可疑致病食品在6小时后发病，大多集中在12.24小时之间，超过48小时后仍有发病的。
致病菌常见的有沙门氏菌、志贺菌、嗜水气单胞菌、致泻性大肠埃希氏菌。病毒常见的有诺如病毒（病例潜伏期多在36小时左右）。
(4)进食可疑致病食品在24小时后发病，大多集中在72小时至120小时之间。
致病菌常见的有肠出血大肠杆菌、空肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌。
病毒常见的有轮状病毒、星状病毒、肠道腺病毒（潜伏期短的为48小时）。
(5)潜伏期跨度时间比较长。如肉毒梭菌中毒最短2小时，最长8~10天或更长（60天），一般多集中在1~4天。甲醇中毒最短40分钟（，服纯品），最长4~6天（饮酒），一般多集中在12.24小时。
(6)潜伏期超过一周或几周甚至可达几个月，常为寄生虫食源性疾病，如牛带绦虫、猪带绦虫、溶组织阿米巴、蓝氏贾第鞭毛虫、旋毛虫、广州管圆线虫等。
(7)上述只是指一般大多数情况，各种类型都有特例，个案的疾病潜伏期还与致病因子致病性强弱（如菌株的致病性），食品中含毒物的数量以及进食可疑食品的数量，食用者自身免疫力强弱有关，具体分析时要引起注意。同时要考虑不同疾病潜伏期交叉重叠现象和临床症状的程度等。
（2）疾病的临床症状。
由于不同致病因子或致病物质其致病机理不同，表现出临床症状不同的特征。如临床各种症状的占有率、典型的临床症状、特征等，可以根据这些特征推断致病因子范围或可能致病因子，以确定检验项目。
根据临床症状确定检验项目时，可参考以下几点：
(1)主要或最初表现为上消化道症状的致病因子常见的有：化学性的亚硝酸盐和金属盐；细菌性的金黄色葡萄球菌（肠毒素）、蜡样芽胞杆菌（耐热毒素）、椰毒假单胞酵米面亚种（米酵菌酸外毒素）；病毒性的诺如病毒；有毒动植物的动物肝脏VA。
(2)主要或最初表现为下消化道症状的致病因子常见的有：细菌性的产气荚膜梭菌、蜡样芽胞杆菌、变形杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、嗜水气单胞菌、致泻性大肠杆菌、溶血性弧菌、空肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌；病毒性的轮状病毒、星状病毒、肠道腺病毒；寄生虫性的贾氏蓝地鞭毛虫、溶组织阿米巴、牛带绦虫、猪带绦虫。
(3)主要以神经系统症状为主的致病因子或致病物质常见的有：肉毒毒素、有机磷农药、毒河豚、曼陀罗、甲醇、有机锡化合物、有机汞化合物。
(4)以胃肠道和或神经系统症状为主的致病因子或致病物质常见的有：氨基丙酸酯类杀虫剂、致痉挛杀鼠剂、毒麦、赤霉病麦、有毒贝类、桐油、氰甙、砷化物、氟化物、抗凝血类杀虫剂、磷的无机化合物、发芽土豆、未熟豆角、霉变甘蔗、大麻油。
(5)出现过敏症状的常见致病因子或致病物质有：组胺鱼类、谷氨酸钠（味精）、赤霉病麦、致病性大肠杆菌、曼陀罗。
(6)根据临床发热症状用以分析可能致病因子常见的情况有：
A.引起发高热症状常见致病因子有：产气荚膜梭菌（坏死性肠炎型）、变形杆菌、沙门菌、志贺菌、致泻性大肠杆菌（肠道致病性、肠道侵袭性）、副溶血性弧菌、空肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、单增李斯特菌及寄生虫旋毛虫。
B.引起消化道症状但不发热常见致病因子有：产气荚膜梭菌（胃肠炎型）、金黄色葡萄球菌及其肠毒素、蜡样芽胞杆菌（毒素型）、类志贺单胞菌及蓝氏贾第鞭毛虫病、溶组织阿米巴、猪带绦虫、牛带绦虫、椰毒假单胞酵米面亚种。
C.引起消化道症状但不发热或仅有低热的常见致病因子有：致病性大肠杆菌（肠道出血性）、嗜水气单胞菌及诺如病毒。
D.引起消化道症状出现低热的常见致病因子有：轮状病毒、冠状病毒、肠道腺病毒。
E.出现临床症状但不发热常见的还有化学性毒物和有毒动植物。
(7)除上述情况之外，也可根据一些典型和/或更具体细微的临床表现来分析可能致病因子，确定检验项目。例如：临床症状表现为缺氧症状明显，唇指甲青紫的常见亚硝酸盐食物中毒；引起上腹和脐周剧烈疼痛的常见变形杆菌、沙门菌、副溶血弧菌、致泻性大肠杆菌，里急后重明显的常为志贺菌，右下腹疼痛常见小肠结肠炎耶尔森氏菌；出现喷射状呕吐的常见金黄色葡萄球菌肠毒素；抽搐但意识清楚的常见肉毒毒素，出现强制性抽搐的常见毒鼠强；抽搐手臂外旋、手指呈鸡爪状的常见霉变甘蔗等。
(8)上述例子是引起不同临床特征的可能致病因子或致病物质，我们可依据此来推断致病因子或致病物质并提出检验项目。但要注意由于现在抗生素的广泛应用，一些细菌性食物中毒其症状特征已不十分明显，有些致病性弱的菌株其引起的疾病症状特征也不十分明显，有些食品安全事故可能是两种及以上致病因子或物质所致。此外，这些临床特征指的是通常情况下大部分病例所具有的，不排除特殊案例或一些个体存在差异。这些都是我们在分析中提出检验项目时要注意的。
（3）临床检验结果和特效药治疗效果。
不同致病因子其所侵害的靶细胞或/和靶器官不同会造成人体某些组织和/或器官的损害，呈现出临床检验结果异常；某些致病因子对某种特效药敏感，特效药的使用会促使患者临床症状快速好转，可以根据这些临床检验结果和/或特效药对患者治疗情况推断可能致病因子，以确定检验项目。例如：阿托品和胆碱酯酶活性剂对治疗有机磷中毒有特效，解氟灵对治疗有机氟中毒有特效，亚甲蓝对治疗亚硝酸中毒有特效，抗肉毒素血清治疗肉毒梭菌及其毒素中毒有特效。临床检验胆碱酯酶活性降低的常见有机磷农药中毒，血液高铁血红蛋白升高的常见亚硝酸盐中毒，白细胞升高常为细菌感染性中毒所致等。
可疑致病食品。