由于致病因子其本身的特性，使其生长、繁殖、产毒或有毒有害物质发挥毒害作用的适宜环境（温度、氧气含量、酸碱度等）不同，易造成污染或引起致病的食品也呈现出不同的优劣势差异，可以根据可疑致病食品推断致病因子范围或可能致病因子，以确定检验项目。
分析时可参考以下几点：
(1)肉禽鱼蛋奶及其制品由于其营养丰富，适宜微生物的生长繁殖极易引起细菌性食物中毒。特别是冷荤食品更是常见细菌性食物中毒食品。但相对来讲，奶和奶制品更易引起金黄色葡萄球菌、单核李斯特菌食物中毒，鱼和海产品更易引起副溶血性弧菌食物中毒，剩米饭更易引起蜡样芽胞杆菌食物中毒，炖煮的禽类更易引起产气荚膜梭菌或空肠弯曲菌食物中毒。
(2)耐寒菌（单增李斯特菌、嗜水气单胞菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌）常在冷食品中大量繁殖而引起食物中毒。厌氧菌（肉毒梭菌）常在被污染的密封食品或淀粉、豆类发酵食品中大量繁殖而引起食物中毒。引起椰毒假单胞酵米面亚种中毒的常见食品是米面、豆类发酵食品，引起赤霉病麦中毒的常见食品是受潮霉变食品。
(3)进食汤类较多症状也较重的常见化学性食物中毒，在汤类检出毒物的阳性率也高。
(4)贝类常可引起食源性病毒疾病的暴发。
(5)生食海鲜、水生植物、动物肉类食品常可感染食源性寄生虫疾病。
（5）卫生学调查结果。
如（4）所述，由于致病因子本身的特性，其生长、繁殖、产毒或有毒有害物质发挥毒害作用受一些环境因素的影响，在一些特殊的环境下可呈现出不同的优劣势差异，可以根据这些特殊的环境因素推断致病因子范围或可能致病因子，以确定检验项目。如：食品制作环境一般卫生较差，常引起细菌性食物中毒，特别是变形杆菌、致病性大肠杆菌食物中毒；冰箱长期不清洗易引起低温菌食物中毒；工作人员皮肤有化脓性病灶或咽喉部感染常引起葡萄球菌或链球菌食物中毒。食品制作工艺的改变，制作过程的机械故障造成的条件改变和食品制作、储存的条件状况均可用来推断致病因子（如豆角烧炒时间短，机械故障导致的豆奶加热时间和温度不够，食品制作间发现有毒、有害物质等）。
（6）人群分布。
将病人依据人，学信息进行分类分组统计，从而可能发现些差异，根据这些差异推断可能致病因子或致病物质。例如：空肠弯曲菌所致食源性疾病，可在儿童（5岁以后）和青年（20至29岁）两个年龄段形成发病高峰分布特点。三聚氰胺所致食源性疾病，主要分布在婴幼儿、特别是婴儿群中。
其他因素。
在确定检验项目时还应考虑疾病季节分布特点、环境影响、当地饮食习惯、食品制作工艺过程、加工人员健康状况等。例如：细菌性食物中毒一般在6~8月为高发期，化学性食物中毒一般无季节特点。椰毒假单胞酵米面亚种食物中毒在东北地区多见，肉毒梭菌食物中毒在西部地区多见，副溶血性弧菌食物中毒在沿海地区多见。食品工艺发生改变，制作、存储过程出现与正常情况不同的意外（如亚硝酸盐过量使用；加入白色粉状或颗粒状调料是否误用了亚硝酸盐、钡盐）也是推断污染食品中致病因子应考虑的因素。
总之，确定检验项目时，上述7个因素都是应考虑的范畴。食品安全事故样本检验项目确定不能单一地考虑某一个因素，而应将现场流行病学、食品卫生学调查结果，与致病因子的特点结合到一起综合考虑。此外，值得提及的是当地记载的食品安全事故资料也应是考虑的因素（如石家庄市常见的是沙门氏菌、变形杆菌、致病性大肠杆菌、金黄色葡萄球菌食物中毒），另外调查员积累的经验更是不可多得的推断可能致病因子范围和致病因子的宝贵财富。
4.确定检验项目。
（1）由现场调查人员（调查组）对调查结果进行综合分析后，首先确定是哪一类食品安全事故，然后再确定是哪一类食源性疾病（病毒性、寄生虫），哪一类食物中毒（细菌性、化学性、有毒动植物、真菌毒素），哪一类食品污染（生物性、化学性、物理性、放射性），最后再确定具体的检验项目。
（2）常见的或致病因子明显的，调查员可根据初步调查结果立即确定检验项目；但非常见的或难以查明致病因子的，调查员应与检验人员沟通后提出检验项目，必要时应邀请有关专家共同对所有调查结果进行综合分析后提出。
（3）检验项目可以多种，但一般不宜超过4种。如不能或难以确定检验项目时，应将采集到的样本妥善保存，待获得足够的信息后再确定检验项目。
随着调查过程的进展，检验项目可以增加、复检。所以样本的采集量、初次检用量、备存检用量要格外注意。
5.送检。
确定检验项目后，由现场调查员将样本送至实验室，并做好交接手续。但实际工作中，往往是检验项目尚不能确定时，也是由现场调查人员将样本送至同一调查机构的实验室保存。
七、实验室检验
样本采集后应尽可能保证在24小时内进行检验，承担标本检验的实验室原则上应做到如下几点：
1.实验室应依照相关检验工作规范的规定，及时完成检验任务，出具检验报告，对检验结果负责。
2.当样本量有限的情况下，要与现场调查人员共同分析后优先考虑对最有可能导致疾病发生的致病因子进行检验。
3.能在现场开展检测的要立足于现场检测，有定量和定性分析方法的，定性分析后应继续定量分析。
4.开始检验前可使用快速检验方法筛选致病因子。
5.对致病因子的确认和报告应优先选用国家标准方法，在没有国家标准方法时，可参考行业标准方法、国际通用方法。如需采用非标准检测方法，应严格按照实验室质量控制管理要求实施检验。
6.承担检验任务的实验室应当妥善保存样本，并按相关规定期限留存样本和分离到的菌毒株。
7.承担检验任务的实验室，对检验项目检测如有困难应及时指出，由调查机构联系其他实验室或报请同级卫生行政部门解决。
八、实验室获得预期检测结果的保证条件
正确的假设、恰当的样本、正确的检验项目、恰当的检验方法和有能力的检验机构，是实验室获得能够证实事故真实本质检测结果的最基本、最根本的保证条件，离开上述任何一个条件或条件出现偏倚都会导致所获得的检测结果失去意义，甚至带来对事故判断的误导。
1.科学正确的假设是获得预期检测结果的最基础的条件。
检验（包括样本采集和实验室检验）是对假设的验证，假设是检验的前提，只有先有假设然后才有检验。食品安全事故流行病学调查首先应通过现场调查证实事故的存在，描述出事故流行病学特征，提出事故性质、致病因子、污染食品和污染原因的假设（在实际工作中我们不能机械地理解假设所应该遵循的条件，而应该科学地理解，特别是样本采集），然后才能实施检验工作。假设不是瞎假设、乱假设，是有依据的科学假设。只有科学正确的假设才能保证检验工作有意义、有针对性地开展，否则检验工作就无从谈起或即使开展也不会带来有实际意义的效果。
2.获取恰当的样本是获得预期检验结果的基本条件。
是否能获得样本，样本是否是有意义的样本（可能中毒食品、可能含有致病因子的样本或标本），样本的质量是否能得到保障（采集时间、部位、方法、条件，同时也包括样本保存、运送的时间、方法、条件是否适当），是获得预期检验结果的最基本条件，只有满足这些条件才有可能获得预期检测结果，否则后续工作都是无意义的、徒劳的，甚至可能带来不正确的、误导的错误结果。
3.正确的检验项目是获得预期检验结果的关键。
能否根据现场流行病学、食品卫生学调查结果，结合致病因子特点和实践经验确定正确的检验项目，是获得预期检验结果的技术关键之一，只有对正确的检验项目实施检验才有可能获得预期检测结果，否则前期工作做得再好，此时也难以获得有意义的检测结果。
4.适当的检验方法和有能力的检验机构是获得预期检验结果的技术保证。
有了符合实际的假设、合适的样本、正确的检验项目并不等于就能一定获得预期检验结果，其还需要适当的检验方法，有能力的检验机构（包括人员、设施、设备、环境等），来保证检验工作科学正确规范地实施，否则就会前功尽弃、中途夭折。
即使上述条件都得到满足，但由于客观情况的千变万化，实际情况的错综复杂，许多不可知或难以预测因素依然存在，所以也不能一定保证能取得实验室预期结果。但上述条件是获得预期检验结果最基础最根本的保证，离开这些最基础的保证，检验工作就无从进行或导致获得的检验结果毫无意义，甚至带来对事故判断的误导。
九、致病因子检验结果解释
实验室检验是客观的、科学的。但由于病原菌的广泛存在、致病毒力的不同（检出的病原菌并不一定就是引起事故发生的真正元凶）和检验会受到诸多因素的干扰、影响（可能出现假阳性假阴性的结果），因此虽然检验结果是确定致病因子和污染原因的重要依据，但在实际工作中不能简单地武断地应用，要对检验结果有一个正确的分析，合理的解释，并将检验结果与现场流行病学调查和食品卫生学调查结果有机结合，综合考虑，以对事故的致病因子和污染原因作出科学的正确的判定。
1.正确解释和运用检验结果。
由于致病因子不同，运用的检验方法不同，检验结果的表述也不同，因此要对结果有正确的解读，才能正确地运用。
（1）不同的检验项目要求的结果不同。例如：毒鼠强只需检出即可，蜡样芽胞杆菌不但要检出，还需进行定量检验，只有每克食品中超过105个才有实际意义。金黄色葡萄球菌不但要检出金黄色葡萄球菌还应检出肠毒素。
（2）不同的学科对检验结果要求也不同。例如：病毒只需查出抗体即可，但微生物需要检出致病菌株。
（3）不同的检验方法（培养、血清、免疫学、分子生物学）得出的结果代表不同的意义和水平，要正确地运用。
2.致病因子阳性结果。
（1）可疑食品、环境样本与病人生物标本中检验到相同的致病因子，是确认事故致病因子污染食品、污染原因较为可靠的实验室证据。
（2）在样本中检出能引起与事故临床表现相一致的致病因子，是判断事故致病因子、污染食品、污染原因的重要的实验室证据。
（3）检出致病因子，但由其引起的疾病与流行病学调查发现的大多数病人的临床症状、潜伏期不相符时，要注意假阳性结果的出现。特别是检出多个致病因子时，要注意排除假阳性结果，但也要注意多个致病因子共同作用的事故。
（4）事故中的偶合病例、不知原因混杂因素都可导致假阳性结果出现，因此要注意将检验结果与事故病因关系进行综合分析判断。
3.致病因子阴性结果。
未检出致病因子阳性结果，亦可能为假阴性，要排除以下原因：
（1）样本偏差（未采集到含有致病因子的样本）或样本量不足无法完成有关检验。
（2）采样时原有环境已被破坏。如病人已用药、环境已清洗消毒、食品已重新加热或更换，导致未采集到初始态无干扰样本。
（3）样本保存、运输条件不当导致致病微生物失活、化学毒物分解。
（4）实验室检验过程存在干扰因素。
（5）现有的技术、设备和方法不能检出。
（6）存在尚未被认知的新致病因子。
4.不同样本或不同实验室检验结果不完全一致。不同样本或多个实验室出现不完全一致的检验结果是可能存在的，出现后应分析样本的种类、来源、采样方法、采样条件、样本保存、运送条件、检验方法、检验所用试剂、仪器、检验室条件等差异，从而找出可能存在的原因，剔除干扰因素，保留正确结果。