在云南，吴三桂实现了他早年梦寐以求的“执金吾”的夙愿，有着享不尽的荣华富贵，和一呼百应的赫赫权势。然后，他惟独没有心理上的平衡与安宁。古语说：“飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹。”如今，清王朝已完成了统一大业，他这个打天下的走狗，命运又会怎样呢？他不敢想象。为了巩固既得的地位和利益，吴三桂自镇滇之后，便绞尽脑汁，积极策划。
一、顿首受教，镇守云南有良策
三路大军进驻云南，以吴三桂的功劳最大。故清皇选择了吴三桂镇守云贵。
云贵两省经此次战乱，百姓流离，田园荒废，粮食奇缺，加之大军驻此，生活必需品无不短缺，引起物价腾贵，每斗米价格高达白银三两！朝廷已了解到，“两省地方，生理未服，室庐残毁，田亩荒芜，俯养无资，衣食艰窘。”于是，采取应急措施，特发“内帑银”三十万两。其中，以十五万两“赈济两省资生穷民”，另十五万两由经略洪承畴收贮，接济三路大军的饷需。世祖指令户、兵二部立即派可靠的人员将这三十万两白银送到洪承畴军前。
朝廷命吴三桂守云南，又迅速采取上述各项措施，很快安抚了人心，局势也日趋稳定起来。南明残部进退失据，走投无路，络绎不绝地前来昆明向三桂投诚归降。
吴三桂刚回到昆明，四川乌撒军民府土知府安重圣、云南景东土知府陶斗、蒙化土知府左星海、丽江土知府木懿等及各土州县降清。
同三月十八目，南明延长伯朱养恩、总兵龙海阳、副将吴宗秀原受李定国之命，守四川，而今南明大势已去，他们带领三千人，从四川嘉定，出建昌，千里迢迢来云南归降。
“不得掣肘。至于云南通省文武大小官员，悉听该藩酌举人地相宜者补授候题，请到该部之日，议复实授。如无应补之人，该藩题明前来，臣二部既行另补可也。理合会复，恭候命下，臣等遵奉施行。”
十一月初一日，世祖批准了吏、兵两部的决定。
世祖和吏兵两部把云南的人事权、民政、军事、钱粮及一切事务，包括对地方的兴利除弊，实施各项措施等所有权利都授给吴三桂掌管，由他直接请示世祖批准。地方官员，从总督、巡抚到各政府部门都不得干预。吏、兵两部甚至把任免文武官吏权也交给吴三桂，凡他提名的，吏、兵部不过履行任免手续罢了。这样，吴三桂集军民政财文大权于一身，成了凌驾于地方官之上的“太上皇”，实为世祖钦定的代理人。
世祖对云南和对吴三桂实行了特殊的政策，除此，在任何省都无此规定。世祖说得很清楚，这是由于云南的特殊情况而采取的特殊政策。因为云南为“远微重地”，又是“初定”，局势还不稳定，不得不由军事上一强有力的人物掌管一切，“事权归一”，以便应付紧急情况的出现。责成吴三桂掌管一切，实则是对云南实行军事管制。同时世祖也明确说明，此系暂行办法，不是永久不变。等数年后，云南形势良好，随着时间的推移和形势的变化竞走向了反面，为吴三桂培植个人势力和威望创造了条件，给国家酿成了一大隐患。
世祖把云南的一切大权授给了吴三桂：其他统帅也陆续调离云南。多尼于十二月奉命回京，预定十七年五月蓟京。征南将军赵布泰于次年二月率部班师，线国安也在此之前调回。
白文选部将王安等从建昌来降，献出白文选的“荡平大将军”金印。
据吴三桂给朝廷的报告，清军攻克昆明后，南明庆阳王冯双礼与德安侯狄三品等逃到四川建昌卫。吴三桂再三招抚，双礼拒绝，而狄三品暗中接受，并按他的密计，将双礼逮住，连同他的“庆阳王”金印、“大将军”金印、金册、敕书一张，一并献给吴三桂。随同狄三品投降的，还有将军艾承业、张明志、丁有才、总兵冯万保等人及所率二千人马。朝廷得报，少不了太加夸赞吴三桂“筹划周详”，还表彰狄三品投诚“可嘉”；同时，赦免双礼死罪，解京另行安置。不久，朝廷以擒冯双礼之功，赐封狄三品为“抒诚侯”，原总兵冯万保为都督同知。
南明永历政权维持了十四年，终于垮台了，在永历与部分臣属逃亡缅甸后，它留在云贵或四川的余部如水之归海。纷纷投向清政权，表明永历这个小朝廷已经土崩瓦解，极少有再生之可能。
顺治十六年十月二十二日，世祖下达命令，授吴三桂全权治理云南。他指示吏、兵二部说：“当云南初定之时，凡该省文武官贤否，甄别举劾，民间利病，因革兴除，及兵马钱粮一切事务，俱暂听该藩（指三桂）总管奏请施行。内外各衙门不得掣肘，庶责任既专，事权归一，文武同心，共图励策，事无延误，地方早享升平，称朕戡乱柔远至意。俟数年后。该省大定，仍照旧令各官管理。其应行事宜，尔等即行议奏。”
吏、兵两部举行会议，根据世祖指示，作出如下决定：云南省凡应行事宜，听该藩遵奉上谕举行，各衙门应遵旨。经略云贵的总督洪承畴也在云贵基本平定后，因目疾发作，不能正常理事。他的右眼久已失明，左眼已“昏聩”。行路须人扶持，“文字不船看见”。他自感身体衰朽，“精力已竭”，不能经理粮饷各事，上奏再三恳请解除职务，休养治病。世祖予以批准，要他回北京“调理”。
承畴与吴三桂早在美外降清前，已结成世交，吴三桂以晚辈待洪承畴，十分敬重，关系很深。降清后，他们继续保持密切关系，而此次又同征云贵，洪承畴总经略其事，无处不关照他，自无疑问。及战后，洪承畴又提出以一王镇守云南，仿元、明两朝成例，世守此地。他明里暗里举荐吴三桂，为他谋得永固的地盘。所以，吴三桂得以留镇云南，与洪承畴的支持确有一定美幕。洪承畴行前，吴三桂同他密商今后大计，问以“自固之策”。洪承畴神秘而坚定地说：“不可使滇一目无事也。”三桂顿时领悟，立即“顿首受教”。洪承畴的谋略，就是要让云南不安定，始终处于紧张的状态，朝廷就不会收回给予吴三桂的一切权力，使吴三桂的地位日益巩固。洪承畴于顺治十七年正月二十日自贵阳动身，于三月初三日抵长抄，从此，他俩人各一方，三桂也独立经营云贵了。
吴三桂留镇云南，是他生活中的又一个转折点，也是他的政治生涯的新起点。直至他去世前，他在云南近二十年，终于酿成了清史上也是中国历史上的一幕壮观的活剧！
二、“三患二难”，保粮固本
在云贵大规模战事结束后，顺治十七年，朝廷准备将云南的满洲八旗兵撤还京师，五万绿旗兵拟裁去二万。因为把大批军队留在云南，耗费大量军费开支，给国家财政造成了沉重负担。据户部统计，在用兵期问，云南一省每年的俸饷银高达九百余万两口这是一个相当惊人的数字！以顺治十六年、十七年国家征收的课银为例，分别为二百六十六万六千二百三十两、二百七十一万六千八百十六两。即以国家二年的“课银”收入也抵不上云南一年的军费开支。如按顺治十五年以前的收入来计算，相差极为悬殊。云南的沉重军费负担，引起朝廷的忧虑，无论是朝廷人员，还是地方大吏，都强烈要裁军撤藩。而吴三桂的军队总数有十二、三万人，因此，首当其冲要求撤藩改制。
作为以军事起家的吴三桂，自然不愿意裁减他的军队。为此，他向朝廷申辩：“边疆未宁，兵力难减，宣如旧时。”说“边疆未宁”，也是实情。李定国、白文选还隐蔽在中缅边境，伺机出击；永历作为明朝的象征，政治的偶像还存在，令人有卷土重来之忧。但他们的力量已消耗殆尽，对付他们，是不需要数万大军的。吴三桂提出的理由，不过是个借口，目的是不让朝廷动他的一兵一卒！吴三桂明白，要保持自己的地位与威望，就必须有一支强有力的庞大军队。
吴三桂的心腹将领、副都统杨砷出了个主意：以先除永历，“绝人望”，使裁撤军队之议不能实施，这正是洪承畴所密授的“不可使滇一日无事”之计，此刻即以剿灭永历为名，动用军事力量，就能保证军队之数不致裁减。
吴三桂觉得这的确是个好主意，于顺治十七年四月二十二日，向朝廷提出进兵缅甸、消灭永历的妻疏。其中论及“三患二难”，尤为切中要言：
夫永历在缅，而伪王李定国、白文选、伪公侯贺九仪、祁三升等分驻三宣六慰、孟艮一带，藉永历以惑众心，倘不乘此天威震赫之时，大举入缅，以靖根株，万一此辈立定脚跟，整败亡之众，窥我边防，奋思一逞。比及大兵到时，彼已退藏，兵撤复至，迭扰无体，此其惠在门户也。
土司反复无定，惟利是趋。有（如）我兵不动，逆党假永历以号召内外，诸蛮饵以高爵重禄，万一如前日沅江之事，一被煽动，遍地烽起。此其恚在肘腋也。
投诚官兵，虽已次第安插，然革面恐未革心，木历在缅，于中岂无系念？万一边关有警，若辈生心，此其惠在腠理粤。
夸滇中兵马云集。粮革问之民间，无论各省银两起解愆期，难以接济，有银到滇，招买不一而足。民室苦于悬磐，市中米价巨增，公私交困，措饷之难如此也。凡招买粮草，民间须搬运交纳。如此，年年蚋，岁岁输，将民力尽用（于）官粮，耕作半荒于南亩，人无生趣，势必遗亡，培养之难又如此也。
臣彻底打算，惟有及时进兵，早收垒局，诚使外孽一净，则边境无伺隙之惠，土司无簧惑之端，降人无观望之志，地方稍得苏惠，民力稍可宽舒，一举而数利存焉。窃谓救时之方，计在于此。谓臣言可采，救行臣等尊奉行事。
吴三桂的奏疏，洋洋千余言，既形于辞色，又讲求实际，尤其是“三患二难”说，更具说服力，读来顺理成章使人强烈感到，进兵缅甸，消灭永历，势在必行。
在云南基本平定后，兵部曾密令吴三桂等追人缅甸，剿除永历，“以靖根株”，特指示洪承畴“相机布置”。洪承畴目击云南“凋敝景象”，当地土司及降卒“观望”，认为人心不稳，不可操之过急。再说，大军如穷追进缅，惟恐李定国等号召土司、降卒复叛，袭清军之后，后果不堪设想。因此，他主张“先安内，乃可剿外”，今秋冬（顺治十六年）暂停进兵。吴三桂最初的奏疏，也透露了他与洪承畴持同样的意见。经议政王大臣会议，同意了他们的意见，暂停进兵。但在暂停进兵之后，吴三桂改变主意，力主进兵缅甸，故再上一疏，并提出了更为具体的用兵方略。他计划用兵包括征用当地土司的士兵十余万、征用战马六万余匹。诸凡兵士粮饷、马匹、草料、运输费用，共用银二百二、三十万余两。这个数字，对于财政相当困难的朝廷，仍然是一个沉重的负担，也就是说，在原有支出云南军费的基础上又增加了新的开支。吴三桂的这一长篇奏疏就是请兵请饷。费用浩繁，不能不引起世祖和廷臣们的慎重考虑。
世祖读过此疏，没有马上表态，命议政王贝勒、大臣及户、兵两部“速议”，拿出意见来。
过了七天，四月三十日，议政王太臣及户、兵两部将会议结果上报世祖：“平西王吴三桂疏言，永历在缅，伪王李定国借以蛊惑人心，相应进剿，其现在云南满洲官兵，听该藩与各都统商酌率往。至于兵马钱粮，所需甚多，不仅措处维艰，亦万难即运至滇。目前应用草料，敖该藩设法措办，务使兵民两利。再查户部拨给云南（于顺治十七年）兵饷银三百三十万两，已经催解，其已解到者，听该藩支给进征兵丁，其未解到者，仍严饬各督抚星夜解往，以为接济。”
太臣会议的意见，明确地表示，同意进剿缅甸，但同时也指出，最大的难处是兵马钱粮，不能满足吴三桂所开列的数目。他们提出解决的办法，首先责成吴三桂“设法措办”，再是户部已调拨本年度大部分饷银，作为接济，此项银两也由吴三桂负责支给进征兵丁。
世祖接到这份报告，没有做出批示，却很快命学士麻勒吉、侍郎石图，前往云南，同吴三桂“面商机宜”。
朝廷内外，关于云南撤兵与进剿，却有不同意见。浙江道监察御史季振宣认为：“云南宜先守御，而守御专任平西一藩（指吴三桂），应分该省之满兵驻扎湖南，相机接应。”把满洲八旗兵撤到湖南，其意是减轻云南的粮饷负担，也减轻了朝廷的财政压力。都察院上奏，说：“云南旗兵，粮饷不足，请以一半暂驻，一半撤回，可省军需数万。”如果吴三桂兵力因此而减弱，可把靖南王耿继茂部由广西移到贵州驻防。还有，此前户部也认为，云南应撤兵，裁减部队。议政王大臣会议，都逐一地否决了他们的建议和意见，坚持认为：“滇逆未靖”，驻守云南的所有部队，“不便议撤”。又说，广西是要地，贵州地方险窄，靖南王不便移藩至贵州。
吴三桂留兵不撤及进兵缅甸之议，由于得到了议政王贝勒、大臣们的一致坚决支持，终获世祖批准，即使靡费军饷，耗资巨大，但为江山永固，也在所不计了。后来，乾隆皇帝对吴三桂请兵进缅事做过这样的评论，他说：“立意殄灭由榔（永历），‘三患二难’发自三桂；檄缅甸，殴李定国，降白文选，皆出自三桂之筹划。然其筹划岂实为我国家哉！三桂之必欲灭由榔，实犹近日之阿睦尔撒纳之必欲灭达瓦齐，则彼之为宣力，皆所以自为也！”
顺治十七年八月，在学士麻勒吉、石图同吴三桂密筹，并返回报告后，世祖颁布命令，授内大臣爱星阿为“定西将军”，率部往征李定国，与吴三桂“相机征讨”。爱星阿，姓舒穆禄氏，满洲正黄旗人。他的祖父就是赫赫有名的清朝开国勋臣扬古利，顺治八年，世祖为追念扬古利的功勋，授予他顿侍卫内大臣职。在批准吴三桂请兵人缅灭永历时，特命他与吴兰桂共同进征口同时，又命都统卓罗、郭尔泰、逊塔、署护军统领毕立克图、护军统领费雅恩哈、前锋统领白尔赫图等随征。世祖指授爱星阿等，凡事要“会议而行”。如与吴三桂一处，“一切事务，俱用王印行，若不与王同处，即以尔印行。”以下内容，同以前的敕谕一样，强调军纪，执行朝廷既定政策。
这一命令是颁给爱星阿的，但同时也向吴三桂下达了进军的命令。吴三桂还没接到这个命令，又上了一份奏报，请兵剿贵州土司。据他们的情报，贵州水西（黔西）土司安坤“久蓄异谋”，最近听说杀牲畜祭鬼，“将为不轨”。马乃土司酋长龙吉兆兄弟，“私受李定国伪敕”，修造武器，“逆行已彰”。乌撒土司安重圣“亦反侧叵测”。他想要“先发制人”，“乘其未动，早为剿灭，以清肘腑之患。”以此来“伸国威者也”。
征伐之令出自天子，须请示朝廷批准后方可用兵。本来水西等土司已归降，吴三桂却说他们欲图谋不轨。所列证据，还看不出有“谋反”的明显迹象。吴三桂却要“先发制人”，对这三个土司大张挞伐，再次征捌。吴三桂的目的，不过是制造“敌情”，给世祖和廷臣们造成一个印象；云贵的形势又有反复，不仅云南不安定，连贵州也岌岌可危，以此来催促朝廷准他用兵，廷臣们并没有认真核实“敌情”，仅听他之言，即建议从其所请，令其“悉心筹划，相机歼捌”。世祖也马上批准了。吴三桂叉取得了用兵权，在贵州、云南边境一带再一次展开了大规模的军事行动。
过了不久，顺治十八年三月，吴三桂送来了战报：“擒获龙吉兆，克平马乃土司”。此次战役，历七十余日才破其寨，将龙吉兆、龙吉佐兄弟一并擒获。吴三桂对兄弟俩进行了审问：“为什么要谋反？”兄弟俩人说：“我受（明）国恩三百年，仗义守死，何名为谋反？”吴三桂厉声斥问：“难道不怕死吗？”兄弟俩倔强地说：“我两人尽忠而死，难道不贤于你不忠不孝而生吗？”两人同声斥骂不止。吴三桂大怒，命割去舌头，然后斩首处死。