吴三桂镇压了马乃土司，朝廷把它改名为普安县，设知县一员，分设土司巡检，准令世袭。这次军事活动剐刚结束，三桂全力准备进缅。
吴三桂明知道清王朝不放心他这位王爷，他功于心计，让云南战事不断，不仅不裁军，而且向朝廷要钱、要粮。
三、赴京奔丧，不安好心
顺治十八年（明永历十五年，1661年）正月初七日，世祖于养心殿病逝，年仅二十四岁。这个年龄，刚步人人生风华正茂，精力旺盛之期，却不幸早逝，是人们所不曾料到的事。他六岁即位，在位十八年，亲政尚不及十年。他的生命的确过于短促。然而，这位青少年天子颇有作为。前期，有其叔父多尔衮辅政；后期，独立主政，在很短的时间基本完成了对全国大陆的统一，革旧立新，制度初各，为清朝的长治久安打下了一个良好的基础，他与多尔衮开刨一统局面，在清史中占有重要地位。
世祖去世，他的第三子玄晔，以八岁的幼龄登上了皇帝的宝座，他就是清圣祖，以明年为康熙元年。遵照世祖遗嘱，命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。
世祖的突然去世，新君幼童即位，对吴三桂童味着什么？对他的前程将产生何种影响？是有利、还是有害？毫无疑问，吴三桂和他的谋士们必然要做一番估量。算起来，吴三桂降清也正好十有八年，无论是前期多尔衮摄政，还是后期世祖亲政，朝廷给了他所能给予的一挪荣誉、地位、利禄，达到诸臣所无法企及的程度。不仅如此，世祖对他的信赖和无时不关怀备至，即使一个怀有二心的人也不能无动于衷。从“感恩图报”这层意思上说，对世祖的去世，吴三桂应当是悲痛的。他以自己对清朝为盖世功勋，相信新君不会改变以往对他的优握政策。从以往的历史来看，他与新君完全是一种陌生的关系，与他降清和此后迄至世祖去世前所发生的一切事情彼此都无联系。这会减少吴三桂的戒心和种种顾虑。何况他是一个八岁的孩子，即便有索尼等四大臣辅政，也不敢轻视他；相反，他会得到比以往更多的尊敬和优宠。
吴三桂决定进京哭拜世祖，可他又担心朝廷把他留在北京，回不了云南。大凡总提防别人的人，总疑心别人来暗算自己。对别人不诚实，也总怀疑别人欺骗自己。此种人的心理大抵如此。朝廷是否准备趁他人京把他扣留，史无记载，我们不能妄断。但以当时形势而论，朝廷不致有此打算。因为云南还很不安定，永历和李定国等势力的存在，清朝仍视为一潜在威胁，急需剿除。世祖去世前，已下达了命令，并派出爱星阿率禁旅，协同吴三桂进征。再说，朝廷正倚重他安定云南。尽管如此，吴三桂还是处心积虑，为防止朝廷的意外之举，特提重兵而来。他把部队分成数股，陆续启行。于是，在云南通往北京的大道上，他的军队络绎不绝，倒使旁观者感到一种心理压力。他还在半途中，其前驱部队已行至北京附近，“人马塞途，居民走匿。”这种情况，已引起了朝廷的警惕，惟恐出现意外之变，命吴三桂不必进京。可在京城外“搭厂设祭”。吴三桂遵命而行，在新设的世祖灵前，哭拜一场，完成了礼仪所规定的祭祀活动，即提兵返回云南。
从这次活动，已看出吴三桂最关心的是如何保持自己的势力，不想失去已得到的任何东西。世祖的去世，在他看来，似乎并不重要。一个权利和地位的过快增长，往往是政治野心膨胀的温床。吴三桂的思想，正向新的方向变化。
四、讨好新君，三桂出奇计
回到云南后，吴三桂面临的至关重要的大事，就是继续完成世祖的遗命，彻底剿除永历，向新君奉献新功！
出师前，吴三桂向南甸、陇川、千崖盏、达车里等云南各土司颁发朝廷敕印，令他们协助清兵剿永历。同时，他向缅甸发出通令，告诉清兵出师日期，命缅方到猛卯迎接清兵，擒永历献来。
由于永历帝逃到缅甸以后，被缅王用“饮咒水”（一种有毒的水）害死随从，软禁了永历帝。缅王就等吴三桂发兵前来，将永历帝送人情了。
顺治十八年，吴三桂调集十万人，采取了一次最大的军事行动，向缅甸进军，必取永历而后罢兵。其实进缅索取永历，无须这么多军队，他也明知，在这里遇到的对手，并无很强的抵抗力，不必以精兵猛将来对付，何况缅甸已表示臣服清朝，决不会抗清入境，不大可能发生战争。但吴三桂大军浩浩荡荡，一为吓唬缅方交出永历；二也是做给朝廷看，尽量显示他的尽心尽力和边疆危机程度。
吴三桂此次用兵，正是实施虚实并用之术，他多次派人向缅方恫吓，继而统率大军临境，诱迫缅方就范。
永历已知清兵临境，他明白等待他的将是什么命运，他支撑了十五年的政权行将结束，而他的生命也处于生死之间。这一结局，是命中注定的吗？他思绪万千，悲哀、愤激一起袭来a不假思索，提笔给吴三桂写了一封长信，把他的痛苦、哀怨、愤怒尽情地倾写于一纸之中。现把全文引录如下：
将军新朝之勋臣。旧朝（指明朝）之重将也。世膺爵候，藩封外疆，烈皇帝（指菇祯）之于将军，可谓甚厚。讵意国遭不造，阐贼肆恶，突入我京城，殄灭我社覆，逼死我先帝，杀戳我人民。将军志兴整日，饮泣秦庭，璃素誓师。提兵问罪，当日之奉衰，原来泯也。奈何凭藉大国（指清），孤假虎威。外施复仇之虚名，阴作新朝之住命？逆戚授首之后，而南方一带土宇非复先朝有也。南方诗臣不思索社之鞲震，迎立南阳（指福王）。何用枕席来安，干戈井至，弘先殄祀，隆武伏诛。仆（采历自称）于此时，凡不被生，犹取为宗社计乎？诗臣强之再三，廖承先错。
自是以来，一战而楚地失，再战而东丰亡。流离惊窜，不可胜数。幸李定国仆于贵州，接仆于南宁，茸讲与人无惠，与世无争矣。而将军忘君父之大德，田开创之丰功，量师入滇，覆我巢穴。仆由是渡沙漠，聊借缅人固吾围，山遥水迅。言哭谁欢，诋置悲奥！既失世守之河山，苟全微帝于蛮服，亦自幸矣！乃将军不进艰险，请帝远柬。捉数十万之众，穷追逆旅之身，何视天下之不广哉？岂天覆地载之中，被不客仆一人乎？抑对王揭爵之后，犹被歼仆以邀功乎？
第四高皇帝（括朱元璋）栉风沐雨之天下，犹不能跆留片地，以为将军建琦之后，将军既毁我宣，又欲取我子，读《鸪鸮》之章能不惨然一心州乎？将军骁是世禄之膏，即不为仆怜，独不惫先帝乎？即不畚先帝，独不舍二祖列宗乎？即不惫二祖列宗，被不惫己之粗若殳乎？不知大清何恩何德子将军，仆卫何愁何怨于将军也！将军白以为智，而迁成其悬；自以为厚，而反觉其薄。奕祎而后，吏有传，书有载，当以将军为何如人也！仆令者兵丧力弱，茕茕孑立，区区之命，悬于将军之手矣。如必欲仆首领，刷虽粉身碎骨，血溅革芥，所不敢辞。若其转祸为福，或以退方寸土仍存三恪，更非敢望。倘得与太平草木。同享雨露于圣朝，仆撤有亿万之众，亦付于将军，惟将军是命。将军臣事大清，亦可谓不忘故主之血食，不负先帝之大德也。惟冀裁之！
从这封信的内容，可以想见，永历是在极度痛苦与愤怒交织的情绪中写成的。我们且不必分辨其中的是非，仅从全文的气势来看，声情并茂，不禁令人感泣！
永历求生的呼吁，如此情真意切，然而却是那么微弱，那么可怜，岂能打动吴三桂的心肠！他是在执行一项历史使命，他不能左右自己的感情，更不能随心所欲地任意行动。他“不避艰险”来到这里，只有一个目的，一个行动，就是恬捉永历和剩余追随者，一网打尽，“根除净尽”！
就在永历写这封信时，吴三桂与缅甸策划的计谋正在加紧进行……
缅甸与吴三桂约定，为避免发生意外，他们把永历一行骗至吴三桂营。事先，吴三桂先派高得捷、官国泰、盛有功、徐伯率兵百人前去，暗中监视；接着。又派出二百人，接应前一批，以防出差错。当永历一行被骗出走，高得捷等都在暗中密切注视。这一切，都进行得相当顺利，神不知鬼不觉，就把永历及其家属一个不漏地全部擒获到手！南明最看一个政权永历朝廷至此灭亡，明朝的历史亦宣告结束。
当夜，永历人吴三桂营，南面端坐达旦。吴三桂冒员见到他，跪拜如礼。不一会儿，吴三桂人，行长揖礼，不跪拜。永历问：来人是谁？吴三桂口噤，不能回答。永历再问。吴三桂不觉膝屈而跪。永历坚持阀来人姓名。问之再四，吴三桂无法，只好说出自己姓名，永历当即严厉斥责，最后叹了一口气：“今亦已矣！朕本北（京）人，欲还见十二陵而死，尔能任之乎？”吴三桂回答说：“能。”永历挥手，让他出去。吴三桂却伏在地上起不来，左右人上前扶他起来，搀着他走出了永历的住所。这时。只见他而色如死灰，汗流浃背，自此再也不见永历了。
三日，将永历一行携至旧晚坡。初四日，邓凯跪拜永历而前。说：“今日事至此，皇上当行一烈，使老臣得其死所。”他的意思是让永历自尽，他做臣子的也跟着他死。永历却说：“你说的很对。但有太后在产俪洪某（承畴）、吴某（三桂）世受我家恩，未必毒及我母子。”
永历一行受到吴三桂的良好待遇。永历下属，不管太小官员、男女，都给马乘用。给永历进餐，都用金碗，他和母亲、妻子都给鲜服铺盖，内宫宫女及妻妾都各给一套衣服。
十二月十日，吴三桂下令离缅甸班师。次年，康熙元年（1662年）三月十二日，吴三桂携永历并太军回到昆明。吴三桂把永历安置在世息坊原明祟信伯李本高宅内，派兵严守，每天进餐，奉送衣物，生活用品更倍于前。
吴三桂威逼利诱缅甸王。轻易抓住了永历帝，这招隔岸恫敌可谓高明，以最小的代价达到最好的效果。
五、斩草除根，永历命断“逼死坡”
吴三桂擒获了永历和他的眷属，一举荡平了南明的最后一个政权，清廷振奋，对吴三桂赞扬之词不绝入耳。
可怜的永历和他的母亲、妻子都被严密拘禁在遥远的昆明。三桂给予了他们良好的待遇廿他被囚禁在室内，经常端坐不动。不管谁来送饭，或有人来观看，他都无动于衷，一概不问口。
当然，外人是不准随便进去看永历的，能看到他的，首先是一些卫士。吴三桂见了他一次面，受到故主的谴责，胆战心惊，再也不敢见，永历曾几次想见吴三桂，吴三桂并无意见他。永历的户部尚书龚彝置办了酒肴，准备进献永历，守卫的士兵不允许。龚彝厉声说：“他为吾君，我为其臣。君臣之义，南北相同，我只求见一面，为何阻我？”守卫的士兵请示吴三桂后，才被准许进去。龚彝把酒宴摆好，请永历出来，向他行跪拜礼后，恭恭敬敬把酒端上，永历本不喜欢饮酒，此时处境，一见酒，顿时痛哭不已。龚彝伏在地上痛哭流梯，再劝酒，永历勉强饮丁三爵（盛酒的容器），龚彝再拜不止。突然他从地上一跃而起，用力将头触地，头破而死。永历一下子惊呆了，稍清醒，扑蓟他的尸体上，悲痛欲绝，几乎昏倒……
永历和他的母亲、妻子已成了吴三桂的野下囚，是生，是死，他们既无法知道，更无权决定。在度日如年的日子里，只有悲哀和眼泪伴随着他们。然而，最后的命运很快地降临到他们面前！
据有些史书记载，清军中有一甲喇章京军官，暗中联络满人，准备劫持永历，逃往陕西，奉为君主，“以成不世之功”。处事不慎，走镉消息，吴三桂、爱星阿非常惊慌，迅速逮捕密谋起事的十一人，把他们以最残酷的磔刑处死。为防止再生事变，吴三桂加速对永历的处置。
如何处置永历，毫无疑问，吴三桂个人不敢也不能自做主张，他上报朝廷，要求就地正法，但因永历是皇帝之子，终商议决定允许他自缢而死。
康熙元年（1662年）四月二十五日，上午十时左右，吴三桂亲自部署和执行对永历的处决。他派章京吴国贵率亲兵，前往永历囚禁之所，将永历和他的儿子，还有皇室王维恭之子抬出门首小庙中，吴国贵命人出示弓弦，准备用刑。永历知死期已到，既没有求饶，也没有抗争。他的儿子——太子，才十二岁，大骂吴三桂：“黠贼！我朝何负于你？我父子何负于你？乃至此耶！”吴国贵等不由分说，用弓弦把永历父子和王维恭之子逐个勒死。永历时年三十八岁。永历。父子死地，原称篦子坡。后因此地逼死永历，人们又改称“逼死坡”。勒死永历三人后，吴三桂命昆明县知县聂联甲亲运薪木至城北门外，将他们的尸体烧化，然后尸灰四扬，彻底消尸灭迹。剩余部分就地埋葬。二十八日，吴三桂遣人押解永历的母亲太后、妻子皇后与宫人李贯芳赴北京。至中途，皆自杀。她们不属重要人物，既然自杀而死，朝廷也不以为然，未予追究。
永历帝带着他终身的遗恨见他的祖宗去了。对于他的死，时人和史家都表示了很大的同情。永历帝被勒死时，“滇人如丧考妣，罢市哀恸。各街市民假称丁艰丧服，半皆缟素。”各史书都记载当时“风菹突地，屋瓦俱飞，霹雳兰震，大雨倾注，空中有黑气如龙蜿蜒而逝。”有的写道：“雷田交作，空中有两龙蜿蜒……军民无不悲悼。”
吴三桂绞杀永历父子，逼死其母后和中宫皇后，可谓斩草除根，为清朝除去了一大隐患。他为清朝建树的这一大功勋，很快又得到了最高赏爵，官至“亲王”。但吴三桂始终保持着高度警惕，他为了防止李定国由车里进兵，特令提督张勇领兵万余，分布普洱、沅江一带堵剿李定国。迟至十月十九日，朝廷得到云南巡抚袁懋功奏报：据车里（云南景洪）宣慰使刀术祷的报告：“李定国逃奔景线地方，染病身死。”
李定国之死，是由于哀痛永历父子被害所致。当永历及其家属被吴三桂擒获时，他一无所知，以为还在缅甸，专振副将刘子远率八百精骑赴锝波江侦察缅人动向。未过十天，刘于远疾驰回报永历已被擒获的消息。李定国如五雷轰顶，哀痛难抑，绝望地喊道：“恢复事还可为吗？我负国、负君，何以对天下万世！”他哀愤过度，病倒了。又过了一段时间。永历被缢死的消息传来，他痛不欲生，哭天号地不止。他披散着头发，赤着脚，“号天抢地，两目皆血掴。”他不想再活了，只求速死。七天不进一粒，于康熙元年六月二十七日去世。死前，他把部将靳统武和儿子嗣兴召至面前，嘱咐说：“任死荒郊，无降也。”不久，靳统武也相继去世。李定国的儿子嗣兴没有遵从父亲的遗愿，率部投降了吴三桂。
李定国去世后，其子率余部投降，标志着永历政治与军事势力的彻底覆灭。吴三桂在云贵的一统之局已成。从战争转入和平时期，吴三桂开始努力经营自己的小天地，自成一地方的巨大势力。
吴三桂用永历父子的鲜血铺平自己的忠心之路。被康熙帝正式册封为亲王。
六、不择手段，培植势力
吴三桂培植地方集团势力，为他以后起兵打下了基础。