西选之官，不仅范围相当广泛，而且具有相当的优先权，“虽部选已定例，必撤回而用藩府所咨选者”。康熙五年十月，兵部题奏：“云贵二省武职员缺，臣部推升之后，本官未经到任，随经平西王吴三桂另胚有人，以致部推之官中途往返，似属普累。请照吏部例，将此二省武职员缺，悉听该藩胚补，如无可补之人，该藩胚明，臣部再行推升。从之。”可见，在此之前，吴三桂早巳将云贵二省的文官举劾之权一揽手中，由此又获得了武职员缺的全部除授权，而尤其重要的是，吴三桂藉“西选”之权，已将其势力伸展到全国各地，“所选官擢任督抚大吏，亦改容加礼，惟恐得罪藩府也”。
吴三桂成了一人之下，万人之上的人物，到处都是他的耳目，文武百官皆不敢得罪他。
九、纵横捭阖，大施手腕
由于镇滇以后，享有“节制”云贵督抚的特权，吴三桂便藉此大施手腕，纵横捭阖。
清朝恢复云贵后，于顺治十六年（1659年）正月，设云贵总督，以赵廷臣出任。但任期较短，至顺治十八年（1661年）初，康熙皇帝即位后，即迁浙江总督。据孙旭在《平吴录》记载，“桂题授赵廷臣为云南巡抚”。而事安上，赵廷臣不曾巡抚云南，只任两年的云贵总督，可见其记载有误。但从中却可以看出，赵廷臣为吴三桂所喜，曾被吴三桂荐用。
继赵廷臣之后，卞三元以贵州巡抚晋云南总督。康熙四年（1665年）清廷裁贵州总督员缺，即以卞三元总督两省，仍驻云南。这期间，“每征剿苗酋土司，（吴三桂）辄奏三元功最。三元初加衔兵部侍郎，旋晋兵部尚书”。以故卞三元感其拔擢之恩，“与云南提督张国柱、贵州提督李本深并倾附三桂”，是其所言，为其所欲，人称“总督卞三元辄附合之”。但是，卞三元自顺治十六年任贵州巡抚起就与吴三桂共事，其诸多不轨，卞三元早已明悉。康熙六年（1667年）五月，他见朝廷命准吴三桂疏辞云贵总管，知其已失宠于朝廷。为躲避祸加己身，康熙七年（1668年）十一月，陈请致仕，日：“臣继母在京，寄信与臣，谓‘汝若不归，我死不瞑目。’”臣因之忧惶戚疾。当此两省边地，任大责重，岂忧病昏暮之人，能深筹远驭？一有贻误，臣罪何逃！臣母以思子增衰，臣又以思母致疾，天性至情，无由自解。恳恩回旗养母。足见卞三元以知情者对云贵总督之任畏惧至深。
康熙七年（1668年）十二月，甘文汉接卞三元为第三任云贵总督，情形与前者大有不同。这时，云贵督院已迁驻贵阳，甘文汉循例往谒王府，自以封疆大吏朝廷命官，“投眷弟刺不屑走旁门”，这使吴三桂很是不悦，以甘文濩对己不恭，“辞不与见”。而后，吴三桂亲临督府，“文瀵故延见，桂愈不悦”。并以其报复而生忌恨之心，开始处处刁难。
先是，吴三桂“见（甘文瀵）羽卫中有豹尾枪八杆，故取视称好，借去两杆，及文瀵来索，桂日：豹尾枪非亲王不得用，何索为？文濩遂大恨”。二人嫌隙更深。接着，“三桂恶其不附己”，“诡报土番康东人寇，又阴趣凯里诸苗煽乱，羽檄交驰，以觇文漕措置。”在他看来，无论甘文瀵是畏敌怯阵，还是兵败疆场，都逃脱不了被朝廷问罪、降职，甚或革职的下场。不料，甘文瀵却颇有胆识。“料康东无能为患，凯里近在肘腋，不制恐滋浸难图，”先督兵进剿凯里，“连破贼巢……阵斩贼酋阿戎，余党悉平。”又称檄云南告以进剿康东师期，吴三桂只好谎称康东寇已远遁。但对甘文瀵，“三桂益忌之”。
康熙九年（坩70年），吴三桂为攫铜矿之利，在云南遍征民夫，广为开采，并将所滇铜运至湖南、广东行销，刻无宁晷。因此，滇民不仅苦于矿役之繁，且为销运流离滇市。甘文漕上疏朝廷为民请命，陈请敕平西藩免民夫出省行销。“奏准，坤困。”而吴三桂却闻讯大怒，这不仅使其财路夭折，且有损于他在朝廷中的地位与声威。
为了打击甘文瀵，达到挟制督院的目的，吴三桂伺机寻隙。康熙十一年（1672年），甘文濩母故，回京治丧。其时，吴三桂早已解除了总管云贵之权，却趁机“请以总督印付云南巡抚署理，假训练为名，尽调督标弁兵赴滇厚结之”。他数以官赏标弁有功者，而以财厚资其勇士及困乏者，诡言为文漕所抑，故功不上闻，财不下逮，督标因此归心三桂。及甘文瀵归任，督标遂不为其所用。至三桂反，文濩欲抵御，官兵答日：“大人若从吴王，惟命是从，若助太清，某等不能。”因为“吴王恤我贫之，赏我功劳，重我才勇，吴王于我辈恩甚厚。”
在历任云南巡抚中，吴三桂最恶者乃朱国治。朱国洽在巡抚江南时，以奏销案威名朝野，为江南士子所怨。后因“丁父忧、不候代，归”，而革职。康熙十年（1671年）五月，补任云南巡抚。“一旦篆滇，人尽惴惧，诚恐祸之及身矣”。原来，在朱国治所革生员中，方光琛乃其一，以前程为其所断，意独恨之，并因此“亡命来投三桂”，“遇滇人士往往切齿言之（朱国治），于是滇中人久知有贪恶巡抚某人者”。“即吴三桂亦以其有智数、善操切，每留意待之，而国洽不察焉。”然而，朱国治虽为政干练，却贪污不职。到滇未久，即“索大理知府冯坤银三千两”。冯坤交银不出，以藩下私人借于吴三桂处。此外，朱国治又婪索其余属吏多人。其时，云南士绅多附藩府，亦多仰仗藩府，凡被朱邂抚索贿不堪者，多由藩府周济。因而“屡年赃秽狼藉多出我家（藩府），现有日历炳据”，为吴三桂所轻。所谓“三桂薄之，所求不应”。但同时，吴三桂又藉此大作文章用以孤立朱国治，以致“中丞朱公欲大振作，而属吏因循不应之”。
吴三桂大施手段，打击异己，扶植自己的势力，这为他以后反清打下了基础。
十、拥兵自重，傲视天下
吴三桂坐镇云南，一意欲保持他的特殊地位。他知道。欲保其特殊的地位，必须掌握军队和握有兵权。但是，战事已结束，朝廷要裁撤军队，要收回兵权，是势在必行之事。他作为大清王朝的一个臣属，即便像他已是一个崇高的平西王，也是没有任何理由予以拒绝的，要么背叛朝廷，自行其事。显然，他还没有这个打算。他记得他的恩师洪承畴离开云南时，授予的锦囊妙计：不可使边疆一日无事。这就是说，要保持云贵边疆不安宁，不断用兵，可使朝廷长久地倚重他，除三桂他人莫属！活动在云贵地区的农民军已被肃清，惟一可以用兵的对象，就是苗、瑶、僮（壮）等少数民族地区。这些少数民族的酋长、头人固然叛服无常，但在清朝统治日益稳周的形势下，他们也得朝向新主，称臣纳贡。对他们的战争已无事可战，那就制造事端，向他们发起攻击！
还在康熙元年八月，吴三桂曾向朝廷报告，云南形势稳定，特别赞扬血云南土司，倾心向化，大则抒诚献土，小则效职急公，勤劳既著，劝励宜先。查《滇志》可据，忠悃有凭者，文职五十六员，武职十六员，请部给与号纸。
朝廷得到这个报告，很感欣慰，以为南疆从此无事，天下无忧，可以长享太平之福。可是投过多久，情况又为之一变，云南土司纷纷叛变，吴三桂屡屡向朝廷发出警报，请兵、请战之奏，不断从遥远的云南驰送京师。在这种情况下，朝廷别无选择，惟依赖吴三桂主持全权，对叛变的土司展开征剿。
康熙三年（1664年）初，贵州水西（黔西）土司头领安坤举行反清起义。他本来在顺治十五年已经降清，向朝廷称臣。康熙元年，有一个叫常金印的，自称是“开平王”的后人，从广西来到水西，与安坤密谋反清。还有刘永宁、倪生龙、丁调鼎、李化龙等人来到阿堵牛场，宣布：“海上已立新君，国号平顺，晋王李定国尚在，谕令起兵。”安坤信以为真，聚众数万人，任命其叔父安如鼎为总统，联络贵州土司罗大顺等人，约定共取云南。
安坤的师傅张默之岳父皮熊，派蜀人陈进才等，向各路给散札付。事出不密，陈进才被吴三桂的总兵沈应时擒获，紧急向吴三桂报告。这一事件，给吴三桂造成了用兵的机会，他毫不迟疑地亲督云贵兵分两路进剿。他自率云南兵马至毕节（贵州毕节），取道米罗、归宗，直人果勇。令总兵沈应时、刘之复、都统吴国贵、副都统高得捷，参领李良栋等将驻兵大方（贵州大方），遏其要冲之路，令贵州提督李本深统贵州四镇兵由大方的六归河（黔西西南）会剿，屯粮三岔河，以期首尾夹攻。
吴三桂在向贵州提督李本深下达进军的命令中，误把六归写成“陆（大写的“六”字）广”（贵州息烽西），因此李本深即把部队驻扎于陆广，从贵州和四川调来的粮饷也存储在陆广镇西，造成两路军声援隔绝。吴三桂军驻于龙场（奠州织金东），眼看粮饷将尽、外援不至，出战不利，永顺总兵刘安邦力战而死，士气受挫，土司安坤部众则声势大振。吴三桂处于危险之中。
这时，安坤叔父安如鼎派人侦察贵州兵虚实，被活捉，李本深才知道云南兵被困，急引兵增援。大破土司兵，两路兵才得以会合。先在阿作峒击败土司兵，再败敌于初得峒。兰桂向朝廷报捷：“自二月至五月，斩获无算”，“茁人胆落”。至六月，再败安坤于红岩峒。安坤携妻子逃奔弄箐，由乌撤至乌蒙，这里的土司不敢收留。他无处安身，被迫向吴三桂请降。吴三桂断然拒绝，分兵继续追击。
十一月，吴三桂部将总兵官林世耀等自乌蒙进兵。安坤率众抵御，在波罗箐大战，又被击败，清兵追至法地垄，将安坤擒获；接着，又把安如鼎及皮熊等人擒获，将他们一并处死。吴三桂继续进兵，攻击乌撒，俘获土司安重圣、安重乾，就地斩首。吴三桂报捷：“蛮方大定”。永西少数民族的反清斗争被吴三桂镇压下去了。
吴三桂以优势兵力，一举扫荡了贵州永西地区的反清活动，立即向朝廷提出在这里设郡的建议。
吴三桂的上疏，首叙水西地区的历史沿革，次叙茁、瑶等少数民族难于治理，尤其明天启年阃“构乱”不已，明以巨大的人力物力财力，前后用兵二十年，仍没有解决问题，究其原因，是“边臣失策竹，剿抚不得其法。而他却以一年的时间，彻底平定了水西的广大地区。虽然他强调这一成功“实蒙皇上”“天讨之灵”，但实质是向朝廷表个人之功。奏文的核心内容是，改革水西沿袭已久的土司酋长世袭一统制，置府州县，设“流官”，把行政与财政等管辖权收归朝廷，由朝廷任命官员，具体行使管辖权。
不管吴三桂出于何种动机，他首次提出在水西设流官的建议，具有重要意义。历代统治边疆少数民族地区。向以当地头人、酋长为官，朝廷不过给个名义，实际统治权仍控制在他们手里，而中央对他们的统治大体属“羁糜”，不是直接地、而是间接地进行统治。所以，置府州县、设流官，是对几千年一统天下的土司制度的一个政治突破，比起土司制度，是一大进步，它发展和巩固了中央王朝对边疆地区的直接管辖权，对促进边疆少数民族与内地汉民族的文化与经济交流将起到积极作用。
朝廷认识到，吴三桂的建议有利于巩固它的统治，很快就批准了他的奏疏，并责成他就新设的三府拟定新名。康熙五年（1666年）二月，朝廷正式命名土司安坤故地比喇为平远府、大方为大定府、水西为黔西府；改比喇镇为平远镇，调云南曲寻、武霈总兵官刘文进任平远总兵官。
当吴三桂远征水西未返时，康熙四年（1665年）三月，云南省城以东诸土酋乘机联合起兵反清口此次起兵，以王耀祖为首，建年号“大庆”元年，谋取昆明，分遣王义、齐正攻陷易门（今仍名），转攻昆阳（今普宁）、河西（嵋峨西）；禄昌贤攻陷宁州，再攻江川（新兴东，星云湖北）、通海（今仍名）、宜良（今仍名），取注江府（橙江）禄益夺取了嶍峨县城、“开国公”赵印选攻弥勒（今仍名）、龙韬等攻石屏（今仍名），然后进袭广西，还有王朔、李世等攻陷临安府城（今建水）。
王耀祖分遭将士攻城夺地，当地州县官不是被括捉，就是逃之夭夭。顿时，“滇南大震”。
云贵总督卞三元、云南巡抚袁懋功、提督张国柱等急忙调兵，分路反击。吴三桂在水西得到告急的消息后，即遣总兵赵得胜援石屏、王辅臣援弥革，自己率所部返回昆明。四月七日，在新兴一战，将王耀祖擒获，击破大营城，进援易门，阵斩马麟甲、李明阳，将易门包围，十七日，击破易门城，活捉齐正、王义等人。接着，分遣左都督何进忠、副都统高洪震、总兵赵得胜等进兵至宜良县的竹子山，恢复宁州，禄昌贤在城破前先逃。王辅臣等击破木城九座，在弥勒城下俘获赵印选。形势急转直下，嶍峨、石屏、临安诸城都重新被吴军夺回口其余州县城池，也都“获保全”。这次规模颇大的抗清行动，在吴三桂的指挥下，他们反给镇压下去一了。