圣祖对吴三桂、孙延龄、耿精忠，以及对四川叛将的一贯政策是，把他们跟手下一般将卒、被迫“从逆竹的人区别开来，对为首的，坚决镇压，部下招抚，鼓威投诚，不株连；在策略上，采取既打击、又招降的两手策略，恩威并用。这在此后战争中，逐渐发挥出重大的作用。即使都属叛乱头子，圣祖也取区别的政策。他对耿精忠的叛乱，一面派“定南将军”希尔根统领大兵由江西、“平南将军”赖塔由浙江、“平寇将军”根特巴图鲁由广东等三路进捌福建。“耿精忠歼灭，在于旦夕。”一面用力招抚，使其悔罪归顺。圣祖把耿精忠同吴三桂明显地区别开来。他把耿精忠与吴三桂做了一番比较，说：耿精忠“必系一时无知，堕人狡计，与吴三桂不同，故将吴三桂子孙正法，耿精忠在京诸弟，照旧宽容，所属官兵井未加罪。”当时，耿精忠的两个弟弟：耿昭忠、耿聚忠尚在北京，因耿精忠犯逆，国法难容，已把其两弟并禁于一室，其属下官员都“闲住”，不再任事。与对吴三桂的区别是，圣祖没有处死耿精忠在京的诸兄弟。尽管派大军进剿福建，仍“念其祖父宣力累朝，泊精忠之身，遽至覆亡，宗法斩绝，朕心深为不忍”，而“吴三桂乃本身投诚之人，背恩反叛，自取诛戮。耿精忠自祖父以来，受恩三世四十余年，非素蓄逆谋，首倡叛乱者比。”他指示兵部，尽速“传谕耿精忠，果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸，投诚自归。将侵犯内地海贼（指郑氏兵）速剿图功，即敕免前罪，视之如初。”
于是，兵部奏遣工部郎中周襄绪、原耿精忠属下一等护卫陈嘉猷携圣祖诏书至福建，招抚耿精忠。圣祖又指示进剿福建的赖塔等将领，不要因为派人招抚而延缓进兵，直至耿精忠投降为止，如不降，就坚决消灭！耿精忠既然反叛朝廷，岂肯轻易投降！圣祖派遣周、陈二人至福建，即被耿精忠扣留，对圣祖的招抚置之不理。
圣祖说吴三桂是“投诚之人”，实则是说他半路被迫加人清政权的，与清朝的关系不深。耿精忠与此不同，他的相父耿仲明是在清关外艰难刨业时代航海来归的，与清结下了患难与共的至深关系。这一历史背景，正是决定了圣祖对耿、吴采取了大同而具体又不同的政策，从而迅速分化瓦解了吴三桂的势力，把他孤立起来，聚而歼之。
圣祖对耿精忠采取了招抚与镇压的两手策略，他在派使臣去福建招抚的同时，已布置三路兵马进征福建，命浙江将军图喇驻杭州，兼防海疆。至耿精忠叛变，全国的形势，已是叛乱四起，清朝兵力不足用，不得不调取北部边防的宣府、山海关等处兵马，以加强进攻福建的兵力。
圣祖正在调集兵马征讨，耿精忠已经开始了军事行动。他与吴三桂约定。双方配合作战，他主攻邻近的江西、浙江两省；跟广东潮州总兵官刘进忠联络，令其煽乱广东、广西；遣使渡海，约台湾郑锦政权进攻大陆，许以福建南部沿海郡邑割归郑氏政权；又南联琉球王国，索取军需，以为外援。耿精忠的这一战略，点燃了东南沿海的熊熊战火。他还未出兵，已向所属府州县和外省份发起兵的檄文，使福建全省顿时陷入混乱，迅速渡及浙江、江西、广东等邻省。地方守土军政官员纷纷响应。从康熙十三年五月到年末，沿海各处叛变的消息不绝于清朝官方的报道：
五月，浙江平阳（今仍名）兵变，总兵官蔡朝佐被擒；
六月，浙江温州所属罗清营相继降精忠；黄陨（即黄岩，属浙江）总兵官所属太平营亦变；
七月，江西饶州（都阳）营兵变，“赋势猖獗”
宁海、象山、新昌、余杭（均属浙江）四县“贼众蜂起”。
耿精忠叛清，为吴三桂开辟了东线第二战场，形势变得对吴三桂更加有利。耿精患的军事行动，首先从福建省开始。他派曾养性、白显忠、江元勋等为将，分别占据本省中部和偏北部的延平（今南平）、邵武（今仍名）、福宁（今霞浦）、建宁（今仍名）、长州（今长汀）各战略要地。未进兵的地区，凡檄文所至，纷纷响应。很短时间，福建全省皆叛归耿精忠。
接着，耿精忠出兵江西、浙江。他以白显忠为将出西路，攻江西。白显忠派出部将李连、李太等进犯建昌（江西南城）、广信（江西上饶）等地。
以马九玉为将，出仙霞岭中路，进攻浙江金华、衢州（今衢县）等地。
以藩下都统曾养性率部万余人为东路，攻人浙江，专攻沿海地区。曾养性是沈阳人，顺治时。初从耿氏征广东，归其藩下。康熙十一年，授为藩下左翼总兵官。耿精忠叛变，他是主要参与和策划者之一。此人十分骁勇敢战，探为耿精忠所倚重。起兵时，封他为都督。他奉命攻人浙江，先至平阳（今仍名），该城游击司定猷献城降，合兵后，渡飞云江（今仍名），围瑞安，攻不下，转赴温州。守城总兵官祖宏勋迎降。耿兵势大振，聚兵十万，挥众北上趋台州（今临海）地区，破乐清（今仍名），长驱下天台、仙居（今仍名），北上取绍兴府属嵊县（今仍名）。他联络宁海、象山、新昌、余姚（均称今名）”土寇”，授予其首领鲁朝全、褚楚白等人为总兵官、都督，指使他们骚扰绍兴、宁渡。他分遣部众攻金华，自率一部取黄岩（今仍名），该城总兵官阿尔泰降。他又西进至常山，率兵二万，二次进击衢州。到康熙十四年初，曾养性横行浙江，攻势达到了顶点！清军不惜一切代价，与耿藩叛兵展开了激烈的争夺。
台湾郑氏政权，从郑成功到他儿子郑锦，一直坚持奉明朝年号，力图反攻大陆，恢复明政权，自感力不从心。正巧耿精忠起兵，很想借助郑氏的力量来壮大自己的势力，约他重返大陆，共同攻击清朝。郑锦和他的谋臣非常高兴，把它看成是千载难逢的大好时机，便毫不迟疑地委派大臣冯国轩率上万人马，从福建沿海登陆，占领了漳州、海澄（海龙）、同安、绍安、泉州及建宁等处，有大小船一百余只，驻洛阳桥附近，招兵买马，号召当地壮男入伍。
耿、郑联盟，为时仅数月，便归于破裂。耿精忠以盟主自居，向郑锦发号施令，封郑锦为“大将军”，派人进去敕印。郑锦很不服气，说：“靖南王乃食清朝的俸禄，且系明朝叛逆，为何封我郑锦！”心中很是恼怒。郑以其实力和占有地盘，自然不肯屈居耿精忠之下，何况他是明朝“叛逆”，面自己是堂堂正正的明朝的海中孤忠，岂能受他敕封？他自感受辱。他们之间又在是否尊奉明朝的问题上加剧了矛盾，以至阚到公开指责的地步。进居漳浦、海澄的郑锦的守将出示布告，在声讨清朝窃据中原的一段文字之后，先赞吴三桂“隐忍滇黔，生聚训练，三十余年如一日，合千万姓为一家，静候天时，暗奉嗣主（指朱氏后裔），孤忠可鉴，大义不磨”。布告又说，吴三桂遣官“密令~将军致札郑、耿二王，共举义师，扶嗣主，戮（努）力王室，恢复神州，中兴之业已成”。紧接着就指责耿精忠自三月十五日“建旗之后”，颁发指令，“俱称救旨”，皆用皇家专用的黄绫，“从不遵大明正统”。他既然“已无旧主之念”，怎能服万姓之心！因此，“不旬月间，上下解体。”布告称颂“郑王”本与他为“兄弟之国”，能“克全名节”，是一般人难以做到的。他虽处海外孤岛，而不剃发，“尊王朔”，“老存继主”，可谓“忠孝凛然”。我们本愿与耿王“屈体联合”，“齐驱并驾”，不料耿王“妄自尊大”，把我等视为“附庸”，“僭窃尊号竹，已可见其人之心！布告中还提到，他们只“遵照吴王原檄布，中兴大义，惟郑王为盟主，复我大明三百余年之基业，澄清东南之半壁。”布告要求他们所占领的各邑郡文武官员绅百姓要“同思水木本源，共作王家柱石”。
布告反映了台湾郑氏政权的基本立场。声明不再与耿精忠合作，只愿与吴三桂联合，共扶明后。恢复明朝基业。看来，郑氏还不知道吴三桂已无意复明，限于交通不便，一时还得不到确切消息。耿精忠很担心郑氏与清兵的夹攻，便谋求吴兰桂之助。吴三桂从他的利益考虑，当然不希望他们之间互相攻击，就派礼曹钱点到福建做两家和解的工作。此时，郑氏方面也已知道吴三桂的政治意图，对吴开始不满。郑锦的大将刘国轩说：“吾家在海外数十年，称奉明号，今吴号‘周’，耿称‘申寅’所以，我带兵来是要攻你们两家的。如你们归正奉明号，我不难进镇江，上南京，否则你们两家都是我的敌国！”因为吴、郑、耿各持一端，各有企图，政治目标不一，这就在反清的阵营中产生了不可调和的原则分歧。钱点无法化解郑、耿的矛盾，连吴三桂一方与郑氏的矛盾也解决不了，只好灰溜溜地离开了福建。叛乱集团中的各派系的原则分歧，最终导致他们的彻底失败。
当叛乱集团内部矛盾日益尖锐时，清朝方面加紧了对耿精忠的军事进攻。从康熙十三年七月以后，清兵在江西、浙江战场开始取得进展，不仅顶住了耿部的进攻，连连取得了胜利，还收复了一些失地。
据清官方战报：
七月，杭州将军、都统喇哈达报：耿军总兵阎标率部万余人，自温州、处州进攻金华。清军副都统鄂申巴图鲁亲率满汉官兵应战，大败耿军，斩杀七千有余、将官以百计，活捉阎标等以下将官一百七十二员。
八月，江西总督董卫国报；南赣总兵官刘进宝等击败耿军，恢复石城（属江西，今仍名）。
同月，一平南将军”都统赖塔报：自七月十三日至十八日，清兵同进犯金华的耿军展开激战，共九次，大败耿军，收复诸簪、义乌（均属浙江，今仍名）二县。
浙江总督李之芳报；严州副将鲍虎督率官兵，一日六战六捷，恢复寿昌（浙江金华西北）。又报：耿军犯绍兴府新昌县（令仍名），被清军击败遗沈。
参赞军务护军统嘎，《桑遏、副都统席布报：精忠令闽军自建昌（江西南城）北进，与前来平叛的清军在抚州（江西抚州市）遭遇。清军把叛军杀遇，获得了胜利。
浙江总督李之芳报：已派遣“授剿总兵官”李荣率官兵血战，斩杀一千余人，乘胜恢复淳安县（浙江，今仍名）。
在八月间，清兵还恢复了浙江的遂安县（淳安县西南）、嵊县、东阳县（今仍名）。在江西，则恢复了万年县（今万年县西）、崇义县（今仍名）、抚州等地。
十月，“奉命大将军”和硕康亲王杰书报：福建“逆赋”一万四、五千人犯遂安（浙江淳安西南），当地“土赋”王应茂等率部四千人，沿河傍山，遥为犄角。清严州（浙江建德东）剐将鲍虎统率官兵迎战，击斩精忠参将王师右等四员、兵士一千一百七十余人，井乘胜追杀了二十余里。
康亲王又报：精忠部将都督周列、总兵桑明等率部二万由常山（浙江，今仍名）谋犯衢州，于九月十七日被清军击败于焦园等地方，斩杀万余人。
“镇南将军竹民雅翰报：精忠部都督李大元等万余兵马，屯驻南京（江西星子）崖口。他同副都统绰容托等于十月二十二日，率官兵将其击败，收复南康府，与此同时，清军卫收复了万载县（江西，今仍名）。”
十一月，江西总督董卫国报：他属下有右营游击佟国栋等率兵恢复新昌县（江西宜丰）。
杰书报：精忠部将都督徐尚朝等率马步兵五万，进至金华城外，列二十余营，军势甚盛。清军捌都统马哈达、都统巴=雅尔、总兵官李荣、台吉察等满、蒙、汉将官，奋勇夹击，阵斩闽将吴荣先等三十余人，歼灭其兵二万余人。
精军捷报频传：十一月十七日，清军克取紧部江西的叠源（江西，今仍名）。休兵一二天，即进军饶州（江西鄯阳）。圣祖闻此消息，十分高兴，写道：“此闻恢复婺源，良可嘉悦。尔等兵单，进克饶州，尤宜如意。”在夺取婺源时，清军又在江西与安徽交界的彭泽县大败耿军，“奋勇登城”，一举攻克。二十日，清军由婺源进取饶州，经乐平县，乘机恢复，进至鄱阳云吉峰下，大破叛军，逼饶州城下，叛军弃城逃，遁人鄱阳湖中。饶州复归清军。
清军已在江西、浙江战场上获得了一系列战役上的胜利，并收复了一些县城，但还没有从根本上扭转战局。从双方的战斗，可看出耿军的战斗力不很强，但它借助军队数量的优势和各地响应，使它尚能与强大的八旗兵周旋，败而复来，清军剿不胜剿。短期内还不能明显奏效。为此，圣祖指示康亲王杰书说：“浙江贼寇，在在窃发，骚扰地方，皆由耿逆未灭之帮，若剿除耿逆，则小丑自灭。”他要求杰书等将领钡，“或同守金华诸处，由仙霞岭、分水关人闽；或固守杭州、衙州，从金华进克温（州）、处（州）。平定浙省，剿灭闽贼，听大将军酌量速行。”
耿精忠的军队在同清军的反复争夺中，实力有所消耗，军需物资如制造火药火器的原料不足，便谋求琉球国的支持和援助。
康熙十五年，耿精忠派人航拇至琉球联络，其文称：
总统兵马上将军令谕：予惟军兴之际，需用惟繁。内附之邦素祢外海之名封，早识中华之大义，翊戴原无异视，尊攘谅有同心。予建议三年，提师四出，天南半壁，尽入版图，极北九边，尚烦绥靖。兹特差员前诣王国，采办硫磺，以佐军需，所望悉心指导，俾其趂候早归，庶藩屏兼资，而折冲有赖。他时入贡，伫待风帆，指日加封，游膺天眷。故谕。丙辰年五月十八日。
丙辰年即康熙十五年。耿精忠意图有二：第一，要琉球支持他起兵，在政治上成为他的附庸；第二，索要硫磺，此为当务之急。琉球盛产硫磺，是制造火药和其他弹药所不可缺少的。要制胜清军，必须大量使用火药火器。值得注意的是，耿精忠不署吴三桂的周王年号，而以干支纪年。这清楚地表明，耿精忠要独立，不承认吴三桂的独尊地位。
此后一个多月，派往琉球的引礼通官郑裴等向该国王递交一份公文，主要目的还是索要硫磺，但文件中大加描述和炫耀反清活动盛极一时。为窥其全貌，征引如下：
伪清无遗，民心思汉，处赴皆然。我千岁（指精忠）应天顺人，于甲寅年（康熙13年）三月十五日，与郑世王番（即郑锦）同得建竖义旗，兴师四出，我千岁大兵所至，旬日之内，福建全省尽复大明，即于三月末，兵分四出，东复浙江、温州、台州处，北复浙江、衢州等赴，四复江西广信、饶州、建昌、抚州、赣州、南康等府、南京徽州府。其时，云南、贵州、四川、陕西、湖广（湖南）诸省，尽属平西王吴、广西全省半属孙将军（延龄），半属吴王，广东一省潮州、惠州等府，皆属郜世璠，其余各府州县半属吴王。半属平南王子（指尚之信）。夸我千岁复率大兵，西连吴王、孙将军，东连郑世璠、平南王子，合攻南京。
裴自起身之日，已得捷书小报，夸伪清闻风丧胆，仅存河南、山西、山东、北京四省。我千岁思军兴之际，需用硫磺，特差使者游府陈前来。贵国主采办，着裴等随行引导。回闽之日，理当遣官致贺干岁，裴等愿力保大功，据实启报。伏乞睿蓥施行。
丙辰年七月初一日。
郑裴等人在文件中所描绘的国内政治、军事形势，颇有索引渲染之意，但基本反映了实际情况。耿精忠东联台湾郑氏政权，南联琉球，内结吴三桂，所谓“天南半壁”江山皆人版图！
琉球已通使于清朝，双方关系既平和又友好。耿精忠动之以引诱，示之以情，琉球能否给他帮助，也是个疑问。而且琉球毕竟国小力微，即使能有所帮忙，最终改变不了耿精忠日益陷入用境的局面！
圣祖对付耿精忠的办法，一而不放松军事进攻；一面又加紧做招抚工作。耿精忠能否接受招抚，怎样结局暂且按下不说。让我们暂时离开江西、浙江战场，把目光投向广东尚藩，且看他如何动作……
六、陕甘动摇，京师震恐