圣祖在这遭谕旨中，历数朝廷自顺治在位和他登位后给予孙延龄的种种优厚待遇，恩重位崇，确属实情。圣祖特别强调，孙延龄以微贱出身，平庸无大才却荣登将军之位，皆出于朝廷对其岳父孔有德功绩的追念和报答，面孙延龄不知感恩图报，相反，竟背叛朝廷。其实，孙延龄叛清并没有更深远的政治目的。他还年轻，不过三十多岁，没有经历过多少艰难曲折，他一登将军之位，又兼定南王之婿，父亲死去，无人训教，不过作威作福。他被王永年等参劾，怀有报复之恶念，朝廷屡加阻止，使他不得伸展私欲。吴三桂谋反，对他煽惑，便不计后果，愤然起兵了。
四、帮手济济，江南几不为清有
由于孙延龄叛清，线国安刚刚病死，广西“守土文武官或望大兵赴援。或被群贼胁从，不复与延龄为敌。”孙延龄与马雄镇仍然对立，互相攻击。据来自两广总督金光祖派人哨探的可靠消息，康熙十年十一月初，“孙逆调兵前去征剿马提督”，结果又被杀败。
吴三桂本来就看不起孙延龄，却很看重马雄镇。但为了共同的利益，他仍力图调解两人的矛盾，也未见明显效果。吴三桂为夺取湖南战场的关键性的胜利，屡次命令甚至威助孙延龄出兵蝴南助战。孙延龄以“部众不从”为由，婉言拒绝。吴三桂很恼火，对孙延龄逐渐起了疑心，感到他靠不住，密令人时刻注视孙延龄的动向。
孙延龄叛清原不是很坚定的，起因还是从王永年等人参劾他而引起的。他不过是借吴三桂的势力以逞私怨、报私仇。孔四贞由于她父亲孔有德在世时与朝廷的密切关系，也不愿落个“叛贼”的恶名，她还顾虑孙延龄所作所为会给父亲一生英名带来损害，因此，她感情深处并没有跟朝廷彻底决裂。孙延龄在家里惧怕四贞，毫无疑问，四贞的思想对他…有所影响。孙延龄起初对吴三桂俯首听命，随着他的势力的增长，也不那么听命于吴三桂了。这一切，吴三桂都看在眼里，表面上，还是一如既往宠信他，心里却谋划除掉他。
孙延龄的思想转变，是从傅弘烈的劝导开始的。傅弘烈原任庆阳知府，当吴三桂处于鼎盛之时，首先揭发吴三桂图谋不轨。为此事，他丢了官，被降职广西苍梧。孙延龄反叛时，他就谋划复归清朝，便假意投降吴三桂，被授为“信雕将军”，开始与孙延龄交往，两入关系处得很友好。在这种情况下，他着手做工作，以大义启发孙延龄归顺朝廷。康熙十六年，傅弘烈迎大兵于江西，先致书将军舒恕，通报四贞将说服他的丈夫孙延龄归顺，她无刻不以朝廷隆恩为念，如果赐敕赦免孙延龄罪，封四贞为郡主，广西瞬息可以平定。舒恕以上向圣祖报告，圣祖即指示：督辅理事官麻勒吉相机招抚，并授傅弘烈为广西巡抚，配合大兵进征。
孙延龄将要归顺的事，很快就被吴三桂侦知，他密令孙子昊世琮赴桂林，将孙延龄干掉。他明里是来调解孙延龄与马雄镇之间的矛盾，使之讲和。吴世琮至桂林，没有进城，把他的部队都安置在城外，派人进城请孙延龄前来议事。孙延龄不知是计，接到邀请，就出城面见吴世琮。吴世琮敷衍一阵，孙延龄也不疑心。议完事，孙延龄告辞，出了营门，直奔自己的坐骑。他刚上马，吴世琮早已安排了人，一使眼色，杀手趁孙延龄不注意，从背后一剑刺去，穿透前胸，孙延龄当即扑倒在地身亡。孔四贞善骑射，吴世琮对她报客气，不准部下伤害她，并把她和有关亲属都护送到昆明。吴世琮派他的将官李成栋留守桂林，面孙廷龄的部众仍由孔有德旧将统辖。
吴世琮召见被监禁的马雄镇，转述吴三桂意旨，好言劝他投降。马雄镇须发怒张，圆睁两眼，大声怒斥吴世琮：“我是朝廷大臣，义守封疆。我之所以不马上死，是想手刃你们这些叛贼，归报我的圣主！今志不遂，只有一死，何必多盲！”吴世琮见马雄镇语气严厉，毫无降意。就令人把他带到别的营帐，指使能说会道的心腹，进一步劝降，还备办了酒席款待。马雄镇上前把菜肴和酒愎掀翻在地，将酒杯等器物狠狠地捧得粉碎。吴世琮大怒，下令把马雄镇及其童妾、儿子、家人都绑了起来，牵出去，让他们跪在地上，一群士兵抽出刀，把他们围在中间，然后下令行刑。当着马雄镇的面，先杀他的幼子世洪、世泰，再杀其家仆等九人。马雄镇骂不绝口，毫无惧色。最后举刀杀他，仍然面不改色，恰然饮刃而死，年四十四岁。他的夫人李氏、妾顾氏、刘氏、两个女儿、长子世济妻董氏、妾苗氏等得到马雄镇父子被害的消息，都在府中自尽了。吴世琮杀害了马雄镇一家，还不解恨，下令把他的尸体抛到田野。暴尸四十余日，才被人收拾骸骨埋葬了。康熙十八年，马雄镇壮烈而死的事迹传到朝廷，圣祖嘉叹不已，赠马雄镇父子太傅、兵部尚书，赐葬加祭，谥“文毅”。
吴三桂除掉了孙延龄，杀害了马雄镇一家，从而把广西全省置于他的直接控制下，他解除了后顾之忧，便专力于瑚南，同清军展开战略争夺战。
吴三桂在云南谋反，耿精忠在福建举旗应叛，吴三桂与其遣使通好。台湾郑氏也火中取栗，一时间江南几乎不为清朝所有。在京为官的汉人也私遣家眷携私产各回原籍。清朝上下慌张，而吴三桂的反清形势一片太好。在广西孙延龄、福建耿精忠公开叛乱后，尚可喜再次表明态度，跟他们划清界限。孙延龄在布告四方的檄文中，有“三藩并变”之语，有意把尚可喜牵连进去。尚可喜与耿精忠是儿女亲家。耿精忠是尚可喜长子之信的妻兄，可喜次子尚之考之女又是耿精忠的儿媳。由于这种关系，他感到有必要上疏加以澄清。他写道：“孙延龄伪擞有‘三藩并变’之语，闽省又倏告变。臣与耿精忠奉系姻娅，不能不酿躇于中。窃臣叨王爵，年已七十有余，虽至愚极陋，岂肯向逆贼求功名富贵乎？惟知捐躯矢志，竭力保固岭南，以表臣始终之诚口”
起初尚可喜不为利诱，反而出兵攻打耿精忠。但是，由于他部将先后叛变降吴。而尚可喜大儿子尚之信却禁不住吴三桂的诱惑，也走上叛清之路。
同时，吴三桂的“义子”王辅臣也在陕甘叛清，吴三桂当即送韫二十万以劳军。一时陕甘动摇，天下震动。吴三桂的反清形势一片大好。
五、各怀异志，联盟快来快去
吴三桂谋反以来，康熙帝把主要精力都集中在湖南、四川、陕西、江西等省，他频频调兵遣将，意在加强这些地方的防御。而对福建方面从未注意，未发过一道指令。显然，他并没有估计到耿精忠，一则年轻，一则朝廷给他的恩惠不少，量他还不至于挑起事端。事实出乎意料，当他正忙于长江布防之时，杭州将军图喇传来惊人的消息：耿精忠据福建反叛，福建总督范承谟被软禁。福建巡抚刘秉政从叛……
耿精忠是耿藩第三代王，即耿仲明的长孙，耿继茂的长子。他于顺治十一年留京人侍，世祖把他大哥肃亲王豪格的女儿许配给耿精忠，称和硬额驸。论亲戚，世祖是精忠的叔丈，圣祖则是耿精忠的叔伯内弟。康熙二年，耿继茂请求让耿精忠回福建学军事。十年，耿继茂因病奏请朝廷让耿精忠代理藩事。圣祖亦允准。耿继茂去世，耿精忠正式承袭靖南王爵。十二年，耿精忠听说平南王尚可喜将撤藩回辽东，也被迫请求撤藩。吴三桂起兵后，圣祖停撤平南与靖南两藩，命他仍留镇福建口吴三桂起兵，立了旗号，马上派人飞驰福州，呈上他的信，诱耿精忠共同起兵。
本来，撤藩实非他的本愿，福建是他的根本利益所在，关外对他来说，是完全陌生的异域之地，撤离北返，无疑是对他的一个严重伤害。在这个问题上，他跟吴三桂有着共同的利益。而吴三桂首先采取行动，向朝廷撤藩表示坚决的抗争，这对耿精忠是个巨大的鼓舞，或者说，吴三桂的行动也充分反映了耿精忠内心的情绪和愿望，代表了他的利益。所以，吴三桂起兵，至少说耿精忠是同情的，支持的。何况吴三桂约他起兵，更是一根导火索，点燃了他内心不满之火。也许。他准备不足，或者是看看形势变化再说。总之，他没有立即起兵，而是在吴三桂起兵四个月后，才采取行动。
耿精忠接受了吴三桂之约，进行了一番秘密筹划。参与决策的，有他的左翼总兵曾养性、右翼总兵江元勋、参领白显忠、徐万耀、王世瑜、王振邦、蒋得辖等人。耿精忠的母亲周氏知道儿子谋划，很是生气，屡次责备他，力图阻止他胆大妄为。但耿精忠根本就听不进去。母亲气愤之极，绝食面死。
康熙十三年三月十五日，耿精忠在福州宣布同清朝脱离美系，自此以后，视清朝为敌国，同它斗争到底。
耿精忠属下诸将官都随他叛变。地方大员也多投降，惟有福建总督范承谟是否支持他起兵，他没有把握。因为他知道范承谟为人正直，为官清廉，对朝廷一向忠顺不贰，如得知他背叛朝廷，他真不知范承谟持何种态度。范承谟是清初最著名的文臣范文程的次子，追溯远祖，可追到宋代的范仲淹。他们是名门后裔，从小就受孔孟的严格训练和教育，忠君报国，清廉做人，已成了范氏家族的传统。范承谟从小就受到良好时家庭教育，于顺治九年中进士，初任席吉士，升至秘书院学士。康熙七年，授外职，出任浙江巡抚，励精图治，吏治为之廓清，深得百姓爱戴。妊职三年，因病请求解除职务，朝廷已允，当地百姓纷纷要求他留任。圣祖接受请求；让他继续留杭州任职。康熙十一年十月，圣祖还是把他调离杭州，提升为福建总督。圣祖知他为官清廉，品学纯正，才大胆提拔他。他想辞去，圣祖不允。要求进京觐见，陈述病情，于十二年七月，回到北京。圣祖召见了他。询问病情，即命御医到他家中给他治病，赐药饵，关怀备至。他的病稍好，圣祖就催他尽快上任。行前，圣祖情长意深地说：“闽海海氛未靖（指郑氏），地方困苦已极，为天下第一烦剧要地。卿廉能泰著，亦为天下最，故特倚任。”。赐给冠服、鞍马，以示朝廷隆恩。
福建总督原驻漳州，因为将要撤藩，命移驻福州。范承谟到福州不多日子，就爆发了吴三桂叛乱。他观察耿精忠，看出他“有异志竹，时加防备。他曾报请朝廷，要到沿海地区巡历。他的目的，是脱身离开这里，万一情况有变，便于及时征调兵马。此事还没有定下来，耿精忠就发动了叛乱。
事先。驮精忠已谋划好，就在三月十五日一大早，派手下人到范承谟的衙署请他有要事相商。来人照耿精忠编好的一番话，说：“王守制数月（指精忠的父亲剐去世，他守孝日期未满），未亲理军务，今有海寇游荡，乘云南多事，萌发窥我之心，讹言四起，众情深惑。王今新接到固守地方的命令，不敢以私心废弃公事，愿与诸公会商护内防外之策。因为丧服未释，不便亲来就教，敬遣下员促驾前来。”不一会儿，福建巡抚刘秉正来约他同行。刘是汉军正红旗人，初为直隶鸡泽县知县，顺治九年授云南道监察御史。此后升迁很快，到顺治十六年已升至宁夏巡抚，康熙五年补福建巡抚。耿精忠在谋反叛时，他参与其事，因为他已暗从耿精忠谋反，耿精忠怕范承谟不来，特令刘约他同来，以消除范承谟的戒心。范承谟就问他，所商何事？近有何消息？秉政支吾不清，用别的话来掩饰，承谟心中顿生疑窦。他早将生死置之度外，坦然应允，同刘秉政骑上马，并辔而行，一直入耿精忠府第，他感到气氛不对，隐然有一种杀气。他自知已陷虎口，势无退理，便挺身上前，昂然而入。
耿精忠哪里是跟他“议事”！他把范承谟骗来，是要他表态支持叛乱的。他一到议事厅，耿精忠的党徒就亮出刀刃，一派杀气腾腾。耿精忠要他做出选择，要么降、要么死。范承谟见此情景，义愤填膺，骂不绝口，耿精忠下令，当场把他逮捕。有一二名士卒不认识范承谟，上前误把刘秉政的胳臂抓住。其党羽马九玉急忙申斥：“不干巡抚事！”刘秉政低头无语，两颊微红。马九玉一挥，令他退下，他惶恐斜趋而出。耿精忠见范承谟倔强，叫人把他押下去，关在一间土室里，他绝食十天，没有死。范精忠派巡抚刘秉政来劝降，一见面，范承谟上前就是一脚，秉刘政没提防，竟扑倒在地。范承谟笑着说：“逆赋本该死，我先夺其魄！”刘秉政被斥回，耿精忠又使人问他；“听说你曾与杭州的水月和尚交游，还记得他曾给你写过什么话吗？”范承谟斥责说；“我家世代尊奉孔孟，忠孝大节，岂是死生所能夺！即使水月作过预言，也必以忠孝劝人，岂肯妄言祸福？你回去告诉你的主子。善自为计，不要取灭族之祸！”耿精忠囚禁了范承谟，连同他的家属五十余人，也都拘捕起来。
范承谟大义凛然，深深感染了他的部属和看守他的人役。他的部属，有一个叫张福建的，决心救他，持刀夺门面人，斩杀数名看守士兵，终因寡不敌众，力竭而死。看守范承谟的，有一个蒙古人，叫嘛尼，已受耿精忠“散骑郧”之职，他有感于范承谟忠义，秘密救出范承谟，事情败露。耿精忠十分恼怒，将他处以磔刑，嘛尼厉声说：“我宁愿与忠臣同死，不愿与逆贼同生！”
耿精忠还不打算马上处死范承谟，令人严加看守，百般折磨他。他被押两年间，没换过一件衣服，通身生虮虱蚊蝇，任其钻咬，蓬头垢面，疾病缠身；每天仅吃半盂饭，只求速死！天天他都骂一阵，然后写诗文，没有笔砚，就用“烧桴存煤”，写在墙壁上，有一篇“自序”。历数身世，洋洋二千余言……
耿精忠囚禁了范承谟，再没有人敢反对他。如有不从的，马上被处死。耿精忠大权在握，自称“总统天下兵马上将军”，比吴三桂称“元帅”自低一格。他效法吴三桂，蓄发易衣冠，改穿明朝服饰。私铸钱。名曰“裕民通宝”。
他大封从叛的将领，以曾养性、白显忠、江元勋为将军；所属佐领黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂、护卫夏季旺、吕应计、长史陈仪、陈斌等一大批人，都加给新的职务，分授都督、总兵官等职。
耿精忠的反叛，进一步加深了清政权的危机。圣祖不能等闲视之，当机立断，迅速作出反应，削其王爵，发通告致讨：
逆贼耿精忠，庸懦无能，痴愚寡识，祗缘伊祖耿仲明航海来归，太宗文皇帝念其投诚之功，特封王爵，宠眷优隆。世祖章皇帝定鼎燕京，复加委任，耷其统兵镇粤，中道殒身。其子耿继茂，叨恩承袭，两镇岩疆，恪其职守。朕眷怀勋裔，恩礼有加，及其病亡，万深轸恤，特遣部巨，颁赐敕谕，俾耿精忠袭封王爵。自伊祖以及伊身，受恩三世四十余年。在驮精忠抽祖父之奈勋冒朝廷之崇穆，自宜感恩圉报，殚竭忠忱。不意其包藏祸心，潜谋不轨。乘吴逆之变。辄行反叛，煽乱地方，罪恶昭彰。国法难宥，今削其王爵，遣发大兵进剿，指日荡平，但惫其所属官兵，厦地方官员军民人等，或被逆贼迫胁。虽怀忠义，莫能自明，恐大兵一到，玉石难分，有能擒斩耿精忠，投献军前者，优加爵赏；或以兵马城池纳款者，论功叙录；或力有不速，自拔束归者，亦免罪收用；其原系所属之人，见（现）为直隶各雀文。武官员者，概从宽宥，虽有父子兄弟见在福建者亦不株连，勿得心怀疑畏白罹法，负朕好生之意。