京城内杨起隆与近畿辅地区蔡禄父子的两次谋叛事件，深深地震动了清朝统治集团，时时有一种危机感袭来，使它无法安枕。而这一切，都是吴三桂带来的灾难性后果，已经危及到它的生存。圣祖和大臣们对吴三桂的痛恨有增无减。这种切腑之恨很快就转到了他的儿子吴应熊身上。杨起隆等人的括动，却使圣祖和他的阁臣们警觉起来，十分害怕再次发生这类事件。由此又想到了吴应熊留在京城，终究是个隐患，倘若他与其父赔通消息，危险会更大。
此时，吴应熊已被拘禁。然而，鉴于杨起隆一伙敢在京城内起事，使朝廷很快意识到，吴应熊的存在，是一个巨大的祸害。于是，便对他动了杀机，必欲除之而后安！三月九日，兵部尚书王熙上奏疏，“请诛逆子”，其奏文大略如下：
逆贱吴三挂负恩反叛，肆虐滇黔，毒流蜀楚，散布伪扎，煽惑人心，今大兵已抵荆南，克期进剿，元凶授首在指日间。独其逆子吴应熊，素凭势位，党羽众多，撞利散财，蓄养亡命，依附之辈，实繁有徒。今既被羁守，凡彼匪类，蔓引瓜连，但得一日偷生，岂肯甘心受死！即如种种流言，讹传不止，奸谋百出，未易固防。大寇在外，大忘在内，不早为果断，贻害非轻。为今之计，惟速将应熊正法，传旨湖南、四川诸处，老贱闻之，必且魂迷意乱，气阻神昏；群贼闻之，内失所援，自然解体；即兵士、百姓闻之，公义大激，勇气倍增。至应熊亲随人等，系累之中，益在无党，闻发刑部者不下五六百人。人众则难防，时久则易玩。速敕法司，讯别情罪，重者立决，次者分培各旗，消除内变之根源，扫荡逆贼之隐祸，淘今日第一要著也。
吴应熊是圣祖的姑夫，为皇室外戚的直系亲属。王熙请杀应熊，实为国家安全计，否则，谁有胆量敢索要皇帝至亲人的命！他提了奏请，决不是他一人的主张，可以说，代表了朝廷大臣们的普遍要求。圣祖明白，吴应熊问题的严重性质，他探体王熙等的奏请，忠诚可嘉，一心为国家，此中并无任何私人成见口所以，他一点也不怪罪他们。但要他下令处死自己的姑夫，却不是件容易的事。且不说如何对得住列祖列宗，就是对自己的还年轻的姑母如何交代？处死吴应熊，让姑母守寡一辈子，让她承受巨大的痛苦，他这个当皇帝的亲侄儿，于心何忍！但吴应熊事关国家根本利害，又不能等闲视之。他在矛盾的心情中没有作出决定，他要反复考虑，才能从感情的羁绊中解脱出来口但群臣的一再奏请，这使他加快作出最后的裁决。继王熙之后，对朝政具有最高议决权的议政王大臣会议完全支持他的意见，屡次要求速将吴应熊正法。圣祖无法再拖延下去，他在要大清江山还是要吴应熊二者之间作出了最后的选择，同意将吴应熊处死。圣祖为此特下一道谕旨，说：“吴三桂以枭獍之资，怀狡诈之计阴图不轨，自启衅端，藉请搬移，则行叛逆，煽乱奸宄。荼毒生灵，极恶穷凶，神人共愤！”圣祖的愤恨之情，溢于言表。接着，他又说下去：“朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章具在，众论佥同，朕亦不得而典贷之也。”他本想照廷议，将吴应熊及其长子吴世霖等人都凌迟处死，但又想到吴应熊久在京师人侍，不忍心加以残酷刑法，予以宽大处理，只将吴应熊与长子吴世霖绞死，其余诸幼子免死，没人官，其他有关重要人犯，分别正法。还有一些有牵连的，只要能宽大的，圣祖都尽量予以宽大不究。在圣祖思想深处，不能不虑及吴应熊必竟是他的姑父，处死他们父子，他的心情不会是平静的，他的姑母更不会无动于衷。
吴三桂在起兵时，已经考虑到他的儿子吴应熊的安危，或存侥幸心理，误以为圣祖不敢加害他的儿子，必以吴应熊为人质，作为将来要挟他的一个筹码呢。吴三桂又一次错误地估计了圣祖。儿子与孙子被绞死了，他们都做了朝廷与吴三桂之间政治斗争的牺牲品。
吴应熊父子被处死的事，由朝廷发布公告，通告全国。吴三桂得到这个不幸的消息时，正在饮酒，霎时，脸色大变，不禁手发抖，杯子放了下来，泪水悄悄地涌出了眼眶，悲怆地说：“今日真是骑虎啊！”他的意思是说，骑虎难下。吴三桂这个人，一贯“善持两端”，左右逢源，进退有据。他造反后，颇有点后悔，有过“下虎背”的念头。而现在他的儿孙被诛”已表明朝廷同他势不两立，必欲消灭他而后罢兵。到了这步田地，他骑在“虎背”上还能下来吗？所以他才口吐真言。说出骑虎难下之意。果如兵部尚书王熙所料，处死吴应熊，骨肉被残，这对一个年过六十岁的老人来说，精神受到了一次巨大而沉重的一击。他第一次意识到，他为保全自己的利益，已经开始付出血的代价。将士的鲜血，他并不吝惜，而自己的骨肉付出生命与鲜血，就是对他称周王的代价！在听到这个消息的一瞬间，他的精神几乎到了崩溃的边缘。他的内心充满了痛苦，由此而引起他对前途的惶惑，他似乎感受到了一种不祥，在此后的日子里，这种不祥时时在向他逼近。尽管如此，他还是不甘心向命运屈服，他没有别的选择，只能沿着自己的道路走下去，走下去……
吴三桂起兵仅三个多月，已领有滇、黔、楚、蜀四省，事情并没有到此结束，不久，福建、江西、浙江、广东、陕西等省或地区相继叛清，越过了河南、河北，直刺清朝的心脏北京，更远至长城以北，也燃起了叛乱的烽火。此次叛乱，发展之快，来势之猛，波及之广，规模之大，都是空前的。如何看待吴三桂发动的这场战争，确实是一个值得重视并需要回答的问题。事实表明，这场动乱，已远远超出吴三桂个人与朝廷的利益之争。从广泛的意义讲，它显示了汉民族同异民族统治者的再次大较量。因为参加和响应吴三桂起兵的，无一例外都是汉人，其主要成份或骨干，都是原明朝降将、李白成、张献忠、郑成功余部及南明残余部属。兵士也是汉军，并吸收了当地汉人百姓参加。他们跟吴三桂有联系，很多人却丝毫无联系。他们不喜欢异民族建立的这个新政权。事变后，据清官方统计，
逆臣竹共有二十六人，其中二十人是明朝降清武将，其余六人并未作过明朝的官，有两人还是清初进士呢。又据统计，各省布政使以下文职，“从贼官”五百二十三员。这就是说，原明官、汉人成了这次事变的主要参加者和维织者。清入关虽已三十年，而人们对这个新主人仍存有疑忌，不愿接受这一无法改变的现实。当有人——一个有名望的人，敢于率先行动，他们就会随之而行动起来。吴三桂就扮演了人们所希望出现的角色，故他振臂一呼，万人响应。
广西地接云、贵，形同一体。三桂一发难，圣祖就想到了广西，力图固守，以牵制和阻止叛军北进。他毫无迟疑地任命孔有德的女婿孙延龄为“抚蛮将军”，令其坚守。他以为加恩重用，孙延龄必能忠于朝廷，不会发生变故。他不时地关注广西方面的军情。康熙十三年二月二十一日，他还给孙延龄、都统线国安、巡抚马雄镇、提督马雄等广西军政要员发出指示：“保固粤西，惟你们是赖。今大兵已抵武昌，倘贼犯武阿（湖南武冈）、宝庆（湖南邵阳），你们即率所部官兵，进捌叛军之后，大兵迎击于前。量此逆丑，自可克期扑灭。你们身在地方，必有确见，要同心协力，谋定而后行动，以不负朕倚任之至意。事平之后，自将帅以至卒伍，朝廷都不吝重赏。凡有机密军情，可报告给宁南靖寇大将军勒尔锦。”圣祖的指示，表达了朝廷对他们的重托和殷切希望。他具体地指授了方略，要他们捣吴三桂军之后，而清援军迎击于前，两下夹击，以消灭叛军于湖、粤之间。但吴三桂的战略出圣祖意料之外，他擞下武冈、宝庆等地，直奔沅州、常德一线。清军增援也迟迟没到，圣祖的计划随之落空。即使如此，如果孙延龄坚守住广西，对吴军的后方将构成一重大威胁。
圣祖没有料到的是，就在他发出上一指示数日后，即二月二十七日，孙延龄据桂林叛变，投向了吴三桂。孙延龄也是辽东人，其父孙龙原为孔有德末弁，早在太宗时期，随孔有德降清。孔有德南下，留镇广西，其父升大将官，孔有德便将自己的独生女孔四贞许配给孙延龄。此时四贞年幼，他们尚未成婚。后来，孔有德殉死于桂林，孙延龄的父亲也死于阵中。朝廷给予恤典，批准孙延龄袭父二等男爵，又加一等云骑尉，特赐四贞白银万两，每年停禄视同郡王待遇，四贞长大，便与孙延龄结了婚。康熙五年五月，圣祖命孙延龄为镇守广西将军，统辖有德旧部，驻守桂林。
孙延龄以妻父而贵，独掌一省的军权，他也效法吴三桂“骄纵无忌”，凡本省武职官员任免，他都擅自决定。康熙十一年九月，御史马大任弹劾他擅自用权，随意任免武职官员。兵部庇护孙延龄，驳斥了马大任的参劾，而孙延龄得寸进尺，请旨严斥马大任。兵部了解情况，“申禁之”。
十二年七月，他的部下都统王永年、副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等人上疏，揭发他诸多不法事：贪污国家财政、纵容部下残害百姓、昼团城门、乡民不敢人城等罪状。他们的揭发材料先送变广西总督金光祖，他据实上奏口圣祖特派兵部侍郎勒德洪赴粤审理此案。这时，御使鞠殉乘机进言，说孙出身微贱，又属外姓，享有已故定南王孔有德的待遇，不知感恩图报，胆敢为非作歹，委任其兄孙延基总管属下兵事，军心未服，已引起“讦告纷纷”。他请求将孙延龄调回北京，其属下兵士，或令归属八旗，或仍令驻守广西，另派一将官统辖。
兵部奉命讨论此事，认为孙延龄已为王永年所揭发，朝廷已派大臣前往桂林调查，应等待其调查结果，然后再议处。
勒德洪桂林之行，很快将王永年所揭发的各条款调查清楚，情况属实。据此，兵部请圣祖将孙延龄治罪。圣祖斟酌再三，予以宽大，免予处分。
孙延龄对王永年等人揭发他，怀恨在心。对朝廷派勒德洪前来调查他的问题，心中不满，敢怒不敢言。他把仇恨都集中到王永年身上，伺机报复。正当他怨恨之际，云南突变，朝廷命他与王永年等同守广西，等待机会进兵云南。孙延龄对他的仇人王永年同他一样受重，心中很不服气，又怕他再参劾自己，心里很不安。这时，吴三桂派人送来给他的一封亲笔信。内中向他通报云南已经起兵，要求他在广西立即采取行动，事成共享富贵，百般引诱孙延龄起兵。孙延龄得吴三桂书信，颇为高兴，以为机会终于来到，他首先想到的是必杀王永年等人，以泄心头之恨！也发泄了对朝廷的不满情绪。就跟吴三桂的关系来说，彼此颇有一点瓜葛。据说，孔有德当年曾与三桂联过姻，将女儿孔四贞许配给吴三桂的次子，其次子未成年夭折，婚姻不成，吴三桂就认四贞为“义女”，才嫁给了孙延龄，他自然也成了三桂的“义婿”。由于选种关系，孙延龄跟吴三桂颇为密切。他得到吴三桂鼓动起兵的信，又得知吴三桂已派他的从孙吴世琮为大将军，率领大军即将来粤西，他不再犹豫，便于康熙十三年二月，宣布起兵。
二月二十八日，孙延龄诈称议事，把谱将都骗到他的府中，事先埋伏下精兵，准备下手。议事完毕，当诸将陆续起身离座时，孙延龄布置的伏兵齐出，堵住门，并冲上前去，刺杀毫无戒备的参加议事的将官。王永年首当其冲，最先被杀死。几乎同时，副都统盂一茂、参领胡同春、李一第等三十余人都被伏兵迅速歼灭。紧接着，孙延龄派兵包围了广西巡抚马雄镇衙署。一点也无防备的马雄镇和家属被围在宅院里，束手无策。孙延龄出示吴三桂的命令，要挟雄镇投降。马雄镇也是辽东人，降清后，属汉军镶红旗。历任工部副理事官、左佥都御史、国史院学士。康熙八年，授山西巡抚，未上任，又改任广西巡抚。他坚守臣节，坚决不从叛，他穿了朝服，面北叩拜，说：“臣无能，仅以一死报国！”他把自己的居室门关好，上吊自尽。还没有气绝，被人发现，踢开窗户，把他救了下来。马雄镇料知自己很难逃脱，只能设法让儿子逃出虎口。他趁孙部围守不严。先让长子马世跻偷偷溜出衙署。世济总算逃了出来，辗转到了江西赣州，江西巡阮董卫国将广西情况紧急上报朝廷。圣祖始知广西发生叛变，立即遣使至江西，护送世济进京，当面听取了报告。圣阻感念马氏忠诚朝廷，特授世济西品京卿。大约又过丁数月，马雄镇写了一份奏疏，交给长孙马国祯，乘夜凿开墙沿睦出。看来，孙延龄尚未发觉，马雄镇又指派心腹二人，保护他的次子马世永逃离桂林。长孙与次子先后抵达京师。开始，孙延龄并不想杀死马雄镇，他的目的是想劝降，这对他是有利的。所以只派兵把罐镇围在家中，等待他回心转意。时间一长，围禁松懈，再说，围他们一家的将士中难免没有马雄镇的人，或者有的出于同情心，没有严密围禁，致使他的子孙接连逃出去。这件事终于被孙延龄知道了，心中又恨又怕。马雄镇不肯屈服，他决定再次逼降。他让哥哥孙延基率兵闖入巡抚衙署，把雄镇围在中间，拔出刀，逼视他。突然，雄镇上前抢过一个士兵的刀，还没等这个士兵反应过来，他已举刀自刎，血溅全身，几名士兵如梦初醒，一涌上前夺刀，在争夺中，一个士兵不慎，竞把自已的三个手指削掉了！马雄镇自刎，还未及致命处，又活了下来。孙延龄气急，但没有处死他，命人把他锁在另一间居室里，严加看管起来。
吴三桂督令孙延龄尽快采取军事行动。他下令出兵，攻打平乐等地。
两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告。孙延龄起兵一个多月后，圣祖下令讨孙延龄。他对兵部发出指令：
逆贼孙延龄，原系定南王下末舟之子。本无才能功绩，祗缘定南王孔有德航海归诚，出师尽节，世祖章皇帝悯其忠贞茂著，官兵人等不忍分离，收拾散亡，倬为一旅，仍以所属官员统之，养瞻加恩，概从优厚。迨联御极，念孙延龄既配王士（孔四贞），理应量加宠荣，故授为将军，使之管理定南王所遗官兵，镇守粤西。在孙延龄叼冒崇阶，自应恪恭职掌，殚忠报鼓。乃历任以来，屡有过犯，及累经王永年等讦奏驻罪，部议从重处分。朕犹以定南王之功，曲加货宥，仍争管后如故。近复赐以抚蛮将军印，委任有加，恩宠罔替，不意孙延龄包藏祸心，背恩忘义，结连逆贼吴三桂，辄行反叛，煽乱地方，国法难容，宜加显戳！
夸削其将军职衔，大兵指耳进剿，立正典刑。但念其听管官兵，系定南王旧人，受恩累朝，忘艾素著，必不甘心从逆，隳弃前勋，其所管人员及地方官兵，有能擒斩孙延龄投献军前者优加爵赏，或以兵马城池纳款者，论功叙禄；或力有不迭，能自拔来归者，亦免罪牧用。至于伊等父兄子弟，见（现）在京城、直隶各省者，概不株连，毋得心怀疑畏，自罹法纲，负朕好生之意。尔部即速行遍谕。