不一会儿，又有战报传来，康熙帝仍然是一句“知道了”。当台州失陷的消息传来，几位皇子再也无心射箭，纷纷请求父皇调兵遣将。康熙帝则不慌不忙地说：
“战争千变万化，从京城到前线遥遥数千里，如果接到战报，就降旨发令，怎么能符合当时当地的战况呢？如果盲目的摇控指挥，前方将领就会丧失主动权。如果不执行命令，是违抗圣旨，若遵旨而行，就要贻误战机。如今我不随便降旨，就是让他们能够指挥若定，不受任何干扰。”
康熙二十二年（1683年）六月十六日，施琅率领大小舰只300多艘、水军2万多人，向澎湖郑军发起进攻，初战失利。施琅的左眼被火器击伤，血流满面，但仍然镇定如初，继续指挥作战。施琅很快吸取教训，对下一步作战行动进行了周密筹划和部署。施琅将清军分为四部分：施琅亲率56只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫；总兵陈蟒等率领由50只战船组成的东线攻击部队，从澎湖港口东侧突人鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫；总兵董义等统率50只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进人牛心湾，进行佯动登陆，牵制西面的郑军；其余战船作为预备队，随主攻部队跟进。十八日，施琅先派战船攻取澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。二十二日早7时，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。经过9小时激战，清军取得全面胜利，共毙伤郑军官兵1.2万人，俘获5000余人。击毁、缴获郑军战船190余艘。郑军主将刘国轩乘小船从北面的吼门逃往台湾。此役清军阵亡329人，负伤1800余人。
清军攻占澎湖，使台湾失去了屏障，门户洞开，清军对台湾郑氏集团已形成大兵压境的有利态势。
施琅为贯彻康熙帝“因剿寓抚”的战略方针，下令暂停军事进攻，一面休整部队，补充弹药给养，作好进攻台湾的准备；一面采取措施，推动台湾问题向政治解决的方向发展。他在澎湖禁止杀戮，张榜安民；优待战俘，放其归台；向台湾军民发布《安抚输诚示），宣扬朝廷宽大投诚者的政策，又派原刘国轩的副将曾蜚赴台做刘国轩的工作，让刘劝说郑克块（郑经之子）等人向清朝投诚。
施琅的父亲和弟弟曾被郑氏集团杀害，但他能摒弃家仇，以国事为重。施琅对刘国轩、冯锡范的部下郑重表示：“断不报仇！当日杀吾父者巳死，与他人不相干。不特台湾人不杀，即郑家肯降，吾亦不杀。今曰之事，君事也，吾敢报私怨乎？”这对消除台湾军民的“恐施”、“恐清”心理起了很大作用，表现出施琅不仅是一个智勇双全的武将，而且具有清醒的政治头脑和卓越的政治才能。
施琅的做法，符合康熙皇帝对台湾“抚之为善”的战略思想，康熙皇帝深表赞许，并及时向台湾郑氏集团颁布了赦罪诏书，严肃指出：郑克爽等人若能真心归顺，不但以往罪过全部赦免，而且将得到朝廷的优待。
在内外压力的逼迫下，以郑克爽为首的郑氏集团终于在康熙二十二年（1683年）七月五日完全接受了清政府的和谈条件，放弃抵抗企图，向清政府缴械投诚。十三日，施琅率清军在台湾登陆，接管台湾全境。
统一以后，在朝廷中又泼生了一场争论。有人主张把台湾的老百姓迁移到大陆来，放弃那块土地。大学士李光地竟然提出把台湾送给荷兰人。施琅主张派官兵前去镇守，才能巩固海防，否则就会遗留祸患。康熙帝对早期殖民主义者素来存有戒心，认为外国人决不可轻信，在讨论台湾弃留问题时，他坚决反对弃而不守的主张。康熙二十三年（1684)，康熙帝命令，在台湾正式设立一府三县，即台湾府和台湾、凤山、诸罗三县。归属福建省管辖，同时设置总兵一员、副将两员，驻兵8000人；另在澎湖设置副将一员，驻兵2000人，使台湾的行政建置同大陆整齐划一。从此台湾处于清朝中央政府的管辖之下，重新回到了祖国怀抱。
平定三藩之乱和统一台湾之后，清朝在南方的统治得以稳固。于是，康熙把注意力转向北方。他说：“罗刹（沙俄）扰我黑龙江、松花江一带30余年，他们的窃据之地距我朝发祥地甚近。如不及早剪除，边民就不得安宁，朕自亲政以后，对此极其留意。”他决心彻底解决东北边境的沙俄人侵问题。
明朝崇祯十六年（1683年），沙俄首次派遣瓦西里波雅科夫以探险的名义，从雅库次克出发，率兵沿黑龙江、松花江人侵。他们野蛮地抢劫我边民的貂皮和粮食，杀人放火，奸淫妇女，甚至把人抓来烤着吃。清初，他们先后在黑龙江流域建立了雅克萨和尼布楚两个据点，作为侵略中国的基地。
康熙十三年（1684年），康熙皇帝向沙俄发出要求撤兵的通牒，继而下令断绝双方边贸。接着命令当地驻军将雅克萨一带的青苗全部割掉，想以断粮的方法迫使沙俄军队自行退走，也未奏效。1685年，康熙任命都统彭春为统兵大臣，统一指挥黑龙江将军萨布素等各路兵马。五月二十五，清军以强大的炮火攻击雅克萨城，俄军支撑不住，守将托尔布向清军投降，清军收复了雅克萨城。彭春遵照康熙帝的指示，把俄军的俘虏以及妇女儿童700多人全部遣送回去，然后把雅克萨城放火烧毁，率领清军撤回了千里之外的瑷珲城。
清军撤走以后，沙俄侵略军卷土重来，构筑工事，配置火力。企图固守雅克萨。康熙帝命令萨布素统率清军把雅克萨城团团围住，在城外挖掘壕沟，堆成高土垒，用长因久困辅以强攻的战术来对付负隅顽抗的俄军。双方在雅克萨持续展开3个多月的激战。俄军最后只剩不到150人。康熙帝一面部署对雅克萨的围困，一面通过驻中国的荷兰使者，再次给沙皇去信，表示愿与俄国和谈。沙皇政府被迫接受了清政府的倡议，派出了以戈洛文为全权代表的代表团与清政府进行谈判。
康熙二十八年（1689年）八月二十二日，中俄双方代表在尼布楚举行边界谈判。康熙帝向以索额图为首的清朝代表团交待了与俄方谈判的基本原则：尼布楚、雅克萨、黑龙江上下游以及与黑龙江相通的一河一溪，统统是我国的领土，不可以割让给沙俄。谈判正式进行时，戈洛文企图强迫清政府接受两国以黑龙江至海为界的要求。索额图严正指出沙俄军队必须退回到色楞格河以西，把尼布楚与雅克萨归还给中国。谈判曾一度陷人僵局。
然而沙俄军队新近在同土耳其交战中连吃败仗，伤了元气，没有力量在黑龙江流域再同中国交战。所以，沙皇早就拟定了三种谈判方案，密令戈洛文相机行事：第一方案是以黑龙江为界。第二种方案是以尼布楚为界。第三种方案是如果前两个方案都行不通，就共同商定日后派代表团再协商解决。戈洛文坚持以黑龙江为界，是想多蚕食中国领土，向沙皇请赏。这时，他十分担心谈判就此破裂，回去无法向沙皇交代。
戈洛文正在发愁，忽然听说中国代表团的翻译前来议事。他觉得有机可乘，马上热情接待。原来，中国代表团的翻译是耶稣教会传教士张诚（原名革比勒，法国人）、徐日升（原名佩雷拉，葡萄牙人）。他们表面上为中国皇帝效力，私下里也干一些窃取情报一类的事情。这次中俄谈判，索额图在会谈中隐隐约约感觉到他们俩和俄国人的关系有点暖昧，可是中国方面又没有人能胜任翻译，所以，只好仍然让他们担任翻译。张诚和徐日升见到了戈洛文，向他转达了中国钦差大臣的口信，接着徐日升很神秘地压低声音说康熙皇上’要全力对付西北部的噶尔丹叛乱，所以急于和你们缔约。他命令钦差大臣，初议之时，以尼布楚为界，如果你们不答应，就以额尔古纳河（在现在内蒙古自治区东北边境）为界。现在你们坚持以黑龙江为界，占领雅克萨，那是根本不可能的。如果你们能在尼布楚和雅克萨之间找一个地方，或许更现实一些。”说完，便急忙起身告辞，戈洛文命人取来贵重的礼品送给他们。
后来双方进行了一系列的讨价还价，最后，索额图根据康熙帝的指示作出了一些让步，同意把尼布楚让给俄国，以额尔古纳河为中俄边界。九月七日晚上，双方举行了降重的仪式，中俄《尼布楚条约》签字生效。
《尼布楚条约》虽然把原来属于中国的一些土地让给了俄国，但这是清朝政府出于战略上的考虑同意的，是双方商议的结果，因此是平等的条约。从此，在长达150年的时间内，这段边境一直比较平静。
康熙皇帝急于和沙俄签订尼布楚条约，的确是为了腾出手来对付蒙古族准噶尔部落首领噶尔丹发动的叛乱。
元朝灭亡以后，成吉思汗的子孙退回塞外，驻扎在大沙漠南北，逐渐形成了漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部。清朝人关建立全国统治后，清政府设立蒙古衙门，管理蒙百各部。漠北蒙古、漠南蒙古同清政府保持“虔修礼好，敬贡有年”的臣属关系，每年向清朝廷献白胳驼1头，白马8匹，称为“九白之贡”。漠西蒙古又称厄鲁特蒙古，却不肯与清朝合作。漠西蒙古又分成四部，其中准噶尔部最为强大，它控制了阿尔泰山周围地区。噶尔丹是准噶尔部的一个贵族，早年去西藏当过喇嘛，康熙十年（1671年）乘准噶尔内乱，由西藏回到本部落，取得了统治权。