据史料记载，“阿波丸”号是一艘建造于20世纪40年代的日本远洋油轮，船长154．9米，宽20．2米，深12．6米，总吨位11249．4吨。1945年3月28日，已被日本军队征用的“阿波丸”号在新加坡装载了从东南亚一带撤退的大批日本人驶向日本。4月1日午夜时分，该船行至中国福建省牛山岛以东海域，被正在该海域巡航的美军潜水舰“皇后鱼”号发现，遭到数枚鱼雷袭击，3分钟后迅速沉没。除1人外，2008名乘客、船员以及船上满载的货物、文物等全部沉入海底。据说包括：40吨黄金、12吨白金、40箱左右的珠宝和文物、3000吨锡锭、3000吨橡胶以及数千吨大米。
日本政府坚持认为，“阿波丸”号是严格按照日美救援协议所规定的航线行驶的，如果仔细辨认，完全应当分辨得出它是一艘特殊的非军事船只，美军潜艇的攻击，绝对不是误击，而是一次蓄意的违约行为，美国政府必须公开道歉，并赔偿日方的一切损失。最终，美方通过法庭调查，自知理亏，不得不承认对击沉“阿波丸”号负有责任，并宣称决定对拉福林舰长进行惩罚性处分，承诺赔偿日方的一切损失。但也在末尾留下了伏笔，提议此事留待战后再行解决。美国人当然不是傻瓜，这么做，既向全世界表明美国人充分尊重国际准则，是一个敢于对自己的行为承担责任的大国，又对这一事件的最终解决，留下了“起死回生”的余地。1945年4月，美军发起冲绳岛战役，日本的南大门轰然洞开。冲绳岛的失守在日本国内产生的重大影响是致命的，小叽国昭内阁因此战役的失败而倒台，铃木贯太郎受命组阁。可是，即使在日本全线溃败的时候，新的内阁仍然没有放弃对“阿波丸”号索赔的权利。
1945年8月10日，也就是日本天皇最终宣布无条件投降的前5天，铃木内阁依然向美国政府提出了详细的索赔条款：赔偿2008名遇难者抚恤金72万美元，赔偿规格、条件均与“阿波丸”号相当的船只一艘。
面对日方开出的条件，美国政府表现得十分慷慨大度，通通答应，但又坚持说，暂时不予约定，待战争结束后再行赔偿。日本政府对这样的回答当然不会满意，坚持要求立即予以赔偿。在讨价还价声中，随着两颗原子弹在广岛、长崎上空的巨响，1945年8月15日，日本宣布无条件投降。
战败的日本满目疮痍，百废待兴，还面临着巨额的战争赔款，国民人均收入仅有可怜的20美元，而有关“阿波丸”号的赔偿，仅现金一项，就高达72万美元，对日本政府来说，这无疑是一笔巨款。然而，就在“阿波丸”号沉没后的第四年，也就是1949年，当时盟国远东国际军事法庭已经宣告审判日本战犯的工作正式结束，东条英机、广田弘毅、土肥原等罪大恶极的甲级战犯均已被处以绞刑，却在4月7日这天，日本执政党提出了一项出入意料的决议：主动地而且是无条件地放弃“阿波丸”号被美军潜艇击沉这一事件而产生的所有赔偿要求，善后问题一概由日本政府自己承担！14月14日，日本战后第一任首相吉田茂代表日本政府和美国政府在协议书上签字，至此，日本正式放弃了因“阿波丸”号被击沉而产生的各项要求。7月7日，日本政府赔偿“阿波丸”号抚恤金的法案获得国会通过。根据这一法案，日本政府以平均每人190美元，也就是7万日元的标准向2008名死难者家属支付了抚恤金，同时向“阿波丸”号当年的所属公司——日本邮船株式会社支付赔偿金5万美元，两项共计44万美元。
而这一事件的另一方呢？美国政府承诺惩罚的拉福林舰长的命运理所当然地柳暗花明。原本，美国军事法庭判定拉福林存在一定过错，不得不暂时解除他的军职，以在国际上维护形象。但从骨子里，美国政府当然不愿意处罚自己的一个忠诚能干的军官，所以拉福林借此东风，重返海军，而且从此官运亨通，最后官至华盛顿军区海军司令，70年代时以海军中将的身份光荣退役。这些戏剧性转折的背后，是日本投降后，美军获得了大批秘密文件，其中包括“阿波丸”号装载军事物资的证据。美方据此重新作出结论，“阿波丸”号装载大批战略物资，属于严重违约行为，美军潜艇有充分理由对其发动攻击。
1946年2月22日，“阿波丸”事件中唯一的幸存者夏田堪一郎被遣返日本，受到了驻日美军最高司令官麦克阿瑟将军的接见。没有任何资料表明麦帅对这位幸存者说了些什么。事实是，从这以后夏田将所有蜂拥而来的记者关在了门外。在长达20多年的时间里，“阿波丸”号上奇迹般生还的唯一获救者，始终对那天夜里发生的真相保持沉默。关于“阿波丸”号事件的调查，从此很少被双方政府提起。
1972年2月21日至28日，美国总统尼克松在中美断交长达二十几年后，首次访问由共产党执政的新中国。美国《共和党报》特刊披露，为了这次被尼克松称之为“东西方江人之间的握手”的访问，美国总统特别为中国政府准备了一份精心挑选的贵重礼物：“阿波丸”号沉没在中国领海的大致方位和所载货物的详细清单。《共和党报》称，这份情报是通过人造卫星与中情局人员的努力勘制的，并希望同中国政府合作打捞“阿波丸”号。这一重大消息，迅速引起全世界的注目。与中国建立了外交关系的英国以及与中国尚无外交关系的日本，也争相与中国政府联系，提供自己掌握的“阿波丸”号沉船资料以及对财宝的判断，并强烈要求能够与打捞。中国政府依据美国人提供的财物清单，并综合日本、英国、联邦德国提供的大量情报，对“阿波丸”号装载财宝，有了一个大致的估算。总价值按照当时市价估算，约合50亿美元之巨！尤其令中国领袖兴奋的是，尼克松送来的那份清单里，竟然还有已经神秘失踪多年、举世瞩目的“北京人”头盖骨！难道1941年失踪的“北京人”头盖骨，真的就躺在万顷碧波之下，等待着被人们再次唤醒？1972年，日本港湾代表团访华，提出允许日本一家打捞公司打捞“阿波丸”号，并向中国政府提供了击沉该船的美国“皇后鱼”号舰长拉福林关于击沉情况的报告和其他一些资料。1973年7月和8月，美国一家律师事务所三次来信，要求打捞“阿波丸”号，并提供了沉船内装载的重要物资种类和数量。
1977年5月份中国曾组织有关方面对“阿波丸”号进行打捞，捞出了3000吨锡锭和“伪满洲国”政要郑禹的家藏小官印和圆砚。对“北京人”头盖骨有着20多年研究的历史学者、《光明日报》出版社社长李树喜说：“这是‘阿波丸’可能装‘北京人’的有力旁证。”但由于技术原因，打捞没有继续进行下去。
当年日本政府为何会突然宣布主动放弃对“阿波丸”的索赔要求？世界需要答案。而解开这一连串答案的谜底，就在牛山岛海面几十米深的水下。