盛宣怀的办法得到户部批准。但1901年2月，荣禄再次催款。为此，盛宣怀于3月1日上陈《遵查银行所存军饷酌拟赔偿办法》一折，重申前述办法，再次得到户部批准。但后因“北京教案”（即“庚子之变”中义和团杀死外国传教士一案）赔偿急需，中国通商银行提前于1901年8月23日将此款偿清。
八国联军侵华战争引发的京行损失没有得到赔偿，京行资金流转紧张。由此，甚至还牵涉出了天津分行的亏空案。
八国联军侵华战争期间，津行大班梁绍祥逃至上海，不久病死。总行查账发现，津行账目混乱，亏空严重。梁绍祥造有公、私、己三本账，私账上无日流滚存之记载，且有明显混乱之处。
上海档案馆馆藏档案记载，截至1902年10月，梁绍祥在公、私、己三账内分别亏欠19.7万、27.9万和15.2万余两，共计62.9万余两。总行决定，免除其公账欠款，索赔私账和己账欠款，除去能收回之款及梁绍祥的股票作抵，应由其胞兄暨担保人梁绍刚赔偿18.1万余两。但是，梁绍刚只答应赔偿银元1.5万元。
见梁绍刚拒不按要求赔偿，盛宣怀决定诉诸法律。梁绍刚当时已在香港入英国籍，盛宣怀令银行延请律师向香港高等裁判署起诉，时称“津案”。
此案开庭十余次，直至1909年春，香港高等裁判署按察使判定梁绍刚赔偿银元10万余元。梁绍刚上诉重审。当年6月28日，香港高等裁判署副按察使推翻初审判词，判定梁绍刚无赔偿责任，重要理由是：梁绍祥曾于1897年8月13日和次年8月27日分别与中国通商银行订立合同，先充任津行经理，后改为津行代理，但中国通商银行没有将此种变更通告担保人梁绍刚，因此梁绍刚不承担合同更改后的担保责任。
盛宣怀决定向伦敦枢密院上诉，指示银行负责人对此案“必战”。1910年1月，银行将讼案卷宗寄往伦敦，请伦敦律师从速注册，盛宣怀还请驻英公使李经方在伦敦关照。英国法官定于1911年10月17日开庭审理，“伦敦各律师皆言可操胜算”。
1911年10月10日，武昌起义爆发。起义的导火索正是盛宣怀倡导的铁路国有政策，清政府将盛宣怀视为肇事者，迅速褫夺其官职向国人“谢罪”。此后，“津案”不了了之。中国通商银行不仅没有得到梁绍刚的丝毫赔偿，还前后耗去讼费规元7万余两。
同一时期，分行中还发生了镇江分行亏空案。
据《中国通商银行》一书记载，截至1903年7月，镇行不仅没有归还总行拨付的5万两本钱，而且在业务往来中欠总行11万多两。为此，盛宣怀打算将其停歇。
镇行分董尹德坤求情，称镇行在1901—1903年获利7000余两，生意较前三年有起色。他还声称，镇江关新任道台郭道直已许诺将春秋两季京饷全交镇行汇解，即此一项，镇行每年就可多获余利数千两。
于是，盛宣怀打消了停歇镇行的想法。
1903年年底，镇江关道台郭道直开设裕通官银号，作为征税机关，由镇行尹稚山（尹德坤胞侄）充任号主。尹稚山拿出8万两作为该银号的开办费。由此，尹稚山一手掌控镇江关税款的征收、存储和汇解权。
1904年8月29日，尹稚山病死。总行发现，其所造账目上有库平银20万余两俱属空虚，实乃其为掩盖亏空而做的假账。不久，尹德坤宣称，尹稚山平时关于收存官款之账尽系伪造，按其账目，镇江关存款仅库平银7万余两，但实际应为41万余两，此外，他还欠裕通官银号11万余两。
郭道直也出面宣称，尹稚山亏欠镇江关款53万余两，并要求中国通商银行总行予以偿还。
但是，总行经过调查发现，郭道直所持存折上的图章与其发给镇行的图印不符，且存折上没有镇行大班梅桐村的签字。同时，总行人员从镇行司账处搜出尹稚山私账3本，发现郭道直贪图重息，仅息银就达5万两。此外，镇江关道账房一年多没到镇行去对账，致使尹稚山能瞒天过海。
鉴于这些情况，总行总董议决：对镇江关存款不予承认。
于是，郭道直分头致函盛宣怀及江苏巡抚兼署两江总督端方，请求妥善解决镇江关款问题。1904年11月，盛宣怀和端方函电交驰，就案件进行商讨。为避免成为奏案，盛宣怀接受端方的和平解决建议，对镇江关存款给予承认，具体数目为库平银41.3万两。至于尹稚山欠裕通官银号之11万两，与银行无关。
关于弥补办法，盛宣怀提议，先查封尹稚山的家产，等所追产业价值达20万两之后再进行开彩。开彩之后，不足之款或由中国通商银行和镇江关道按年摊赔，或想别的办法弥补。
1904年10月，盛宣怀派人将尹氏产业一一查封，此后又派人追查其寄顿隐匿之财产。端方则饬令地方官，会同盛宣怀所派之人一起行动。对办案不力的官员，端方还应盛宣怀的请求，给予严厉压制。在此过程中，端方调任其他职务，继任者周馥与盛宣怀私交甚笃，更是对盛宣怀有求必应。
在督抚的支持下，盛宣怀先后关押和审讯尹稚山家的总管董翰春、乾元豫钱庄司事黄雨卿、尹稚山之妻胡氏和其弟胡泽之、胡氏之亲戚钱小衡及其妻朱氏等人。
其中，黄雨卿拒不承认乾元豫钱庄欠有镇行款项，被押至上海讯问，招致上海钱业和镇江公所的人多次至中国通商银行调停。最严重的是，钱小衡在狱中自杀，其家人欲至江苏省城和京城控告中国通商银行。钱小衡之死使查办委员心有余悸，唯恐案情愈办愈大，向盛宣怀建议收手，获得盛的批准。
在追查尹产的同时，盛宣怀积极进行开彩活动的准备。彩票共发行5万张，每张价格为8银元，主要由盛宣怀下辖的一些企业和周馥下辖的一些行政机构认销。售票所得为34万余银元，合库平银近23万两，比镇行亏欠镇江关款之数41万余两尚短少18万余两。
盛宣怀要求郭道直归还镇江关款利息5万余两，余下之13万余两由中国通商银行和郭道直各认一半，分年缴完。但此时郭道直存于镇源钱庄之库平银30万两也成了“倒账”。鉴于此，周馥裁定，由中国通商银行分11年摊还11万两。中国通商银行再次蒙受损失。
通商总行两大案
同一时期，中国通商银行总行也不平静，先是发生“韩祝三倒骗总行案”，后是发生“日本人伪造中国通商银行钞票案”。
据上海档案馆馆藏档案记载，1899年2月9日，上海源兴仁布店东家韩祝三，通过中国通商银行总行翻译陈作琴和总董朱佩珍的疏通，首次向该行押银1万两，这笔贷款超过还款期限数月之后才将本利还清；1900年3月至6月，他7次更换户名，陆续向该行押款17次，总计8万余两。不久，韩祝三的布店倒闭，其人则逃之夭夭。
总行检视韩祝三所为贷款抵押物的土布，仅仅价值1万余两白银。总行的华、洋大班深知责任难逃，不敢向盛宣怀汇报此事。直至1902年年初，他们才正式向盛禀告此事，请求对韩予以通缉。
但此时，韩早已隐姓埋名四处躲藏，甚至有传闻说他早已死去。前往捉拿之人四处购买线人，虽几次获得线索，但一一扑空。盛宣怀还大肆动用官府的力量，先后将曾替韩介绍押款的董启薪、曾为韩介绍租房的杨春兆以及韩之侄小生等抓获，严加审讯后仍是毫不济事。韩祝三一直不知所踪，甚至生死不明。
盛宣怀认定，在韩祝三押款过程中，陈作琴贪图回扣，陈淦徇情签字，两人应负主要责任，董启薪和朱佩珍不审查韩之来历即充当介绍人，责亦难辞。他令该4人于两个月内将韩所押骗之款先行垫赔，其中陈作琴和陈淦各赔三成，董启薪和朱佩珍各赔两成，等韩祝三被抓获到案及其家产被查封之后，再归还各人垫赔之款。
总行总董们则认为，美德伦和陈作琴对押品不进行估价，仅凭韩祝三一面虚词即给予贷款，责任最大，朱佩珍和陈淦或不免疏忽，或失于觉察，但较前两者责任稍轻。董事会还议定，此后须限制美德伦的放款权限。
对总董们的态度，盛宣怀很不以为然，指责其为“曲徇人情”。他认为，不应将撒手放账之责任归咎于美德伦一人，陈淦也难逃责任。他再次判定：美德伦须将韩祝三在禅臣洋行之米款迅速索回，以将功赎罪，否则将其撤差；开除陈作琴；等米款收回后，余下之亏款仍由陈作琴、陈淦、朱佩珍和董启薪分成摊赔。
就这样，这起骗贷案件才得以了结。
更为离奇的是“日本人伪造中国通商银行钞票案”。
前文已经提及，中国通商银行成立之初，清政府即授予其发行银元、银两的特权。从1897创办至1935年民国政府取消其发行权为止，38年间，中国通商银行先后发行过银两票2版共350万两，发行银元票8版共8520万元。其中，销毁银两票46357两、银元票989.48万元，作废银两票344.08万两、银元票223.93万元。
到1902年时，中国通商银行钞票发行额已经达到“一百数十万”。中国通商银行的快速发展，很快引起了居心叵测之徒的仇视和破坏。
1903年2月4日（光绪二十九年正月初七），一个钱庄伙计拿着一些通商银行的钞票前来兑换，被柜员发现其中有几张10元面值的伪钞，当即拒绝兑换，并将该伙计扭送官府。
2月5日，通商银行又验出伪钞，除了10元面值钞票之外，还有5元面值的钞票。银行职员当场将其撕破，并加盖“假币”字样，银行还派人在门口贴出了有关伪钞辨别的告示。
就在这两起查出伪钞的消息传出后，上海“市中大闹”，许多持有通商银行钞票的人们纷纷前去兑换现银；幸灾乐祸的上海各钱庄也相约不用通商银行钞票，导致市井以讹传讹，风传通商银行伪钞达30万元，2月5日当天就爆发了挤兑风潮。
为应付该风潮，通商银行请了数十名巡捕前来弹压，并使用灭火器向人群激水，才使得秩序恢复正常。
据当时《字林西报周报》的报道，至6日下午，通商银行兑付50万元，并准备有现银100万元以上。为防止现银不足，通商银行还用金条和银条为抵押，向汇丰银行换得70万元现银。
盛宣怀下令尽快查找伪钞来源。2月6日，一个日本人到汇丰银行兑换现银，结果被发现其持有的4000元通商银行钞票全部是伪钞。
汇丰银行派人尾随，摸清了这个日本人的住址，随后向巡捕房报案，将此人逮捕。
经过审讯得知，这个日本人名为中井义之助，因为在上海开设的贸易公司经营不景气，就和山下忠太郎等3个日本浪人打起了造假钞的主意。他们先在日本国大阪郊区的一处民房中秘密仿制中国通商银行的钞票，伪造10元钞票655张和5元钞票100张，然后由日本九州岛分批偷运到上海，再通过上海的日本商社流通到市场。
在中国驻日使馆的要求下，日本警察捉获了案犯，并销毁了所有机器和假钞；盛宣怀通过清政府驻日大使请求日本外务部问讯不法分子，但遭到拒绝，理由竟然是“对伪造他国钞票者，日本无规定惩治之法律条文”。
为避免与伪钞混用，中国通商银行将真钞陆续收回，并连同已印好但未发行之钞票一起烧毁。为杜绝后患，通商银行委托英国印制新版银元票。1904年年底，印好的新钞票运抵上海，并于1905年2月（农历正月）发行。