这一伪钞案使中国通商银行损失巨大，有一个说法是，挤兑风潮发生的短短几天内，各方回笼的通商银行假钞就达到30万元之巨。而此时，中国通商银行的存款自1899年年底的397万两下降到1904年年底的189万两；放款自1899年的582万两下降到1904年底的261万两；该银行1898年发行银元券、银两券共计63.2万两，1904年降为9.3万两。胡政主编，朱耀斌、李亚东编著：《招商局与上海》，上海社会科学出版社2007年版，第66页。
这起案件，后来被研究者认定为“中国近代银行史上第一起伪钞案”，中国通商银行的信用和利益严重受损。
改组还是自强？
事故频仍之中，中国通商银行各分行经营惨淡，基本是亏损或微弱获利。1900年至1905年上半年，自京、津、镇三分行相继出现严重亏损状况后，全行资负余额大幅下滑，业务也呈下降趋势。
据《中国通商银行》等书记载，1900—1905年间，全行总账上出现严重亏损局面。1900年1月31日至1902年2月7日的4届账目上虽然共盈余近20万两，但这4届没有派发股息，若除去股息40万两，则亏20万余两；此后，至1905年7月31日的7届账目上共亏损19万余两；而且，1905年2月3日至本年7月31日这届账目已开始减发股息2厘，若加上由此省去的2.5万两，这7届实际共亏近22万两。
由于亏损，全行出现“虚本实利”状况，即250万两股本亏损很多，但亏损之股本仍然照发8厘股息。1905年7月1日，总行董事向盛宣怀提议，以尹稚山亏损镇江关款为辞，每年减股息2厘。
至1905年8月12日，亏损股本数目为：京行46.5万两、津行25万两、镇行21万余两、渝行5000余两、港行4000余两，共计94万余两。
关于银行亏损的原因，总行董事认为，自1897年开设以来，总行历年并无亏损，尚有盈余，历年皆因受分行之累，以致亏折。盛宣怀则认为，银行从前皆因董事互相推诿，总行大班不能稽查，分行各分畛域，以致极好局面，深受分行之累。
全面亏损的过程中，对中国通商银行进行改组或合并的动议产生了。
汉阳铁厂被盛宣怀接手后，资金短缺的情况没有得到改善，后向德国礼和洋行借款，但被要求以厂矿作抵。此时，中国通商银行经营惨淡，连年亏损。而且，袁世凯在筹设国家银行，盛宣怀认为中国通商银行将因之而难以立足。
因此，盛宣怀于1903年2月6日致电张之洞，提议将中国通商银行商股改作萍乡煤矿商股，部款则暂拨汉阳铁厂，并请张之洞就此事再次会同电奏；同年3月8日，盛宣怀通过外务部向朝廷代递其电奏；同月25日，外务部奉旨对其电奏进行讨论，同意将中国通商银行商股改作萍乡煤矿商股，但银行所存部款将留作国家银行之用。
后来，盛宣怀得悉国家银行短时不会开办，于是在同年5月7日致函户部尚书鹿传霖，表示中国通商银行暂时不能收歇，须等国家银行开设之后，方可收歇。改组通商银行的想法暂时搁置。在此之后，法国、奥地利先后提出过合并中国通商银行的建议，但均被盛宣怀回绝。
到了1905年，又产生了中国通商银行与户部合办的动议。
1905年7月28日，盛宣怀致电总行董事，称中国通商银行须与户部合办，并要求总行尽快清理欠账。
对此，总行董事表示反对。8月1日，他们致电盛宣怀，陈述中国通商银行若与户部合办，将难以弥补所亏股本，难以清理汉阳铁厂和萍乡煤矿所欠之款，难以确定银行主权。
在此情况下，盛宣怀只得放弃将中国通商银行与户部合办的打算。
关于中国通商银行改组或合并的三次动议均被放弃，盛宣怀没有丧失将该行继续开办下去的信心，力图对其进行整饬。
首先是人员的调整。
1902年6月16日，盛宣怀任命严潆为总行驻行办事总董，使其全权负责行务，自己不再遥控，但仅过两年，严潆病故；1904年7月16日，盛宣怀派施亦爵补其缺。同时，因张振勋经常赴外洋办事，盛宣怀派杨学沂代理张振勋为银行总董。
1904年10月16日，盛宣怀致函总行大班，历数总行办事乏人的情形，并委派王存善和李钟珏为驻行总董、顾润章为驻行分董，赋予他们节制总行华、洋大班以及各分行大班和分董的权力。同时，盛宣怀撤消严信厚和朱佩珍办事总董的职务。
1905年8月，总行华大班陈淦病逝，盛宣怀请承裕钱庄经理、上海钱业董事谢纶辉接替。谢纶辉曾一再推辞，最终答应接受。次年年初，总行与其订立合同，在放款上给予其较大自主权，只有在其因私自放款而致倒账时才会对其追究责任。
整饬的第二个方面是收歇经营不力的分行。
1903年6月28日，盛宣怀致函总行总董和大班，下令除京行外，天津、烟台、香港、广州、镇江、汉口、重庆等分行，俱限三个月内将放款收清，再行另订章程，重整旗鼓。
1904年2月12日，盛宣怀派叶仁寿前往重庆，勒令渝行先行收账，依限停止。
1905年6月，董事会议决，将港行、津行予以收歇，只留京、沪、汉三行和烟台一支店。
整饬通商银行的方法之三是节省经费。
在京行被抢毁及津行亏空案发生后，总行曾缓发官利两年。镇行亏空案发生后，参与办理该案的杨士琦和李经方建议银行减息，得到了盛宣怀的支持，并于1905年9月18日指示总行办事董事，减息作为弥补虚本办法系“内里情形”，不宜宣布，只可以津、镇两行亏折为借口，向股东宣布将官利暂减至6厘，补完之后仍照原息补发。
中国通商银行减少股息2厘之举，始于1905年下半年，终于1913年上半年，达七年半之久，共节省规元37.5万两。
为节省经费，总行对洋大班美德伦的薪水予以减少，最后干脆将洋账房予以裁撤。
节流还需开源，整饬的第四个方面是推广存款。
1902年10月14日，盛宣怀与华俄道胜银行签订《正太铁路借款详细合同》，其中载明，借款至少须以五分之一寄存中国通商银行，年息6厘。
1903年7月9日，盛宣怀与英国怡和洋行及汇丰银行签订《沪宁铁路借款合同》，其中载明，铁路经过之处，若汇丰银行未开设或将来也无意开设分行，则与就地之中国通商银行商议银钱来往办法。此项铁路借款为225万英镑。
1903年11月12日，盛宣怀与比利时铁路合股公司签订《汴洛铁路借款合同》，其中载明，借款至少须以十分之一寄存盛宣怀所指定的银行。此项路款于1905年存入中国通商银行5万余两，1907年达到15万余两。
此外，该行还曾经揽存有其他几项铁路款项，包括1905年存有汉口铁路局15万余两，1906年存有上海安徽铁路11万余两，1907年存有京汉铁路63万余两。盛宣怀还曾打算为中国通商银行招揽部分川汉铁路借款的存储权。
整饬的第五个方面是重视押款。
总行华大班陈淦素来偏重向钱庄拆款，从1905年下半年开始，其继任者谢纶辉注重押款业务，主张扩大押款比例，放宽押款条件，总行办事董事对此支持。
从1902年下半年至1905上半年期间，总行对钱庄的拆款额呈逐渐上升的趋势，在1905上半年达到顶点，达262万余两，占放款总额的60%。自从总行偏向押款业务后，其对钱庄的拆款额在放款中的比例大幅下降，在1905—1907年间的三个年底，分别为23%、19%和17%，1911年上半年为36%。
与此相对应，总行的押款余额及其在放款中的比例逐渐增大。1905年11月4日，押款余额达规元238万余两。1909年4月4日，在总资金规元646万余两中，押款余额达347万余两，而拆款余额仅31万余两。是年押款余额每月均呈递增趋势，由1月份的300多万两逐渐增至12月份的500多万两。
经过大力整饬，1905年下半年至1911年末清朝灭亡之前，中国通商银行的业务得以很大程度地复原。
通过盛宣怀及总行新一届办事董事和华大班的努力整饬，中国通商银行的亏损势头得到遏止。自1905年下半年开始，其资负总额及业务量大幅度上升，并逐渐扭亏为盈。其在1904年的资负总额为501万余元，但在1905—1911年间，少则695万余两，多则1000万余两。
这期间负债总额上升的主要原因是存款的增加。最大一笔存款来自1905年7月存入的253万余两沪宁路款。其次是上海各钱庄在1910年前后纷纷存款于该行，仅在1910年就达182万余两，而在此前后的1909年和1911年，也高达70万~80万两。
此外，京汉铁路、汴洛铁路、上海道台、南京造币厂等都曾是该行的存款大户。其中，上海道台在1910年和1911年这两年的存款均为20万两左右。南京造币厂在1911年存入该行38万余两。而仁济和保险公司则一如既往地在该行存有巨款，1905年为90万两，1906—1911年也达20万~40万两。电报局在1907年也还有存款14万余两。
导致该行负债总额大幅上升的另一个重要原因是大量发钞。1905年，该行从伦敦运到第二批新钞435万，合规元322万两。是年，该行的钞票发行额达80万余两，比起1904年的不足10万两之数，是一个巨大的飞跃。1906年钞票发行余额又增至170余万两，1907年增至230万余两。1908年和1909年，发行额稍有减少，但也都在130万两左右。
随着负债总额的大幅上升，该行在1905年之后的放款额也大幅增加。1905—1909年间均高达600万两左右，远远高于1904年的261.3万两。为了使放款取得更大的效益，该行甚至一改其此前收歇分行的做法，又开始扩充分行的业务。1911年7—8月间，总行办事董事和华大班筹划在无锡贞吉栈开设中国通商银行无锡支店。
但该行的汇兑生意因分行裁撤殆尽而渐趋萎缩，其应收汇票额由1904年的137.5万两，降至1905年的50.3万两，1906—1909年间均没超过30万两，最少时仅12.4万两。与此相对应，该行应付汇票额增加起来，由1905年的14万余两逐年增至1909年的91万余两，远远高于1904年的19万余两。
自1905年下半年开始，该行就开始改变连续亏损的状态，账面上开始出现赢余。在1905年下半年至1908年年初，账面共赢余36万两左右。1909年上半年实际赢余额近4万两，是年下半年实际赢余额近3万两。到了1911年8月，该行的公积金已增至80万余两，并净余银6.2万余两。
但该行所亏股本并没有很快弥补完。至1910年2月10日，尚少股本银14万余两。1911年7月，总行查账人冯嘉锡在给盛宣怀的报告中声称，银行所亏股本可在1912年偿清，届时股息可重升至8厘。但直至1913年3月24日，董事会议决：鉴于公积金已过90万两，应加息2厘。
总之，在清末的最后几年中，与仁济和保险公司的直线衰落相对比，中国通商银行在亏损之际，经过盛宣怀的厉行整饬，业务逐渐再次有了起色和复原。
这一结果，从盛宣怀1907年1月15日致两广总督周馥的信函中可见一斑：“通商银行自受津行大班梁绍祥、镇行伙友尹稚山亏空身故，几致不支。弟年来苦心经营，竭力整饬，收歇分行，节省经费，推广存款，渐有起色。”