有一次，李时珍听说均州（现在湖北省均县）的太和山上有一种果子，名子叫榔梅，是稀有之果，人们称之为仙果，吃后可以长生不老。李时珍对此根本不信，他决定亲自去看看。这一天，走了几天路程的李时珍来到太和山。爬到半山腰，山中有一座古刹。李时珍向看门的老人寻问山中何处有榔（lánɡ）梅树。老人指着不远处的一座山峰说：“那山峰的后面，就有几棵榔梅树”，老人说着吐了吐舌头严肃地说：“可不能去采啊！当今皇上有命令，榔梅只能由皇家采摘。别人采摘了，官府要问罪捉拿的。”
李时珍可不管这些，这天夜里山风呼啸，枯草败叶被刮得满天纷飞，虎狼的叫声阵阵，随风从深山处传来，甚是吓人。半夜时分，李时珍起床上了山路，他腰插一把匕首，手提一根结实如铁的枣木短棒，犹如过景阳冈的武松英勇无畏。他趁着月色走在白天看好的山路上，来到那座山峰后，终于找到了几棵榔梅树，他连枝带叶折了几枝，连夜下山。回家仔细一研究，原来榔梅是一种榆（yú）树类的果实，根本不是什么“仙果”。说吃了能长生不死，完全是骗人的鬼话。
李时珍看到陶弘（hónɡ）景写的书上说：河边有一种动物叫穿山甲，最喜欢吃蚂蚁。蚂蚁那么小，穿山甲怎么吃它呢？李时珍来到河边，找到了一只穿山甲仔细观察。原来，穿山甲身上披着一块块的鳞片，能张开又能合拢。它把鳞片全张开的时候，身上放出一种特殊气味，蚂蚁闻到就往鳞片底下钻。等蚂蚁爬满了一身，它就突然把鳞片合拢，然后钻到水里，把鳞片张开。不一会儿，蚂蚁都浮到水面上来，穿山甲就可以饱餐一顿了。为了进一步证实，李时珍特地捉了一只穿山甲，把它的肚皮切开一看，果然胃里装了一升多蚂蚁。李时珍就是这样通过实物实地观察，弄清了许许多多书本上没有解决的问题。
李时珍除了向书本学习医学知识外，他还非常重视向民间学习，向老百姓搜集药方。他这样做是受了一件事的启发。有一次，李时珍从外地行医回家，途中住在客店里，晚上，他见几个车夫在锅里煮一种粉红色的花，他知道这种花叫旋花，可煮旋花干什么呢？车夫告诉他：“喝了这种花熬的汤，可以治筋骨痛。我们整天在外边奔跑，风里来雨里去的，筋骨中风受潮，容易得病，得了病疼痛难忍，所以经常煮点旋花汤来喝。”李时珍听了，心里想：“我经常诊治筋骨痛的病人还未找到明显见效的药，谁知老百姓竟有这么好的治病经验。真是踏破铁鞋无觅（mì）处，得来全不费工夫。今后，一定多向老百姓请教！”这件事后，李时珍开始向民间搜集药方。他给人看病常不收诊金，只要求别人告诉他一点验方偏方、一点有关药材的知识。什么河豚（tún）的眼睛和肝脏有毒啦，刀豆吃了能止打呃（è）啦，他都是这样学来的。他还记录了许多民间谚（yàn）语，像什么“穿山甲，王不留，妇人吃了奶长流”（两种药都可以下奶水）这一类的顺口溜等。李时珍觉得民间有一个取之不尽、用之不竭的医药宝库，因此无论走到哪里，他都认认真真地向老百姓学习。
李时珍带着他从各地采集到的标本和验方，回到蕲州来了。
早在楚王府供职“奉祠正”，偶尔回乡的时候，他就在蕲州的雨湖北岸，一个叫做红花园的地方，搬进了一座新居，李时珍把它题名叫做“遵所馆”。这地方宽敞、明亮，正好让他安敢各种各样的书籍和在园圃里栽种形形色色的药草，一边研究，一边过潜心著述的生涯。
他连年奔走各地，虽然也准备了大量材料，并已经写出稿子的一部分，但这距离他的目标：写成大大超越前人的崭新本草著作，增加药物900多种，字数达100多万的巨著，还有十分艰辛遥远的历程呢，他在心里琢磨着：“在我有生之年，一定要完成它，为苍苍黎民献出我的心血，造福千家万户。我决不能与草木同腐！”正因为这样，当他在堆满历代种种本草书藉、案头搁着一叠叠材料的书房里工作的时候，他固然是紧张万分，就是当他蹲在园圃（pǔ）里，观察自己所栽种的各式药草的时候，他也是聚精会神，备极辛劳：“怎样把它们栩栩如生栩栩如生：形容生动活泼的样子。、绘声绘色地描述出来呢？”当他对着他所栽种的蕲艾、紫苏、薄荷、丝瓜、鬼针草、铁丝莲一类植物的时候，他也总是凝神沉思，该怎样恰如其分地写出它们的形貌，阐释它们的药效，让人们一目了然一目了然：一眼就能够看清楚。，记忆深刻呢？这时候，他所读过的历代文学名家状物写照，恰如其分的精彩句子，就纷纷飞临他脑海了。他决定在必要的时候，要适当引述一些文学名句才好。他认为只有这样，才能够使这部药书写得更加美妙和精彩。
这时候，李时珍已经有4个儿子，依次是建中、建元、建方和建木。这些儿子继承了李家的传统美德，都淳（chún）朴忠厚，助人为乐。在李时珍回乡初期，急于从事著述的时候，他们都成为他的得力助手，他们都深深知道父亲从事的工作的深远意义，都乐于协助父亲，有的人校勘（kān）资料，有的人从事绘图，有的人帮忙抄录。李时珍有一个孙子，楷书写得很漂亮，就专事誊（ténɡ）写，以便来日一并交给书坊，作为雕版的蓝本。可以说，李时珍为了写作《本草纲目》，是把全家的力量都动员起来了。
工作一天天在进展，一叠叠的原稿连同图谱，越堆越高。他的书房里，仅仅是历代的本草著作，就有好几十部，加上五花八门的经、史、子、集，还有许多标本；再添上这一叠叠的原稿，简直就像是一个小图书馆了。
他一辈子都奔波劳碌，从没有肥胖过，到了越发劳碌的晚年，就显得更加瘦削了。
李时珍完成《本草纲目》的著述工作以后，又经过三次大规模的修订，使它更加完善。1578年（明万历六年），这部巨著终于大功告成了。他是在1552年，34岁的时候开始执笔写它的，历时27年，完成的时候，李时珍已经是61岁、白发苍苍的老人了。
《本草纲目》是一部集中国历代药物学大成的巨著，它总结了16世纪中国的博物学成就。第一是篇幅巨大，全书52卷，约190万字，收载药物1892种，附图1109幅，附药方11096个，而旧本附方，不过2935个罢了。第二是内容丰富深厚，所收资料非常广泛。《本草纲目》引述的书凡八百家，共993种，其中包括历代诸家本草41种，古今医家书目361种，古今经史百家书目591种。第三是内容博而不繁，采订精深。旧本本草中，凡是重复的，都被删（shān）去，一共删了200多种，加上了金、元、明时代新补的39种，李时珍自己增补了374种。《本草纲目》近2000种药物中，大部分都经过他自己的实地考察，或临床验证，或向有实践经验的人采访。第四是编纂（zuǎn）合理，《本草纲目》的体例要比它以前出现的任何本草学书籍更系统更先进。它把1800多种药物分成16个部门，作了介绍。每一部门分成若干类，一共包括了60类。在解释工作上，他定下的体例是：用“释名”一栏确定每一药物的名称；用“集解”一栏说明它的出产地带、形态和采集方法；用“修治”一栏讲解它的炮灸（jiǔ）过程；用“气味”、“主治”、“发明”各栏，分析它的性质和功用；最后以“附方”一栏把它所收集的10000多个药方分别作为附录，以供天下医家参考。
这部巨著对中国，对世界将发生怎样的影响，李时珍当时还未能充分意识到，但是他确信这将有助于千万医生的治病救人，有利于千万病人的脱离苦海。但是，这样卷帙（zhì）浩瀚（hàn）的大书，190万字，1000多幅插图的巨著，将到什么地方去寻求出版呢？一个崭新的难题又出现了。
蕲州虽然是一座名城，也有些大户名流，把刻书当做一件赶时髦（máo）、扬名声的雅事，但是他们刻的大都是经、史一类的书籍，并没有谁认识《本草纲目》这样的学术著作的伟大意义。他们对出版它毫无热情。懂得它的价值的人，又没有什么实力，帮不了什么大忙。
李时珍四处访寻能够出版的书坊，但是不幸的是多方接头，却连连碰壁。一年、两年过去了，始终一筹莫展一筹莫展（chóu）：一点计策也施展不出；一点办法也想不出。。
那时的南京，是东南一带的政治、经济、文化中心。李时珍不久就前往南京找寻门路。同时，他也想到：他认识的文坛名宿王世贞，就住在南京附近的太仓，何不去找他写一篇序文，使这部药书的出版，获得一些便利的条件呢！
王世贞是当时文坛领袖，声名很大，他曾任山东副使，后来官至刑部侍郎，颇称博学。像李时珍这样的著名医生，交往的人是很多的。7年前王世贞担任湖广按察使的时候，他们就相识了。
王世贞对这位著名医生从前本就有相当的了解，对他接待得十分亲切，并且留他小住几天，彼此可以海阔天空地倾谈。那些日子里，他们一同饮酒赋诗，纵谈经史、山川、声律、医理、园艺、民俗，十分投机。王世贞对于这位目光明亮，脸色红润，身材瘦长的来客见识渊博、谈吐如流暗暗感到惊奇，在他的生活经历中，碰到这样熟谙（ān）古今、娴（xián）习博物的人是极少极少的。因此，当李时珍打开了行囊，把几十卷《本草纲目》的原稿抄本拿了出来，请求他作序，以便这书能够更好地流传的时候，他翻着翻着，对于卷帙（zhì）如此浩瀚，插图这样丰富的著作感到十分意外，略一沉吟，就痛快地答应下来了。
有了王世贞答应写序，李时珍挟着他的著作，在南京访寻能够出版它的书坊。
李时珍打听到：当时南京的书坊，一般都是以印50部书为“一帖”，一种书印行到“十帖”，即500部，就算是很高很高的纪录了。李时珍惆怅惆怅：伤感；失意。地想：“这太少了！五百部能推销到多少县份去？能散播到多少省份去？要使这部耗（hào）尽我毕生精力的大书广布全国，这样的印法只能是遥遥无期。”但就是这样的印数，也没有什么人愿意承刻。也可以说，唯其印数少，书商对赚钱没有把握，就更不敢轻易接纳这么大部头的书了。
也有些书商是懂行的。他们说：“李先生独立完成这样的本草新著，真是可钦（qīn）可敬！但是这种大部头的药书，历朝都是由皇帝诏令修撰（zhuàn），命大臣主持其事，由京师刊刻。《唐本草》、《蜀本草》是这样，宋朝的《开宝本草》、《嘉祐本草》也是这样。本朝能够出现李先生这样的新编《本草》，自是祥和之事。但是这样的伟业，没有朝廷的力量，终究是很难办到的。”
10多年的磨难挫折，10多年的失望难堪，谁也不知道李时珍是怎样熬过那悠长痛苦的日子的。他的著作的伟大价值终于被一个相当懂得医药的书商胡承龙发现了，胡承龙震惊于这部书的伟大，立下宏愿，一定要把它刻印出来。
一块块木版逐渐被胡承龙的书坊刻了出来，这时，距离李时珍完成书稿的时间已有10多年，李时珍已经是一个73岁的老人了。
由于长年累月著述《本草纲目》，生活极端劳累，书成以后，为了出版的事奔走劳瘁，受到许多打击，七十五六岁的时候，就显得日渐衰弱和更加瘦削了。他想到：如果朝廷能加以重视，下一道诏（zhào）书，就可以使全国都风起云涌，竟相刊刻传播了。想到这儿，他觉得将来这书出版，是应该献呈一部给朝廷才好，说不定这样一来，这部耗（hào）尽他一生心血的书，就可以发挥更大的作用，风行四方了。这样一想，他就强忍着病痛，起身伏案，执笔沉吟（yín），赶着写一份“奏表”。
李时珍并没有缠绵卧榻（tà）经历过长久的疾病折腾，他是在日渐衰弱中突然去世的。那时是1593年（万历二十一年），他76岁。
李时珍的逝世，在蕲州一带引起很大的震动。他的墓地在雨湖南岸的土耳地，下葬那一天，受过他诊治的、仰慕他的仁厚为人的，敬重他的奇才卓（zhuō）识的，亲朋邻里、四面八方的人，都怀着哀伤的心情前来送丧，撒下了纸钱，发出了悲声。
李时珍的墓地是和他父亲李言闻、母亲张氏的墓地紧紧地依靠着的，他的早已去世的妻子吴氏也和他葬在一起。
《本草纲目》在朝廷里没有受到充分的重视，但是在民间却发挥越来越大的影响。300多年间不同的版本的出版超过了60种，重印的就没法计算了。
随着时间的流逝和文明的发展，人们越来越认识到《本草纲目》不但是药学、医学的巨著，而且也是博物学的大辞典，李时珍不仅是医药学家，而且也是伟大的博物学者、自然科学家。他总结了16世纪中国灿烂文明的成就。中国自汉代至于近古的一系列古代自然科学家中，他的名字现在是被排列在最前头了。
《本草纲目》17世纪的时候传入日本，最早的版本是小野蓝山翻译的，它被人献给幕府首脑（当时的日本君主）德川家康，德川见了如获至宝，经常置于座右，被称为“神君御前本”，它在日本人心目中的地位可想而知。在江户时代的200多年间，日本学术界研究《本草纲目》的热潮一直奔腾不息，形成了一项专门的学问。在它的影响下，日本还出现了专门解释自己国家药物的《大和本草》。
日本很快有了《本草纲目》的节译本，到了1934年，又有了严格的全译本。
在亚洲，《本草纲目》还传到朝鲜、琉（liú）球、越南等国和地区，在朝鲜的影响很大，它成为医家们的重要参考书。现存的朝鲜医籍中，依据和引用《本草纲目》的十分普遍。
《本草纲目》中提到的植物达1181种，动物达462种，而且，它又有极其新颖的、在当时是雄踞世界最前列的分类法，因此，又引起了许多博物学家的注意。
达尔文在他的名著《物种起源》、《动物和植物在家养下的变异》中曾十几次引用和赞美了“中国古代的百科全书”，科学家们考证得出结论，达尔文所称的“中国古代的百科全书”，有时是指《本草纲目》，有时是指《齐民要术》。他在谈到鸡的七个品种的资料以及金鱼家化后的变异时，都是从其他学者对《本草纲目》的译文中转引的。
唯其如此，世界许多国家的图书馆，都藏有各个时期《本草纲目》的各种版本。日本、美国、德国的图书馆中便藏有最先刊印的金陵版。