太清二年(548)闰八月，真谛一行抵达京师建康(今江苏省南京市)。这时的梁武帝，虽早已从同泰寺御驾还宫，可与魏国的战事却接连失败，梁军主力丧失殆尽。紧接着，东魏降将侯景又于上月初十在寿阳举兵叛变，已攻占了马头、木栅、荆山等地，正向京师方向进逼。梁武帝当政四十七年来，第一次遇到如此险恶的形势。尽管如此，梁武帝听说从扶南请来的天竺高僧真谛，已抵达建康，便立即派遣总监外国往还使命的天竺籍官员月婆首那御辇迎接。
月婆首那已于一年半以前从先期抵达京师的张汜口中得知真谛来了中土，不久将至京师。当时，他几乎无法相信这会是事实。但张汜说得又是那样的翔实可靠，所以，他从那时起，便一直苦苦地盼望真谛的到来。如今，真谛终于来了。月婆首那奉命组成一支迎请队伍，乘坐着皇家的宝马香车，冲出宫外。
车队在真谛身边停下。真谛正在纳闷之际，忽见一位天竺人走下车来。这人不是别人，正是月婆首那。真谛一看，惊得半晌说不出话来。多少年来，真谛一直不知道月婆首那的下落。在扶南时，真谛从中土使节那里听说中土的北方有一位印度优禅尼国的王子在译经弘法，他想此位王子恐怕就是月婆首那吧。但此时中土南北分裂，真谛怎么也不会料到，昔日的好友会在这个时候，这个地方，以这种方式出现。
两个人都沉浸在无比的激动与欢乐之中，同行的人也无不为之动情。月婆首那告诉真谛，他于三年前从中土北方南下，为梁武帝所诚邀，故而暂留京师，负责一些外交事务，特别是佛教方面的交往事宜。今天专程来接，既是朋友之谊，也是奉梁皇之命。真谛被扶上马车，与月婆首那并坐一起，直驱王宫宝云殿。
真谛刚刚跨入宝云殿的大门，早已等候在此的梁武帝，不顾八十五岁的高龄，颤巍巍地从宝座上站起身来，匍伏于地，躬申顶礼。
真谛急忙扶起武帝，合掌当胸道：“圣上龙体要紧，万勿行此大礼。”
梁武帝又重新坐下，静静地看了一眼真谛，嘴里说道：“三藏道气逸群，德音迈俗，果如张汜所言，不愧是绝代高僧，相见恨晚！相见恨晚啊！”当日，梁武帝便下敕让出宝云殿，请真谛大师居住。昔日值殿的所有侍从、奴婢、差役等，全部保留，各尽其责，所有供养均与王宫御殿无别。
三天后，武帝下诏，由月婆首那负责，征召名僧，在宝云殿布置译场，恭请真谛大师译经。
四身罹国难译业受挫
公元548年十月二十二日，侯景在梁朝叛贼萧正德的暗中协助下，渡过了梁武帝视为天堑的长江，京城一片大乱。
武帝闻讯，大惊失色，原来，他以为侯景势寡力单，难成气候，更不会渡过天堑长江，所以尽管侯景在江北屡屡攻城掠地，武帝还是不放在心上。可如今，他这个不争气的侄子，竞与萧正德勾结，用梁军的大船，将叛军全都渡了过来，直气得武帝脸色铁青，破口大骂。
叛军渡江的消息一传开，整个京城一片恐惶。宝云殿里的译事只好又搁置起来。
23日，叛军攻到建康城西南方的板桥，24日进军秦淮河南岸。就在这关键时刻，叛军又得了萧正德配合，渡过秦淮河防线，直抵皇宫所在的台城城下。旋即又西陷石头城，东取东府城，包围台城，隔绝内外，百道俱攻，昼夜不息。叛军又引玄武湖水浇灌台城，阙前御街，顿时尽为洪水淹没。城内死伤遍地，水断粮绝，凄惨不堪。
此时的真谛，不但不能译经，而且与梁武帝同困台城，生活极端困苦。月婆首那在叛军包围台城之前，在京城他处搜选助译高僧。谁料，不到一日，台城内外已被断绝，月婆首那下落不明。
太清三年(549)三月十二日凌晨，一阵惊天动地的呼叫声划破夜空，直逼皇宫而来。真谛感到大势不妙，急忙拖起疲惫不堪的身子，跨出宝云殿外。皇宫内外，寒风凛冽，阴森昏暗。喊杀声哭叫声搅在一起，为这寒夜笼罩上一片恐怖的气氛。皇宫中每一个人都清楚地知道，台城终于被贼兵攻破了。喊杀声越来越近，皇宫上下已乱作一团。黑暗中，许多人正在向外逃奔。
真谛独自一人，默默地伫立在宝云殿外的高台上，望着茫茫夜空，再也抑制不住那辛酸的泪水。
忽然，一个急促的声音传来：“大师还不快走，贼兵马上就要到了！”真谛回过头来，昏暗中，一点也看不清那人的面孔。来人见真谛还在迟疑，不由分说，拉着他就走。真谛连声叫道：“梵夹！梵夹！还有我的梵夹！”
“噢！弟子差点忘了。”来人又急忙冲进宝云殿，将搁置在此的梵夹捆在一起，背在肩上，扶着真谛向宫外跑去。
大街上，杀声阵阵，火光冲天，尸体遍地，惨不忍睹。真谛由那人领着，绕过一条狭窄的街道，朝城东方向逃去。忽然，真谛想起正观寺和扶南馆还放着许多梵夹，便要前去拿来一同带走。那人连忙劝阻道：“两处所存梵夹自有弟子们妥为保管。如今城中到处都是贼兵，如若硬闯，恐怕连这些梵夹都保不住了，我们还是快走吧。”
真谛觉得此言有理，只好跟着那人在黑夜中高一脚低一脚地逃出了京城。那人是宫内的一位差役，信佛非常虔诚。他一直把真谛送到姑熟(今安徽省当涂县)。这时已是第二天的晚上了。真谛在此休息了十几天，体力慢慢恢复过来。这时，叛军以京城为中心，四处攻掠，姑熟城岌岌可危，人心慌乱。于是真谛又转向东南，逃向东土，沿浙江(今富春江)而上，在一偏僻小村中躲藏了下来。
大宝元年(550)正月，东土全部陷落。
本来，东土是自东晋以来全国最富庶的地区，可现在天灾人祸并发，出现了罕见的大饥荒，富春江一带饿死者十之七八，百姓四下流亡，许多人逃入山川林野，以花草树根为生。真谛避难的村子也是如此。幸好村中百姓大都崇信佛法，尤其是在这种苦难的岁月中，他们的信仰更为虔诚，所以对真谛大师特别尊敬，想尽各种办法进行照顾。然而，毕竟是大荒之年，所以真谛也只能是忍饥挨饿，苦苦度日，译经简直是不可能的。不过说法教化，以及各种祈祷法事，倒是一直不断，这样，真谛大师的名声很快在富春江一带传开了。
这年四月初一，从富春小城里来了几位官吏模样的客人。为首的名叫陆元哲，是富春的县令。此人自幼虔信佛法，特别喜欢阅读佛典，还常常登坛说法，加之乐善好施，爱护百姓，人称县令菩萨。侯景占领东土以后，各州郡的刺史、太守皆已另易其人，可陆元哲因为好佛喜静，百姓亲近，侯景也未免其职。此人听说有位名叫真谛的天竺高僧避难于此，于是便领着几个随从前来拜谒。
他们在一间简陋的小庙找到了真谛。此时的真谛，虽身心皆已备受摧残，但眉宇间的那股超凡脱俗之气，却依然无改。特别是真谛一谈起佛法，更是高论清远，义趣幽邃，使这位县令菩萨大吃一惊，当即就要将真谛接到自己家中居住。真谛执意不肯。陆元哲以为真谛怀疑他的诚心，便又在佛前发誓，再三表白自己的诚意。真谛告诉他：“如今侯景当道，叛军横行，烧杀抢掠，无恶不作。听说侯景已发布命令，凡人民二人以上共谈者，刑及其族。在这种情况下，要是到了县城，我性命难保事小，那些梵夹若有什么闪失，可是难以弥补啊！”
陆元哲原来还不知道真谛随身带着大量梵夹，一听此言，大喜过望，立即让真谛引他去看了那些隐藏完好的梵夹。
真谛轻轻地拂去梵夹上的灰尘，将一摞摞古朴而精美的天竺佛典亮了出来。陆元哲一看，连声惊叹，高兴地说：“没想到我们这小小的富春竟藏有如此举世罕见之宝！”接着，他又对真谛说：“弟子也是视佛经为生命的人，敬请大师放心，我一定会确保佛典完好无损的。另外，弟子还有一个想法，与其把这些梵夹隐藏这里，还不如尽快把它们翻译出来，使其广传于世，深入人心，如此，谁还能毁坏它们呢？”
陆元哲的一席话，深深地打动了真谛。是啊，他来中土不就是想把这些经典翻译出来吗？谁知恰逢国难，四处逃亡，如今藏身于这荒凉的山区小村，勉强维持着已十分脆弱的生命。可纵是如此，他也从未忘记过译经中土的誓愿，无时无刻不在盼望着国家的太平和译经时机的到来。今日忽来一位县令菩萨，诚心祈请译经，在这大灾之年，谁能料想得到呢？因缘真是微妙难测啊！想到这儿，真谛便兴奋而认真地说：“施主若真心帮助贫僧译经，贫僧自当感激不尽，可译经之事，并非像讲经那样简单易行，它既非一日可就，也非一人能当，时间、地点、人力、物力，缺一不可，而如今灾荒遍地，民不聊生，僧尼流散，法化几绝，还有侯景的各种命令和叛军的肆意妄为，这一切你可曾考虑过么？”
陆元哲怎能想到这些，他不免迟疑起来。过了一会儿，说道：“目前虽有许多困难，但我想总会有办法解决的。时间和地点问题不用担心，只要我陆元哲在，不管多长时间，都可住在弟子的家中。从物力方面来看，保证最基本的需要还是可以达到的。目前最大的问题，一是寻找有学问的高僧，作您的助手；一是防备乱军的骚扰，保证梵夹的安全和译经工作的正常进行。这两个问题我也会尽力解决的。”
俩人就译经的有关事宜进行了充分的讨论，最后形成一致看法，即由陆元哲先回去筹备，待一切就绪后，再请真谛前去主持译事。
一个多月后，陆元哲便召集到宝琼等英秀沙门和居士共二十余人，都是熟悉经论、明晓佛理的佛家弟子，译场设备及起居供养等，也全都准备停当。于是，陆元哲又躬身前去迎请真谛，连同那些从宝云殿中带来的梵夹，一起供养在自己的私宅之中。
就这样，真谛入华后的第一次译经活动开始了。
真谛怀着极大的热情，同参与译经的人员一起，冒着随时都会被叛军发现而发生不测的危险，忍受着饥饿，拖着赢弱的身体，全心投入译经事业之中。陆元哲在处理政事之余，既要考虑译场的各种后勤所需，还常常躬临译场，一起参与译经。大家同心协力，一年时间内，便译出龙树着的《中论》一卷，世亲着的《如实论》一卷，《涅粲经本有今无偈论》一卷，《三世分别论》一卷，《婆薮粲豆传》一卷，《反质论》一卷，《正说道理论》一卷，并译出自撰的《中论疏》二卷，《如实论疏》三卷、《堕负论》一卷。
公元551年4月，真谛从未译梵夹中拿出一部《十七地论》，准备翻译。此论系弥勒菩萨所着，文深旨远，是印度瑜伽行派的精要之作，在中土从未流传。当他将该论的大概意思向大家作了介绍之后，连博学多识的宝琼，也从未接触过这种学说。其他人员有的未明其旨，有的则表示不愿翻译。最后，还是陆元哲表了态，支持真谛的计划，立即将此论翻译出来。
到了这一年夏天，《十七地论》已译出了五卷。不巧这时，陆元哲的私宅出事了。
原来，自东土陷落以后，经过550年的大饥荒，东土人民恨透了侯景。去年十二月，张彪在会稽起义，占领上虞、诸暨、永兴等县。今年二月又向富春进攻。陆元哲暗中配合，可惜为侯景派来的大将田迁所败。田迁进军富春后，纵兵抢劫，大肆报复，并于六月间查出陆元哲暗助张彪起义的事情，陆元哲不幸遇害，译经人员四下逃难。真谛因整理、收拾译本及梵夹，未来得及逃走，被田迁留住。几经讯问。知其专心译事，与陆元哲事无关。旋又得知真谛系梁武帝邀请的天竺高僧，便如获至宝，报告给侯景。而此时的侯景，正需要摆出一副崇佛好道的样子给人民看，于是立即命令将真谛请到京师。真谛自此开始了他一生中最难熬的时期。
真谛再次住进了宝云殿。表面上，他是作为贵宾受到最优厚的礼遇，而实际上则完全成了任暴君宰割的羔羊，成了地地道道的阶下囚。
此时的侯景，业已废掉梁简文帝，虽尚未自立为帝，但司马昭之心路人皆知。十一月，这位小丑便迫不及待地粉墨登场，作起了皇帝。其实，这时的侯景已是四面楚歌。
承圣元年(552)三月，梁将王僧辩在建康外围的姑熟城，大败叛军。接着，又与另一大将陈霸先一起，乘胜追击，直逼建康城下。侯景闻讯，引衾覆面，大哭不止，台城内的贼军一片恐惶。滞身台城的真谛，因为听到暴君的哀嚎，而从绝望中醒转过来。台城的这次恐惶与三年前的那场恐惶是截然不同的，那时，真谛的弘法大业惨遭挫折，而这时，他却从贼兵的恐惶中，看到了重振佛法的一线希望。在随后的日子里，建康城内的大部分地区相继为梁军占领。困守在台城的侯景仓惶东逃，叛军溃散，台城光复。十一月，梁元帝即位江陵，建康逐渐恢复了平静。
随着这种平静的降临，真谛的心又开始激动起来。他将劫后余生的二十多位佛门弟子，召进了秦淮河边的正观古寺。一场继译佛经、重开道场的计划开始了。
承圣二年(553)二月二十五日，真谛大师带着慧宝、僧隐等几位高僧和居士萧碚，又悄悄离开正观寺，来到京城长凡里一所幽静的百年老屋——扬雄宅，以便专心译经。又经过近一个月的时间，真谛与慧宝等人一起，逐字逐句将一部《金光明经》七卷完整地翻译、抄录出来。僧宗、法准两位大师也在这时来到真谛的身边。真谛得到官方的礼遇，又有高僧相助，别阁道场成了他来中土后的又一弘法基地。不久，真谛大师亲自写成了一部解经着作——《金光明经疏》十三卷。
身处建康的他，生活是平静的，但内心的不平静却使他产生了一种强烈的不适应感。他想起过去曾在梁武帝面前提过唯识之义，梁武帝总是不解其中义趣，最后干脆问道：“此义中土尚未流传，恐皈信者不多。朝廷需要吉祥，百姓需要安乐，不知唯识之义能护国吗？”梁武帝的这个问题曾使真谛哭笑不得。如今武帝虽已去世，但朝廷的好恶却没有丝毫的改变。真谛心里非常清楚，建康弘法尽管还算得繁荣，但唯识之法，在这里却不易展开，他想，这也许是建康受朝廷影响较大的缘故，要是换一个远离建康的地方，或许会好一些。可到哪里去呢？
五南投始兴再走晋安
恰巧在此时，真谛收到了豫章(今江西省南昌市)宝田寺法师警韶的一封邀请信，请他前往讲经。
警韶，又名智韶，是远近闻名的一位高僧，当时正驻锡豫章，法化甚隆。真谛觉得那里或许是一个理想的弘法之所，所以读完信后，便同两位得力的弟子僧宗、法准一起来到宝田寺。
智韶是一个相当有悟性的僧人，对真谛的讲经，他感悟得特别快，传述得非常准。真谛早晨给他讲的经，他晚上就能在寺中给别的僧人传讲；真谛晚上给他传的经义，他第二天清早就能在寺中演说。真谛非常吃惊，赞扬道：“我从西到东，云游的国家很多，很少遇见你这样的人才。”智韶不好意思地摇摇头：“弟子愚顽，哪堪当此夸奖，还望师父多加诱导。”