不久，宝田寺寺僧慧显与数位名德联名，敬请真谛大师为他们翻译《弥勒下生经》和《仁王般若经》。承圣三年(554)二月，真谛为他们译出这两部经典各一卷，又为他们详细解释《仁王》经义，撰成《仁王般若经疏》六卷。此后，真谛从梵夹中找出一部短小的唯识经典，为智韶、僧宗、法准等人讲解。可还未来得及翻译，形势突变，国乱日甚，不仅京城局势危急，连豫章的形势也相当紧张。为预防不测，智韶陪同真谛师父离开豫章，前往新吴(今江西奉新县)，暂时挂单于美业寺。
在美业寺住下之后，真谛开始为弟子们讲译一些唯识类经典，并由弟子们记录成《九识义记》两卷，《转法轮义记》一卷。可是好景不长，真谛在美业寺的译业刚刚开展起来，新吴县令因触犯朝中奸臣而被贬官，美业寺不但失去了一个重要的依靠，而且无辜遭受连累，寺中度日艰难，不少寺僧逃往他处，连寺主也不辞而别了。智韶见情况不好，也劝真谛离开这里。
真谛静下来一想，唯识之学之所以难以在建康和长江一带流传，主要是这里已经有了很强的旧佛学传统，人们对新来的佛法，有一种抵触情绪，但岭南一带，受已有成规及传统佛学的影响较小，到那里弘传唯识之法，或许人们还容易接受。想到这里，他自言自语道：“我们若能到岭南去就好了。”
就在真谛打算前往岭南的时候，从岭南来了一位和尚，声称要见真谛大师。见到真谛之后，那和尚恭敬地行礼，说：“弟子是奉月婆首那大人之命，前来邀请师父前往始兴(今广东省韶关市)去的。”
“月婆首那？他现在始兴？他是怎么去那里的？”
“大人给您写了一封信。”说着，那和尚掏出信来，递给真谛。
真谛打开一看，果然是月婆首那的手迹，其中说道：“自侯贼乱京，君王遭难，你我各奔西东，音讯渺茫。我自京城逃出后，四处流离，后来想到岭南战事不多，较为太平，故奔于此地，为刺史萧勃相留。刺史笃信佛教，岭南佛事日渐昌隆。近闻有西印度三藏法师来到新吴，我想其人一定是你，遂告知刺史，刺史欣喜有加，即遣人前来迎接。我念旧之心甚切，先传数纸，以述衷肠，并表恭候之意。”
读完此信，真谛百感交集。第二天，真谛和法准、僧宗、智韶、慧显等人，在送信人的带领下，离开新吴。
承圣三年九月，真谛一行来到始兴。
刺史萧勃和月婆首那及州中的大小官员们，都来到城门口迎接三藏法师。月婆首那一见真谛，大步跑上前去，将他紧紧抱住，说：“真谛师父，没想到今生还能见到你啊！”月婆首那又忙把真谛领到萧勃面前，说：“我来介绍一下，这就是威震岭南的萧刺史。”
真谛微微弯腰，合十施礼道：“施主皈心佛门，护持正法，功德无量！”
“师父过奖了。弟子久仰大师威德，今日得见，请受弟子一拜。”说着便跪拜在地。
真谛忙将他扶起。月婆首那走过来，笑着说：“你们都不必客气了，从今以后我们都是佛的弟子，大家当齐心协力，弘佛正法，启迪智慧，普度众生。”
“说得太好了，这正是我们的心愿。”萧勃爽朗满足地笑了。
那时，萧勃在岭南兵强位重。梁元帝不放心，便把萧勃从广州刺史改为晋州刺史，派王琳为广州刺史。萧勃为避开王琳兵锋，率部下来到始兴，屯兵观望，同时也邀集各地高僧，谈佛论道，清净修持。月婆首那、智恺等都是这个时候来到始兴的。
不久，萧勃重新据有广州之地，并被刚登基的梁敬帝加封为司徒，名显位高。与战乱不宁的北方相比，他所占有的岭南地区，却是一片升平景象，所以，萧勃对弘扬佛法也更加支持。
真谛来到始兴之后，住在建兴寺。这是一个不大的寺院，除了大殿和几排小房子外，再没有什么像样的建筑。寺主慧曼听说有位高僧要来这里，特意在大榕树旁挑选了一间坐北朝南的房子，作为高僧的住所。真谛决定在这里翻译《大乘起信论》，这是他在扶南未来得及翻译的经书。虽然经过八九年的熏陶，真谛的汉文水平已经相当可以了，但译经时，除了能作一些基本的直译之外，对文字的处理还是不太得心应手。可见，要翻译这部连印度都极少见的佛家秘典《大乘起信论》，没有一个得力的语传和笔受是不可能的。
一天，正当真谛埋头阅经时，那个经常侍奉他的智恺和尚走进来，递给他一首诗，“师父，这是弟子平时习经时的心得，不知是否合道，求师父指正。”真谛接过来一看，原来是一首五言诗，以院内的大榕树为题，写他学法悟道的体验，悟性极妙，而且文笔典雅，清畅自然。真谛一看，高兴地说：“写得太好了，你有如此文才，今后就与师父一起译经。愿意吗？”
智恺跪拜在地，说：“弟子得师父如此偏爱，不胜荣幸。弟子愿意为师父的事业，敬献一切。”
笔受已找到了合适的人选，可传语也是不可或缺的。真谛想到了月婆首那。可月婆首那没有看过这部经典，他会不会像天竺大多数僧人那样，对此论书不感兴趣呢？就在真谛左右为难之时，月婆首那找上门了。
“近日我已看过《大乘起信论》，真是绝世秘典，义理清新奇特，涵摄大乘真旨，值得向世人广泛传扬。大师若愿传此秘典于中土，弟子愿为传语，以共成善举，不知大师意下如何？”
月婆首那刚一说完，真谛便高兴得站起身来，紧紧握住月婆首那的手，说道：“人言王子生知俊朗，体悟幽微，真是名不虚传啊。明天开始，我们就协力翻译这部大论吧。”
次日，真谛与月婆首那、智恺、智韶、慧显以及建兴寺寺主慧曼、寺僧昙振等，正式开始译经。这一次，真谛非常慎重，总怕重蹈此论在印度的覆辙，所以，每翻译一句，他都要旁征博引，详加论说，慢慢解释，待大家都心领神会后，再接着翻译下文。所以，一卷的论书，竞翻译了一年半的时间。不过．在此期间却同时着成了两部释义着作——《大乘起信论玄文》二十卷，《大乘起信论疏》二卷。弟子智恺在笔受译文并听真谛详细讲解的同时，认真思索，将自己的体会写成《大乘起信论一心二门大意》一书。紧接着，真谛又与月婆首那、智恺、慧曼、昙振等人合作，译出《大品玄文》四卷，《十二因缘经》二卷。
真谛对这样的译场非常满意，他满怀信心，打算再译几部更大的经书，为大乘佛学特别是唯识之学的弘扬打下基础。可是，不幸又一次降临了。
原来，此时梁朝正在经历着一场重大的灾难。梁朝大将陈霸先在侯景之乱中领兵北上，征讨叛军，势力日益壮大，终于同另一位平叛大将王僧辩一起，打败叛军，收复建康，并拥立元帝即位，成为重建梁朝的功臣。后来，陈霸先攻杀王僧辩，梁朝的大权全落在他一人之手，从此，陈霸先渐生篡梁之心。为了达到这个目的，他利用各种手段，加紧网罗有用之人，欧阳颁便是其中之一。而此时的欧阳頠正在萧勃手下。最可怕的是萧勃本人与陈霸先曾有过很大的隔阂与冲突。当年，陈霸先居始兴，为萧勃部下。侯景之乱时，陈霸先厚结始兴豪杰，欲北上平叛。萧勃阻止，陈霸先不从。萧勃又派兵阻拦，陈霸先与之激战，终于杀出一条血路，进至南康。从此，与萧勃分道扬镳，积怨甚深。如今，陈霸先意欲代梁，岂能坐视萧勃盘踞岭南。
随着陈霸先在朝中权力的越来越大，几十个州郡都被划到他的势力范围内，朝廷被迫加封他为陈王，加十二旒冕，他开始建天子旌旗，乘金根车，驾六马，乐舞八佾，简直就是天子之制。陈霸先篡梁的企图已经昭然若揭了。对此萧勃当然不能容忍，他大怒道：“好个无耻的匹夫，不念朝廷之恩，反而想自当皇帝，是可忍，孰不可忍！”于是他决定点兵北上，除掉陈霸先。
欧阳颁既是萧勃手下的大将，又是真谛门下的虔诚弟子。所以当战争不可避免时，他既不能不跟随萧勃，又实在不愿离开师傅。于是，他和萧勃都执意要真谛与他们同行，因为他们是虔诚的佛弟子，有大师在身旁，心里踏实。真谛对他们北上用兵的决定甚感失望，尽管多方劝戒，但一时还是说服不了他们。本打算留在岭南，如今两位旧友一再相邀，真让他左右为难。他再三考虑之后，只好表示同意。
太平二年(557)秋，真谛大师告别了建兴寺译场，怀着不尽的遗憾，随萧勃的征讨大军，再一次度过大庾岭，来到江西境内的南康(今江西赣县西南)，在智恺、法准、僧宗等随行弟子的帮助下，在净土寺临时安置下来。
由于战乱将至，气氛日益紧张。真谛在南康净土寺，日子自然也不好过，一种朝不保夕的忧虑笼罩在众人心头。几个月后，豫章传来消息，欧阳頠兵败被俘。陈霸先兵临南康城，一场恶仗一触即发。萧勃大惊，士兵见欧阳颁都被打败了，对陈霸先的军队更加惧怕。几个将领联合起来，杀了萧勃，将首级送到陈霸先那里请功去了。一场讨逆之战，就这样不战而败。
萧勃遇害，似乎早在真谛意料之中。但当事实真正来临的时候，他却有一种难以自持的感伤。一连几天，他茶饭不思，终日阴郁无言。
太平二年十月，陈霸先在建康南郊，身披龙袍，取梁代之，即皇帝位，改国号为陈，改元为永定元年。消息传到南康，人们大为震惊，曾跟随过萧勃的官宦将士与文人墨客等，既愤慨，又害怕。然而奇怪的是，真谛又像换了个人似的，一头奔进经书之中，成天门也不出。他相继译出《无上依经》二卷，及弥勒菩萨的《决定藏论》一卷，婆薮跋摩的《四谛论》四卷，并撰《无上依经疏》四卷，《四谛论疏》三卷。众弟子们陪着他，不敢有半点大意。南康内史刘文陀虔信佛法，竭诚供养，资助译经，一时间，净土寺似乎真成了一块净土。
其实，真谛的灾难并没有结束。
陈霸先打败萧勃，建立了陈朝，从陈王一跃变为陈武帝。陈武帝为了稳固自己的政权，一方面改元为永定，强化统治，另一方面又开始在朝中筹设仁王大斋，建立护国道场，所用的经书就是真谛译成的《仁王般若经》。陈武帝下诏，命真谛进京主持这个道场，但真谛怎么也不愿在这个既背叛武帝、又杀掉萧勃的皇帝面前诵经主法，所以没有应诏。这时，朝廷在南康城里清查萧勃余党的风声大起。成群的士兵来到净土寺，四处翻腾，闹得人不得安宁。真谛在这里住不下去了，经过协商，大家决定重回豫章。
陈永定二年(558)七月，豫章城的山水，又一次迎来了真谛大师。不过对真谛来说，到这里并没有故地重游的感觉，他像是被人驱赶着逃来的，所以内心总是难以安稳下来。
真谛在城中的栖隐寺住下后不久，智韶因故暂去了荆州，月婆首那去了九江，其他几个弟子则日夜守在真谛身边。真谛又开始了译经事业，译成《大空论》三卷。接着他又一鼓作气，打算译下一部《中边分别论》。可是还没等他开始工作，朝廷又来找他了。真谛觉得，朝廷对佛法的提倡，总是取其所需，扬其所好，自己所钟爱的大乘唯识之学，他们却没有丝毫的兴趣。所以，真谛对依靠朝廷支持来弘扬唯识之学，已不抱任何希望。他又一次谢绝了朝廷的邀请。
智恺提醒道：“师父，您还记得在南康时的情形吗？如果我们不去京城，若官兵再来相扰，岂不让栖隐寺也遭祸害吗？”
“这个结果我早已考虑到了，为防万一，我们还是早些离开这里到晋安(今福建省福州市)去吧，那里远离朝廷，局势稳定，近年来避难该地的高僧大德很多，是目前比较合适的弘法之地。”
真谛一行带着各类译本和未及翻译的大量梵夹，离开豫章，转向东南而行。两天后，到达临川。此时，适逢大雨，一下竟是数日未停，他们只好暂时住了下来。真谛是位惜时如金的人，于是又拿出梵夹，继续他的译经事业。谁知这一开译，他们在此地便住了四个多月，译出了世亲菩萨所着的《中边分别论》二卷，及自撰的释义着作《中边分别论疏》三卷，其中有一部分单独抽出，取名《十八空论》，交给弟子们阅读。
永定三年(559)初，临川的译事告一段落，真谛和他的弟子们费尽艰难，翻越险象环生的武夷山，来到了海滨城市晋安，住进城中的佛力寺。寺主智文本是梁朝京城光业寺名僧，梁武帝请他在那里首开律藏，一时影响很大。真谛与他只有过几次会面，没有细谈过。梁朝末年，智文避乱至此，为佛力寺寺主。他见真谛不远千里来此，如逢故人，感慨万分，忙叫人收拾房间，安置大师住下。
在佛力寺住下来之后，真谛不想与外人有太多的交往。而把所有心思都放在译经上面。从永定三年初到天嘉元年(560)五月，真谛又译出《立世阿毗昙论》十卷、《佛阿毗昙经》二卷、《实行王正论》、《成就三乘论》、《意业论》、《僧涩多律》、《修禅定法》、《破我论疏》各一卷，其中既有小乘经律，也有大乘论书，既有内学，也有因明。这些译作并不是真谛最推崇的经典，它们的译出，完全是适应晋安僧俗需要的结果，这也算是一种因机译经、随缘传法吧。
由于真谛是梁陈两代的高僧，学穷三藏，贯练五部，所以，晋安的僧俗弟子不但希望他译经，更愿听他讲经。真谛对这类事情向来是不会轻意拒绝的，所以在译经之余，他又为晋安的僧俗弟子讲经说法。不过这些经文还是些一般经典，他所要弘传的唯识之法则很少讲，就连他精心翻译的《大乘起信论》，也没有拿出来讲解。
正因为如此，真谛在晋安虽然译经甚多，讲经频繁，信众聚增，但内心却依然不满足。回想起在那烂陀寺时，大弘师说，唯识学广传中印，就是在扶南和棱伽修时，唯识学的推广也远比中土容易得多。如今来中土已十四年了，大乘唯识之学推广不开，不但有愧佛子之号，也辜负了安慧大师的苦心栽培和殷切希望。看来，晋安弘法，是不会有突破性发展的。想到这里，真谛便萌生了离开中土的想法。
六挥泪西返漂还广州
天嘉二年(561)三月的一天，真谛走出佛力寺，漫步到江边，一打听才知道晋安虽然是个港口，却不是对外贸易的主要口岸，开往国外的大船是极少有的，南海岸的梁安(今福建泉州)可能会有开往外国的船只。于是，他回到寺中，开始收拾行囊。
智恺等弟子们明白了师父的意图，不免又是一番劝解。真谛对他们说：“中土弘法非时，我的本意难申，多年漂泊，笔遑靡托，转眼间十几年过去了。每想及此，深感愧对恩师厚望。我们佛弟子是不违因缘的，我在中土的因缘已尽，你们就别再拦我了。”
大家一看劝阻不住师父，便只好开始收拾行李。智恺建议大家跟师父一同去，争取在梁安创造一个理想的弘法环境，以便留下师父。僧宗、法准也是这么想的。但智文因为在晋安的事务尚未办完，实在走不开，僧忍刚来晋安，也还有一些事情要办，也得留下来。但他们都表示回头一定要再投真谛门下。
公元561年四月，真谛来到远离晋安的港口梁安。他决定在这里休养些日子，等有了顺路的大船后，再西返棱伽修国(今马来半岛西北部)。