庆元二年（1196），朱熹在家讲学，听到朝中一些大臣无辜被害，上章力辞其闲虚职名，以表愤慨。而权臣见辞章，又奏劾朱熹十大罪状，下旨削去朱熹职名。学生蔡元定等也被指责佐熹为妖，编管道州（今湖南道县）。这十大罪状中，虽有许多诬蔑不实之词，但在用一些事实揭露其道学的虚伪方面也不无价值，如揭发讥讽朱熹“诱引尼姑二人以为宠妾，每之官则与之偕行，谓其修身可乎？”“据范染祖业之山，以广其居而反加罪其身”等。朱熹在《落秘阁修撰依前官谢表》中也承认：“私故人之财，而纳其尼女，规学官之地，而改为僧坊。”不久，朝廷又加以“伪学逆党”的罪名，进行大肆迫害。朱熹作为“伪学”之首，被官员学人们纷纷横加指责和攻击，所有著述被查封，甚至有人上书乞斩朱熹。其门徒有的进山隐居，不敢露面；有的易衣冠，狎游市肆，以示与“伪学”划清界限。朱熹晚年就在如此寂寞惨淡的境遇中，遭受煎熬。
庆元六年（1200），朱熹在悲愤交织中病卒，享年七十一岁。官府的罪名约束和严密监视，使其众学生不敢前来奔丧吊唁，葬礼十分凄凉。这位一生为封建统治呕心沥血的思想家，结果却被统治者列为“伪学之师”而含恨离开人世。他的有关“理学”的思想体系全被作为“伪学”，受到禁锢和排斥，朝廷还立《伪学逆党籍》，株连所及，有记载的就有五六十人。
但随着历史的发展和时代的变迁，朱熹“理学”思想的理论价值愈来愈被统治者所赏识，也愈来愈被推崇。朱熹死后第九年，朝廷就诏赐朱熹遗表恩泽，“谥曰文”，称“朱文公”。次年，追赠朱熹为中大夫、宝谟阁学士。嘉定五年（1212），把朱熹《论语·孟子集注》列入字学。到宋理宗时，皇帝进一步认识到“理学”有补于治道，遂特赠朱熹为太师，追封信国公，按祭祀孟子的礼仪来祭祀朱熹。宋度宗进一步下诏朱熹故乡婺源为阙里，“赐（朱）文公阙里于婺源”，已有把朱熹抬高到孔子相当地位的味道了。
元代时，诏定以朱熹《四书集注》试士子，复科举。这样，朱熹理学的官方统治地位渐次确立。后又下诏在婺源兴建朱熹祠庙，命其五世孙朱勋管理，受历代统治者的朝拜。到至正二十二年（1362），改封朱熹为“齐国公”，追谥朱松为“献靖公”，又改封“粤国公”。明代太祖、成祖都极尊崇朱学，不但继续以其为官学，规定《四书五经》、《性理》、《通鉴纲目》、《名臣奏议》等为读书和科举的范围，且下令天下学宫，祭祀朱熹，朱熹后裔可世袭爵禄，朱熹几乎取得与孔子同等的地位。清康熙令编《朱子全书》，且亲为作《序》，直把朱熹喻孔子，预言“朱子立亿万世一定之规”。康熙五十一年（1712）谕旨，朱熹的牌位从孔庙东庑先贤之列移至大成殿“十哲之次”，配享先圣，其统治地位已无可动摇。
朱熹被抬入孔庙，理学被捧为官方御用哲学，甚至许多士人把程朱理学诸籍与衣食完全等同起来。有学者认为，朱熹独能兼孔、颜、曾、孟之长。有人说：“天不生孔子，三代以上如长夜；天不生朱子，三代以下如长夜。”朱熹有这样一句话：“非徒有望于今日，而又将有望于后来也。”（《戊申封事》）这句话是应验了。
然而近代以来，人们也愈来愈感到以朱熹为旗帜的宋明理学已成为社会发展的桎梏，其思想核心观念严重阻碍社会进步。朱熹理学中“存天理、灭人欲”的教条，就是把“三纲五常”看成天经地义、神圣不可侵犯的“天理”，而把一切不合“三纲五常”的思想行为都视作“人欲”，是大逆不道的，务必革尽除绝。为了加强君主统治这个“天理”，必须消除一切对社会不满，反对统治者的意识和言论，因为这些都是“人欲”。统治者便可从一本书、一首诗、一篇文章、甚至一个字中罗织罪名，残害具有所谓“异端”思想的人。明、清两代如此惨烈的文字狱，就是在这个理论下，名正言顺地杀人，迫害无辜的生命。统治者将自己崇奉的思想捧为“天理”，然后不择手段残酷迫害“异端”，逐渐成为根深蒂固的体制传统，成为中国近代化进程中最大的文化基因障碍。
同时理学又大力提倡“饿死事小，失节事大”，用封建礼教杀人，其中受害最深、最烈的就是妇女。在朱熹祖籍的安徽，据《休宁县志》载，在“灭人欲”观念的引导下，明代“节妇”、“烈妇”就有四百余人，清道光间女子“不幸夫亡，动以身殉，经者、刃者、鸠者、绝粒者，数数见焉”，“处子或未嫁而自杀、竟不嫁以终身”者达二千余人。朱熹老家婺源，“节烈”、“节妇”、“节孝”等牌坊有百余处，南宋至清光绪四年，有关妇女达七千余人。在朱熹长期生活的福建，据《福建通志》载，就闽南十二县不完全统计，明清两代未婚妻守节、夫亡殉节的，就有近千人，其中受朱熹影响最深的同安、晋江、尤溪三县受害最甚，如晋江城郭的旌表贞节牌坊，几乎触目皆是。施可斋《闽杂记》说：“福州旧俗，以家有烈女贞妇为荣，愚民遂有搭台死节之事。女有不愿，家人或诟骂辱之，甚至有鞭挞使从者。”
清代戴震就说：“而其所谓理者，同于酷吏所谓法。酷吏以法杀人，后儒以理杀人。”朱熹所谓的“天理”，其实就是一把杀人不见血的软刀子，它较之以刑罚杀人更具欺骗性。再如“福建漳州女子皆小足，朱文公守漳时，立法令之缠足极小，使不良于行，藉革其淫俗，故成为今日之现象也。”（胡朴安《中华全国风俗志》）清末谭嗣同批判道：“世俗小儒，以天理为善，以人欲为恶，不知无人欲，尚安得有天理！吾故悲夫世之妄生分别也，天理善也，人欲也善也。”现代学者蔡尚思说：“程朱派理学家最不讲理，最无良心，阳儒阴法。以理责人，甚于以礼责人；以理杀人，甚于以法杀人。”（《中国传统思想总批判》）
“存天理、灭人欲”的理学思维逻辑，与自由、民主、人权的人类普世价值观完全背道而驰。在此思想束缚下，人们也不会有任何创造力，只会在无上权威的君主面前，培育起根深蒂固的奴隶性。这一“理学”思想发展了原儒家学说中的糟粕，进一步完善了中国君主专制统治体制的理论基础，它统治了整个思想文化领域，是上层建筑各个领域的指导原则，成为巩固君主专制统治秩序的强大的精神支柱。新文化运动时，陈独秀、鲁迅诸人深恶痛绝的国民劣根性，其实就是由宋明理学为思想基础的奴性，鲁迅还专门写了中国文学史上第一篇白话小说《狂人日记》，深刻揭露封建礼教“吃人”的本质。与其说五四新文化运动的矛头针对的是孔家店，还不如说人们要摧毁的其实是朱家理学体系。它实为中华民族几百年以来愚昧落后的主要原因之所在，如果中国人民在思想上不破除对这一理论的迷信。不打破这理学中所谓“天理”的窠臼，将不可能走向现代社会。
不过到了现代，又有许多学者对朱熹的学术成就作出基本肯定的评说。如肯定他撰写、编次、注释、校刊了不少著作和典籍，为保存和发展祖国文化起了重要作用。他建立书院，聚徒讲学，总结教育经验，在中国教育史上作出重要贡献。他还对自然科学作过比较广泛的研究和探讨，取得了一定的成果，对中国自然科学的发展起过积极作用。甚至说他的理学思想体系也是适应了巩固中央集权君主统治体制的要求，也起到了一些进步作用。
尤其是钱穆在《朱子新学案》中，对朱熹作出如此高的评价：“在中国历史上，前古有孔子，近古有朱子，此两人，皆在中国学术思想史及中国文化史上发出莫大声光，留下莫大影响。旷观全史，恐无第三人堪与伦比。……朱子崛起南宋，不仅能集北宋以来理学之大成，并亦可谓其乃集孔子以下学术思想之大成。此两人，先后矗立，皆能汇纳群流，归之一趋。自有朱子，而后孔子以下儒学，乃重获新生机，发挥新精神，直迄于今。”冯友兰在《中国哲学简史》中也说：“朱熹，或称朱子，是一位精思、明辨、博学、多产的哲学家。光是他的语录就有一百四十卷。到了朱熹，程朱学派或理学的系统才达到顶峰……他的渊博的学识，使他成为著名的学者；他的精深的思想，使他成为第一流哲学家。尔后数百年中，他在中国思想史上独占统治地位，绝不是偶然的。”
然而，国内在“文化大革命”中对朱熹的彻底否定和大力批判，其疯狂程度是一般人难以想像的。我们只要浏览报刊上的几个标题，就会瞠目结舌。如“彻底批判朱熹的天理论”，“剥去朱熹伪科学的画皮”，“可恶的朱熹”，“戳穿朱熹的画皮”，“从神道碑看朱熹的丑恶嘴脸”，“朱熹丑史”，“朱熹《中庸章句》的反动实质”，“朱熹《四书集注》反动思想体系的批判”，“朱熹在漳州地区的罪行”，“朱熹在浙江的罪恶活动”，“撕破朱熹在湖南的反动嘴脸”，“朱熹在崇安的罪恶活动调查”……
朱熹是一位古代的大思想家。如今在大学和社会科学院中，研究朱熹的学者不少。尤其是武夷山作为文化与自然双重世界遗产，其文化方面主要就是以朱熹为首的闽学所留下的许多历史遗迹。学人们还成立了“武夷山朱熹研究中心”，准备对朱熹理学进行更为深入的研究和探索，我们期待它能取得可喜成果。