秦国焚烧儒家典籍《诗》、《书》，一般以为是自秦始皇始，其实在秦孝公时就实行过。商鞅主张法治，与儒家“法先王”的复古思想不相容，所以就禁止儒家经典，并采取焚烧的非常手段。商鞅又以为，游说之士以自己的主张动摇法治，而且只凭翻来覆去的一张嘴而获得利禄，所以也在被禁之列。
商鞅变法改制并非一帆风顺。这场巨大的改革，犹如狂风袭来，将秦国世袭贵族的特权，席卷而去，令他们愤恨不平。太子嬴驷有两个老师，一为公子虔，一为公子贾。都是宗室贵戚，也是守旧势力的代表人物。他们串连了上千人，藉口闹事，反对新法。商鞅毫不留情，坚决绳之以法，将两位太子的老师分别处以劓刑（劓，音义。割鼻子）和黥刑（黥，音情。脸上刺字）。此举使商鞅与太子驷之间产生严重的矛盾。商鞅又将议论法令的人流放到边城，触犯法令的则处以酷刑。据说，一天就在渭河畔处决了700多个破坏变法的闹事者，鲜血染红了渭水，哭号之声响彻天地。在这坚决、有力的镇压之下，新法在秦国逐步贯彻下去。
五、第二次变法
公元前352年，秦孝公任商鞅为“大良造”。此为秦爵十六级，相当于丞相兼将军。两年后，秦把都城从栎阳迁至咸阳（今陕西咸阳）。同年，商鞅着手实施第二次变法，主要是进一步从经济和政治上进行改革，内容包括：
1．废井田，开阡陌，承认土地私有
商鞅下令废除西周以来盛行的土地制度——井田制，开掘井田的“封疆阡陌”。所谓“封疆”，就是指各级贵族所占有的井田界限，这些界限是用土堆、沟地、树木等连接而成的。所谓“阡陌”，就是井田中间与灌溉渠道相应的纵横道路。同时，承认地主和自耕农的土地私有，允许土地买卖，按土地多少抽税。
2．普遍推行县制，设置县一级的官僚机构
商鞅将许多乡、邑、聚（村落）合并为县，建置了41个县（据《史记·秦本纪》。而《史记·商鞅列传》作“三十一县”，《六国年表》作“三十县”），设有县令、县丞和县尉。县令是一县之长，县丞掌管民政，县尉掌管军事。他们都由国君直接任免。此举将全国的政权、兵权集中到了朝廷，建立起中央集权的政治体制。
3．统一度量衡制，颁布度量衡的标准器
这是在公元前344年（秦孝公十八年）具体实施的。据研究，当时的标准尺，约合今23．05厘米，标准量器约合今0．2公升。现存世的“商鞅方升”（藏于上海博物馆），就是当时颁布的一件标准量器。
4．按户按人口征赋
此“赋”即以后俗称的“人头税”。商鞅规定按人口征赋，并严加惩罚隐瞒户口的“匿户”，这是为了限制官僚地主豢养食客的数目。商鞅又规定，一家有两个成年男子的必须分家另立户口，否则要加倍征赋。这是为了确立和鼓励一夫一妇为单位的个体小家庭经济，加快开垦荒地，扩大农业生产，提高劳动效益，并增加国家的赋税收入。从此，“田租”（土地税）和“口赋”（人头税）就成为中国古代社会两种重要的赋税制度。
5．革除残留的戎狄风俗，禁止父子兄弟同室居住
秦国的西南和西北部原是少数民族居住区，后来秦又统一了其中不少的地区，因而秦人保留较多的戎、狄族的风俗。商鞅意识到这些落后的习俗，对统一中原极为不利，便提出移风易俗，按照中原的风俗，改革秦国落后的习俗，如全家人不分男女老幼同居一室等。
商鞅的第二次变法，进一步剥夺了旧贵族的特权，损害了他们的利益。他们对商鞅恨之入骨，欲置商鞅于死地，只是碍于秦孝公，才一时无可奈何。秦孝公二十三年（公元前339年），有个叫赵良的人，代表“宗室贵戚”去见商鞅。开始赵良劝说商鞅让位，继而又劝商鞅放弃酷刑，并公开诽谤秦国变法改制取得的成就。在被商鞅驳斥后，赵良又为一些受过惩罚的旧贵族鸣冤叫屈，并警告商鞅必须立即废除新政，否则“危若朝露”，死亡之日即将来临。商鞅毫不动心，义无返顾。
在商鞅对内实施变法的同时，秦军对外也积极展开军事活动，并取得了节节胜利。尤其是公元前340年（秦孝公二十二年），秦孝公听从了商鞅的计谋，一举击溃魏国公子印（音昂）率领的精锐部队，迫使魏惠王将以前从秦国掠去的河西地区（今山西、陕西之间黄河南段以西地区）归还给秦国。遭此失利，一度趾高气扬的魏国，转向走下坡路了。秦孝公论功行赏，提升商鞅为列侯，并把於（音乌，今河南内乡县东）、商（今陕西西商县）之间的15个邑封给他作为属地。商鞅、商君之名即从此而来。
六、“作法自毙”：成败由谁说
正在商鞅一意改革，而旧贵族们随时都在伺机反击的时刻，秦孝公于公元前338年突然去世。太子驷即位，即为秦惠文王。怀恨在心的旧贵族迅速行动起来，公子虔等人四处散发谣言，攻击商鞅，并向惠文王诬告“商君欲反”。惠文王与商鞅早有间隙，此时即下令逮捕商鞅。
商鞅闻讯立即出逃，至边境，见天色已晚，准备投宿客舍。但商鞅没有公函证明，被拒之门外，客舍主人告诉他，“商君之法，舍人无验者坐之”。历史好像是给商鞅开了个玩笑：他定的法律，现在却逼得自己无处藏身。
商鞅准备出逃魏国，可是魏国边关守将拒绝他入境。他们怨恨商鞅曾设计打败魏公子印，再则，也担心日益强大的秦国今后会进行报复。
商鞅只得回到封地商邑，准备率领徒属和邑兵，对抗惠文王。但是，秦国自变法以后已经建立起统一的中央政权与军事组织，除国君拥有集中指挥军队的权力外，任何卿、相以及列侯都无权调兵。终于，商鞅被惠文王的军队俘获，并被处以车裂之刑，出现了本文开头的那一幕。商鞅全家也遭到灭族。
商鞅以变法从秦国政坛崛起，从公元前359年到前338年，可谓叱咤风云了20年。可是，商鞅最终因坚持新法而为自己埋下祸根。
然而，如果撇开个体生命的得失，放开眼界看，或者在历史的长河中来估量个体生命的价值，我们还是要为商鞅感到庆幸。
因为，在商鞅变法的一二十年里，秦国空前地富强起来，并且收服了戎、狄等许多小国。各国诸侯一改以往对秦国的鄙夷态度，纷纷向秦孝公祝贺。连周天子也给予秦国国君以特别的礼遇。
更重要的是，商鞅人虽亡政未息，变法的结局与商鞅个人的下场正相反。商鞅的变法在秦国推行了21年，已深入人心，连妇孺儿童都能“言商君之法”，所以，商鞅死后新法根基并未动摇。
再则，秦惠文王将商鞅车裂以后，也没有任用公子虔等宗室贵族。在其统治的27年间（公元前337-前311年），没有一个无功无能的宗室贵族得到高官显爵。惠文王的弟弟樗（音初）里子足智多谋，人称“智囊”，到秦惠文王八年（公元前330年），其爵位才升至“右更”，为第十四爵。后来由于樗里子统兵作战，不断拔城虏将，屡建战功，才于惠文王更元十二年（公元前313年）被封为严君。可见，孝公以后，秦国仍坚持商鞅变法时确立的“有功者显荣，无功者虽富无所芬华（芬华，花朵茂美的样子，这里喻指显荣）”的原则。
从总体上看，商鞅推出的许多政策，后来都融入了秦王朝的国策和制度中。商鞅变法时提出的许多措施，一直沿袭到秦王朝灭亡为止。如在湖北云梦出土的《秦律》，就是在这个变法的基础上修订补充而成的。商鞅统一度量衡时定下的标准，到100多年后的秦始皇时还沿用着。据对出土遗物的实测，秦始皇时的方升容量，和当年商鞅方升容量基本一样，误差不过1％。众所周知，秦朝的许多制度，又为汉代所继承。所以，商鞅变法对秦国历史的发展起了巨大的推动作用，并留下深远的影响。变法的设计师虽遇不幸，但变法运动本身，并未失败，没有因为旧贵族的反击、诋毁而废弃。
对此，从先秦开始，就有不少精当的评论。秦昭王时荀子曾到秦国考察，他说：秦国在最近“四世”（指秦孝公、惠文王、武王、昭王）不断取得胜利，并非来自侥幸，而是必然的结果！荀子敏锐地觉察到秦国走向胜利的起点，是在孝公之世。孝公在历史上的地位，当然是与商鞅变法联系在一起的，因而汉代王充说得好：“商鞅相孝公，为秦开帝业。”（《论衡·书解》）
七、引出的思考
商鞅变法能够在秦国获得成功，很关键的一个因素，是因为得到了秦孝公的支持。如果把商鞅比作变法的设计师，秦孝公就是变法的监护人。商鞅变法让旧制度的既得利益者怀恨在心，但是，由于孝公的开明和具有积极进取的精神，反对变法者的阴谋长期没能得逞。然而，一旦孝公谢世，新君登基，他们即刻造谣诽谤，并利用新君与商鞅的矛盾，将商鞅除之而后快。
这不禁令人想起战国时另一位变法的悲剧人物吴起。前面提到，吴起曾在楚国推行变法，而且效果十分显著。可是支持吴起变法的楚悼王一死，旧贵族便乘机作乱，围攻吴起。吴起被乱箭射杀，末了又遭车裂。吴起变法时间较短，新法在楚国没有很好地推广和巩固。所以，楚悼王和吴起一死，变法就失败了。
从商鞅变法和吴起变法可以清楚地看到，战国时期的变法运动能否推广和持续下去，究竟是成功还是失败，与是否有一个开明君主的支持密切相关。从而，这也就决定了，改革只能是由上而下有序地进行。这一点，在先秦历史中已有反映，在以后的中国古代历史中，更有大量的证明。
商鞅以强有力的铁腕推行变法，有意制造出一种绝对服从法令的政治气氛，不准群众私议法令，他采取暴力手段，镇压反对派。他又主张对轻罪用重刑，试图迫使人们不敢犯法，以求大治。这一切，既与商鞅信奉的法家理论有关商鞅，也与商鞅的个人性格有关。司马迁曾说，商鞅是“天资刻薄人也”。不过，平心而论，能在中国古代大刀阔斧地进行变法的人士，大凡都有超乎寻常的果敢、刚毅、倔强，乃至偏执，绝不会是“温柔敦厚”之士。宋代的王安石就是有名的“拗相公”。这位被列宁称为中国11世纪最伟大的改革家，就十分景仰商鞅。他作有《咏商鞅》诗一首：“自古驱民在信诚，一言为重百金轻。今人未可非商鞅，商鞅能令政必行。”
有意思的是，信奉法家理论的人，在个性特征上，也往往与商鞅比较接近。这可以说是理论造就了人，也可以说是什么样的人选择什么样的理论。司马迁的父亲司马谈概括法家的特点是“严而少恩”（也有人称为“刻薄寡恩”），又以为，法家学说可以“行一时之计，而不可长用矣”。或许，理论对于历史，和人才对于历史，都应该是如同中国古人所说的：“文武之道，一张一弛。”
我们从这里体悟到的是，变法需要商鞅这类果敢而“刻薄”的勇猛之士，锐意的甚或以偏激的方式加以推进。非此类人，不足以冲破旧传统的网罗及其束缚，也不足以承受因反对旧习俗、旧观念而带来的巨大心理压力。据史书记载，由于厉行新法，商鞅招致许多旧贵族及民众的怨恨，以致有生命危险，需严加提防。商鞅每次出门，必有“后车十数，以车载甲”，还让武装卫士“旁车而趋”。秦孝公的变法，正亏得由具有“极身无二虑，尽公不顾私”（汉代刘向语）的心胸和脾性的商鞅来加以操作，才能冲破阻力，顺利地实施。
而另一方面，因新法已在秦国生根发芽，商鞅的离去，不仅没有导致变法的失败，反而因缓和了反对派的某些情绪，从而使新法有可能在一种比较宽松的气氛中存留和施行下去。商君虽死而秦法未败，大概可从这儿得到部分索解。
当然，商鞅对老百姓施行的严刑峻法和愚民政策，以及“相秦不以百姓为事”（意谓不为百姓着想），处处表现出的刻薄、无情，也是由其统治阶级的本性所决定的。
商鞅变法对中国历史所带来的影响极为深远。举一个例子，当时将编入什伍组织的人民称为“伍人”，一伍中的其余4家称为“四邻”，这“四邻”一词（语言的活化石）至今仍存在我们的语言和生活中。不仅如此，即使什伍组织本身，也以其经过变化的形式——保甲制度，一直传到现代。历史在这里为我们打开了朝向“通古今之变”的一扇大门。