有学者指出，要鉴别真伪，关键在于搞清《清明上河图》别本产生初始的情况，及其历史流传的脉络，方能还各本以历史本来面目。据有关文献资料分析，《清明上河图》别本最初发现于元代，当时有“秘府本”与“似本”两幅。当时，杨准跋文中称：“图初留秘府，后为官匠装池者以‘似本’易去。”就是上面说到的元代时，装裱匠以临摹本偷换了真迹，这临摹本后称“似本”，实为元代作品，显然是赝品。到了明代，又出现张英公收藏的“稿本”。王世贞《弁州山人四部稿续稿》卷一六八《清明上河图别本跋》说到，张择端的“稿本”，“于禁烟光景亦不似”。清明寒食，民俗禁烟，“不似禁烟光景”就是说画得不是清明时节，或许是张择端此画的早期手笔。
先来看台湾的《清明易简图》。沈德潜《清明易简图疏解》记：“张择端清明画图，本有二幅，一在张英公家者，名《上河图》，有张著跋；一留汴京者，无跋，意即《易简图》也。”沈氏明确告之，《清明易简图》是张公英所收藏的“稿本”之外的另一本《清明上河图》。而“秘府本”真迹如果在明末的灭顶之灾中失传，那么《清明易简图》最多是元代的“似本”，元人苏舜举在元贞元年（1295）首跋《易简图》时，就开宗明义道：“清明易简新图成。”说明它是新近画就的，图中还可见一些元代事物：如元代独有的官方文化机构“奎章阁”，棉纺技术经黄道婆改良后才传到北方的“吴淞细密花布”等。所谓张择端的亲笔题款一事，实是不可信的，主要是“翰林画史”之称，宋画院并无此官称；刘渊临把张择端称为金人，而金朝也无此官称。尤其是其画上还有“金太祖题字”，从时间上就可看出这在作假，所以清乾隆题跋时就一针见血地指出：“盖出于庸手妄作。”尤其是整部画的风格，经仔细比较，与宋代画院风格截然不同。所以判断台湾的《清明易简图》基本是赝品，至于是元代作品，还是明代作品，学术界还有争论。
再看北京故宫的《清明上河图》，除了上述题跋、印鉴、画风诸证据外，其画面上却出现了扇子、西瓜、新酒、光身儿童、遮阳草帽等显然是秋天的景色，恰如上述“于禁烟光景亦不似”的特点，那就有可能是“稿本”。此画还不见有宋徽宗瘦金体的签题和他的双龙小印之印记，那么是因为此“稿本”没有呈现给皇帝，还是年代久远，赏玩时时磨坏而在装裱时被裁割了呢？然而也有学者不同意它描绘的是秋景（详后谜），并认为它就是真迹。指出判断真伪几个关键是：一看城墙画得如何？宋代东京的内城与外城均为土墙，只有北京《宝笈三编》本画的是土墙，其他各本均为砖墙。二看虹桥画得如何？据《东京梦华录》载，此桥是木结构的单孔桥，“其桥无柱，皆以巨木虚架……宛如飞虹”。也只有北京《宝笈三编》本属于这一桥式，其他图本均为大型单孔石拱桥。三看城楼画得如何？北京《宝笈三编》本仅画城楼，并无瓮门，类似东京内城之制；其他图本均有瓮城，不符合东京外城之制。四从绘画风格上看，只有北京《宝笈三编》本符合宋代画院的笔法。以上诸点，可以证明北京《宝笈三编》本就是张择端的真迹，不过这并没有得到学术界的普遍承认。
关于美国纽约收藏的“元秘府本”，董作宾进行了详尽考释，根据徽宗瘦金体题跋，认定该图是张择端“宣和二年七月”之前进献皇帝的真迹。不过也有学者认为它是《清明上河图》的晚期赝品，其题跋与别本往往有些许不同，但也难辨真伪。学者那志良1977年出版的《清明上河图》研究成果，对台湾、北京、美国纽约三个版本进行了认真的比较研究，最后还是不敢肯定哪个是张择端的真迹。
这件享誉古今中外的传世杰作，可称我国绘画史上的无价之宝。在它问世后的八百多年中，曾被无数收藏家和鉴赏家所赞叹欣赏，也时为艺术家和商人所描摹仿制，更是帝王权贵们搜罗豪夺的对象，它辗转飘零，历经劫难，最后人们却不识庐山真面目。除了其真伪难以辨认考订以外，再如据图后明人李东阳的题跋考证，《清明上河图》的最前面还应有一段远郊山水，但在现存画卷中却阙如。专家们还认为，此画后半部不应该在刚一进入开封城便戛然而止，而应画到金明池才结束。那么，《清明上河图》有没有被后人裁去最前一段，或佚去后半部呢？
《清明上河图》名称的由来
《清明上河图》为什么以“清明”命名？历来有不同的解说。一说是描绘汴京开封城清明时节的景象；一说“清明”是汴京的街坊名，图绘汴京清明坊到虹桥汴河西岸的景象；一说“清明”是中国传统社会中常用的作为“太平盛世”的称颂之辞。那么，到底作何解呢？
《清明上河图》全图可分三个段落，首先是汴京郊外的景物，薄雾疏林，杨柳新绿，菜园阡陌，茅檐低伏，商队旅人，穿梭往来。中段描绘汴河两岸的繁忙景象，大河上下，货船往返，拱桥飞虹，行人如织，道路之中，商贩云集。后段是市区街景的写真，城楼高耸，酒肆茶坊，店铺稠密，车水马龙，各行各业，生意兴隆。仔细品味，图中三教九流，无所不包，各个神形兼备，极富情趣。整部作品长而不冗，繁而不乱，严密紧凑，一气呵成。尤其是画中“虹桥”一段，那街头市景的热闹气氛扑面而来，观画人恍如身临其境，体验着宋代社会的文化风俗。其技艺备受世人赞赏，令人叹为观止。
北京故宫的《清明上河图》并不见徽宗瘦金体“清明上河图”的题签，所以“清明”一词最早见于金代大定二十六年（1186）张著的题跋，张著引《向氏评论图画记》称，张择端作有《清明上河图》和《西湖争标图》，于是其图名便确定下来。有关“清明”的解释，经过这些年来学者们的争论，大致有三种不同意见。
一说该图描绘的是汴京开封城清明时节的景象，即清明节时汴京的春天景色。明代李日华《味水轩日记》称，此图宋徽宗曾题诗，诗中有“如在上河春”一句，可见描绘的是初春的汴京。近代郑振铎等人更大张“清明节”说：“时节是清明的时候，也就是春天三月三日。”把具体日子都定了下来。据宋代文献记载，人们在清明时节前后，家家禁断烟火，门上轿上插柳条，然后蜂拥出城扫墓踏青，在郊外亲友相聚，歌舞宴饮，尽情游玩，直至日暮才回城等等。那么，《清明上河图》中有这些内容吗？
有学者指出，该图画面景物的物候表现及有关人物的生活状况，显然与“清明”时节明显不符。画面许多地方显示出中原地区余热未退的初秋时景，而不是春寒料峭的清明时节。如画中某一角绘有摊贩的桌上陈放着切开的西瓜，如是清明时节，河南一带哪来的西瓜？再如图中手执扇子的人物多达十余人，与北国清明时节的春寒气温也明显不符。尤其是画中有一些孩子在大路两旁嬉戏，由于热不可耐而光着身子，非常活泼和自然，如在清明时节，孩子们裸着身子是会冻着的。图某一角的农家短篱内，长着果实像茄子一类的作物，似有秋熟的迹象。赵太丞家门口的垂柳，已经枝叶茂盛，也非初春的杨柳。图中商店林立，各种店铺门前差不多都顾客盈门，颇为热闹；唯独纸马店前门庭冷落，没有什么顾客光顾，看不到清明时分当地上坟祭祖风俗的影子。而临河的一家酒店，在条子旗上写着“新酒”二字，这是告诉人们当时是“中秋”时节。总之，作者如要立意表现“清明节”这个主题，是不会如此处理画面的。
也有学者进行了反驳，指出关于用扇子的节令，开封在清明前后用不着，而中秋时分也基本上不用了。从社会风俗上考察，当时有“博扇子者最多，以夏之迩近也”的情况，就是在清明时节，人们以扇子为赌博之利物，用以推销扇子。再看西瓜，图中的块状物并非西瓜，北宋以前，中原人不熟悉西瓜，也不曾种植西瓜。新酒问题，《东京梦华录》说：“中秋节前，诸店皆卖新酒。”而画中的几处酒店，只有一处旗子上写“新酒”。况且一年四季均可造酒，所以酒店随时可卖新酒，也可卖陈酒。最明显的是，图中一百七十多棵树木，其中柳树都是细叶嫩芽，其他树木则是光秃秃的，正是清明前后的情景。如中秋前后，所有树木都枝叶繁茂，决不会是光秃秃的样子。图中郊外的路上，两位老者骑着毛驴，头戴风帽，与少数赤膊小孩恰成对比，说明老人尚觉春寒未尽，正是清明时节。总之，从画面景物看，该图所绘并非中秋时节，应是清明时节，当然不一定非在三月三日。“上河”之“上”，按宋人的习惯。指到或去的意思，“上河”就是到汴河去。清明时节，东京人上河去观赏汴河及两岸风光，“汴渠春望漕舟数十里”，形势非常壮观，是有一定特别意义的。张择端的风俗画选择这个时节，画的题款用这个命名，应该也是独具匠心的。
一说“清明”是汴京的街坊名，即以地名为画名。当时汴京内、外城及郊区，共划分一百三十余坊，而外城东郊区共分三坊，其第一坊就是清明坊。图中所绘是汴京清明坊到虹桥汴河西岸的这一段“上河”的景色，所以就以此街坊名为画名。