关于罪疚感的起源，精神分析学家的观点和心理学家的观点不同；即便是精神分析学家也不容易解释它。首先，当人们问起罪疚感是怎样在一个人的心里产生的时候，我们便做出一个无可争辩的回答：当人们做了某件他们知道“很坏的”事情时，他们就感觉到犯了罪（虔诚的人称之为“罪孽深重”）。但是，我们发现，这个回答并没有告诉我们什么。或许经过一阵犹豫，我们会补充说，一个实际上还没有干坏事，但只是意识到了有干坏事倾向的人，也会认为自己犯了罪；于是，人们就会问，为什么这种倾向在这种情况下被认为是和行动等同的呢？在这两种情况下，人们将会预测到，邪恶已经作为一种应受指责的、不应付诸实施的东西被认识到了。这种判断是怎样得出的呢？人们可能会拒绝这个存在着分辨善恶的一种原始的一一或像人们所说的那样，自然的——能力的建议。邪恶往往根本不会损伤或危及自我；相反，邪恶也可以是某种他所期望的并给他带来快乐的东西。显然，这里有一种外部影响在起作用；正是它决定了什么才可以称为善和恶。既然他们自己的情感不会让人沿着同一条路走下去，他们就一定会有服从这种外部影响的动机。在人们处于无助和依赖于他人时很容易发现这种动机，可以把这种动机最恰当地称为害怕失去爱。假如一个人失去了他所依赖的他人的爱，他也将丧失对许多危险的防御，首先，他将冒这个风险，就是说，这个更强壮的人将以惩罚他的形式显示出这个人的优势。因此，所谓恶的东西从一开始就是威胁要使人类丧失爱的东西；由于对这种丧失的害怕，人们就必须避免这种丧失。这就是为什么一个人是否已经干了坏事和只是企图这样干坏事的一个小小的区别；在任何这两种情况下，只有当权威已经发现了这种危险，以及将要在这两种情况下都以同样的方式做出行为来的时候，危险才会开始。
我们称这种心理状态为“邪恶的良心”（bad conscience），但是，实际上它不应该承受此名，因为在这个阶段，罪疚感显然只是害怕失去爱，这是一种“社会的”焦虑。在小孩子身上，这绝不可能是任何别的东西，而在许多成年人身上，也只是发生了程度上的变化而已，就是用较大的人类社会取代了父亲或者父母双亲。因此，这些人习惯上允许自己干任何坏事，使自己获得想获得的东西，只要他们肯定没有任何权威会发现它，或者使他们为此而受到责备即可；他们的焦虑就只和害怕被察觉有关。当前的社会必须考虑这种普遍的心理状态。
只有当这个权威通过超我的确立而发生内化时，才会发生巨大的变化。这时良心的现象就会提高到一个更高的水平；确切地说，在此之前不应该谈论良心和罪疚感。在这一点上，害怕被发现也就会停止活动，而且干坏事和希望干坏事之间的任何差别也会完全消失，因此没有什么东西能够隐瞒着超我，就是思想也无法隐瞒。确实，从一种现实的观点来看，情况的真正严重性已经消失了，因为就我们所知，新的权威，超我，并没有虐待自我的动机，超我本身和自我有密切的联系。但是，使已经消失的东西重新复活却常常在发生学上表现出它的影响，这样，就使事情大体上保持了最初的状况。超我用同样的恐惧感来折磨罪孽深重的自我，并且伺机使它受外部世界的惩罚。
在发展的第二阶段，良心表现出一种特性，这种特性在第一阶段并不存在，而且要说明它也是太容易的。因为一个人越正直，他的行为就越严厉、越不信任，因此，最后正是那些对上帝最虔诚的人指责自己是罪孽最深重的人。意思是说，美德丧失了它曾经允诺的某些奖励；顺从的和有节制的自我并不喜欢它的良师益友的信任，看来获得它是白花了力气。现在，有人准备对此提出反对，认为这些困难都是人为的。相对严厉的和警惕的良心正是有道德的人的标志。另外，虽然基督教徒可以宣布自己是罪人，但他们并没有什么错，鉴于他们特别容易受本能满足的诱惑——因为就我们所知，诱惑只有在长期缺乏满足的情况下才会增加，而如果有时使它们得到满足，就能至少使它们暂时地平静下来。伦理学领域里充满了问题，它向我们展示的另一个事实是厄运——外部挫折——这种厄运在超我中极大地加强了良心的力量。只要一个人事事如意，他的良心就很宽大，并允许自我做各种事情；但是，当某种灾害降临时，他就会引咎自责，承认他的罪孽，提高他的良心的标准，对自己加以节制，并用苦行来惩罚自己。所有的民族都是这样行动的，并且仍然一如既往。这里很容易用良心最初的幼年阶段来解释的，正如我们所见，良心在心力内投到超我之后并没有被放弃，而是和超我一起存在着，并且藏在超我的后面。命运被认为是对父母作用的替代。如果一个人遇到不幸，这就意味着他不再被这个最伟大的力量所爱；而且，由于受到了失去爱的威胁，他又一次在这个超我中的父母的代表面前俯首称臣——人们在走好运的时候曾试图对此不予理睬。当命运在严格的宗教意义上被认为是上帝意志的表现而不是别的什么的时候，这就会变得特别清楚了。以色列人相信他们自己是上帝最宠爱的孩子，当这个伟大的父亲一再地把惩罚降临到他们头上时，仍然没有动摇他们的这种信仰，或者使他们怀疑上帝的力量或公正，他们造就了自己的预言家，这些预言家向他们宣布他们的罪孽，由于他们的罪疚感，他们创造了其祭司宗教的过分严厉的戒律。原始人的行为竟如此大相径庭，真令人惊讶不已！如果这个原始人遭到厄运，他并不埋怨自己，而是埋怨其物恋对象，这个物恋对象显然没有对他尽到责任，而且他会痛斥物恋对象，而不是对自己施加惩罚。
这样，我们便了解了罪疚感的两个根源：一个来自对权威的恐惧，另一个则来自对超我的恐惧。对权威的恐惧迫使我们克制本能的满足；对超我的恐惧还要外加惩罚，因为保留被禁止的愿望是瞒不住超我的。我们也已经知道应该如何解释超我的严厉性——良心的要求。它只是外部权威的严厉性的延续，这是超我已经获得了成功的，并在某种程度上被取代了的。我们现在知道，本能克制是怎样和罪疚感联系起来的了。确实，最初的时候，本能克制是害怕某个外部权威的结果；一个人克制其满足就可以不失去它的爱。做了这种克制之后，就可以说，一个人脱离了权威，就没有什么罪疚感可以保留了。但是，对超我的恐惧来说，情况就不同了，仅仅本能克制在这里还是不够的，因为愿望还保留着，而且无法瞒着超我，尽管已经进行了克制，罪疚感仍将被体验到，这实际上就是建立超我；或者如我们所说，是形成良心的最大的不利之处。现在本能克制不再具有完全的赦免作用，道德的限制不再保证受到爱的奖赏；受到威胁的外表的不幸——爱的丧失和外部权威给予的惩罚——已变成了一种永久的内部不幸，变成了一种罪疚感的紧张。
这些相互关系如此复杂，同时又是如此重要，以至于尽管有重复的危险，我仍将再从另一个角度来探讨这些关系。这样，按年代顺序分述如下：首先，本能的克制是由于恐惧外部权威的攻击。（当然，这相当于害怕失去爱，因为爱是对这些惩罚性攻击的抵抗。）其次，是内部权威的建立，本能的克制就是由于对这个内部权威的恐惧——意即，对良心的恐惧。在第二种情况下，邪恶的行动和邪恶的意图是等同的；此后便产生了罪疚感和惩罚的需要。良心的攻击性继续坚持权威的攻击性。至此似乎一切都很清楚了；但是，我们在哪里才能为强化不幸（即外部强加的那种本能的克制）所产生的影响，为这个最美好、最驯服的民族所具有的格外严厉的良心找到一席位置呢？我们已经解释了良心的这两个特征，但是，我们可能仍有这种印象，即这些解释并没有触及到事情的根源，还有一些事情他们没有解释。这里终于出现了一个完全属于精神分析的观点，并且和人们通常的思维方式不同的观点。这个观点的实质使我们了解到，为什么这个主题对我们来说似乎必定是这样混乱和含糊不清。因为这个观点告诉我们：一开始的时候，良心（更确切地说，是后来成为良心的焦虑）确实是本能克制的原因，但是，后来这种关系颠倒过来了。于是，每一种本能克制就成了良心的一种动力的根源；每一次对本能满足的新的克制都增强了它的严酷和偏执；假如我们只能使本能克制和我们已经知道的良心的起源史更好地协调起来，我们就会倾向于维护下述矛盾的说明：良心是本能克制的结果，或者（由外部强加于我们的）本能克制产生了良心，然后，良心又要求做出更多的本能克制。
这个说明和我们以前关于良心的发生学知识之间的矛盾实际上并没有这么大，我们能找到一种使矛盾进一步减少的方法。为了更容易地说明这个问题，我们选择攻击性本能为例，我们不妨假设，这种克制总是攻击性的克制。（当然这只是一种暂时的假设。）那么，本能克制对良心的影响就如下述：主体尚未满足的每一种攻击性冲动都被超我接收过来，从而增加了超我（对自我）的攻击性。这种说法并不完全适合于此种观点，即良心最初的攻击性应该是外部权威之严酷性的一种继续，因此和本能的克制无关。但是，如果我们假设，超我的攻击性的这个最初的一部分有一个不同的起源，那么，这种不一致就被消除了，当权威不让儿童享受其最初的，但却是最重要的满足时，一定会在儿童心中引起相当强烈的攻击性冲动，不论向他提出的这种本能剥夺可能是什么，儿童必定会被迫放弃这些报复性的攻击满足。他求助于我们所熟知的某种机制，为这种实际上非常困难的情况找到了出路，通过认同作用，他把自己同化到不会受到攻击的权威里去。现在，这个权威就变成了他的超我，并具有了一切攻击性，这种攻击性是儿童本来用于对它施行的。儿童的自我不得不使自己满足于这个权威的不幸角色——父亲——这个角色的地位已经下降了。这经常是一种最初情境的颠倒：“假如我是父亲，你是我的孩子的话，我一定会恶劣地对待你。”超我和自我之间的关系是被分化之前的自我和外部对象之间的真实关系的翻版，是被一种愿望歪曲了的翻版。这也是很典型的。但是，基本的差别在于，超我最初的严酷性并不——或者并不那么多地——代表已被从（对象）中体验到的或者归属于它的那种严酷性；相反，它代表的是一个人自己对对象的攻击性。假如这是正确的话，我们就会真正地主张，良心从一开始就通过对一种攻击性冲动的压制而形成了，随着时间的进展又被同一种新的压制所强化。
现在这两种观点哪一种更正确呢？是那个从发生学上看似乎毋庸置疑的、较早的观点呢，还是那个以如此受欢迎的方式围绕在我们的理论周围的新的观点呢？显然这两种观点都各有道理，也都有直接观察的证据。它们相互之间并不矛盾，甚至在某一点上还是一致的，因为儿童的报复性攻击将部分地由他预料从父亲那里得到的惩罚性攻击的数量所决定。然而，经验表明，一个儿童的超我所显示出的严酷性和他自己所经受到的虐待的严酷性毫无一致之处。超我的严酷性似乎独立于后者之外；一个受到非常宽厚对待的儿童能获得一种非常严格的良心。但是，夸大这种独立性也是错误的；我们不难使自己确信，严格的培养对儿童超我的形成也有强烈的影响。总起来说，超我的形成和良心的出现是部分地受先天的素质因素和部分地受环境影响所决定的；这是不足为怪的；相反，这是所有这类过程的一个普遍的病因条件。
也可以说，当一个儿童用过分强烈的攻击和过分严厉的超我来对他的最初较大的本能挫折做出反应时，他遵循着一个种系发生的模型，并准备超越这种目前看来是正确的反应；因为原始时代的父亲无疑是令人恐惧的，人们可以把最大程度的攻击性归因于他。这样，如果一个人把目光从个体的发展转向种系发生学的发展，他就会发现，良心发生学的这两种理论之间的差异将会进一步缩小。另一方面，我们发现，在这两个发展过程之间出现了一个新的重要的差异。我们不能忽视这种假设，即人的罪疚感的俄狄浦斯情结中有它的起源，并且是在父亲被联合起来的弟兄们杀死时才获得的。那时攻击性不但没有受到压制，反而得到了实施，正是这同一种攻击行动，我们才把它在儿童中的压制看作是罪疚感的根源。现在，如果一个读者愤怒地呼喊：“那么，一个人是否杀了他的父亲不就无关紧要了吗？——在这两种情况下人们都有一种罪疚感！”在这一点上，我就不会感到惊讶了。在这里我们应该允许人们有些疑问，要么把罪疚感说成是由受压抑的攻击性引起的，这是不真实的，要么说，关于杀父亲的整个故事是个虚构，原始人的孩子杀父亲并不比现代人更经常。除此之外，假如这不是虚构，而是一段似乎可能的历史，那么，这就只能是我们都期望发生的一个例子——就是说，一个人感觉犯了罪，是因为他真的做了什么不合理的事。关于这件事，不管怎么说都是一个每天发生的事情，但精神分析尚未对此做出任何解释。
这倒是实情，我们必须弥补这个疏漏。对此也没有什么十分神秘的。当一个人犯了罪，并由此而产生罪疚感的时候，这种感觉就应该更恰当地称之为悔恨（remorse）。这种悔恨只和做过的某种活动有关，它显然已预测到，良心，即罪疚感的能力，可能在行为发生之前就已存在了。因而这种悔恨绝不能帮助我们找到良心的根源和罪疚感大致的根源。在这些日常的例子里，事情的进程通常是这样的：一种本能的需要不管良心如何，而获得了实现满足的力量，这种力量也有它的局限性；因此，由于获得了满足，恢复了早期的力量平衡，需要就不可避免地减少了。所以精神分析拒绝通过我们现在讨论的由于悔恨而导致罪疚感的情况是有道理的，不管这种悔恨多么经常地出现，也不管它们的实际重要性究竟有多大。