10十二世纪初，蒙古族崛起于北方。成吉思汗统一蒙古各部后，其子孙先后灭西夏，灭金国，并发动了侵略南宋的战争。1271年，忽必烈改国号为元，于l279年攻灭南宋，统一了中国。
蒙古人原来信奉的宗教是从原始时代流传下来的萨满教，而在元朝诸帝的宗教信仰中，对喇嘛教的崇信占有十分突出的地位。
喇嘛教是藏传佛教的俗称，是中国佛教的一支，形成于藏族地区。喇嘛为藏语音译，意为上师，是对出家人的尊称。
藏族最早信奉古老的原始传统宗教，即本教。公元七世纪，藏族在其首领松赞干布的带领下建立了以拉萨为中心的统一王朝——吐蕃。松赞干布先后娶了尼泊尔墀尊公主与唐朝的文成公主，两位公主分别把佛经和佛像从尼泊尔和中原带入吐蕃。松赞干布为两位公主分别建造了惹摩迦寺和大昭寺，供奉佛经和佛像。
佛教传入西藏后，受到了信奉本教的权臣和贵族的强烈抵制和反对。因此，佛教在西藏发展较为缓慢。公元九世纪中叶，达玛即位，大肆灭佛，使佛教在西藏的发展受到阻挠。
十世纪末，佛教又分别从印度、尼泊尔和中原地区传入西藏，在不同封建领主的支持和提倡下，西藏佛教形成了几个不同的教派：宁玛派（红教）、萨迦派（花教）、噶举派（白教）和格鲁派（黄教）。其中，黄教格鲁派后来成为藏传佛教的最大教派，其灵童转世制度一直延续至今。
1223年，成吉思汗西征东还时，取道西藏。西藏酋长设宴欢迎，献上无数礼物，并献地降蒙。成吉思汗大喜，备礼致书于萨迦派大喇嘛呼和布宁说早就想聘请上师，然因军务繁忙，未能如愿。等国家大事稍定之时，望大师率弟子一同驾临蒙古，传布佛教。
成吉思汗生前未能将喇嘛教弘传蒙古，便于1227年病逝于六盘山，蒙藏又失掉了联系。
l229年，成吉思汗三子窝阔台继位后，以现今甘肃、青海的部分藏区划为第三个儿子阔端的领地。阔端决定用宗教征服整个西藏，选中藏传佛教的萨迦派作为联络的对象，遂派使者前往西藏，延请萨迦班智达到他的驻地凉州。萨加派为了扩大自己的宗教势力，也为了使西藏众生免于战火，便接受了阔端之邀。
l244年，萨迦派萨班·贡噶坚赞携侄儿八思巴兄弟北上，于l246年到达凉州，为阔端灌顶授戒。当时，适逢阔端身体有病，受戒后病体竟痊愈了。因此，萨班及八思巴等人深受阔端礼遇。从此，喇嘛教便在蒙古族中广泛流行开了。
阔端信奉藏传佛教后，极力向萨班宣扬西藏归顺蒙古的必然趋势。萨班接受了阔端的要求，给西藏地方首领及宗教领袖写信说蒙古统一势在必然，中原已悉入其版图，顺之者能与其同乐，否则必将灭亡。若逃遁无门，则应俯首归顺。
在萨班的努力下，阔端用喇嘛教征服了西藏，未动一兵一卒，西藏正式列入蒙古版图。这是符合藏蒙民族利益的。
l251年，蒙哥继位后，命四弟忽必烈南征在云南建立的少数民族政权大理。忽必烈凯旋时，派使者到凉州迎请萨班。此时萨班已经圆寂，使者便延请八思巴与忽必烈相见。
八思巴的学识使忽必烈深感敬佩，于是忽必烈夫妇从八思巴受“金刚灌顶”，“金刚灌顶”是藏传佛教受戒的名称。
忽必烈赐八思巴羊脂玉印及黄金、珍珠袈裟、伞盖、金鞍等，并命八思巴领卫藏万户。忽必烈皈依了喇嘛教，既与萨班叔侄致力于弘传喇嘛教有关，又与西藏隶属蒙古这一政治利益有关。从此，八思巴长期与忽必烈生活在一起。l254年，依八思巴建议，忽必烈下令来往使者不得在僧舍住宿，不得向僧人摊派差役和索取供应。忽必烈打算在藏区只准习研萨迦派教法，八思巴从藏传佛教宗派林立各派实力不相上下的实际情况出发，劝阻了忽必烈这一决定，并由忽必烈与八思巴共同下令，准许各派僧人修习自己教派的教法。同年，忽必烈为八思巴写了《优礼僧人诏书》，大赞八思巴及其宗教，而且还要求臣民礼待天下僧人，不许轻慢之。
1258年，忽必烈奉蒙哥之命，召集佛、道二教代表进行辩论。在辩论中，八思巴口若悬河，才思敏捷，使道教代表穷于应付。于是，忽必烈更加信赖喇嘛教，参加辩论的十七名道士被勒令削发为僧，一些道教宫观也被改为佛寺，许多道教经典被焚毁。从此，佛教排在道教之前，成为元朝的制度。
1260年，忽必烈继位后，立即封八思巴为国师，赐玉印，命其统领天下佛教。八思巴与各族佛教界人士广泛接触，拜他为师的人很多，由他亲自剃度的汉地、印度、西夏、蒙古、高丽、大理、维吾尔等地的僧人多达四千四百二十五人，其中一些人在以后各族佛教的发展中曾发挥了巨大的作用。
忽必烈要将喇嘛教推行到他统辖的整个地区，任命八思巴的弟子杨琏真为江南佛教总摄，掌管江南佛教。杨琏真上任后，一年之中就剃度喇嘛僧人九百四十名，由此江南喇嘛教大盛。
八思巴返藏后，被逐渐形成的西藏教俗势力所排斥，双方斗争日趋尖锐。为此，忽必烈于l279年派总制院（元朝中央掌管宗教的机构）院使桑哥率领蒙古兵七万入藏，攻打与八思巴作对的原萨迦地方长官贡噶桑布。八思巴派人至军前慰劳蒙古军，并转达了八思巴迂回包抄的建议。七万蒙古兵按八思巴的建议，一举击败贡噶桑布，将支持贡噶桑布的八思巴的弟子喇嘛衮曼、衮噶则兄弟流放江南。
桑哥于军事行动结束后即亲自拜会了八思巴，转达了元世祖忽必烈的慰问。他们决定在乌斯藏留蒙古军队驻扎，警戒各周边民族对西藏的侵扰。忽必烈利用宗教冲突，将蒙古士兵派往西藏，并长期留驻，从而使西藏牢牢地控制在元廷统辖之下。
元世祖至元十七年（1280年）十一月，八思巴于西藏圆寂，终年四十六岁。十二月，元世祖忽必烈下令将八思巴新译戒本五百部印造成书，颁发给诸路僧人。两年后，忽必烈又在大都（今北京）为八思巴建造舍利塔，并赐八思巴“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”的称号。
元世祖至元二十八年（1291年），即他病逝的前三年，全国共有寺院四万二千余所，僧尼约二十一万人。当然，其中一大部分为喇嘛教僧尼。
忽必烈死后，元代诸帝大都奉八思巴一派僧人为帝师。诸帝即位前，均要先从帝师受戒，然后才登帝位。凡为帝师一系僧人修建佛寺和建造佛塔的费用全由朝廷支出，元代诸帝还常常赏给喇嘛教寺庙大量田地。
综上所述，在整个元代，喇嘛教的喇嘛在西藏和内地都拥有特殊的政治特权和经济特权。
由于蒙古族崇奉喇嘛教，汉地佛教在元朝未能达到完善的发展，只有禅宗的临济、曹洞二宗得到了一定程度的发展。