（一）雅克萨之战
在康熙皇帝的一生中，抗击沙俄的武装侵略，保卫祖国北方的领土，占有十分重要的地位。
贝加尔湖以东和黑龙江流域，自古以来就是中国的领土。在唐、宋、元、明一千余年的历史中，我国历朝的中央或地方政府，均在黑龙江两岸设有管理机构。清取代明以后，不仅完全接替了明朝在这些地区的统治权，而且使当地同中央的关系更加密切。但是，自17世纪以后，沙俄利用我国明朝在东北势力的衰落和清朝入关南下之机，加紧对黑龙江流域的侵略。沙俄先后派遣波雅科夫、哈巴罗夫、斯捷潘诺夫等率兵侵入我国领土。他们到处烧杀抢掠，无恶不作。为了吞并我国领土，他们在被占领的土地上修建城堡，甚至还狂妄地叫嚣要清朝向沙皇进贡！顺治十五至十七年（1658—1660），清朝军队经过两次激战，击毙了斯捷潘诺夫，而且把其残部驱逐出黑龙江中下游。
康熙即位后，沙俄又以被其占领的尼布楚为据点向东扩张，重新占据雅克萨城，并向南占领楚库柏兴（即色楞格，属于中国喀尔喀蒙古），从而在贝加尔湖以东和黑龙江地区制造了新的紧张局势。
康熙帝从13岁起，就注意到了沙俄对我国的侵略。康熙十年（1671年），18岁的康熙进行了第一次东巡，前往东北地区“周览形胜”，并召见宁古塔将军巴海，了解当地情况，嘱咐他加紧操练兵马，做好边疆的保卫工作。当时，康熙已经准备开展一场驱逐沙俄的斗争。不料，康熙十二年（1673年），爆发了吴三桂等人的“三藩之乱”，康熙的抗俄计划被迫暂缓执行。在平定三藩叛乱过程中，康熙曾希望通过外交途径解决沙俄的入侵问题。但沙俄非但置之不理，而且变本加厉地扩张其侵略，在精奇里江一带修筑结雅斯克堡和德隆斯克堡，在额尔古纳河东岸修筑额尔古纳堡。康熙二十年（1681年），三藩之乱平定后，康熙立即把抗击沙俄的布置提上了日程。康熙二十一年（1682年）四月，他借到盛京祭陵之机，再一次到东北边疆视察；回到北京后，又在同年九月派副都统郎坦、公春率人以捕鹿为名，到达斡尔、索伦等地观察形势，侦察敌情。在听取了郎坦等人的报告后，他下令修筑黑龙江呼玛城堡，调动军队，修造战船，储备粮食，开辟从乌喇（在今吉林）到瑷珲的驿路，组织了辽河、松花江、黑龙江的水路运输，为进行一场自卫反击战做好了充分准备。
康熙二十四年（1685年）六月，清军水陆两军包围了俄军盘踞的雅克萨城，对负隅顽抗的侵略者展开了猛烈的进攻。俄军头目托尔布津被迫投降。清军平毁了雅克萨城，将被俘的俄军遣送出境。但是，由于清军忽略了在雅克萨驻军，又没有割除附近的庄稼，因此托尔布津等人又率兵卷土重来，在雅克萨的废墟上重新建造了更为坚固的城堡。这样，康熙二十五年（1686年）双方又进行了第二次雅克萨之战。在清军猛烈的炮火中，托尔布津重伤致死。到后来，八百名俄军死伤、病亡几乎殆尽，只剩下一百多人。雅克萨城堡的攻克，已经指日可待了。就在这关键的时刻，康熙帝的停战命令到了前线，说俄国派出的全权代表已经在途中，双方将在谈判中定议边界。
（二）签订《尼布楚条约》
中俄两国在雅克萨地区发生军事冲突后，于康熙二十八年（1689年）八月二十七日，俄罗斯全权代表陆军大将戈洛文和清王朝全权代表领侍卫内大臣索额图、国舅佟国纲在尼布楚（现俄罗斯涅尔琴斯克）签订的边界条约，内容为：从黑龙江支流格尔必齐河到外兴安岭直到海，岭南属于中国，岭北属于俄罗斯。西以额尔古纳河为界，南属中国，北属俄国，额尔古纳河南岸之黑里勒克河口诸房舍，应悉迁移于北岸；雅克萨地方属于中国，拆毁雅克萨城，俄人迁回俄境。两国猎户人等不得擅自越境，否则捕拿问罪。十数人以上集体越境须报闻两国皇帝，依罪处以死刑；此约定以前所有一切事情，永作罢论。自两国永好已定之日起，事后有逃亡者，各不收纳，并应械系遣还；双方在对方国家的侨民“悉听如旧”；两国人带有往来文票（护照）的，允许其边境贸易；和好已定，两国永敦睦谊，自来边境一切争执永予废除，倘各严守约章，争端无自而起。
条约有满文、俄文、拉丁文三种文本，以拉丁文为准，并勒石立碑。碑文用满、汉、俄、蒙、拉丁五种文字刻成。根据此条约，俄国失去了黑龙江流域，但与大清帝国建立了贸易关系。此条约以外兴安岭和额尔古纳河为界划分俄国和中国，但没有确定兴安岭和乌第河之间地区的归属。1693年，俄国派使节赴北京觐见要求通商，由于其使节行三拜九叩礼，康熙皇帝非常高兴，特准俄国在北京建“俄馆”，每三年可以派二百人商队入京逗留八十天，其他国家不得享受此待遇。
总的来说，康熙帝在反侵略战争中取得了重大的胜利。他的英明表现在：不轻易用兵，而是先作好调查研究，作好军事的、物质的准备；不穷兵黩武，在取得反侵略战争的胜利后及时恢复和平，从不关闭谈判的大门；在战争中，他认为将军萨布素未能毁掉雅克萨附近的田禾是一大错误，因为这正是侵略者得以卷土重来的物质条件；当议政王大臣会议下令直隶、山东、山西、河南各省派火器兵支援进攻雅克萨时，康熙指出：这些兵未曾经历过战阵，况且黑龙江火器甚多，应该派福建投诚、善用藤牌的官兵，由台湾投降的武将率领开赴雅克萨。第一次雅克萨之战的事实证明，这些久历战阵的藤牌兵确实起了不小的作用，他们一举歼灭了从黑龙江顺流而下，企图冲入雅克萨城内的俄国哥萨克增援兵。
《尼布楚条约》的签订，缓和了中俄两国之间的紧张局势，暂时制止了沙俄的军事侵略。但是，康熙帝并没有因《尼布楚条约》而放松警惕。他说：“今虽与俄罗斯和好，边界已定，但各省驻军仍照从前规定办理。”他决定继续在墨尔根等地驻军设防，并在外兴安岭、额尔古纳河、格尔必齐河等边界设立卡伦，派军队寻防驻守，以防备沙俄势力的侵扰。