当三藩之乱的硝烟弥漫在中国上空的时候，盘踞在台湾岛以及东南沿海的郑氏集团也乘机向内地窜犯，并与三藩沆瀣一气。因此，康熙帝在平定三藩之乱后，便决定解决台湾问题。
台湾自古以来就是中国的领土。荷兰殖民者趁明末中国动乱之机，派兵占领了台湾，在台湾血腥统治了38年。直到清初顺治十八年（1661年），民族英雄郑成功才把荷兰人赶走。郑成功原想以台湾作为反清的基地。但不幸中年早死，壮志付之东流。郑成功死后，郑氏集团内部互相倾轧，统治者花天酒地，鱼肉百姓，完全丧失了郑成功那种英雄气概。清朝政府曾多次用招抚办法，想和平解决台湾问题。但是郑经（郑成功之子）集团一面表示可以称臣入贡，一面又坚持不登岸，不剃发，实际上是想把台湾从祖国分裂出去。康熙帝断然拒绝了郑氏集团分裂国家的要求。他认为，郑经是中国人，既然称臣，就必须接受调遣。由于在这样重大的原则问题上达不成协议，再加上三藩之乱的干扰，统一台湾的问题便拖了很长的时间。
康熙二十年（1681年），福建总督姚启圣向康熙帝上书，报告郑经已死和台湾内乱的情况，认为“时不可失”，应立即派兵统一，并推荐从前从郑氏方面归降过来的施琅作为进军台湾的统帅，康熙立即批准了这个建议。任命施琅为水师提督，伺机进取澎湖、台湾。康熙二十二年（1683年）六月，施琅率军在澎湖海战中击溃了郑氏集团的主力，七月在台湾登陆。这时，台湾的当政者是郑克塽。有人教唆他赶快逃往南洋，建立流亡政府，也有人劝他认清形势，向清朝投降。就在郑克塽举棋不定的时候，康熙帝指示前线的施琅，要他力争和平解决，并转告郑克塽等人：“从前抗违之罪，尽行赦免。”而且保证他们归降后给予从优待遇。由于康熙英明及时的决策和施琅等人的认真贯彻，郑克塽及许多在台官吏放弃了逃亡国外的打算，从而使台湾最终以和平方式得到统一。康熙二十二年（1683年）八月，清军进入台湾。八月十五日（即中秋节）的晚上，统一台湾的喜讯传到北京，29岁的康熙帝无比兴奋。他多年统一国家的愿望终于实现了。
经过长期的努力，祖国终于实现了九壤的大一统局面。郑克塽到北京后，受到康熙帝的接见，并被授予正黄旗汉军公，其亲属、部下也分别被授予官爵。康熙帝还特别下诏说：“郑克塽的祖父郑成功，父亲郑经不是‘乱臣贼子’，可以归葬南安。”
统一台湾后，康熙帝又否决了朝廷内某些人放弃台湾主权的荒谬主张，他毅然批准施琅的建议，在台湾设立一府三县，隶属于福建省，并在台湾驻军八千，澎湖驻兵两千。从此，台湾在政治上、军事上、行政上与大陆重新成为一个整体，由于内地、沿海居民进一步移居台湾，台湾的经济也得到进一步的发展。
（三）平定准噶尔
清初，西北方居住的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部。漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝，喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
在我国的漠西厄鲁特蒙古族中，有一支游牧在巴尔喀什湖以东、天山以北和伊犁河流域的强悍部落，这就是准噶尔部。准噶尔部世代受中国政府的管辖，从17世纪中叶以后逐渐强盛起来。康熙十年（1671年），噶尔丹杀死其兄僧格，夺取了准噶尔部的统治权。噶尔丹是一个雄心勃勃、掠夺成性的人物，他上台后频繁地对临近各部发动了掠夺性战争。他不仅统治了漠西厄鲁特四部，而且占领了天山南麓各回城，势力达到青海、西藏地区。为了实现割据一方的野心，噶尔丹与正在对外扩张的沙俄勾结起来，于康熙二十七年（1688年）春，噶尔丹对喀尔喀蒙古发动了突然进攻，逼得喀尔喀蒙古人民向南迁逃。在清政府的帮助下，噶尔丹暂时退兵。
康熙帝曾致书噶尔丹，要求他“罢兵息战”，不要对四邻各部落肆行侵掠。噶尔丹虽然表面上臣服，但实际上却步步向东南进逼，甚至把他的军队推进到距北京只有几百里的地方。康熙二十九年（1690年）六月，康熙帝决定御驾亲征。八月间，左翼军同噶尔丹军队在乌兰不通（在今辽宁境内）发生了一场激烈的遭遇战，一举击溃噶尔丹的驼军，噶尔丹狼狈逃窜。康熙三十一年（1692年）噶尔丹派人到北京，向康熙帝“请安进贡”，表面上虽“词调恭顺”，实际上是想麻痹康熙。康熙一眼就看穿了噶尔丹的阴谋，他指出：“噶尔丹不可信任，如果不加防备，万一有事就要后悔。”当时，西藏的第巴桑结与噶尔丹狼狈为奸，要求康熙帝撤回各地戍兵。康熙说：“这是噶尔丹的阴谋。”所以，他决定：不但不能撤兵，还要加强防备。果然康熙三十四年（1695年），噶尔丹又率三万人马沿克鲁伦河大举南犯，并扬言他背后有沙俄撑腰，已经从俄国借了六万鸟枪兵。康熙三十五年（1696年）春天，康熙帝力排众议，决定第二次亲征。他指出，上一次亲征，因裕亲王中了西藏喇嘛济隆的缓兵之计，致使噶尔丹从乌兰不通逃走。又加上当时自己生病，未能彻底歼灭噶尔丹，至今犹以为憾，这一次亲征，一定要彻底根除噶尔丹的势力，以绝后患。他命将军萨布素率兵出东路迎头截击、命大将军伯费扬古率兵出宁夏为西路，断绝噶尔丹的退路，自己则亲率劲旅为中路，三路军约期夹攻噶尔丹，欲将其彻底歼灭。
康熙帝亲率的大军，在克鲁伦河附近同噶尔丹的军队相对扎营。但是两军的距离甚近，噶尔丹望见康熙的御营和清军的威武阵容，不禁为之胆寒，立即下令拔营逃走。康熙亲自率兵追击到拖诺山。当噶尔丹逃到昭莫多（今在乌兰巴托以东）时，又同清军的西路大军相遇。在两军激战中，噶尔丹的军队几乎全军覆没，他仅率少数人死里逃生，这股叛乱势力并未根绝。所以，康熙帝一面分化受噶尔丹控制的回部、青海和哈萨克诸部，警告与噶尔丹狼狈为奸的西藏第巴桑结，一面限期噶尔丹到北京投降。由于噶尔丹拒绝投降，康熙三十六年（1697年），康熙帝又进行了第三次亲征。当时，康熙帝在各部族中的分化瓦解工作取得了很大的成功，因此噶尔丹四面楚歌，困难到“居无庐（帐幕），出无骑（马），食无粮”的地步。噶尔丹的儿子到哈密逼粮，也被当地维吾尔族人擒送清营。原先追随噶尔丹叛乱的亲信们，也摄于清军的威力，望风投降。最后，噶尔丹在走投无路、众叛亲离的困境中服毒自杀。至此，康熙平定噶尔丹的斗争宣告结束。
康熙五十六年（1717年），噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦在沙俄煽动下，继两年前进攻哈密之后，又驱兵攻入拉萨，并到处毁坏，抢掠人口。康熙五十七年（1718年）康熙皇帝命皇十四子胤禵为抚远大将军进驻西宁，指挥清军入藏平叛。当时有些朝臣希图苟安，看不到平叛的必要性，说：“西藏路途遥远险恶，且有瘴气，不能顺利进军。”康熙帝不同意这种看法，他反驳说：“策妄阿拉布坦的军队忍饥挨饿，步行一年有余，尚能到达西藏，我们的平叛大军怎么反而不能到达？”事实证明康熙帝的决定是正确的。但清军进入西藏时，西藏的大小头人、各寺庙的喇嘛都争先恐后地出来迎接。清军迅速驱逐了叛军，取得了胜利。康熙死后，又经过雍正、乾隆两代人的努力，终于最后平定了准噶尔上层分子的叛乱。
康熙在武力平定叛乱的同时，还用各种手段，对蒙古王公用封爵、联姻、阻止打猎等方法加以团结，在承德按照各民族的特点建筑了一批庙宇，以表示他对各民族风俗信仰的尊重，并以此来表明，清朝是一个多民族的国家。他的这些做法，对维护国家统一起了积极的作用。