达尔文对华莱士的那篇论文评价很高，他在1857年5月2日给华莱士的回信里说：“我几乎同意每个字所包含的真理。”
达尔文和华莱士虽然相隔千山万水，但是共同的事业把他们联系在一起，彼此交换了初步的意见，虽然他的年龄比华莱士大14岁，可是他愿意和这个经验不如自己丰富的后辈交换意见、互勉共进。几个月以后，就是1857年9月5日，他又给美国植物学家、哈佛大学博物学教授阿沙·格雷写了一封长信，更详细地谈了关于人工选择和以自然选择为核心的进化论学说的内容。
达尔文一方面把自己的理论繁简不同地告诉了一些好朋友，另一方面又没听朋友们关于应当考虑优先权的劝告，只是勤勤恳恳地埋头写他的大部头著作。达尔文根本没有想到，他那个30多岁的青年朋友华莱士竟会捷足先登，而且得出的理论和他20多年的研究成果惊人的相似。
当莱伊尔和霍克为了公正处理“优先权”的事匆匆来到唐恩镇征求达尔文意见时，达尔文抢着说：“关于华莱士的论文，我确实想了很多。华莱士没有从我手里夺走什么东西，这纯粹是巧合。他是通过独自观察研究得出结论的。他和我像在两块大陆上的两条河流，最后都流进了海洋。他信任我、尊敬我，才把自己的论文寄给我，我更应该尊敬他。我已经决定了把一切荣誉都归华莱士。”
霍克耐着性子说：“我很早就看到您在14年前得出的和他相同的结论，现在你想让华莱士独亨这项荣誉，这公平吗？”
莱伊尔语重心长地说：“我们都是研究自然史的人，特别尊重自然史实，为什么不能正视自己的历史事实呢？现在我们如果歪曲了发现进化论的史实，也就会成为科学的罪人！”
在林奈学会上，同时宣读和发表了华莱士和达尔文两个人的研究成果，产生了一个很有意义的结果，那就是使达尔文和华莱士之间建立了更加诚挚的友谊。达尔文在给华莱士的信里说：
如果有着可钦佩的热情和精力的人应该得到成功的话，那么您就是最应该得到成功的人。
华莱士也和达尔文一样谦虚和高尚，他不但果断地放弃了成为进化学说创始人的要求，而且认为如果不是按照达尔文建议的方法，他决不能研究出如此困难的问题。他怀着对达尔文崇敬的心情说：“当我还是一个匆忙急躁的少年的时候，达尔文已经是一个耐心的、下苦功的研究者了，他勤勤恳恳地搜集证据，来证明他发现的真理，不肯为争名而提早发表他的理论。”
后来，《物种起源》一书出版以后，华莱士等人最先为这本书喝彩，称这本书是“迄今为止最重要的书籍之一”。为了纪念这门学科的创建人，华莱士谦逊地称这个理论为“达尔文学说”，并且说“自然选择的物种起源说的建立，完全是达尔文的功劳”；“达尔文的名字不但可以同牛顿的名字并列，而且他的工作将永远被看成是19世纪自然科学的最大成就之一”。
达尔文和华莱士之间谦虚互让的动人事迹，一直被人们当作科学史上的佳话传颂着。
英国林奈学会同时宣布了华莱士的论文和达尔文的两个文件，引起了科学家们强烈的兴趣，由于文章过于简单，缺少详细的事实论证，学会要求达尔文将他正在写作的《物种起源》缩写成一个不超过30页的摘要，在学会会报上发表，以使人们进一步了解这个学说。
由于经过20多年的苦心经营和积累，资料实在太丰富了，达尔文很快发现写个摘要要达到学会会报的要求是不可能的。他单单把家养状况下的变异写出一个摘要，就写了35页，这已经超过了学会要求的篇幅。他一口气写下去，奋战了10个月，写出了一个长达500页的摘要。这样长的摘要是不可能在会报上发表了。怎么办呢？热心的莱伊尔爵士帮助他在伦敦找到一家最兴旺的出版社。穆瑞老板看了达尔文著作的前3章以后，就拍板决定出版这部著作，这是一个十分勇敢和有魄力的决定。
1859年11月24日这天，伦敦的几家书店门前，人声鼎沸，许多自然科学爱好者你拥我挤地争相购买刚刚出版的新书——达尔文的科学巨著《物种起源》。这本书的第一版只印刷了1250册，在一天之内就卖光了。接着，穆瑞又印出了第二版3000册，也被一抢而空。
达尔文的这部《物种起源》用极其丰富的资料，令人信服地证明生物界是在不断变化着的，它有自己发生和发展的历史，现在世界上形形色色的生物都不是上帝的特殊创造物，而是“若干少数生物的直系后代”，生物进化是客观存在的事实，并且有规律可循。它们从简单到复杂，从低级到高级，不断发展、进化。这种发展和进化，不是什么超自然力量干预的结果，而是自然界内部矛盾斗争的结果。也就是说生物的发展和进化，并不是由神的意志或者生物本身的欲望决定的，而是通过变异的遗传、生存斗争和自然选择的结果。达尔文合理地解释了生物的进化。他用物种变异的普遍性，推翻了物种不变论的形而上学的观点，致命地打击了当时自然科学中的目的论，戳穿了千百年来神创论宣传的“上帝创造万物”的谎言，把越来越多的人从宗教神学的迷信、落后和无知中解放出来了。
因此，《物种起源》出版以后，一向十分关注自然科学的无产阶级革命导师马克思和恩格斯很快阅读了这本书，并且给予了高度的赞扬。
《物种起源》的出版在生物学领域里产生了巨大而深远的影响。继天文学、物理学、化学之后，生物学这个仍旧被宗教神学盘踞着的顽固堡垒现在终于也被炸开了。因此，《物种起源》在博物学家中产生了巨大的反响，许多知名人士和进步学者纷纷表示拥护这个新理论。
可是，那些坚持“神创论”观点的人，都对生物学领域里的这场大革命抱着极端仇视的态度，利用《科学协会会报》等刊物发表文章，攻击达尔文和他的学说。其中有些人还是很有名的科学家。他们对进化论表示蔑视，进行冷嘲热讽。
更严重和令人震惊的是，《物种起源》的出版，像一颗重磅炸弹落在神学阵地上，它们不但挫败了关于上帝存在的种种论据，使《创世记》中的“真理”受到人们的怀疑，而且把基督教神学的整个理论体系摧毁了。于是，在英国各地，咆哮着的教士们利用神学院声讨达尔文的著作，脸色铁青的主教们斥责达尔文的进化论是“亵渎神明的异端邪说，如果像他所说的那样，势必没有上帝，而猴子反倒是我们的亚当了”。道貌岸然的教会首领强烈要求英国当局停止出版《物种起源》，并且没收已经出版的书。
基督教的天主教、正教、新教3大派别尽管有这样那样的矛盾和冲突，可是他们都认为：达尔文的《物种起源》“是一种推翻上帝的阴谋，意在扰乱对神的信仰，企图毁灭上帝，想把上帝屏诸门外，是大逆不道的”。他们还公开叫嚷，要“围剿达尔文、打倒达尔文”以便“扑灭邪说、拯救灵魂”。他们妄图把科学史上这场革命扼杀在摇篮之中，反动气焰十分嚣张。威胁恐吓的信件，从英格兰各地、从海外很多地方雪片般地向唐恩镇飞来。几个月来，很少收到邮件的唐恩镇居民经常看见邮递员肩上背着笨重的邮袋，沿着小路向达尔文住宅走去，这些信件大部分是从穆瑞先生的出版社转来的，因为大多数发信人都不知道《物种起源》的作者住在什么地方。
4.科学进化论
1860年，达尔文学说的故乡——英国，首先出现了进化论同神创论、科学同迷信、真理同谬误两军对垒的局面。
进化论一方，以赫胥黎和霍克等进步学者为代表。
反对进化论的一方，以牛津大主教威尔伯弗斯为代表。
两军对垒，眼看着一场短兵相接的战斗不可避免了。
反对《物种起源》的同捍卫达尔文学说的斗争，从书面的论战发展成了面对面的斗争。这场战斗发生在1860年6月底，这是在科学史上十分著名的牛津大战。这次大战是在英国牛津大学举行的“英国科学协会”上进行的。这次会议以关于《物种起源》一书的两次激战闻名于世。
6月28日，发生了第一次激战，牛津大学的英国植物学家道宾尼博士首先挑起了战斗。他在分组会上宣读了一篇论文，题目是《论植物性别的终极原因，兼评达尔文先生的〈物种起源〉一书》，攻击达尔文。由于达尔文生病，未能参加会议，会议主席就希望达尔文的“总代理人”赫胥黎作答。赫胥黎鉴于参加会议的进步学者不多，进化论思想尚未普及，教会人士和坚持神创论的顽固派占着绝对优势，决定避免回答。他对会议主席说：“在一般听众之间，感情会过分地影响理智，所以不适宜在这样的情况下立刻展开辩论。”他准备在其他场合给予有力的回答。
达尔文以前的朋友欧文教授以为赫胥黎不敢应战，跳出来向赫肯黎挑衅。他针对达尔文所说的人同大猩猩脑的结构近似的理论，说：“我愿意以哲学家的精神来讨论这个问题。我相信有些事实能够使公众断定达尔文先生的学说有没有可能是真实的。我的研究表明，大猩猩的脑同人脑之间的差异比大猩猩的脑同最低等的、最有问题的猕猴的脑之间的差异还要大。”
赫胥黎冷静地对待了这一挑衅。他直接反驳了欧文的这些断言是站不住脚的，并且保证要在别的地方、别的时候论证这个问题。几年后，赫胥黎专门为此写了一本书，完全履行了这一保证，有力地回击了保守派的进攻。
第二天，会议表面看来平安无事。但是，那位牛津大学的威尔伯弗斯主教却在组织力量，声称要在会上打倒达尔文。
6月30日，一场震惊世界的激战爆发了。威尔伯弗斯主教邀请了一大批教士、贵妇人和落后学者参加会议。在会议上，他发表了一篇题为《回顾欧洲的智力发展兼论达尔文先生的观点》的论文，向赫胥黎挑战。面对着会议上的反动势力和落后学者越来越猖狂的挑衅，赫胥黎勇敢地站了出来，表示愿意和威尔伯弗斯主教等人进行公开辩论。
赫胥黎的应战宣言一发表，人们全都激动起来。本预备在演讲厅进行辩论，后来发现听众的数目远远超过这间房子所能容纳的人数，于是会议移到房子大一些的博物馆的图书大厅去进行。听众不断地涌进来，他们都想听一听这两位出名的能言善辩的演说家将要展开的精彩的辩论。报告还没有开始，大厅里就已经挤得水泄不通，走廊上和窗台上也挤满了人，大厅外面还站着许多的听众，估计有近千人。
会议由德高望重的亨斯洛教授担任主席。他一就主席位就宣布：“今天要求发言的人比较多，凡是不能从正面或者反面进行有效论证的，都请不要在这里发言。”这种警戒后来证明是很有必要的。
趾高气扬的威尔伯弗斯主教抢先跳上讲台，用连篇累牍的花言巧语来蛊惑人心，煽动宗教情绪，控制会场。他大谈《物种起源》触犯了造物主，说达尔文的理论支持了一种粗野愚蠢的世界，不合神意，是对基督教的直接挑战。他唾沫横飞地讲了半个小时，除了装腔作势、以势压人以外，没有一点科学内容。
接着，威尔伯弗斯绘声绘色地说：“达尔文先生要我们相信的是每一头四足兽、每一条爬虫、每一条鱼、每棵植物、每只苍绳、真菌全都是第一个会呼吸的生命原生质细胞传下来的。哪一个特殊的蘑菇配得上这个非凡的荣誉呢？达尔文简直不让我们相信神的意志的干预是存在的。我们能背叛正统的宗教吗？那是上帝在伯利恒赏赐给我们的，在橄榄山上宣讲的，在耶稣复活的那一天启示的，我们怎能抛弃它，去相信达尔文的理论呢？”