表面上看来，在《新青年》一杆猎猎大纛旗下，集结的新文化战士都呈现出反封建、反世俗的一致性。但是在内里，分歧从一开始就存在，“和而不同”一直相伴始终。鲁迅和毛泽东都说过类似的话：对欧美留学归来的学人，有一种莫名的不信任感。这种“莫名的不信任感”也许来自没有亲赴欧美留学的遗憾，也许来自留学欧美学子高人一等的优越感，那份长久的压抑在最后只能化成愤怒。在新文化运动领跑的四驾马车中，陈独秀由思想转向政治，想从亲身经历的实践中改变中国。胡适和周作人则由思想进入学理；而鲁迅，一直保持着精神的苦闷，在自言自语中自问自答，既无政治色彩，亦非学院气息。他们本应在文化构建上将一代新风开创到底，他们确实也是朝着这个方向努力。但是为时不长便走向分裂，甚至决裂，这既有当时错综复杂的政治因素，也有各自留美与留日背景的天然对抗。
分裂的伏笔其实早已埋下：鲁迅早在《忆刘半农君》中就对胡适进行过辛辣的讽刺：“《新青年》每出一期，就开一次编辑会，商定下一期的稿件。其时最惹我注意的是陈独秀和胡适之。假如将韬略比作一间仓库罢，独秀先生的是外面竖一面大旗，大书道：‘内皆武器，来者小心！’但那门却开着的，里面有几枝枪，几把刀，一目了然，用不着提防。适之先生的是紧紧的关着门，门上粘一条小纸条道：‘内无武器，请勿疑虑。’这自然可以是真的，但有些人——至少是我这样的人——有时总不免要侧着头想一想。半农却是令人不觉其有‘武库’的一个人，所以我佩服陈胡，却亲近半农。”“但他好像到处都这么的乱说，使有些‘学者’皱眉。有时候，连到《新青年》投稿都被排斥。他很勇于写稿，但试去看旧报去，很有几期是没有他的。那些人们批评他的为人，是：浅。不错，半农确是浅。但他的浅，却如一条清溪，澄澈见底，纵有多少沉渣和腐草，也不掩其大体的清。倘使装的是烂泥，一时就看不出它的深浅来了；如果是烂泥的深渊呢，那就更不如浅一点的好。”指名道姓的挖苦胡适，甚至将他形容为“烂泥的深渊”，怀有如此刻薄之心，这样的友谊已然裂痕初现，一旦遇到风波，反目成仇是必然的。风波总无法避免，说来就来了，这便是《新青年》的“双簧信”事件。
那还是一九一八年初，为推动文学革命，《新青年》编者之一钱玄同化名为读者王敬轩，搜集社会上复古派反对新文化运动的言论，写信给《新青年》编辑部，再由刘半农写回信逐一批驳，两封信同时发表在《新青年》第4卷第3号。从斗争策略着眼，导演了这出“双簧戏”，作为《新青年》的编辑之一，胡适对“双簧信”的内幕自然很清楚，但他很不以为然，视之为“轻薄”之举，并以为“凭空闭产造出一个王敬轩”并不值得辩论。但鲁迅的态度则相反，鲁迅认为此举无可非议，因为“矫枉不忌过正；只要能打倒敌人，嬉笑怒骂，皆成文章”。这次两人间的“短兵相接”并没有公开化，也没有发生正面冲突，属于各说各的。在《新青年》的“双簧信”事件，以及“整理国故”上胡适与鲁迅都有过纷争。但相比以后的决裂来看，这些矛盾都属于皮毛。
一九二二年五月，清朝末代皇帝溥仪召见胡适。胡适在《努力周报》发表了《宣统与胡适》一文，说：“阳历5月17日清室宣统皇帝打电话来邀我进宫去谈谈，当时约定了5月30日（阴历端午前一日）去看他。30日上午，他派了一个太监来我家中接我。我们从神武门进宫，在养心殿见着清帝，我对他行了鞠躬礼，他请我坐，我就坐了……他称我‘先生’，我称他‘皇上’。我们谈的大概都是文学的事……”溥仪召见胡适，鲁迅当时并没有说什么，一直到一九三一年年底蒋介石召见胡适时，鲁迅才旧话重提：“中国向来的老例，做皇帝做牢靠和做倒霉的时候，总要和文人学士扳一下子相好。做牢靠的时候是‘偃武修文’，粉饰粉饰。做倒霉的时候是又以为他们真有‘治国平天下’的大道……当‘宣统皇帝’逊位逊到坐得无聊的时候，我们的胡适之博士曾经尽过这样的义务。见过以后，也奇怪，人们不知怎的先问：他们怎样的称呼，博士曰：‘他叫我先生，我叫他皇上。’那时似乎并不谈什么国家大计，因为这‘皇上’后来不过做了几首打油白话诗，终于无聊，而且还落得一个赶出金銮殿。现在可要阔了，听说想到东三省再去做皇帝呢。”
从后来的文字里照见当初鲁迅的心情，已不仅仅是“莫名的不信任感”，而是有点“怀恨在心”。