这些插曲更加深了人们对玛丽一贯所持的怀疑。为了保护她免遭非议，政府决定，凡是玛丽的来信均由林肯的一名秘书开封检查。与其说这种方法可以保护她免受怀疑，不如说，它给林肯夫妻二人原本就不和谐的生活再次蒙上了一层阴影。他们两人之间书信往来的语气越来越冷淡了：“你回不回来你自己拿主意。对此，我现在的意见和你走时一样。”而林肯给玛丽的信也是这样。一次，他给当时正在纽约的她发电报说，她是呆在那儿还是回来都由她自己决定；次日，他又发电报说：“不过你要回来的话，我会很高兴的。”因为玛丽误解了他的第一封电报，而且在回信中也一定表示了自己的不满，所以隔了一天，林肯不得不再次发电报给她说，他这儿的空气十分新鲜宜人，而且“我真的很希望见到你”。
然而，不管怎么说，玛丽有她的另一面。当她摆脱疾病折磨时是个慈爱、温柔的妇女，为丈夫的成就而自豪，酷爱自己的孩子。正因为如此，林肯才会无视她的弱点去爱她。当旁人厌烦玛丽发脾气时，林肯只是说：“林肯夫人今天不舒服。”如果玛丽歇斯底里的吵闹实在叫人受不了，林肯就带上孩子去散步，等他们回来时，玛丽已经安静下来，并对自己的行为后悔不迭。林肯管玛丽叫“娃娃夫人”。在一次晚会上，客人们注意到林肯总是盯着妻子看，他笑着解释说；“我妻子和她当姑娘肘一样漂亮，那时我是个贫穷的无名小卒，却爱上了她，而且这个爱从未减弱过。”
林肯曾揶揄玛丽说：“一个‘D’对上帝(God)来说足够了，对托德(Toocid)家的人却不够。”玛丽那些有钱的亲戚看不起她嫁给丛林中长大的穷律师林肯，很少同她来往。因此，住进白宫后，玛丽处心积虑地要恢复在西部失去的一切。然而，。西部的风俗习惯与东部根本不同，华盛顿社交界的贵妇们很快就开始挑剔她。玛丽知道她们说自己愚昧无知，俗不可耐，举止粗鲁，她的对策是在服饰上压倒她们。因此，她疯狂地购买昂贵的服装。她对黑人女裁缝伊丽莎白·凯克莱说：“我必须穿昂贵的衣服。人们以挑剔的眼光批评我穿的每一件衣服。
在西部长大这个事实使我被迫忍受那些尖刻的观察。”后来，她虽然认识到，把钱毫无顾忌地花在衣服上不能为她赢得敬佩，只能招致更多的批评、讽刺，但她没有放弃大量购物的爱好。玛丽把她那套在斯普林菲尔德的持家方法带进白宫。一方面她精打细算，曾建议丈夫出卖白宫马厩的粪肥来增加收入；另一方面她又毫无节制地挥霍钱财，经常到纽约和波士顿去购物，接连不断地举办各种招待会和宴会。她曾在4个月内买过300双手套，又花5000美元做了3套晚礼服。到1865年林肯连任总统时，她购置衣服所欠的债已达27000美元之巨。人们普遍指责她铁石心肠，穷奢极欲。
在生活方面，玛丽习惯于教训不拘小节的林肯怎样穿衣吃饭，怎样举止高雅；在政治方面，有时她也情不自禁地想插手。她不断地指责林肯周围那些她认为伪善的事情，经常试图改变总统任命的官员，但成功的时候极少。未经丈夫同意，她直接写信给内阁成员倒是获得了一些成功。后来，林肯发现有些人送贵重礼物给玛丽，然后就提出求职要求，他下令严厉禁止此类事件的发生。有个人对玛丽在政治上插手太多表示疑虑，林肯安慰他说：“我自己决定一切重要的问题。在琐碎问题上，我允许妻子以她自己的方式发挥份内作用。”
根据惯例，白宫的公开招待会要由总统选妻子以外的女士绕场开舞，这可犯了玛丽的大忌。她嫉妒心极强，怎能容忍别的女人当着自己的面和丈夫挽手臂？她不但不许丈夫和别的妇女绕场开舞，甚至丈夫和哪位女士说说活她也要大发雷霆，醋意大发。林肯不耐烦地对她说：“大妈，我得跟人说话呀。总不能像个傻瓜站着不开口。你若不能告诉我我能和谁说话，就请告诉我不能跟谁说话好了。”
玛丽嫉妒心之强烈由下面这件事可见一斑。就在联邦军队势如破竹，即将取得最后胜利时，格兰特将军邀请林肯夫妇到前线共度一周时光。玛丽和格兰特太太同坐一车，随在总统一行人后面，向前线进发。途中，有人提及，前线所有的太太们都已奉命迁往后方，只有葛里芬太太得到总统的特许留了下来。玛丽一听火冒三丈，“先生，你这话什么意思？你是说她单独会见总统？你知不知道我从来不准总统单独会见女人？立即让我下车，我要问总统，他是不是单独会见那十女人。”幸亏格兰特太太极力相劝，一场风波才平息下来。
第二天，一行人前往奥德将军的军营。由于车子满员，奥德夫人骑马，有时走到总统旁边。玛丽一看到这个情景，立即大发脾气，“那个女人骑马走在总统身边是什么意思？在我面前，她以为总统要她陪吗？”格兰特太太出面安抚，不料玛丽迁怒于她，“我猜，你自以为会入主白宫，对不对？”格兰特太太说现状远比她期望的高，她很满意。可玛丽不放过她，大声说：“噢，你若有机会，绝不会轻易放过的。”然后她又骂起奥德夫人来。林肯对于夫人的“酷罐子”也没办法，他实在是又气又恨，夹在中间没法解释。林肯作为男人，作为一个大人物，他真的受够了妻子的气，有时他真想逃脱。
五、一声枪响，粉碎了残破的婚姻
1864年11月，林肯再度当选为总统。次年3月4日，他在就职演说中号召人们：“让我们别对任何人心怀怨恨，将慈悲之心广布天下；坚持正义，照上帝的指引行事，努力完成我们的目标；治愈国家创伤，照顾战士和遗孤、寡妇，尽一切力量追求并珍视国内和国际间的永久和平。”在过去的4年中，林肯领导国家度过危机，他先后颁布丁《宅地法》和《解放黑奴宣言》等具有重大历史意义的文件，鼓舞了联邦军队的士气，联邦军队已经开始大举反攻，·节节胜利，南军已溃不成军，末日临头。尽管形势喜人，但林肯一家人的心情并不轻松。玛丽很为丈夫担忧，大选之后，她说：“虽然我们赢得了总统席位，我只是希望结果是另一种。可怜的林肯先生看起来心力交瘁，精疲力竭，我害怕他捱不过下一个四年，”林肯也曾说，“不管战争如何结束，我感到战争结束以后，我是活不了多久的。”或许林肯已有所预感，不祥的影子笼罩着这位伟人。
一个月过后，最后的胜利终于来临，罗伯特·李在阿波马托克斯向格兰特将军投降。然而5天之后，北方兴高采烈的气氛一扫而光，总统林肯被刺身亡。
亲朋好友们时常告诫林肯要注意安全，林肯也很清楚自己处于暗杀的威胁之中，但他毫不畏惧，一笑置之。他在一个大信封上写了“暗杀”二字，里面专装恐吓信。到1S65年3月底，装在这个信封里的恐吓信就有80封之多。林肯对国务卿西华德说；“我知道我处在危险中。但是我不把这些恐吓放在心上。”
林肯似乎预感到要发生什么不幸，他梦到在白宫东厅举行葬礼+守灵的士兵说：“总统被暗杀了，”4月14日傍晚，林肯步行来到陆军部，破天荒地第一次谈起自己被暗杀的可能性，“布鲁克，你知道吗？我相信有人想要杀害我。”“我毫不怀疑，他们会这样干的。”他谈起晚上看戏，说：“既然已经登出广告说我们将去那里，我不能让人民失望。否则我是不去的，我不愿意去。”
晚上8点40分，林肯夫妇和他们邀请的拉斯彭少校及其未婚妻克拉拉·哈里斯小姐来到福特剧院的总统包厢，观看喜剧《我们的美国表亲》。剧场里挤满欢庆胜利的人群，笑声不断。林肯夫妇也被戏剧情节逗得哈哈大笑。第三幕进行中，玛丽靠近丈夫身边，紧紧握着他那瘦骨嶙峋的手，“亲爱的，我靠在你身边，哈里斯小姐会怎么想？”她问。“她不会想什么的，”林肯轻声答道。这对沉浸在幸福中的夫妇，此刻万没想到，死神正向他们伸出罪恶之手。
凶手布斯精心策划了这起暗杀。他乘保卫人员的疏忽溜进总统包厢，对准林肯的后脑开了一枪。子弹射进林肯左耳下方，斜着穿过大脑，留在右眼内。林肯立即倒在地上，从此再也没有清醒过来。玛丽听到枪声，感到丈夫的手在自己的手中痉挛， —声尖叫，晕了厂过去……
等玛丽醒来，丈夫已被拍到附近一家旅馆的床上。她扑在林肯身上．吻他的脸，哭诉她的爱，要他说话，乞求他带自己一起去。黎明时分，玛丽最后一次看着丈夫的脸，“噢，上帝，是我害死了丈夫吗？”她发疯地嚎叫着，到现在才后悔自己给予丈夫的爱太少了，她感到自己对不起林肯，林肯对她太好了。
由于伤势太重，林肯已经不可能生存了，但他还是顽强地熬过了9个小时。凌晨7点，玛丽来和丈夫见最后一面。长子罗伯特和其他几个人也站在床边。罗伯特极力控制着自己，但有两次抑制不住悲伤，大声恸哭起来。7点22分10秒，林肯的心脏顽强地跳动了最后一下。这个与闪电和长虹为伴，在荒野草原长大的人，这个名字与全世界人民争取自由的斗争紧密相联的，与世长辞了。正如陆军部长斯坦顿当时所说：“现在，他属于千秋万代。”
就在林肯被刺的同时，国务卿西华德在床上被刺，生命垂危，全国一片混乱，南方的同情者到处受到围攻。刺杀林肯的凶手约翰·威尔克斯·布斯没有逃脱惩罚。事实证明，他的阴谋对南方、对北方都造成重大损失。林肯曾极力主张宽容地对待南方。现在他的和平计划不可能实施了。
玛丽在床上躺了5天，缩在黑暗的房间里，痛苦地抖动，骇人地尖叫，泪水打湿了床单。罗伯特、泰德、凯克莱太太守在她身边，但无法安慰她。玛丽没有参加丈夫的葬礼，她的精神崩溃了。
当玛丽痛苦地卧在床上时，争夺纪念晶的人洗劫了白宫楼下没有保护的部分，扯下昂贵的装饰品，拉走桌子、台灯，撕下窗帘，甚至在地毯上挖洞。这些暴行被发现后，玛丽被指责偷窃纳税人的财产。
一切都完结了，玛丽带着罗伯特和泰德来到芝加哥，这里没有任何东西能使她想起丈夫。她不敢回忆那可怕的时刻，越来越深地陷入痛苦和孤独之中。她拒绝会见来访者和公开露面，唯有在信中向亲朋好友诉说自己的孤独。
林肯留下83000美元的遗产．兑成现金可达110000美元，平分给妻子和儿子。这本来足够玛丽安度残生的，但她买衣服欠下巨额债务，难以偿还。债权人上门要帐，她对贫穷的恐惧与日俱增。在白宫，玛丽曾幻想共和党人会为她偿债，作为对她丈夫的回报，“他们中成千上万的人在我丈夫的庇护下成为富翁，帮助我摆脱困境是公平的。”她愤愤不平地对凯克莱太太这样说。但是，她错了，共和党人没有替她还债，他们对她的要求感到愤怒。为了还债，玛丽决定卖衣服，结果衣服没卖掉一件，却招来更多的谴责。玛丽给一个亲戚写信，痛苦万分地说；“既使我在这个上帝祝福之国的每个州里都杀人，也不会遭致比这更多的诽滂。这是个不名誉的国家。”
没有人理解她，更没人同情她。荷诺，威尔西·莫罗在她写的《玛丽·托德·林肯传》中说：“随便问一个美国人：‘林肯太太是个怎样的人？’百分之九十九都会回答说，她是个泼妇，祸根，下流的傻瓜，神经病。”这就是她在美国人心目中的形象。
为了逃避公众责难，为了远离能使她想起丈夫的人和地方，玛丽带着泰德到欧洲去旅行，在孤独和病痛中苦熬岁月。