有时候他们的关系甚至会糟糕透顶。每当这样的不愉快发生之后，赫尔顿便会早上七点钟就看到林肯在办公室里，躺在沙发上，眼望着天花板，或是以他的那种方式躺在椅子上，脚搁在窗台上，对赫尔顿的问好只是咕哝着回答一声：“好。”若是赫尔顿出去了，那林肯便会从里面把屋门反锁上；倘若走的是林肯，他就一定是去法庭或是商店里消遣一下，而后再回来，尽管他家离得更近些。中午他却愿意回到办公室来，带回点儿奶酪和饼干，一直呆到晚上，在楼梯道里坐在一个垫子上，跟随便一个路过的人聊天，然后在办公室里一直呆到所有地方都关了门；深夜时分，人们才会看到这个高大的身影慢腾腾地在树下漫步，而后轻轻地向家里走去。
只有一次，林肯似乎对玛丽说出了心里话，但事后他却严厉地谴责了自己。那次，从早晨到中午他一直坐在办公室里沉默不语，帽沿遮着眼睛。到了中午他去给自己买了点儿吃的，开始边吃边向朋友们唠叨：他的妻子刚才的心情准是糟透了，早餐前的一切事情都足以让她发火。开始，林肯还保持沉默，可后来，事情却越来越坏，当他在转身离开后又不得不回去的时候，她对他的再次出现报以那样的蔑视。具体情况他已记不得了，但总之：他把她举起来推进了厨房，把她逼到一个小角落里，就在门口旁，冲着她大声叫喊，全然忘记了人们从街道上就能看得见他们。现在他坐在那儿，谴责着自己的所作所为，不断地说着：“我真该死！”
玛丽对林肯的家人也不好。林肯的继母就住在斯普林菲尔德以外70英里的地方。有一次，林肯想接她来家过圣诞节，遭到玛丽的坚决反对。玛丽看不起林肯的穷亲戚，耻于和他们来往。她从未去探望过林肯的继母，这也令林肯有些恼恨。
玛丽在很多方面都堪称斯普林菲尔德最节俭的主妇，但如果事关门面，她倒是十分奢侈的，按林肯当时的收入还置不起马车，她不但买了一辆，而且以每天下午25美分的价钱雇人为她驾车去拜访朋友。尽管家里穷，她，照样买些昂贵的衣裳，还不顾林肯的反对，重新装饰住宅。对于林肯的抗议，她先发制人，指责林肯没有金钱观念，不会理财，律师费收得很低。的确，当别的律师都靠律师费和投资大发其财时，只有林肯穷困潦倒，政治上似乎也前途暗淡。
现实生活和玛丽少女时代的幻想差距实在太大了，她心比天高，所以觉得一切都不如她意。她把满腔怒火都倾泻在林肯身上，将林肯的毛病从头到脚，指责不休，经常莫名其妙地大发雷霆，弄得林肯抬不起头来。她的凶悍和大嗓门在当地出了名。另一方面，玛丽野心勃勃，不甘心这样生活下去，她要过达官贵人般的生活，因而极力鼓动林肯参加竞选，希望有朝一日出人头地。有人认为，林肯如果娶了别的女人，很可能会过上幸福美满的日子，但不会当总统。林肯是那种思想和行动都四平八稳的人，并不认为自己有多高的才能，而且视功名利禄如粪土。如果不是玛丽的极力鼓动，他很可能就成为一名律师，至多不过是地区性的政治家了此一生而已。
林肯在1843年想争取辉格党提名他为国会议员，可是没有成功。但3年以后，即1846年，终于获得该党提名并当选为国会议员，成为国会里伊利诺斯州议员中唯一的辉格党人。玛丽为丈夫的胜利而高兴，一改往日的阴沉面孔，变得活跃起来。她特地订购一套晚礼服，突击法语，准备到华盛顿大显身手。她信心十足地对林肯的一个年轻崇拜者说：“总有一天，他会当上美国总统，如果没考虑到这一点，我不会嫁给他，你看他长得并不漂亮。然而仔细观察，他不是很像未来的伟大总统吗？”不过，现实很快就给了玛丽当头一棒。林肯太穷，刚到华盛顿时不得不向史蒂芬·道格拉斯借贷。华盛顿的社交圈相当排外，根本不接纳玛丽，她只好呆在家中。不时发作的头疼病和孩子们的打闹声搞得她心烦意乱，情绪坏极了。林肯只汪了一届众议员，因为他谴责美国发动对墨西哥的侵略战争，失去了伊利诺斯州选民的支持。因此，辉格党领袖们决定不再提名他为国会议员候选人。
直到1859年秋，林肯的一些朋友和同事再次酝酿推举他为共和党总统候选人。林肯当时谦虚地认为凭自己的威望难以胜任，不过他还是接受·了到东部发表演讲的邀请。那年林肯的大儿子罗伯特报考哈佛大学落榜，正在新罕布什尔州的菲力普·厄克西特学院补习功课。林肯对儿子的进步非常关心，他接受演讲邀请的一个动机就是去看望儿子。给儿子带去一丝温馨和鼓舞。
演讲地点在纽约市内的库伯俱乐部。林肯以惊人的逻辑性使他的演讲魔术般吸引住每一位听众，最后整个会场爆发出经久不息的掌声。第二天，纽约各家报纸都刊登了演讲稿的全文。新英格兰地区的共和党领袖们都迫不及待地要在他去厄克西特的路上与他会晤。在以后的一个星期里，林肯先后作了8次演讲，赢得了巨大的声誉，这些声誉在以后的竞选活动中起了不可低估的作用。因此，罗伯特一直认为，如果不是他在哈佛大学入学考试中落选，他的父亲那年冬天就不会去纽约和新英格兰地区，因而也许根本不可能会当上总统。事情就是这样凑巧，有偶然性，也有必然性，
1860年5月16日，共和党全国代表大会在芝加哥召开，通过了限制奴隶制扩张的纲领，并一致推举林肯为共和党总统候选人。竞争对手还是那个吏蒂芬·道格拉斯。
道格拉斯在这次较量中，一改初衷，不再像过去那样极力宣扬奴隶制，而是主张妥协，导致民主党分裂成南北两个对立阵营，各自推举候选人。因此道格拉斯已经无力向总统宝座发起冲击，林肯胜券在握。6个月后的一个夜晚，林肯飞跑回家，唤醒梦中的妻子，轻轻地说：“玛丽，玛丽，我们当选了。”
玛丽终于成为总统夫人，她的虚荣心得到了极大的满足。但林肯夫妇面临的局势并不乐观。就在林肯当选的第二天下午，他看到镜巾有两张自己的脸，其中—张是惨白的。他吓了一跳，站起来，幻影消失了，以后幻影又出现两次。玛丽—口咬定这是连任的征兆，那张惨白的脸预示他在第二届任期未满时就会死掉。由于即将卸任的布坎南总统同情南方奴隶主，不同林肯合作，林肯只好眼睁睁地看着形势一步步恶化。南部11州相继退出联邦，招兵买马，1861年2月4日组成独立的“南部渚州同盟”，一场严重的内乱迫在眉睫。林肯寝食不安，体重锐减。
1861年2月，林肯——家乘专列赴华盛顿。许多人来到铁路边欢迎专刊。每到一站，林肯都到车后部的平台同选民见面。但玛丽很少露面，众人要求见玛丽，林肯说他不能把她劝出来。实际上，林肯从来没能说服玛丽做她不想做的事。
林肯在斯普林菲尔德时就收到几十封画有绞架和刀剑的信，每一封都威胁要取他的性命。在巴尔的摩，又发现一起刺杀林肯的阴谋。林肯只好带一名随从在夜里秘密通过敌对城市，玛丽则带着孩子随后乘专列赶路。抵达华盛顿后，更多的恐吓信接踵而来。就职典礼戒备森严，如临大敌，很多人不敢前来参加。不少人预言，林肯不会活着走出白宫。
1861年4月12日，叛军开始炮击萨姆特要塞，挑起内战。战争初期，联邦军队节节失利，叛军兵临城下，形势十分危急。林肯夜以继日地工作，承受着难以想像的巨大压力。在处理繁杂公务之余，他还要为妻子操心，如果不是因为他具有非凡的毅力，恐怕很快就会崩溃了。有人认为，林肯之所以能有如此坚韧的毅力，能挑起如此难以置信的重担，是因为在同妻子长年冲突中锻炼的结果；还有人说林肯由于婚姻不幸，把他全部的爱都奉献给了大众，作为对个人缺憾的补偿。这未免过于牵强。其实林肯结婚以前，西部荒野中的生活已经赋予他所有这些美德。在日常生活中，玛丽总是令林肯大伤脑筋。头疼病迫使她经常卧床休息，她的脾气变得莫名其妙、不可控制。曾有人看到她手执尖刀在院子里追逐丈夫，还有人看到她躺在地板上，非要丈夫允诺任命几个朋友，否则就不起来。她非常害怕打雷，因此林肯一看到要下雷雨，就赶快回家安慰她。她还疑心有人要伤害她的孩子。她的病太深了，几乎令人无法忍受。
更为糟糕的是，玛丽生长在南方，所以有人怀疑她与南方有染，协助间谍活动，虽然这是毫无根据的。除了首都，其它地方的人也都知道，总统夫人的兄弟和亲戚都在叛军中任职。军队的士兵也瞎编了一些针对她的歌谣，捏造了一些她和情人们的故事；人们还把她的名字和杰斐逊。戴维斯相提并论。由于人们的这种情绪，她自然感觉自己和北方人民形同陌路，难以接近，这和林肯的感觉大不相同。
其实，即便听到自己的兄弟在南军中阵亡的消息，玛丽也不能表示悲切。就在维克斯堡一役中，她的二哥中弹身亡，南方州的城市也陷落了，她却必须要表示喜悦；而后，她丈夫在战场上取得的第三次胜利又把她南军中的另一个兄弟送进了坟墓；紧接着，她的妹夫也阵亡了——就是她的这个妹夫，当初林肯曾劝他留在北方，而他却拂袖而去，毅然加入了南方阵营。后来，就是他的遗孀，玛丽同父异母的妹妹要到肯塔基州探望母亲，虽然格兰特将军马上就给她签发了通行证，但她却坚持拒绝宣誓。林肯不得不发封电报说：“把她送到我这儿来！”于是，她来到了华盛顿，南北作战三年之后，在痛失了三个兄弟之后，又和姐姐见了面。最后，虽然她没有发誓，林肯也放她来了北方。
然而，次年夏天，玛丽在肯塔基州的行为却引起了人们的怀疑，于是林肯马上电告那里的驻军总司令：“我今天听说，你想逮捕赫尔姆夫人，但是，因为她出示了我给她的公文而未果。对她在肯塔基不忠于联邦的所作所为，我丝毫没有袒护之意。如果我给她的公文被滥用了，那就请你酌情撤销此公文吧！请像对待其他人一样处理她吧！”
玛丽的另一个姐妹也从林肯这儿拿到了通行证，但不久后就有人指控说她在凭借此证私运货物。为此，玛丽和她断绝了往来，林肯也拒绝再次接见她。当她变本加厉，又在下榻的旅馆里为南方鸣不平时，林肯派人捎信去说：“如果她不在二十四小时内离开华盛顿，那她就会被关进议会大厦的监狱。”