公元二十六年正月，赤眉军前脚离开长安，邓禹后脚跟进，不费一兵一卒，顺利收复长安。然而此时的长安，已是断垣残壁，满目疮痍，邓禹见城中已不可留居，只得驻军于城外昆明池。
长安收复，旧都光复，邓禹的声望随之也到达了一生的巅峰。然而日中则移，月满则亏。邓禹巅峰之后，便开始霉运连连，只剩下坡路可走。
要说邓禹倒霉的源头，还得先从汉中王刘嘉说起。
汉中原是本土豪杰延岑的地盘，刘嘉被刘玄封为汉中王之后，就国汉中，收降延岑，以南郑为都城，众达数十万。公元二十六年二月，延岑率众而叛，反攻刘嘉，围南郑，刘嘉败走。
延岑乘胜进兵武都，意欲一举平定汉中。盘踞于武都的，乃是更始皇帝刘玄的一支残余武装——柱功侯李宝。李宝大败延岑，延岑败走，引兵北入散关，进入关中，屯兵陈仓。
刘嘉败逃之后，收拾散卒，凑得数万人，又与李宝合兵，以李宝为相。刘嘉置汉中安危于不顾，一心要寻延岑复仇，尽起兵众，追击延岑，一路追入关中，至陈仓，大败延岑。
刘嘉和延岑皆入关中，汉中空虚无主，蜀帝公孙述趁机遣大将侯丹攻克南郑，吞并汉中全境。
刘嘉见汉中根据地失守，火速回军，与侯丹大战，大败。刘嘉既失汉中，无奈之下，只得重返关中。
至此，战乱频仍的关中，又挤进来了两支强大的流浪武装——刘嘉、延岑。
延岑自从被刘嘉击败之后，率众向东转移，屯于蓝田，离长安仅有百里。邓禹大喜，以为是送上门来的软柿子，不捏白不捏，遣大军前往蓝田，大战延岑。
然而，邓禹远远低估了延岑的战斗力。两军交战，邓禹大败，退保长安。延岑并不穷追猛打，而是进兵杜陵，休养士卒不提。
邓禹的噩梦这才刚刚开始。接着又有赤眉军的卷土重来。
赤眉军离开长安之后，一路横行，望风披靡。然而，一旦西入天水，便遭遇到割据西北的军阀隗嚣。隗嚣经营西北已久，兵强马壮，正愁没仗打，面对号称百战百胜的赤眉军，丝毫不惧，亲率大军迎击。赤眉军大败，落荒而逃。隗嚣不依不饶，一路狂追，连战连胜，一直追至乌氏、泾阳，这才收兵而返。
和隗嚣一战，乃是赤眉军在关中的首次败仗，又连遭隗嚣追杀，心态已成惊弓之鸟。即使隗嚣已经收兵，赤眉军依然恐慌不止，继续狂逃。逃至阳城，天降大雪，深坑巨谷，皆为大雪填满。赤眉军士卒平时只知道抢金银珠宝，却忘了多抢些衣服，近半数士卒活活冻死，然而也顾不上掩埋，弃尸原地，余众继续往长安玩命地奔逃。
长安之西及之北，乃西汉历代皇帝陵寝，计有汉高祖刘邦与吕后合葬之长陵、汉惠帝之安陵、汉景帝之阳陵、汉武帝之茂陵、汉昭帝之平陵，等等。
赤眉军回军长安，途经以上陵寝，刚刚死里逃生，马上贪念再起，开始大肆挖掘皇陵，盗取宝货。
邓禹自从被延岑击败之后，士卒厌战，加以粮食匮乏，士气越发低落。邓禹在长安休兵养卒，再也不敢主动发起进攻，只想守住长安即可。然而，赤眉军挖掘西汉皇陵，邓禹却又不得不救。皇陵中埋葬的都是刘秀的祖宗，邓禹如果坐视赤眉军挖开这些皇陵，日后根本无法向刘秀交代，不得已，邓禹只得率领疲惫不堪的士卒，硬着头皮向赤眉军开战。
赤眉军虽然已是元气大伤，无奈邓禹同样也是士卒饥疲，军粮断绝，每人每天只能吃到一小把枣菜。两军交战，邓禹再度大败，长安已是空城，逃回长安已无意义，邓禹无奈率败军向西退入云阳，休养兵马，寻找食物。
邓禹一去，赤眉军发掘皇陵再无阻挠，想咋挖就咋挖。
西汉盛行厚葬，皇帝陵寝的财宝之多，更是骇人听闻。以汉武帝的茂陵为例，汉武帝每年抽出天下贡赋的三分之一用来修陵，前后修建时间长达五十三年，其奢侈富丽可想而知，等汉武帝正式下葬时，高十四丈、方一百四十丈的巨大陵寝，早已填满奇珍异宝，无复容物。
赤眉军挖陵盗宝，已是大罪恶，随后更有一兽行，尤其令人发指。
按照西汉葬仪，凡帝王皇后下葬，皆身着金缕玉衣。按照古人的迷信观念，认为金缕玉衣有一种神奇的法力，可保肉体长存不朽。赤眉军挖开诸陵之后，竟亲眼见证了这种神奇，但凡裹有金缕玉衣的尸体，无不栩栩如生，除了眼睛闭着之外，几乎就是活人。
皇帝们是男人，派不上用场，点一把火，烧成灰拉倒。至于随葬的皇后贵妃，包括著名的吕后在内，则依然残存着生前的美丽，撩拨得赤眉军兵士们大发兽欲，轮番上前奸尸，凌辱发泄。
这些坟墓中的皇帝皇后和贵妃们，生前何等尊贵，凌驾于众生之上，要风得风，要雨得雨，死后却沦落到如此下场，任人摆布蹂躏，男的被挫骨扬灰，女的供奸淫泄欲。读史至此，可为长叹。
吾族礼仪之邦，素以孝道标榜，慎终追远，崇敬祖宗，所谓事死如事生是也。但问题也就出在这孝道上，所有的孝，只是针对自家祖宗而言。自家的祖宗，当然得神位高供，四时祭拜，至于别人的祖宗嘛，那跟咱就没任何关系了，想挖就挖，想烧就烧。
呜呼赤眉军，与其说他们丧心病狂，不如说他们再无敬畏之心。他们连自己的生命都不在意，又怎能奢望他们对生者保持起码的怜悯，对逝者保持起码的尊敬？
公元二十六年九月，赤眉军挖完诸陵，重返长安。而随着赤眉军的重返，长安周边的局势越发错综复杂，各阵营之间，立即又展开了一通眼花缭乱的混战！
延岑屯兵杜陵，并没招谁惹谁，然而赤眉军就是看他不顺眼，遣大将逄安领大军十余万人前往攻打。
刘嘉屯兵谷口，同样也乖得很，赤眉军却同样看他不顺眼，遣廖湛领兵十八万，前往讨剿。
赤眉军精兵尽出，长安城中只剩下皇帝刘盆子和少量羸兵弱卒留守。邓禹大喜，捡漏儿的时机到了，不仅可以趁机收复长安，更能一举俘获刘盆子，于是发兵来攻长安。谢禄率师回救，与邓禹夜战于长安城中。邓禹偷鸡未遂，再度败走。
更让邓禹羞愧难当的是，赤眉军同时三线作战，只有在他身上尝到了胜利的快感，而在其余两条战线，赤眉军则被延岑和刘嘉揍得极为凄惨。
逄安攻延岑，先胜后败，死者十余万，逄安率数千残众逃归长安。
廖湛讨刘嘉，刘嘉大发神威，阵前亲手斩杀廖湛，余众溃散。
赤眉军连遭惨败，再也不敢招惹军阀，只得重操旧业，鱼肉孤苦百姓，继续以抢掠为生。然而，托他们自己的福，三辅早已被他们糟蹋得千疮百孔，白骨蔽野，城郭皆空，幸存者则聚为营保，坚守不下。赤眉军连日搜刮，一无所获，只得开始谋划东归。
刘嘉大胜廖湛，但自己也损失惨重，军中粮荒又日紧一日，彷徨在关中大地，不知该何去何从。刘秀听闻，遣使命邓禹招降刘嘉。
邓禹修书劝降刘嘉。刘嘉接书，聚众商议。李宝力主拥兵自守，且观成败。来歙怒斥李宝道：“文叔羽翼已成，必得天下，何观望之有！”
来歙，既是刘秀的表哥，也是刘嘉的大舅佬。刘嘉为汉中王，来歙随行至汉中，常在刘嘉左右，最见信用。
刘嘉闻来歙之言，叹道：“汉中已失，退无归处。今客居关中，士卒疲惫，终非长久之计。文叔与我，亲如骨肉。骨肉相残，我心何忍！不如降。”
刘嘉率众入云阳，归降邓禹。李宝虽随刘嘉而降，自恃手握雄兵，心犹不甘，倨慢无礼，浑不将邓禹放在眼里。邓禹近来诸事不顺，心中正烦躁不堪，见李宝狂妄嚣张，大怒，收而斩之。
李宝之弟李艮见长兄被杀，岂肯甘休，收李宝之军，趁夜突袭邓禹。邓禹猝不及防，仓促应战，战至天明，这才勉强击退李艮，清点部众，死伤逾万，大将耿也不幸阵亡。耿，耿纯之弟也。
此战过后，邓禹的威望一落千丈。邓禹刚到关中之时，关中百姓无不将他视为救星，都指望着他可以保土安民，还关中以太平。结果，邓禹先后被延岑、赤眉军暴揍，几无还手之力，内部又接连内讧，军纪已无从谈起。关中百姓从此对邓禹彻底死了心，靠邓禹不如靠自己，各郡县大姓于是皆各拥兵众，以武力自保，谁的号令也不听从。
必须承认，关中局势已经被邓禹完全搞砸。就连一贯力挺邓禹的刘秀，至此也终于对邓禹失去了耐心，诏令邓禹尽快回洛阳复命，同时任命冯异为关中主帅，拜征西大将军，接替邓禹。
在刘秀的嫡系之中，冯异的地位仅次于邓禹，邓禹失职，冯异顶上，可谓是众望所归。刘秀亲送冯异至河南，赐以天子乘舆及七尺玉具剑，面授方略道：“三辅先遭王莽、更始之乱，后又罹赤眉军、延岑之酷，百姓涂炭，无所依诉。今之征伐，不必强求略地屠城，重在平定安集。诸将非不健斗，然好掳掠。卿本能御吏士，念自修敕，无为郡县所苦。”冯异顿首受命，引兵进发关中。