然后，大家取出天皇神器，正式拥立义良亲王继位，即日本第九十七代天皇——后村上天皇。后村上天皇处境堪怜，除了楠正行，就剩一个老臣北畠亲房全心全意支持他了。北畠亲房有智有谋，后醍醐天皇生前，就是他提议将所有的皇子外派出去同足利尊氏作斗争，分散足利尊氏的兵力。他培养了一个好儿子，北畠显家，武功高强，作战勇敢，曾多次打败足利尊氏的军队，后来因为轻敌，在石津滨作战时阵亡。但是他没有心灰意冷，他护同义良亲王前往东国，试图巩固在东国的根据地，不料，台风来袭，他们乘坐的船被毁，义良亲王只好又折回了吉野，而他则赶了一次时髦，漂流了一把，还好，没漂到非洲去，而是漂到了目的地的附近。
于是，他就在那里展开了游说，一说就是好几年，可能精诚所至吧，一些豪族被他说过来了，可惜好景不长，就被足利尊氏给破坏掉了。他只好又回到吉野，全心全意辅佐小天皇，并出了两本天皇读物，《神皇正统记》和《职原抄》，从各方面教导小天皇如何执政。当然，足利尊氏这边也没闲着，他拥立的北朝第二代天皇光明天皇，终于满足了他的野心，一上任就封他为征夷大将军。做上了征夷大将军，就有资格建立幕府，这是足利家族多少年的愿望。之后，足利尊氏就在他京都的宅子里设置幕府，因为他的宅子处在一条叫“室町”的巷子里，所以后人将足利尊氏后人统治的时期称为室町时代。足利尊氏将大权划分为文、武两大部分。武事由他自己决断，而文事则由他弟弟足利直义负责。
足利直义大家都不陌生了，就是当初监押并杀害护良亲王的人。足利尊氏对足利直义非常信任，但是足利尊氏手下的两个兄弟，高师泰和高师直，却对足利直义不满。高师直为足利尊氏立下了汗马功劳。当初足利尊氏背叛北条氏，是他带兵攻下了六波罗府；后来足利尊氏同后醍醐天皇翻脸，又是他任先锋，并杀死了北畠亲房的儿子北畠显家，重挫后醍醐天皇军的锐气。而他的兄弟高师泰也不简单，是足利尊氏的侍所总管，所有武士的赏罚都由他评定。所以，两兄弟的气焰极其嚣张，除了足利尊氏，谁都不放在眼里。并且高师直简直就是个色魔，只要他看上的女人，休想逃出他的手掌心。天皇公主、摄政千金都被他睡过，并且还给他生下了孩子。他也好人妻这口。
有一次，他无意看见了同事盐谷高贞的老婆，立刻“酥了半边儿”，想同人家共赴巫山云雨，但人家誓死不从。高师直便给盐谷高贞安了罪名，盐谷高贞连夜带着全家逃跑，但还是让高师直派人给追上，把他老婆强行带走了。他老婆不甘受辱，在回去的路上自尽，盐谷高贞闻知后也自杀殉情。京都被高氏兄弟搅得乌烟瘴气，人心开始向南朝足利直义倾斜。南朝还很年轻，除了老臣北畠亲房，任职的都是些后生小辈。
年轻人沉不住气，尤其是楠正行，年轻气盛，急于建功立业，但是他有勇无谋，说白了就是一根筋，作战打仗不讲究任何策略，只管打就是了。单凭这股勇劲，楠正行一开始倒夺取了几座城池，威胁到了京都的安危，足利尊氏便派高师直率大军来迎战。楠正行没有留得青山在、不怕没柴烧的觉悟，决心要与高师直拼个你死我活。他带着一小股人马冲到了高师直的阵前，大概是想杀了主将，敌军就会不战自败，所以他到处找高师直。对方主将没找到自己竟被万箭穿身了，不过，他生命力极顽强，都如此了还没有死，但是也打不动了，最后与他的兄弟相向对刺而死。高师直打了胜仗更骄狂了，他乘胜带兵杀向南朝的都城吉野，一路烧杀抢掠，连日本圣地圣德太子庙都烧了，并剥了圣德太子像的金衣，又纵火焚毁了天皇宫殿，可怜南朝辛苦经营多年的吉野一夜之间化为一堆破砖乱瓦。圣德太子是日本人民的精神偶像，也是天皇威严的象征。可是如今，天皇已沦为权力的玩物，那些拿刀的武士才是日本真正的主宰。
有个武士将领在大街上遇见了光严院（光严上皇）的御驾，卫士们高呼让路，这将领不但不让还高呼嘲笑说：“是院驾还是犬驾（日语中‘院’和‘犬’读音相近）？如果是犬驾，我就要射他一箭。”说完当真拉弓放了一箭，其他武士也一拥而上，扯掉了院驾的车帘，把上皇侍从揍了一顿。真是拔了毛的凤凰不如鸡呀！再说高氏兄弟，得胜回到京都后，更加不可一世，连带他们的亲戚都狗仗人势。一天，光明天皇、光严上皇从天台座主家里出来，正好碰上一群年轻人在此打猎。这些年轻人见了天皇圣驾，不但不恭迎，反而把天皇侍从暴打了一顿，还顺手掠走了寺里的宝物，临走又放一把火。寺僧们告到足利直义那里，要求对这些人处以极刑，但是这些人是高氏兄弟的亲戚，最后只判处主犯充军，而这些人却一路纵酒行乐，好不逍遥快活。
足利直义对高氏兄弟深恶痛绝，忍无可忍，就请求足利尊氏免去了高师直的“执事”职位。高师直岂能善罢甘休？他带人就杀到了足利直义家里，幸亏足利直义反应快，赶忙跑到足利尊氏那里避难。高师直又带人将足利尊氏的宅邸围住，要求足利尊氏杀掉足利直义的亲信宠臣，足利尊氏好说歹说，双方才达成了一致意见：恢复高师直的官位，免去足利直义的职务，把足利直义的几个亲信充军。足利直义失势，只好落发当了和尚。不过，高氏兄弟仍旧不想放过他，一直在找机会除掉他。足利直义有个养子，叫足利义冬，其实是足利尊氏的庶子，因为不得宠被足利尊氏送去出家，但足利义冬从寺里逃了出来，沦落街头，后来被足利直义收留。他在九州岛娶了一个当地土豪的女儿，势力逐渐庞大，附近的十四郡的豪族都起来响应他。
足利尊氏坐不住了，他派高氏兄弟去剿灭这个不喜欢的儿子。高氏兄弟在出征的同时，想顺手把足利直义也给做掉，足利直义听到风紧，一撒腿又溜掉了，这次他没再躲到足利尊氏那里，而是直接跑到了南朝。不过，北畠亲房信不过足利直义，就命足利直义率兵去攻打京都，足利直义没办法，只好奉命而行。然而，京都附近的武将都曾是足利直义的老部下，听说足利直义来了，立马临阵倒戈，帮着南朝军攻陷了京都。足利尊氏本来正领兵去打儿子，这时急忙掉过头来与南朝军对敌。可是高氏兄弟恶贯满盈，没有武士愿意替他们去卖命，军心涣散，被南朝军打得落花流水。足利尊氏一看局面对自己不利，忙派人与足利直义讲和，足利直义很痛快地答应了，但高氏兄弟死罪可免活罪难逃，必须出家赎罪。高氏兄弟仇家遍地，一旦失势怎么可能还会全身而退？