全家被杀了个鸡犬不留。足利兄弟的兄弟情已经不可弥合，足利尊氏向来诡诈，借机脱离了足利直义的控制。足利直义怕受到足利尊氏的夹击，也带兵脱离了南朝。虽说是亲兄弟，但足利直义远比不上他老哥奸猾。足利尊氏假装投降南朝，而且无条件投降，自愿解散幕府，另外他还请求替南朝去攻打足利直义。北畠亲房急于统一南北，就答应了足利尊氏的请求。论打仗，足利尊氏比足利直义强得多。足利直义很快就抵挡不住，率军投降，两兄弟好像又重归于好。但实际上，两人的兄弟情早已荡然无存。一个多月后，足利直义突然暴死，据《太平记》记载：表面上是得了黄疸病，实际上是被鸩死的。
这才是足利尊氏的作风，亲兄弟明算账。和平才是硬道理——南北媾和南朝老臣北畠亲房虽说也是老谋深算，但是论起老奸巨猾，还得是足利尊氏。足利直义死后，北畠亲房觉得不对劲，这才明白足利尊氏是诈降。其实背叛这回事，要怪就怪北畠亲房过于轻信，竟然会对足利尊氏抱有幻想。北畠亲房赶忙采取补救措施，他立刻发动南朝将领，将足利尊氏在京都的势力彻底清除。可是，为时已晚，足利尊氏的实力已经坐大，只可惜千年古都京都成了双方的必争之地，昔日繁华锦绣的亭台楼阁全成了断壁残垣。持续不断的争战，让双方的人马都疲惫不堪，而且人心不稳。所谓忠诚被抛到历史的垃圾堆，卖主求荣成了乱世的生存法则。
只要肯背叛就会大有好处，足利尊氏不就是这方面的楷模吗？所以，作战的武士们不再是为主人、为义作战，而是为“利”作战，谁给好处就给谁卖命。足利尊氏手下有一对叫山名时氏和山名师义的父子，追随足利尊氏几十年了，也立了不少战功。有一次作战时，足利尊氏许诺将若狭的一座庄园赏给山名师义，可赏赐令还没下来，又出现了战乱，山名师义便跟着足利尊氏再去战斗。想象着那座漂亮气派的庄园，里面再养几个美丽漂亮的女人，山名师义做梦都会笑醒。最后仗打赢了，山名师义满心欢喜，等着足利尊氏将庄园赏赐给自己，哪知足利尊氏好像“忘记”了这回事，庄园没他的份了。山名师义不死心，又托人去给足利尊氏提个醒，谁知足利尊氏还是不给。山名师义满腔怒火带人回到了自己家乡，把情况告诉了父亲山名时氏。山名时氏一听也是火冒三丈，辛辛苦苦几十年，连个庄园都舍不得给，谁还替你卖命？父子俩一合计，决定带着人马投奔南朝了。投奔了南朝后不久，山名父子联同楠正仪（楠正行之弟），攻陷了京都，俘虏了北朝的几位上皇和光明天皇。
足利尊氏想发兵讨伐，可是天皇、上皇都没了，师出无名，正发愁的时候，他儿子足利义铨找到了一条漏网之鱼，光严上皇的二儿子弥仁亲王，足利义铨赶紧把他弄出来立为新天皇，称后光严天皇，然后再以天皇的名义发兵攻打京都，竟将京都又夺了回来。不久，山名父子伙同足利义冬又杀入京都，赶跑了足利尊氏、足利义铨父子。两个月后，足利尊氏又将京都夺回。如此反复多次，双方的人马都极度疲劳，士气都十分低落。就在这期间，南朝的老臣、主心骨北畠亲房病逝了，这对南朝来说是个极大的损失。他死后，南朝的统一计划没人主持了。当然，这对足利尊氏来说是个好消息，但盘踞在九州岛的足利义冬成为了他的心腹大患。他在京都休整了一段时间后，一边派人假意和南朝谈和，一边调兵遣将，等和南朝达成停战协议时，就立刻决定动手收拾自己的儿子足利义冬。可就在足利尊氏出征前夕，因旧病复发，不治而亡。
他的儿子足利义铨承袭了他的征夷大将军之位。南朝闻知足利尊氏的死讯，个个摩拳擦掌，准备去大抢一场。足利义铨领兵来战，攻下了赤坂城，足利义铨有心言和，就派人联系了据守金刚山的楠正仪。楠正仪也是主和派，觉得应该以和为贵，双方就和平问题进行了秘密磋商。磋商了两年，总算达成了一定的共识，就差最后一个步骤了。最后，后村上天皇正式派人到京都讲和，但是他给足利义铨的圣旨里用了“降伏”两个字，这可把足利义铨惹毛了，他立刻翻脸，以前的和平协议全部作废。楠正仪企图重新与足利义铨修好，但足利义铨不久就一病而亡，和谈无望。而南朝这边，后村上天皇几个月后也病死了，新上任的长庆天皇对楠正仪不太重用，朝臣们对楠正仪的所作所为也不理解，对他冷言讥讽。所以，楠正仪在南朝的处境越来越艰难，有一种被孤立的感觉。此情此景，叫楠正仪情可以堪？极度的失望让他对南北和谈失去了信心。
足利义铨死后，他的长子足利义满承袭了征夷大将军之位，时年 岁，由管领细川赖之辅佐。细川赖之本是足利氏的同族，军事才能突出，立有战功，之后仕途顺利，节节攀升，最终成为幕府执事，深得足利义铨的信任。足利义诠临终前，也把年幼的儿子足利义满托付给了他。细川赖之虽然是一员武将，但酷爱读书，擅长谋略，兴之所至还能吟诗作赋，大有儒士之风。与那些举止粗鲁，只会挥刀子砍人或被人砍的武将有天壤之别。日本久经战乱，细川赖之恩威并施，收服了那些不服气的老将，慢慢将日本重新安定下来，为足利幕府的兴旺作出了巨大贡献。当前更重要的是，细川赖之也是主和派，反对这种无休无止、无意义的战争，这与一心想实现和平统一的楠正仪不谋而合。
其实，细川赖之和楠正仪早就认识，两人情投意合，惺惺相惜，聊得十分投机。正好此时楠正仪在南朝郁郁不得志，十分苦恼，听说老朋友在幕府混得不错，就暗中与细川赖之取得了联系，并当机立断，脱离南朝投入了足利氏的怀抱。南朝越发弱势了。时间飞逝，二十多年过去了，当年后醍醐天皇安插在全国各地，同足利氏斗争的几位皇子一个个相继去世了。并且，在这二十多年中，足利义满南征北讨，平定了那些雄踞一方、不服指挥的“乱党”，又实行“怀柔”政策，民心大为安定，为南北和谈创造了条件。南朝主战的长庆天皇禅位于后龟山天皇，南朝主和派又占了上风。
而北朝这边，此前一年，后圆融天皇也禅位给了后小松天皇。足利义满就想统一南北，如今条件成熟，他就与南朝提出了和平谈判。经过几番谈判下来，达成了以下协议：一、南朝交出天皇神器，南朝后龟山天皇让位于北朝后小松天皇；二、和谈后，恢复两统交替为帝的惯例；三、天皇庄园的收入归北朝，其他地方的收入归南朝。就这样，南北朝表面上算是完成了统一。后龟山天皇兴冲冲地带着天皇神器来到了京都，完成了三条协议中的第一条，但是足利义满却拒不履行后两条，南朝君臣这才发觉受骗，异常愤慨。后龟山天皇怕留在京都会遭足利义满的毒手，就潜逃回了吉野。此后，南朝皇室后裔为了恢复旧业，又断断续续进行了将近半个世纪的抗争。