菲茨·罗伊彬彬有礼、热情而又坦率，达尔文很喜欢这个人。菲茨·罗伊告诉达尔文，如果你同意这次和我们一起航行，你得注意以下几个问题。我们一行人将会一起长期住在军舰上，要同舟共济，不能对这个不满，对那个也不满。我带了一些书，没事的时候，你可以看看；船舱里有各种用具和武器，这些你都可以使用；他告诉达尔文说，伙食很简单，也没有酒，建议达尔文同他一起用餐；主要的问题是，军舰很小，住处很挤。之后，他又对达尔文说了一些在舰上的各种不方便之处，之所以提前对你说，是怕你以后抱怨。最后，菲茨·罗伊补充道：“刚才我说的这些问题，你考虑一下，看看能不能克服。如果您觉得没问题的话，我们就算达成了协议；如果您不同意，那我们再找别人。”
随后，他们转移了话题，谈起了航行的航线的问题，还有就是从这次旅行中，达尔文将能得到什么收获的问题。菲茨·罗伊说：“一路上会遇到许多艰难险阻和考验，但你也会遇到许多有意义的事或动植物。总之，这次航行对你来说绝对值得。”
海军部决定，这次航海计划只是勘察南美洲和火地岛海岸。这令达尔文听了多少有些遗憾，达尔文所梦寐以求的是环球旅行。菲茨·罗伊个人也赞成环球旅行的计划，此事他已经向海军部提交了申请，但还没有得到答复。如果环球旅行能够批准，达尔文就着手安排旅行计划。
达尔文问菲茨·罗伊大概得多少费用，他回答说，不需要很多钱，一年的伙食费三十英镑，加上全部装备的费用，大概不会超过五百英镑。菲茨·罗伊还向他担保说，假如你受不了海上的颠簸，随时都可以回来，因为一路上经常碰到回程的船舶。值得一提的是，达尔文在测量期间，有权在岸上进行搜集各类标本的活动，还有权留用一艘小船。
接下来，达尔文便开始忙着准备航海所需的物品。在汉斯罗的推荐下，达尔文去拜访了伦敦的几位旅行家，请教他们该带些什么。菲茨·罗伊却劝他只带必需的衣服和东西就行，能不带的东西尽量少带，达尔文表示同意，准备听从他的劝告。但同时，菲茨·罗伊却劝他买一箱手枪，这项开支大概需要花六十英镑，他说，如果没有手枪就不能到岸上去。这一笔开支令达尔文很是不解和无奈，但他还是花了五十英镑买了一支极品背枪和一箱好手枪。此外，他还花了五英镑，买了望远镜和指南针。在购买火器上，菲茨·罗伊比达尔文出手大方多了，花了超过四百英镑。同时达尔文还委托姐姐苏珊娜，让她把他的一些用品寄来，包括旅行用的地质指南针、显微镜、几件衬衫、鞋子、一些西班牙书籍等。
出发前，达尔文去参观了“贝格尔”号。“贝格尔”号很小，这让他很是惊讶。它是一艘军舰，排水量只有二百三十五吨。达尔文不禁对这艘小军舰的安全性表示担忧，后来证明，这种担忧没有必要。在环球航行中，它不辱使命，多次经受住狂风暴雨的袭击。
菲茨·罗伊舰长才二十三岁，是位矮个子的年轻人，黑黑的皮肤，长得很漂亮。他给达尔文留下非常好的初步印象。他人虽年轻，出海经历却很丰富，1826～1830年，他乘坐这艘“贝格尔”号，对火地岛沿岸完成了勘察工作。“贝格尔”号上的军官和水兵都愿意同他一起再次出航，这也充分说明了众人对他的信任。
菲茨·罗伊在这艘军舰上领导勘察工作，除了他之外，船上还有这些人：他的助手斯托克斯，两个尉官——季·韦克姆和布·谢利万，一名医生，十名军官，一名水手长，四十二名水兵和八名少年见习水手。斯托克斯坐在一张大桌子旁，主要协助菲茨·罗伊一起进行绘图工作，达尔文工作的地方也在这张桌子旁。此外，舰上还有一位美术家和一位绘图员埃尔德，一个专门看管仪表、天文钟和其他仪器的人，一名曾去过火地岛的传教士，还有三名火地岛人。上次航海时，菲茨·罗伊将这三个火地岛人带到了英国，他们这次要返回故乡。
达尔文准备行装的同时，还抽时间学如何确定地方的经度和纬度。有一次，他上街买东西时，发现所有的店铺都停业了，一问才知道，原来是在举行国王加冕典礼仪式。英国有规定，每逢举行这种仪式时，店铺一律停业。达尔文随着人众，也观看了这种仪式。达尔文惊奇地发现，看到国王时，民众并没有兴奋和热情。他后来向姐姐苏珊娜说起过此事，他认为，这种加冕典礼如果在五十年后举行的话，估计都没人看了。
“贝格尔”号原本打算十月底起航，但起航日期不断被推迟。原因是，经过第一次探险后，“贝格尔”号需要修理。这只军舰已经破烂不堪，需要重新改造：首先，抬高上层甲板，这样在风浪中，它会变得安全可靠些；不仅如此，甲板抬高了，下面也腾出了更多的地方，可以住人和堆放食品。其次，加固船底，这样的话，船会变得更坚固。
达尔文十月份来到“贝格尔”号的停放地——普利茅斯，修船已进入尾声，船员们正忙着修船舱、刷油漆等。
达尔文在等待出发的时候，经常和这些军官和海军准尉们一起吃饭，慢慢地彼此熟识了。天好的时候，在普利茅斯近郊外，他有时候同斯托克斯去散步，一起测量了太阳高度。在阴雨绵绵这样恶劣的天气下，达尔文就躲在家里读书。有时候，他同物理学家哈里森和鱼类学家汉密尔顿·斯密特在一起；也和菲茨·罗伊在一起消磨时间，同他和水兵们一起作一些磁性观测，或同他们一起用餐。
11月12日，“贝格尔”号上所有物品收拾停当，所有甲板也已经清扫干净，油漆粉刷完毕，终于快到航行的日子了。
11月23日，下午一点，“贝格尔”号扬帆起航，从停泊处向前行驶约一英里，换了个地方停泊，在这里又停了一些日子。
在这些日子里，达尔文开始收拾自己和斯托克斯在航行时同住的船舱，没事的时候在附近散步。由于航行时睡觉的地方不够，所以每天晚上都得搭起吊床，达尔文还学了怎样一下子跳上吊床的本领。
终于一切准备就绪，只等起航。但“贝格尔”号还是没启动，这次是因为逆风，一个劲地刮个不停。达尔文的情绪随着起航日期的一拖再拖开始低落下来，恶劣的天气让他感到愁闷和沮丧，他不禁开始想家人，想到一去就是三年，感到有些失落。因为情绪不高，那段等待的时间让他甚至以为自己是不是病了。
12月10日，军舰终于起航出海了。行驶中的船摇摇晃晃的，这让达尔文感到十分不舒服。他很快还发现了自己的一个问题：晕船。
傍晚，海面突然刮起大风暴。迫不得已，“贝格尔”号第二天早晨又返航回到了它的停泊处。达尔文受到风暴和晕船的折磨，感觉全身没有一丝力气，他努力在海岸上散了一会儿步，才觉得恢复了一些元气。
利用这次停泊的时间，达尔文制订了航海时的计划，并把这些计划写进了《航海日记》。这是个宏大的规划：考察和阅读自然史的“各个领域”，搜集收集品，观察气象，学习数学、西班牙语、德语和少量的古典语，星期天读希腊语《圣经》，无聊的时候读点英语书。在剑桥时，他也制订了一个比这还庞大的规划，但后来都没能实现。这次的规划后来都实现了，只有学习数学和阅读希腊文《圣经》他没能做到。
逆风天天刮来刮去，也不知道什么时候可以开始第二次起航。
12月21日，“贝格尔”号第二次出海，经过德霍克岛时，军舰触礁了，在岛上停了半个小时后驶进了公海。达尔文因为晕船，一直睡到第二天早晨，醒来后有人告诉他，由于风向改变，“贝格尔”号又返航回到了普利茅斯停泊处。
这几次被迫返航使查理心情郁郁，但另一方面，查理也空出了许多时间。这次返航回来后，他去请教了一些有经验的人，那些人告诉他：作为一个博物学家航行时需要带哪些书籍，哪些工具是收集自然史搜集物必需的。他把这一切准备妥当。所以说，这次返航也是幸运的，这让他准备了不少以后航行中用得到的东西。
12月25日是圣诞节，水兵们为了庆祝，一起大喝了一场。第二天，几名优秀的水兵依然处于酒醉状态，还做出了粗野的举动，最后被罚戴八九个小时的重镣；所以尽管这天天气很好，“贝格尔”号还是未能出海。
12月27日，这一天微风拂面、阳光灿烂。上午十一点，“贝格尔”号起锚，开始了第三次出海。这一次，它很幸运，没有因为天气的原因而返航回来。经历了几次延期，克服种种障碍之后，这次航行开始了。
达尔文的环球航行开始了！
英国当时力求夺取南美洲的市场，促使英国的资本渗透到这里各个国家的经济中去。这次探险，英国打着科学的旗号，只不过是用来掩饰而已，只是对南美洲进行扩张的一张假面具。所以，“贝格尔”号的航行并不是一次纯科学性的旅行。不过，达尔文对此毫不知情。这次探险的任务是研究和详细勘察南美洲的东西两岸，即使这次旅行没有达尔文，也一样会得出一些科学成果。英国出于政治和经济的利益，进行了这次航行。但对达尔文来说，这次航行有着重大的作用，决定了他整个未来的事业。